【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及核酸编码的化学文库，特别是自纯化的核酸编码的化学文库，以及其生产和应用方法。
技术介绍
1、dna编码的化学文库(del)是药物发现的强大工具。为生产dna编码的化学文库而提出的第一种方法采用在分离和汇集循环中在共同接头(例如珠粒)上聚合物(例如肽)和寡核苷酸序列(充当编码序列)的交替逐步合成(brenner，s.和lerner，r.a.pnas usa 89(1992)，5381–5383；us 5,573,905；wo93/20242)。在靶蛋白上进行亲和捕获后，所选文库成员的标识符寡核苷酸群体将通过pcr进行扩增。化学实体的结构将通过对pcr产物进行测序来解码。据推测，编码程序可通过多种方法实施，包括化学合成、dna聚合或dna片段的连接(brenner，s.和lerner，r.a.pnas usa 89(1992)，5381–5383；us 5,573,905；wo93/20242)。产生dna编码的化学文库的各种方法随后在本领域中进行了描述(参见例如，mannocci，l.等人pnas usa 105(46):17670-17675；brenner，s.和lerner，r.a.同上；nielsen，j.等人，j.am.chem.soc.115(1993)；needels等人，m.c.，pnas usa 90(1993)，10700–10704；gartner，z.j.等人，science 305(2004)，1601–1605；melkko，s.等人，nat.biotechnol.22568–574(20
2、del技术的成熟使用使得筛选大量化合物(通常约100万至1亿)，所述化合物由特定核酸标签单独编码，并且针对目标蛋白质对整个del的基于亲和力的筛选可在单个实验中进行。del技术现在广泛用于制药行业。
3、迄今为止，del构建中的单独合成步骤的可变产量限制了连续合成步骤的数量和可并入的结构单元(building block)的性质。允许构建尺寸和/或纯度增加的del的方法将是有用的。
技术实现思路
1、本专利技术人开发了一种产生核酸编码的文库的方法，所述方法通过从固体载体选择性切割来从中间体中自纯化完整(intact或complete)文库成员。这例如可促进大型和/或纯核酸编码的文库和/或其中单独成员具有复杂结构和/或大量结构单元的核酸编码的文库的产生。通过这些方法产生的文库可例如展示改进的筛选性能和/或含有能够结合至靶蛋白上的较大表面的成员。
2、本专利技术的第一方面提供了一种用于产生核酸编码生物化合物的方法，所述方法包括以下步骤；
3、提供包含通过接头连接至固体载体的支架的新生化合物，
4、将一个或多个化学结构单元共价连接至所述新生化合物以形成连接至所述支架的化学部分，
5、将编码所述一个或多个化学结构单元的编码寡核苷酸共价连接至所述新生化合物以形成连接至所述支架的编码核酸部分，
6、将切割基团连接至所述化合物的所述化学部分、核酸部分或支架，以及
7、使所述接头与所述切割基团反应，使得所述接头被切割并且所述化合物从所述固体载体释放。
8、本专利技术的第二方面提供了一种用于产生核酸编码的化学文库的方法，对于每个文库成员，所述方法包括以下步骤；
9、提供包含通过接头连接至固体载体的支架的新生成员，
10、将一个或多个化学结构单元共价连接至所述新生成员以形成连接至所述支架的化学部分，
11、将编码所述一个或多个化学结构单元的编码寡核苷酸共价连接至所述新生成员以形成连接至所述支架的编码核酸部分，
12、将切割基团连接至所述化学部分、核酸部分或支架，
13、使所述接头与所述切割基团反应，使得所述接头被切割并且所述成员从所述固体载体释放。
14、在第一和第二方面的一些实施方案中，切割基团可连接至化学部分(图1a)。从固体载体选择性释放可通过完整化学部分或化学部分的完整区段的存在引发。
15、在第一和第二方面的其他实施方案中，切割基团可连接至编码核酸部分(图1b)。从固体载体选择性释放可通过完整核酸部分或核酸部分的完整区段的存在引发。
16、在第一和第二方面的其他实施方案中，切割基团可连接至支架(图1c)。从固体载体选择性释放可通过完整支架的存在引发。
17、在第一和第二方面的一些实施方案中，新生化合物或成员的支架可通过第二接头另外连接至固体载体，使得支架通过第一接头和第二接头连接至所述固体载体。所述方法可包括；
18、提供包含通过第一接头和第二接头连接至固体载体的支架的新生化合物或成员，
19、将一个或多个化学结构单元共价连接至所述新生化合物或成员以形成连接至所述支架的化学部分，
20、将编码所述一个或多个化学结构单元的编码寡核苷酸共价连接至所述新生化合物或成员以形成连接至所述支架的编码核酸部分，
21、将第一切割基团连接至所述编码核酸部分、化学部分或支架中的一者，
22、将第二切割基团连接至所述编码核酸部分、化学部分或支架中的另一者，
23、使所述第一接头与所述第一切割基团反应，使得所述第一接头被切割，以及
24、使所述第二接头与所述第二切割基团反应，使得所述第二接头被切割并且所述化合物或成员从所述固体载体释放。
25、第一和第二接头可以任何顺序依次切割或同时切割。
26、如果化合物或成员包含(i)完整化学部分或所述化学部分的完整区段和完整核酸部分或所述核酸部分的完整区段两者；(ii)完整化学部分或所述化学部分的完整区段和完整支架两者；或(iii)完整编码核酸部分或所述编码核酸部分的完整区段和完整支架两者，则所述化合物或成员从固体载体释放。
27、在一些实施方案中，切割基团或第一切割基团可共价连接至化学部分或支架。优选地，切割基团共价连接至化学部分的末端化学结构单元。
28、在其他实施方案中，切割基团可非共价连接至化学部分或支架。例如，通过将锚寡核苷酸连接至化学部分或支架，优选连接至化学部分的末端化学结构单元，并将所述锚定寡核苷酸与连接至切割基团的辅助寡核苷酸杂交。例如，产生核酸编码的化合物或化学文库的方法可包括以下步骤；
29、将锚寡核苷酸连接至化学部分或支架，
30、提供连接至切割基团的辅助寡核苷酸，
31、使连接寡核苷酸与所述辅助寡核本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于产生核酸编码的化合物的方法，所述方法包括以下步骤；
2.一种用于产生核酸编码的化学文库的方法，对于每个文库成员，所述方法包括以下步骤；
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述新生成员的所述支架通过第一接头和第二接头连接至所述固体载体，并且所述方法还包括；
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述切割基团连接至所述化学部分或所述支架。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述切割基团共价连接至所述化学部分的末端化学结构单元。
6.根据权利要求4所述的方法，其中所述切割基团通过包括以下的方法连接至所述化学部分或支架；
7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述切割基团连接至所述编码核酸部分。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述切割基团通过包括以下的方法连接至所述编码核酸部分；
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述接头在与所述切割基团反应之前被激活。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述切割基团在与所述接头
11.一种用于产生核酸编码的化合物的方法，所述方法包括；
12.一种用于产生核酸编码的化学文库的方法，对于每个文库成员，所述方法包括以下步骤；
13.根据权利要求11和权利要求12所述的方法，其中所述第二接头连接所述固体载体与所述支架或所述核酸部分。
14.根据权利要求2至13中任一项所述的方法，其中所述核酸编码的化学文库通过包括以下步骤的方法产生；
15.根据权利要求14所述的方法，其中所连接的所述化学结构单元和所述编码寡核苷酸对于不同区室中的成员或中间体是不同的。
16.一种方法，所述方法包括重复如权利要求14或15所述的步骤一次或多次。
17.根据权利要求11至16中任一项所述的方法，其中所述第一接头和所述第二接头是正交可切割的。
18.根据权利要求11至17中任一项所述的方法，其中所述第一接头和/或所述第二接头在切割前被激活。
19.根据权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述化学结构单元顺序地连接至所述新生成员以形成所述化学部分。
20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中包括将第一化学结构单元共价连接至所述支架。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述支架包含捕获基团，并且所述方法包括使第一化学结构单元与所述捕获基团反应以将所述第一化学结构单元共价连接至所述支架。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一化学结构单元包含近端结合基团，并且所述方法包括使所述近端结合基团与所述支架的所述捕获基团反应以将所述第一化学结构单元共价连接至所述支架。
23.根据权利要求21或权利要求22所述的方法，其中所述捕获基团受保护，并且所述方法包括在连接所述化学部分的所述第一化学结构单元之前使所述支架的所述捕获基团脱保护。
24.根据权利要求21至23中任一项所述的方法，其中所述方法包括使未共价连接至所述第一化学结构单元的未反应的捕获基团加帽。
25.根据权利要求20至24中任一项所述的方法，所述方法包括将第二化学结构单元共价连接至所述第一化学结构单元以形成在末端位置具有所述第二化学结构单元的化学部分。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述第一化学结构单元包含远端结合基团，并且所述方法包括使所述第二化学结构单元与所述第一化学结构单元的所述远端结合基团反应以将所述第二化学结构单元共价连接至所述第一化学结构单元。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述第二化学结构单元包含近端结合基团，并且所述方法包括使所述第二化学结构单元的所述近端结合基团与所述第一化学结构单元的所述远端结合基团反应以将所述第二化学结构单元共价连接至所述第一化学结构单元。
28.根据权利要求26或权利要求27所述的方法，其中所述第一化学结构单元的所述远端结合基团受保护，并且所述方法包括在连接所述第二化学结构单元之前使所述第一化学结构单元的所述远端结合基团脱保护。
29.根据权利要求26至28中任一项所述的方法，其中所述方法包括使未共价连接至所述第二化学结构单元的所述第一化学结构单元的未反应的远端结合基团加帽。
30.根据权利要求25至29中任一项所述的方法，所述方法包括将另一化学结构单元附接至所述化学部分的所述末端位置处的所述化学结构单元。
31.根据权利要求30所述的方法，其中在所述末端位置处的...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于产生核酸编码的化合物的方法，所述方法包括以下步骤；
2.一种用于产生核酸编码的化学文库的方法，对于每个文库成员，所述方法包括以下步骤；
3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述新生成员的所述支架通过第一接头和第二接头连接至所述固体载体，并且所述方法还包括；
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述切割基团连接至所述化学部分或所述支架。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述切割基团共价连接至所述化学部分的末端化学结构单元。
6.根据权利要求4所述的方法，其中所述切割基团通过包括以下的方法连接至所述化学部分或支架；
7.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述切割基团连接至所述编码核酸部分。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述切割基团通过包括以下的方法连接至所述编码核酸部分；
9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述接头在与所述切割基团反应之前被激活。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述切割基团在与所述接头反应之前被激活。
11.一种用于产生核酸编码的化合物的方法，所述方法包括；
12.一种用于产生核酸编码的化学文库的方法，对于每个文库成员，所述方法包括以下步骤；
13.根据权利要求11和权利要求12所述的方法，其中所述第二接头连接所述固体载体与所述支架或所述核酸部分。
14.根据权利要求2至13中任一项所述的方法，其中所述核酸编码的化学文库通过包括以下步骤的方法产生；
15.根据权利要求14所述的方法，其中所连接的所述化学结构单元和所述编码寡核苷酸对于不同区室中的成员或中间体是不同的。
16.一种方法，所述方法包括重复如权利要求14或15所述的步骤一次或多次。
17.根据权利要求11至16中任一项所述的方法，其中所述第一接头和所述第二接头是正交可切割的。
18.根据权利要求11至17中任一项所述的方法，其中所述第一接头和/或所述第二接头在切割前被激活。
19.根据权利要求1至18中任一项所述的方法，其中所述化学结构单元顺序地连接至所述新生成员以形成所述化学部分。
20.根据权利要求1至19中任一项所述的方法，其中包括将第一化学结构单元共价连接至所述支架。
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述支架包含捕获基团，并且所述方法包括使第一化学结构单元与所述捕获基团反应以将所述第一化学结构单元共价连接至所述支架。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一化学结构单元包含近端结合基团，并且所述方法包括使所述近端结合基团与所述支架的所述捕获基团反应以将所述第一化学结构单元共价连接至所述支架。
23.根据权利要求21或权利要求22所述的方法，其中所述捕获基团受保护，并且所述方法包括在连接所述化学部分的所述第一化学结构单元之前使所述支架的所述捕获基团脱保护。
24.根据权利要求21至23中任一项所述的方法，其中所述方法包括使未共价连接至所述第一化学结构单元的未反应的捕获基团加帽。
25.根据权利要求20至24中任一项所述的方法，所述方法包括将第二化学结构单元共价连接至所述第一化学结构单元以形成在末端位置具有所述第二化学结构单元的化学部分。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述第一化学结构单元包含远端结合基团，并且所述方法包括使所述第二化学结构单元与所述第一化学结构单元的所述远端结合基团反应以将所述第二化学结构单元共价连接至所述第一化学结构单元。
27.根据权利要求26所述的方法，其中所述第二化学结构单元包含近端结合基团，并且所述方法包括使所述第二化学结构单元的所述近端结合基团与所述第一化学结构单元的所述远端结合基团反应以将所述第二化学结构单元共价连接至所述第一化学结构单元。
28.根据权利要求26或权利要求27所述的方法，其中所述第一化学结构单元的所述远端结合基团受保护，并且所述方法包括在连接所述第二化学结构单元之前使所述第一化学结构单元的所述远端结合基团脱保护。<...
【专利技术属性】
技术研发人员：达里奥·奈里，约尔格·谢尔曼，米歇尔·凯勒，迪米塔尔·佩特罗夫，昂达雄一，加布里埃尔·巴斯西，
申请(专利权)人：约尔格·谢尔曼，
类型：发明
国别省市：
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