【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物育种，具体说是一种苹果亚科植物s基因座indel标记及其应用。
技术介绍
1、苹果是世界三大果树之一，我国的栽培面积占世界首位。自交不亲和性是苹果等显花植物进化出的一种防止自交、促进异交的生殖隔离机制。自然界中，大多数苹果品种都是自交不亲和的，需要配置其它品种授粉树，借助风媒、虫媒或者人工授粉才能正常结实，这给生产者带来了巨大的工作量，并且大幅度的提高了生产成本，因此自交不亲和性研究是推动苹果产业发展、降低生产成本的有效方法和手段，培育自交亲和性品种是苹果育种工作者一项重要的目标。
2、已知的研究中，控制苹果自交亲和性的基因广泛存在于74科3000多种植物中，由遗传高度连锁的包含复等位s基因在内多基因组成的dna片段(又称s基因座)控制，s基因座在染色体上的位置、大小、基因种类和数量以及排列顺序物种间差异较大。前人将s基因座定位在苹果的第17号染色体上，大小至少约1mb，包含1个s-rnase和10个以上sfbb/sfbl，但始终不能精确定位s基因座。s基因座上下游区域及位置边界无法确定，导致控制自交不亲和性的相关基因及序列信息无法明确，在杂交群体中，后代的s基因座位置及进一步介导的自交不亲和性机理研究进展缓慢，培育自交亲和性品种苹果遥遥无期。
3、所有依赖于s-rnase的自交不亲和物种雌端决定因子均为s-rnase基因，雄端决定因子均为f-box基因，自交不亲和要求这两个因子紧密连锁，所以它们传统的s基因座定位策略相似，即以s-rnase基因为中心向两侧延伸，碰到f-box基因即当作
技术实现思路
1、针对现有技术中存在的缺陷，本专利技术的目的在于提供一种苹果亚科植物s基因座indel标记及其应用。本专利技术确定的与s基因座位置相关的indel标记位于苹果17号染色体核苷酸序列上，经标记的该s基因座位置精确，使育种工作者可以提前选育自花结实性的品种，减少育种年限。
2、为达到以上目的，本专利技术采取的技术方案是：
3、一种苹果亚科植物s基因座indel标记，其特征在于，所述indel标记对应于苹果亚科植物参考基因组17号染色体s基因座两端的序列插入或缺失变异。
4、在上述方案的基础上，所述indel标记位于s基因座的上游201903bp至315089bp，或者下游1345289bp至1375784bp处，且不再发生基因重组。
5、在上述方案的基础上，所述indel标记为：
6、(1)位于s基因座上游201984bp至201987bp，序列为tttg；
7、(2)上述第(1)项中s基因座上游201984bp至201987bp的tttg序列缺失；
8、(3)位于s基因座上游315065bp至315067bp，序列为aat；
9、(4)上述第(3)项中s基因座上游315065bp至315067bp的aat序列缺失。
10、在上述方案的基础上，所述indel标记为：
11、(1)位于s基因座下游1345736bp至1345747bp，序列为ccccttacctgat；
12、(2)上述第(1)项中s基因座下游1345736bp至1345747bp的ccccttacctgat序列缺失；
13、(3)位于s基因座下游1375753bp至1375762bp，序列为gggcaccaca；
14、(4)上述第(3)项中s基因座下游1375753bp至1375762bp的gggcaccaca序列缺失。
15、用于确定上述的苹果亚科植物s基因座边界indel标记的引物，其特征在于，所述引物包括正向引物f和反向引物r：
16、所述正向引物f：如seq id no：1-seq id no：4所示；
17、所述反向引物r：如seq id no：5-seq id no：8所示。
18、一种苹果亚科植物s基因座的定位应用方法，其特征在于，基于权利要求2所述苹果亚科s基因座indel标记处不再发生基因重组的特征，可以快速将苹果亚科植物s基因座边界进行精准确定。
19、本专利技术所述的一种苹果亚科植物s基因座inde]标记及其应用，其有益效果为：
20、本专利技术确定了与s基因座位置相关的indel标记位于苹果17号染色体核苷酸序列上，可以通过引物pcr扩增直接获得，得到的s基因座位置精确，从而能够帮助育种工作者提前选育自花结实性的品种，减少育种年限。
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1.一种苹果亚科植物S基因座InDel标记，其特征在于，所述InDel标记对应于苹果亚科植物参考基因组17号染色体S基因座两端的序列插入或缺失变异。
2.如权利要求1所述的一种苹果亚科植物S基因座InDel标记，其特征在于，所述InDel标记位于S基因座的上游201903bp至315089bp，或者下游1345289bp至1375784bp处，且不再发生基因重组。
3.如权利要求2所述的一种苹果亚科植物S基因座InDel标记，其特征在于，所述InDel标记为：
4.如权利要求2所述的一种苹果亚科植物S基因座InDel标记，其特征在于，所述InDel标记为：
5.用于确定权利要求1-4任意一项所述的苹果亚科植物S基因座边界InDel标记的引物，其特征在于，所述引物包括正向引物F和反向引物R：
6.一种苹果亚科植物S基因座的定位应用方法，其特征在于，基于权利要求2所述苹果亚科S基因座InDel标记处不再发生基因重组的特征，可以快速将苹果亚科植物S基因座边界进行精准确定。
【技术特征摘要】
1.一种苹果亚科植物s基因座indel标记，其特征在于，所述indel标记对应于苹果亚科植物参考基因组17号染色体s基因座两端的序列插入或缺失变异。
2.如权利要求1所述的一种苹果亚科植物s基因座indel标记，其特征在于，所述indel标记位于s基因座的上游201903bp至315089bp，或者下游1345289bp至1375784bp处，且不再发生基因重组。
3.如权利要求2所述的一种苹果亚科植物s基因座indel标记，其特征在于，所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：李天忠，王宝安，李威，王胜男，朱元娣，伍玲，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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