分离的阿尔兹海默症的生物标志物及其用途和检测方法技术

本发明专利技术提出了一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物及其用途和检测方法；所述生物标志物具有位于

【技术实现步骤摘要】
分离的阿尔兹海默症的生物标志物及其用途和检测方法


[0001]本专利技术涉及生物
，尤其涉及一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物及其用途和检测方法
。

技术介绍

[0002]阿尔兹海默症
(Alzheimer Disease
，
AD)
是一种进行性发展的中枢神经系统退行性变性疾病，是老龄人口中最常见的一种痴呆症类型
。
阿尔兹海默症患者通常表现出渐进性记忆障碍及认知功能下降，并且逐渐丧失日常生活能力，严重影响老年人的生活质量，已经成为了全球性的健康问题
。
[0003]阿尔兹海默症的风险预测与早期诊断对阿尔兹海默症的医学干预十分重要
。
遗传学研究表明阿尔兹海默症发病很大程度上受遗传因子的影响，其遗传力大约为
70
％
‑
80
％
。
因此，通过分析遗传突变可以在早期对阿尔兹海默症患病风险进行预测
。
全基因组关联性分析已经成功地发现了位于
70
多个基因座上的遗传突变会增加阿尔兹海默症风险
。
但是，大多数已知的阿尔兹海默症风险遗传突变都是在欧洲人群中发现的，这些遗传突变是否也会增加中国人的患病风险还尚未清楚，所以也无法直接用于风险预测
。
因此，在中国人群中研究并发现与阿尔兹海默症风险相关的遗传突变，有助于早期预测中国人阿尔兹海默症发病风险，提高诊断准确性
。

技术实现思路

[0004]本专利技术针对上述技术问题，提出了一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物及其用途和检测方法
。
[0005]本专利技术提出以下技术方案：
[0006]本专利技术提出了一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物，具有位于
BIN1
基因内含子的遗传突变
rs2071267、rs79706084
与
rs17014926。
[0007]本专利技术还提出了一种如上所述的生物标志物的用途，用于预测测试受试者发展阿尔兹海默症的风险
。
[0008]本专利技术还提出了一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物的检测方法，包括以下步骤：
[0009]步骤
1、
招募阿尔兹海默症患者和健康志愿者作为测试受试者；
[0010]步骤
2、
提取测试受试者的基因组
DNA
，再使用
Illumina NovaSeq 6000 测序平台对测试受试者的基因组
DNA
进行全基因组
150bp
双端测序，得到测序数据；
[0011]步骤
3、
采用
bwa
‑
mem
软件对测序数据进行序列比对至人类基因组上，将比对好的序列使用
gatk
软件进行单核苷酸多态性检测，最终得到全基因组的基因型；
[0012]步骤
4、
使用
bigsnpr
软件对全基因组进行主成分分析，随后使用
PLINKv1.9 软件对全基因组的每一个基因型与阿尔兹海默症进行逻辑回归；
[0013]步骤
5、
使用了以下规则来筛选出阿尔兹海默症的生物标志物：
1)
位于 BIN1
基因；
2)
基因型与阿尔兹海默症显著相关，即
P<0.05
；
3)
位于编码区或者位于非编码区且处于位于转录因子结合位点与转录调控顺式作用元件之中
。
[0014]本专利技术的分离的阿尔兹海默症的生物标志物及其用途和检测方法通过检测三个与阿尔兹海默症发病风险相关的
BIN1
基因的遗传突变的基因型，对阿尔兹海默症发病风险进行预测，具有检测精确度高
、
方便快捷以及安全无创的特点，对阿尔兹海默症的风险预测与辅助诊断具有重要的临床指导意义
。
具体实施方式
[0015]为了使得专利技术的技术方案
、
技术目的以及技术效果更为清楚，以使得本领域技术人员能够理解和实施本专利技术，下面将结合具体实施例对本专利技术做进一步详细的描述
。
[0016]本专利技术提出了一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物，具有位于
BIN1
基因内含子的遗传突变
rs2071267、rs79706084
与
rs17014926。
[0017]具体来说，上述生物标志物为一组与中国人群阿尔兹海默症发病风险相关的遗传位点突变：位于
BIN1
基因内含子的遗传突变
rs2071267、rs79706084 与
rs17014926。
[0018]遗传突变的检测基于
Illumina NovaSeq 6000
测序平台的基于全基因组测序数据分析得出
。
通过对全基因组测序数据的数据清洗，序列比对，单核苷酸多态性检测等生物信息学方法，可以得到阿尔兹海默症风险相关遗传突变的基因型，进而预测阿尔兹海默症发病风险
。
[0019]具体操作步骤如下：
[0020]我们在香港威尔士亲王医院招募了
431
名阿尔兹海默症患者与
782
名健康对照组
(NC)
，对于每一位待检测人，我们抽取
3ml
血液置入
K3EDTA
管中，置于
4℃
进行
2000g 15
分钟的离心
。
接下来取
420uL
底部细胞颗粒用 QIAsymphony DSP DNA Midi Kit(QIAGEN)
提取基因组
DNA。
用
100uLElution Buffer ATE(QIAGEN)
稀释提取完毕的基因组
DNA。
稀释好的基因组 DNA
将用于建立基因文库并使用
Illumina NovaSeq 6000
测序平台进行全基因组
150bp
双端测序
。
测序数据将先用
fastp
进行质量检测，接头去除，以及数据筛选
。
经过清洗的测序数据将用
bwa
‑
mem
软件进行序列比对至人类基因组上
。
最后，对比对好的序列使用
gatk
软件进行单核苷酸多态性检测，最终可得到整个基因组的基因型
。
[0021]对于基因型与阿尔兹海默症的关联性分析，我们使用了
bigsnpr
软件对全基因组进行主成分分析来控制群体分层
(population stratification)
，随后使本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物，其特征在于，具有位于
BIN1
基因内含子的遗传突变
rs2071267、rs79706084
与
rs17014926。2.
一种如权利要求1所述的生物标志物的用途，其特征在于，用于预测测试受试者发展阿尔兹海默症的风险
。3.
一种分离的阿尔兹海默症的生物标志物的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤
1、
招募阿尔兹海默症患者和健康志愿者作为测试受试者；步骤
2、
提取测试受试者的基因组
DNA
，再使用
Illumina NovaSeq 6000
测序平台对测试受试者的基因组
DNA
进行全基因组
150bp
双端测序，得到测序数据；步骤
3、

【专利技术属性】
技术研发人员：曹瀚，周晓璞，叶翠芬，傅洁瑜，叶玉如，
申请(专利权)人：香港科技大学深圳研究院，
类型：发明
国别省市：