【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于水产养殖、生物，具体涉及一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp标记与应用。
技术介绍
1、翘嘴鳜(siniperca chuatsi)主要分布于中国，朝鲜等东亚国家，属鲈形目(perciformes)、真鲈科(percichthyidae)，鳜属(siniperca)。因其肉味鲜美、营养丰富，而深受广大消费者的喜爱，属名贵淡水养殖鱼类。翘嘴鳜是一种肉食性鱼类，因此需要投喂活饵料来满足其生长需求。翘嘴鳜的活饵料主要包括浮游动物、小型鱼类、底栖生物等。其中，浮游动物是翘嘴鳜幼苗的主要食物，如枝角类、桡足类等；小型鱼类则是翘嘴鳜成鱼的主要食物，如鲮鱼、麦穗鱼等，这极大地增加了其养殖成本。对此，如果能提高翘嘴鳜生长速率、缩短其生长所需时间，就可以缩短翘嘴鳜养殖周期，从而实现以更少饵料快速生长并达到上市规格，以降低投入成本提高养殖收益。目前影响翘嘴鳜生长速率因素主要有自身遗传和外部环境等，据研究表明基因遗传对于翘嘴鳜生长性状起到十分重要的作用。因此而通过选育具有生长优势的翘嘴鳜品种是提高翘嘴鳜生长速率，降低投入成本提高养殖收益主要手段
2、现有技术中一般采用选择优良的亲本可以获得具有优良性状的翘嘴鳜品种，但是采用选择优良的亲本这种选育方式存在如下问题：1、选育翘嘴鳜优良亲本的过程需要经过多代的选择和培育；通常，从野生群体中选择具有优良性状的个体进行繁殖和养殖，并通过多代的筛选和培育，逐渐形成具有优良性状的群体；这个过程需要经过数年甚至数十年的时间，因为需要经过多代的选择和培育，以逐渐积累和传递优良的遗传性状。2、选育过
3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,snp)是指基因组内特定核苷酸位置上存在两种不同的碱基。因其位点分布丰富，具有较高的信息含量，且snp位点信息获取简单快捷，现已成为重要的分子标记。通过将snp位点与重要性状进行关联分析，获取与性状紧密关联的分子标记用于选育，是现代水产动物分子育种技术的重要手段，在水产经济动物遗传育种中发挥重要作用。
技术实现思路
1、针对现有技术的不足，本专利技术的目的在于提供一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp标记，通过对所述snp标记的基因型进行检测，筛选获得具有生长优势的翘嘴鳜，一方面以解决普通翘嘴鳜生长速率慢、生长所需时间较长，养殖投入成本较高；另一方面解决采用选择优良的亲本进行选育时间周期长和选育的成本高问题。从而可以实现养殖经济效益最大化。
2、本专利技术提供一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp标记，所述snp标记位于低密度脂蛋白受体a(ldlra)基因序列的第1605位，其碱基为a或c；所述ldlra基因的核苷酸序列如seqid no：1所示。
3、本专利技术还提供了一种用于检测权利要求1所述snp标记的引物组，所述引物组包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如seq id no：2所示，所述反向引物的核苷酸序列如seq id no：3所示。
4、本专利技术还提供了一种用于检测权利要求1所述snp标记的试剂盒，所述试剂盒包括所述引物组。
5、本专利技术还提供了一种筛选生长优势的翘嘴鳜的方法，所述方法包括：检测所述snp标记，筛选具有aa纯合型的个体。
6、优选地，所述方法包括如下步骤：(1)剪取待测翘嘴鳜尾鳍鳍条；(2)将所取鳍条置于无水乙醇中保存；(3)提取待测翘嘴鳜的基因组dna；(4)采用seq id no：2和seq id no：3，对所述待测翘嘴鳜的基因组dna进行pcr扩增，以便获得pcr扩增产物；(5)对所述pcr扩增产物进行测序，以便获得测序结果；(6)基于所述测序结果，确定所述待测翘嘴鳜的snp标记的基因型是否为aa纯合型个体。
7、更优选地，所述pcr扩增的反应体系为：以50μl总体积反应体系计，包括25μl 2×taq pcr master mix，2.5μl基因组dna，正反向引物各1μl，20.5μl水。
8、更优选地，所述pcr扩增的程序为：95℃预变性3min，94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸1min，共34个循环，最后72℃延伸5min，4℃保存。
9、本专利技术还提供了一种所述snp标记或所述引物组或所述试剂盒在翘嘴鳜育种中的应用。
10、本专利技术通过对翘嘴鳜生长相关snp设计多对引物对翘嘴鳜个体进行pcr扩增，获得扩增产物进行测序后，通过bioedit软件对测序结果进行多重比对分析，筛选获得了位于该基因编码子区域的snp标记。
11、本专利技术利用r包、cervus软件计算所述snp标记的基因型频率、基因频率、遗传多态性以及snp标记与体重、体长等数据的相关性，发现基因型为aa的纯合型个体在体重、全长、体长、体宽和体高这5个表型数据中，都要显著高于ac型个体(p<0.01)。因此，利用本专利技术的snp标记进行早期筛选，可快速鉴别出翘嘴鳜生长优良个体，实现养殖经济效益最大化。
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1.一种与翘嘴鳜生长性状相关的SNP标记，其特征为，所述SNP标记位于低密度脂蛋白受体A(LDLRA)基因序列的第1605位，其碱基为A或C；所述LDLRA基因的核苷酸序列如SEQ IDNO：1所示。
2.一种用于检测权利要求1所述SNP标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示，所述反向引物的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示。
3.一种用于检测权利要求1所述SNP标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述引物组。
4.一种筛选生长优势的翘嘴鳜的方法，其特征在于，所述方法包括：检测权利要求1所述SNP标记，筛选具有AA纯合型的个体。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：(1)剪取待测翘嘴鳜尾鳍鳍条；(2)将所取鳍条置于无水乙醇中保存；(3)提取待测翘嘴鳜的基因组DNA；(4)采用SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3，对所述待测翘嘴鳜的基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；(5)对所述PCR扩增产
6.根据权利要求5所述的方法，其特征为，所述PCR扩增的反应体系为：以50μL总体积反应体系计，包括25μL 2×Taq PCR Master Mix，2.5μL基因组DNA，正反向引物各1μL，20.5μL水。
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的程序为：95℃预变性3min，94℃变性30s，60℃退火30s，72℃延伸1min，共34个循环，最后72℃延伸5min，4℃保存。
8.权利要求1所述SNP标记或权利要求2所述引物组或权利要求3所述试剂盒在翘嘴鳜中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种与翘嘴鳜生长性状相关的snp标记，其特征为，所述snp标记位于低密度脂蛋白受体a(ldlra)基因序列的第1605位，其碱基为a或c；所述ldlra基因的核苷酸序列如seq idno：1所示。
2.一种用于检测权利要求1所述snp标记的引物组，其特征在于，所述引物组包括正向引物和反向引物；所述正向引物的核苷酸序列如seq id no：2所示，所述反向引物的核苷酸序列如seq id no：3所示。
3.一种用于检测权利要求1所述snp标记的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求2所述引物组。
4.一种筛选生长优势的翘嘴鳜的方法，其特征在于，所述方法包括：检测权利要求1所述snp标记，筛选具有aa纯合型的个体。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：(1)剪取待测翘嘴鳜尾鳍鳍条；(2)将所取鳍条置于无水乙醇中保存；(3)提取待测翘...
【专利技术属性】
技术研发人员：陆君，刘鼎瑞，张艳，杨木芝，蒋艳琳，肖晓霞，梁坤，张淑梅，张勇，
申请(专利权)人：广州南沙渔业产业园有限公司，
类型：发明
国别省市：
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