【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、本公开总体上涉及癌症检测和疾病监测。更具体地，该领域涉及癌症相关的dna甲基化检测和早期癌症的疾病监测。在过去几十年里，癌症筛查和监测可以有助于改善结局，因为癌症可以在有机会扩散之前就被消除，所以早期检测产生更好的结局。
2、任何筛查工具的主要问题可能是假阳性与假阴性结果(或特异性与敏感性)之间的折中，在前一种情况下导致不必要的调查，而在后一种情况下导致无效。理想的测试可以是具有高阳性预测值(ppv)的，最大限度地减少不必要的调查，但能检测到绝大多数癌症。另一个关键因素是“检测敏感性”。与测试敏感性不同，检测敏感性是关于肿瘤大小的检测下限。遗憾的是，等待肿瘤生长到足够大以释放检测所必需水平的循环肿瘤标志物可能与在治疗最有效的早期治疗肿瘤的目标相矛盾。因此，需要基于循环分析物对早期癌症进行有效的基于血液的筛查。
技术实现思路
1、本公开提供了涉及与细胞增殖性病症和癌症检测和疾病进展相关联的基因的甲基化谱分析的方法和系统。还提供了涉及与肺、结肠、肝、卵巢、胰腺、前列...
【技术保护点】
1.一种为至少两种细胞增殖性病症所特有的甲基化特征小组，其包含：
2.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述生物样品是核酸、DNA、RNA或无细胞核酸。
3.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述一个或多个基因组区域是非编码区、编码区、非转录区或调控区。
4.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述甲基化特征小组包含选自表1中的基因组区域的六个或更多个基因组区域。
5.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中选自表1中的基因组区域的所述一个或多个基因组区域与一种类型的癌症相关联。
6.如权利要求1所述...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种为至少两种细胞增殖性病症所特有的甲基化特征小组，其包含：
2.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述生物样品是核酸、dna、rna或无细胞核酸。
3.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述一个或多个基因组区域是非编码区、编码区、非转录区或调控区。
4.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述甲基化特征小组包含选自表1中的基因组区域的六个或更多个基因组区域。
5.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中选自表1中的基因组区域的所述一个或多个基因组区域与一种类型的癌症相关联。
6.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中从患有所述细胞增殖性病症或其亚型的所述对象获得的所述生物样品选自体液、粪便、结肠排出物、尿液、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞及其组合。
7.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中从未患有所述细胞增殖性病症或其亚型的所述对象获得的所述生物样品选自体液、粪便、结肠排出物、尿液、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞及其组合。
8.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述细胞增殖性病症选自结直肠细胞增殖、前列腺细胞增殖、肺细胞增殖、乳腺细胞增殖、胰腺细胞增殖、卵巢细胞增殖、子宫细胞增殖、肝细胞增殖、食管细胞增殖、胃细胞增殖和甲状腺细胞增殖。
9.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述细胞增殖性病症选自结肠腺癌、肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、卵巢浆液性囊腺癌、胰腺腺癌、前列腺腺癌和直肠腺癌。
10.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述细胞增殖性病症选自1期癌症、2期癌症、3期癌症和4期癌症。
11.如权利要求1所述的甲基化特征小组，其中所述特征小组包含选自表1中的基因组区域的两个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的三个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的四个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的五个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的六个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的七个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的八个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的九个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的十个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的十一个或更多个基因组区域、选自表1中的基因组区域的十二个或更多个基因组区域、或选自表1中的基因组区域的十三个或更多个基因组区域。
12.一种为至少两种细胞增殖性病症的组织来源所特有的甲基化特征小组，其包含：
13.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述生物样品是核酸、dna、rna或无细胞核酸。
14.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述两个或更多个基因组区域是非编码区、编码区、非转录区或调控区。
15.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述甲基化特征小组包含选自表2-17中的基因组区域的六个或更多个基因组区域。
16.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中选自表2-17中的基因组区域的所述一个或多个基因组区域与一种类型的癌症和肿瘤组织来源相关联。
17.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中从患有所述细胞增殖性病症或其亚型的所述对象获得的所述生物样品选自体液、粪便、结肠排出物、尿液、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞及其组合。
18.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中从未患有所述细胞增殖性病症或其亚型的所述对象获得的所述生物样品选自体液、粪便、结肠排出物、尿液、血浆、血清、全血、分离的血细胞、从血液中分离的细胞及其组合。
19.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中细胞增殖性病症选自结直肠细胞增殖、前列腺细胞增殖、肺细胞增殖、乳腺细胞增殖、胰腺细胞增殖、卵巢细胞增殖、子宫细胞增殖、肝细胞增殖、食管细胞增殖、胃细胞增殖或甲状腺细胞增殖。
20.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述细胞增殖性病症选自结肠腺癌、肝细胞癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、卵巢浆液性囊腺癌、胰腺腺癌、前列腺腺癌和直肠腺癌。
21.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中细胞增殖性病症选自1期癌症、2期癌症、3期癌症和4期癌症。
22.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中特征小组包含选自表2-17中的基因组区域的三个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的四个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的五个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的六个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的七个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的八个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的九个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的十个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的十一个或更多个基因组区域、选自表2-17中的基因组区域的十二个或更多个基因组区域、或选自表2-17中的基因组区域的十三个或更多个基因组区域。
23.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述至少两种细胞增殖性病症包括选自以下的组合：结直肠癌和前列腺癌；结直肠癌和肺癌；结直肠癌和乳腺癌；结直肠癌和肝癌；结直肠癌和卵巢癌；结直肠癌和胰腺癌；前列腺癌和肺癌；前列腺癌和乳腺癌；前列腺癌和肝癌；前列腺癌和卵巢癌；前列腺癌和胰腺癌；肺癌和乳腺癌；肺癌和肝癌；肺癌和卵巢癌；肺癌和胰腺癌；乳腺癌和肝癌；乳腺癌和卵巢癌；乳腺癌和胰腺癌；肝癌和卵巢癌；肝癌和胰腺癌；卵巢癌和胰腺癌；结直肠癌、前列腺癌和肺癌；结直肠癌、前列腺癌和乳腺癌；结直肠癌、前列腺癌和肝癌；结直肠癌、前列腺癌和卵巢癌；结直肠癌、前列腺癌和胰腺癌；结直肠癌、肺癌和乳腺癌；结直肠癌、肺癌和肝癌；结直肠癌、肺癌和卵巢癌；结直肠癌、肺癌和胰腺癌；结直肠癌、乳腺癌和肝癌；结直肠癌、乳腺癌和卵巢癌；结直肠癌、乳腺癌和胰腺癌；前列腺癌、肝癌和卵巢癌；前列腺癌、肝癌和胰腺癌；前列腺癌、卵巢癌和胰腺癌；以及结直肠癌、前列腺癌、肺癌和乳腺癌。
24.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述两个或更多个基因组区域选自表2、3和4中的基因组区域，并且与结直肠癌组织来源相关联。
25.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述两个或更多个基因组区域选自表5、6和7中的基因组区域，并且与肝癌组织来源相关联。
26.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述两个或更多个基因组区域选自表8和9中的基因组区域，并且与肺癌组织来源相关联。
27.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述两个或更多个基因组区域选自表10、11和12中的基因组区域，并且与卵巢癌组织来源相关联。
28.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述两个或更多个基因组区域的小组选自表13和14中的基因组区域，并且与胰腺癌组织来源相关联。
29.如权利要求12所述的甲基化特征小组，其中所述两个或更多个基因组区域选自表15、16和17中的基因组区域，并且与前列腺癌组织来源相关联。
30.一种能够区分健康对象群体与患有细胞增殖性病症的对象群体的机器学习分类器，其包括：
31.如权利要求30所述的机器学习分类器，其中所述测量值集描述了选自以下的所述甲基化区域的特点：cpg、chg、chh的逐个碱基甲基化百分比；在一个区域中观察到的具有不同计数或比率的甲基化cpg的片段的计数或比率；转化效率(chh的100-平均甲基化百分比)；低甲基化段；甲基化水平(cpg、chh、chg的全局平均甲基化、片段长度、片段中点，以及在诸如chrm、line1或alu的一个或多个基因组区域中的甲基化水平)；每个片段的甲基化cpg的数量；每个片段的cpg甲基化占总cpg的分率；每个区域的cpg甲基化占总cpg的分率；小组中cpg甲基化占总cpg的分率；二核苷酸覆盖度(归一化的二核苷酸覆盖度)；覆盖度的均匀度(在lx和10x平均基因组覆盖下的独特cpg位点(对于s4运行))；全局平均cpg覆盖度(深度)；以及在cpg岛、cgi架和cgi岸处的平均覆盖度。
32.如权利要求30所述的机器学习分类器，其中机器学习分类器能够鉴定所述对象的肿瘤的组织来源。
33.如权利要求30所述的机器学习分类器，其中所述分类器被加载到计算机系统的存储器中，其中所述模型使用从以下项获得的训练向量来训练：训练生物样品、被鉴定为患有细胞增殖性病症的所述训练生物样品的第一子集和被鉴定为未患有细胞增殖性病症的所述训练生物样品的第二子集。
34.如权利要求30所述的机器学习分类器，其中所述模型在与至少两种细胞增殖性病症相关联的预定甲基化基因组区域小组上训练，并且对于待使用所述小组检测的所述不同类型的细胞增殖性病症具有预选的敏感性和特异性。
35.如权利要求30所述的机器学习分类器，其中所述至少两种细胞增殖性病症选自结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、肺癌、胰腺癌、子宫癌、肝癌、食管癌、胃癌、甲状腺癌和膀胱癌。
36.如权利要求30所述的机器学习分类器，其中所述机器学习分类器被定制为对于所述至少两种细胞增殖性病症中的每种提供预选的敏感性和预选的特异性，其中所述至少两种细胞增殖性病症选自结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、肺癌、胰腺癌、子宫癌、肝癌、食管癌、胃癌、甲状腺癌和膀胱癌，
37.一种用于确定来自对象的无细胞脱氧核糖核酸(cfdna)样品的甲基化谱的方法，其包括：
38.如权利要求37所述的方法，其还包括扩增所述多个转化核酸。
39.如权利要求38所述的方法，其中所述扩增包括聚合酶链式反应(pcr)。
40.如权利要求37所述的方法，其还包括制备核酸测序文库。
41.如权利...
【专利技术属性】
技术研发人员：史瓦妮·马哈詹，比利·古尔德，彼得·乌尔兹，
申请(专利权)人：福瑞诺姆控股公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。