【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因芯片的微珠类型的判断方法,尤其涉及一种基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法。
技术介绍
1、在高密度基因芯片的生产制造环节,需要对高密度基因芯片进行解码,为此,我们需要知道在高密度基因芯片上的每一个微珠的类型,但是由于微珠铺入方式的限制,我们无法在最开始得知这一信息。现有技术采用多光道多次循环(“杂交-扫描-洗脱”为一次循环)解码实验方法确定高密度基因芯片上的微珠类型,但是,这种方法在杂交次数少,扫描光道少的情况下,效果会略显逊色。
技术实现思路
1、为了克服上述技术缺陷,本专利技术的第一个方面提供一种基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其包括:
2、步骤s1:获取同一高密度基因芯片在不同光道下得到的扫描图中提取出来的每个微珠的灰度值;
3、步骤s2:将不同光道扫描图中的同一微珠对应的灰度值进行预处理后的数据转换到极坐标中进行聚类;
4、步骤s3:根据每个微珠在极坐标中所处的位置和预先设定的判断规则判断微珠
...【技术保护点】
1.一种基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,包括:
2.如权利要求1所述的基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,在步骤S1中使用的不同光道包括光道a和光道b;在步骤S2中,微珠在光道a和光道b的灰度值分别用Ia,Ib表示,极坐标中的两条坐标轴的含义如下:
3.如权利要求2所述的基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,在步骤S2中,通过下述标准化方法进行预处理,从而使α,β两簇数据中心点的θ值关于y轴对称:
4.如权利要求3所述的基于极坐标的高密度基因芯片微
...【技术特征摘要】
1.一种基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,包括:
2.如权利要求1所述的基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,在步骤s1中使用的不同光道包括光道a和光道b;在步骤s2中,微珠在光道a和光道b的灰度值分别用ia,ib表示,极坐标中的两条坐标轴的含义如下:
3.如权利要求2所述的基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,在步骤s2中,通过下述标准化方法进行预处理,从而使α,β两簇数据中心点的θ值关于y轴对称:
4.如权利要求3所述的基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,在步骤s2中,所述预处理方法进一步包括:若两光道各自所有微珠的灰度值的对数的和不相等,我们便可以通过等式两端各乘以一个系数fa,fb的方式使得等式在任何情况下都成立:
5.如权利要求4所述的基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,在步骤s3中,假设θ的阈值为ω,ρ的阈值为σ,所述判断规则为:
6.如权利要求5所述的基于极坐标的高密度基因芯片微珠类型的自适应判断方法,其特征在于,通过以下方法确定阈值ω和阈值σ的取值:...
【专利技术属性】
技术研发人员:刘超钧,刘若愚,许心意,李智,
申请(专利权)人:苏州拉索生物芯片科技有限公司,
类型:发明
国别省市:
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