【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物，具体地，涉及一种检测突变位点的单碱基替换的引物及其在制备检测幽门螺杆菌耐药基因相关产品中的应用。
技术介绍
1、幽门螺杆菌(helicobacter pylori,hp)是一种螺旋形、微需氧的革兰氏阴性杆菌，在美国卫生及公共服务部发布的第15版致癌物报告中，hp被列为明确致癌物。hp感染首先引起慢性胃炎，并导致胃溃疡和胃萎缩，严重者发展为胃癌或黏膜相关组织淋巴瘤，严重危害人类的健康。在我国居民人口中，hp的感染率为59％，是重要的公共卫生问题。
2、根除幽门螺杆菌通常采用四联疗法，即两种抗生素、胃黏膜保护剂和质子泵抑制剂联合治疗。用于治疗幽门螺杆菌感染的抗生素主要有阿莫西林、克拉霉素、四环素、左氧氟沙星、甲硝唑、呋喃唑酮等。然而，临床治疗中已发现hp对抗生素耐药性的快速发展。在过去二十年中，全球范围内报告了hp抗生素耐药性的增加，同时根除成功率持续下降，各个国家或地区推荐的一线方案的治疗指南对大约10～30％患者治疗持续失败。除阿莫西林、四环素和呋喃唑酮的耐药率保持在0～5％，克拉霉素和左氧氟沙星的耐药率已达20～45％，甲硝唑的耐药率则达到40～70％。同时尽管四环素和呋喃唑酮的耐药率较低，但二者的用药十分严格，只能在初次治疗失败后才会施用，并且2018年国家药监局也颁布了修订呋喃唑酮片说明书公告，将呋喃唑酮限用于“难以根除的hp感染”。甲硝唑由于其高耐药率，已经不在临床考虑范围。所以，幽门螺杆菌耐药性的检测评定对于临床治疗及根除hp具有重要的指导意义。
3、目前，现有技术中通常通过
技术实现思路
1、为了解决现有技术中存在的问题，本专利技术提供了一种检测突变位点的单碱基替换的引物及其在制备检测幽门螺杆菌耐药基因相关产品中的应用。
2、本专利技术的第一个目的是提供一种检测突变位点的单碱基替换的上游引物。
3、本专利技术的第二个目的是提供一种检测突变位点的单碱基替换的引物组。
4、本专利技术的第三个目的是提供所述引物组在制备幽门螺杆菌耐药基因的检测产品中的应用。
5、本专利技术的第四个目的是提供一种检测幽门螺杆菌的耐药基因的突变位点的引物探针组合物。
6、本专利技术的第五个目的是提供所述引物探针组合物在制备检测幽门螺杆菌耐药基因的试剂盒中的应用。
7、本专利技术的第六个目的是提供一种检测幽门螺杆菌耐药基因的试剂盒。
8、为了实现上述目的，本专利技术是通过以下方案予以实现的：
9、本专利技术提出了一种新的检测幽门螺杆菌耐药基因突变的方法，该方法不仅简化了探针和引物的设计与数量，可多个突变位点共用一对下游引物和探针，无需一个位点设计一对引物探针，大大节省成本，同时还只会对突变型核酸进行扩增，野生型核酸无扩增，判读结果简单。
10、一种检测突变位点的单碱基替换的上游引物，所述上游引物靶向结合所述突变位点的下游15bp～25bp的区域；
11、将模板链上的所述突变位点的野生型碱基记为x1，x1在非模板链上的互补碱基记为x1’；将模板链上的x1下游第一位碱基记为y，y在非模板链上的互补碱基记为y’；将模板链上的突变位点的突变型碱基记为x2；将上游引物3’端的倒数第二个碱基和第一个依次记为y”和z，y”与y’的碱基种类不同，z与x2的碱基种类相同；
12、x2和x1’的碱基种类为a-t、t-a、a-c、c-a、t-g、g-t、c-g、g-c、a-a或g-g中的一种，则调整y”的碱基种类使得y”和y’的碱基种类为a-g、g-a、t-t、t-c、c-t或c-c中的一种；
13、x2和x1’依次为a-g、g-a、t-t、t-c、c-t或c-c中的一种，则调整y”的碱基种类使得y”和y’依次为a-t、t-a、a-c、c-a、t-g、g-t、c-g、g-c、a-a或g-g中的一种。
14、优选地，所述x2和x1’的碱基种类为a-t、t-a、a-c、c-a、t-g、g-t、c-g、g-c、a-a或g-g中的一种，所述上游引物中的z还设有锁核酸修饰。
15、一种检测突变位点的单碱基替换的引物组，包含上游引物和下游引物，所述上游引物靶向结合所述突变位点的下游15bp～25bp的区域；
16、将模板链上的所述突变位点的野生型碱基记为x1，x1在非模板链上的互补碱基记为x1’；将模板链上的x1下游第一位碱基记为y，y在非模板链上的互补碱基记为y’；将模板链上的突变位点的突变型碱基记为x2；将上游引物3’端的倒数第二个碱基和第一个依次记为y”和z，y”与y’的碱基种类不同，z与x2的碱基种类相同；
17、x2和x1’的碱基种类为a-t、t-a、a-c、c-a、t-g、g-t、c-g、g-c、a-a或g-g中的一种，则调整y”的碱基种类使得y”和y’的碱基种类为a-g、g-a、t-t、t-c、c-t或c-c中的一种；
18、x2和x1’依次为a-g、g-a、t-t、t-c、c-t或c-c中的一种，则调整y”的碱基种类使得y”和y’依次为a-t、t-a、a-c、c-a、t-g、g-t、c-g、g-c、a-a或g-g中的一种。
19、优选地，所述x2和x1’的碱基种类为a-t、t-a、a-c、c-a、t-g、g-t、c-g、g-c、a-a或g-g中的一种，所述上游引物中的z还设有锁核酸修饰。
20、优选地，所述突变位点有若干个，且相隔距离为1bp～12bp，则所述引物组包含若干个所述上游引物和1个所述下游引物。
21、任一所述引物组在制备检测幽门螺杆菌耐药基因的试剂盒中的应用也应在本专利技术的保护范围之内。
22、一种检测幽门螺杆菌耐药基因的引物探针组合物，包含探针和引物组，所述引物组，包含上游引物和下游引物，所述上游引物靶向结合所述突变位点的下游15bp～25bp的区域；
23、将模板链上的所述突变位点的野生型碱基记为x1，x1在非模板链上的互补碱基记为x1’；将模板链上的x1下游第一位碱基记为y，y在非模板链上的互补碱基记为y’；将模板链上的突变位点的突变型碱基记为x2；将上游引物3’端的倒数第二个碱基和第一个依次记为y”和z，y”与y’的碱基种类不同，z本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测突变位点的单碱基替换的上游引物，其特征在于，所述上游引物靶向结合所述突变位点的下游15bp～25bp的区域；
2.根据权利要求1所述的上游引物，其特征在于，所述X2和X1’的碱基种类为A-T、T-A、A-C、C-A、T-G、G-T、C-G、G-C、A-A或G-G中的一种，所述上游引物中的Z还设有锁核酸修饰。
3.一种检测突变位点的单碱基替换的引物组，其特征在于，包含下游引物和权利要求1～2任一所述的上游引物。
4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述突变位点有若干个，且相隔距离为1bp～12bp，则所述引物组包含若干个所述上游引物和1个所述下游引物。
5.权利要求3～4任一所述的引物组在制备幽门螺杆菌耐药基因的检测产品中的应用。
6.一种检测幽门螺杆菌耐药基因的引物探针组合物，其特征在于，包含探针和权利要求3～4任一所述的引物组。
7.根据权利要求6所述的引物探针组合物，其特征在于，所述耐药基因包括幽门螺杆菌的23S rRNA基因和gyrA基因。
8.根据权利要求7所述的引物组
9.权利要求6～8任一所述引物探针组合物在制备检测幽门螺杆菌耐药基因的试剂盒中的应用。
10.一种检测幽门螺杆菌耐药基因的试剂盒，其特征在于，包含权利要求6～8任一所述引物探针组合物。
...【技术特征摘要】
1.一种检测突变位点的单碱基替换的上游引物，其特征在于，所述上游引物靶向结合所述突变位点的下游15bp～25bp的区域；
2.根据权利要求1所述的上游引物，其特征在于，所述x2和x1’的碱基种类为a-t、t-a、a-c、c-a、t-g、g-t、c-g、g-c、a-a或g-g中的一种，所述上游引物中的z还设有锁核酸修饰。
3.一种检测突变位点的单碱基替换的引物组，其特征在于，包含下游引物和权利要求1～2任一所述的上游引物。
4.根据权利要求3所述的引物组，其特征在于，所述突变位点有若干个，且相隔距离为1bp～12bp，则所述引物组包含若干个所述上游引物和1个所述下游引物。
5.权利要求3～4任一所述的引物组在制备幽门螺杆菌耐药基因的检测产品中的应用。
6.一种检测幽门螺杆菌耐药基因的引物探针组合物，其特征在于，包含探针和权利要求3～4任一所述的引物组。...
【专利技术属性】
技术研发人员：吴瑶瑶，张赫童，刘昕，黄猛，柴强，邓栩文，马东礼，
申请(专利权)人：深圳市海微生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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