用于确定抑制多种微生物样品生长的组合物的适宜性的方法和系统技术方案

用于鉴定和提供关于抑制多种微生物感染生长的信息的方法，包括但不限于提供关于使用特定组合物或治疗方案成功抑制多种微生物感染生长的可能性的统计数据或信息

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于确定抑制多种微生物样品生长的组合物的适宜性的方法和系统
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求
2021
年2月
17
日提交的美国专利申请号
17/178,091、2021
年4月
14
日提交的
PCT
申请号
PCT/US21/27336、2021
年6月1日提交的美国专利申请号
17/335,767、2021
年6月1日提交的美国临时申请号
63/195,502
和
2021
年
10
月1日提交的美国临时申请号
63/251,433
的优先权，其说明书通过引用整体并入本文
。
[0003]专利技术的背景


[0004]本申请涉及用于鉴定多种微生物样品
(
例如多种微生物感染
)
的方法和系统，以及确定一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品生长的适宜性的方法，例如，提供与使用一种或多种组合物抑制多种微生物样品生长成功可能性相关的信息
。
本申请还描述了向用户提供关于多种微生物样品的信息的方法，例如但不限于关于用于抑制多种微生物样品生长的组合物的适宜性的信息
。

技术介绍

[0005]传染病可影响多个器官系统，并造成显着的发病率
、
死亡率和经济影响
。
感染原通常表现为复杂的多种微生物感染，而不是单一病原体感染
。
在体内，这些多种微生物感染通过各种相互作用相互配合，既改变了生物体易感的抗生素类型，又改变了治疗感染所需的抗生素水平以及单个病原体的毒力
。
[0006]本申请描述了用于确定一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品生长的适宜性的方法，例如，与使用一种或多种组合物抑制多种微生物样品生长成功可能性相关的信息
。
本申请还描述了提供与一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品生长的适宜性相关的信息的方法
。
[0007]本专利技术描述了检测和鉴定细菌的非培养方法，例如基于多重
PCR
的方法
(
基于
DNA)(M
‑
PCR)。
例如，
M
‑
PCR
不需要生长并且靶向尿路致病菌种
。M
‑
PCR
提供与培养物相当的半定量信息，并以例如
<9999
个细胞
/mL、10000
至
49999
个细胞
/mL、50000
至
99999
个细胞
/mL
和
>100000
个细胞
/mL
等范围呈现
。
同样，细胞的数量
/mL
与
CFU
的数量相当
。
通过
M
‑
PCR
鉴定的绝大多数尿路病原体的浓度
>100000
个细胞
/mL
，这表明检测并不是由于
PCR
的灵敏度增加所致；相反，这是由于
SUC
无法检测到细菌
。
不可培养生物体的浓度与可培养生物体的浓度相当
。
在一项针对有症状患者的大型前瞻性试验中，发现通过
M
‑
PCR
检测到的这些尿路病原体与症状有关
。
[0008]本专利技术还描述了混合抗生素敏感性测试
(P
‑
AST)(
美国专利号
10,160,991
，其说明书通过引用整体并入本文
)
，其涉及在抗生素存在的情况下同时培养所有检测到的细菌，然后测量敏感性
。
因此，
P
‑
AST
考虑了共生细菌物种之间的相互作用，并且可以作为抗生素敏感性的更准确的预测因子
。
[0009]本专利技术还描述了基因型抗生素抗性
(ABR)
测试，其中测试多种微生物感染的细菌的特定遗传标记
。
应用多种微生物感染对特定抗生素产生抗性的几率来确定适当的治疗方案
。
[0010]本专利技术描述了所述方法和系统用于鉴定尿液中的多种微生物感染的用途
、
鉴定或提供治疗所述尿液中的多种微生物感染的治疗方案的用途
。
例如，本专利技术提供了允许快速鉴定
UTI
的方法和系统以及快速鉴定用于
UTI
治疗方案的方法和系统
。
本专利技术不限于与尿液相关的多种微生物感染
。

技术实现思路

[0011]本文公开了确定一种或多种组合物用于抑制多种微生物样品中生物体生长的适宜性的方法，例如，提供与用一种或多种组合物成功抑制多种微生物样品生长的可能性相关的信息
。
本申请还描述了向用户提供关于多种微生物样品的信息的方法，例如但不限于关于用于抑制多种微生物样品生长的组合物的适宜性的信息
(
例如，关于用特定组合物或治疗方案成功抑制多种微生物感染生长的可能性的统计或信息等
)。
本专利技术还描述了用于向用户提供所述信息的文档
、
演示文稿或其他媒体
。
[0012]本专利技术的特征还在于用于检测和鉴定多种微生物样品
(
例如，多种微生物感染
)
的生物体的方法，用于确定样品中多种微生物样品
(
例如，多种微生物感染
)
对抗生素或其他治疗剂的敏感性或抗性的表型混合敏感性试验，以及抗性基因
(
例如可能指示对特定治疗的抗性的遗传标记
)
的鉴定
。
总之，这些数据可以应用于特定已知的多种微生物样品
(
例如，多种微生物感染
)
的抗生素
/
治疗敏感性或抗性数据库，以便提供与多种微生物样品
(
例如，多种微生物感染
)
的一种或多种治疗方案成功可能性相关的信息
。
本专利技术的特征还在于用于鉴定多种微生物感染和鉴定或提供多种微生物感染的治疗方案的方法和系统
。
本专利技术的特征还在于用于治疗多种微生物感染的方法和系统
。
[0013]本文的方法的特征在于：
(1)
检测和鉴定多种微生物感染的生物体
(
例如，细菌或其他感染原
)
，
(2)
进行混合抗生素敏感性试验，用于确定样品中多种微生物感染对抗生素或其他治疗剂的敏感性或抗性，以及...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】glabrata)、
近平滑念珠菌
(Candida parapsilosis)、
热带念珠菌
(Candida tropicalis)、
衣原体
(Chlamydia)、
弗氏柠檬酸杆菌
(Citrobacter freundii)、
克氏柠檬酸杆菌
(Citrobacter koseri)、
艰难梭菌
(Clostridium difficile)、
里氏棒状杆菌
(Corynebacterium riegelii)、
产气克雷伯菌
(Klebsiella aerogenes)、
粪肠球菌
(Enterococcus faecalis)、
大肠杆菌
(Escherichia coli)、
产酸克雷伯菌
(Klebsiella oxytoca)、
肺炎克雷伯菌
(Klebsiella pneumoniae)、
摩氏根氏菌
(Morganella morganii)、
结核分枝杆菌
(Mycobacterium tuberculosis)、
生殖支原体
(Mycoplasma genitalium)、
人型支原体
(Mycoplasma hominis)、
淋病奈瑟菌
(Neisseria gonorrhea)、
成团泛菌
(Pantoea agglomerans)、
奇异变形杆菌
(Proteus mirabilis)、
斯氏普罗威登斯菌
(Providencia stuartii)、
铜绿假单胞菌
(Pseudomonas aeruginosa)、
粘质沙雷氏菌
(Serratia marcescens)、
金黄色葡萄球菌
(Staphylococcus aureus)、
凝固酶阴性葡萄球菌
(coagulase
‑
negative Staphylococcus)、
无乳链球菌
(Streptococcus agalactiae)、
化脓性链球菌
(Streptococcus pyogenes)、
草绿色链球菌
(Viridans Group Streptococcus)、
阴道毛滴虫
(Trichomonas vaginalis)、
解脲支原体
(Ureaplasma urealyticum)、HHV
‑
6、HHV
‑
7、BK
病毒
、JC
病毒
、HSV 1&2、
腺病毒或
CMV。11.
根据权利要求1所述的方法，其中用于抑制多种微生物样品中生物体生长的组合物是以下之一或其组合：青霉素
、
四环素
、
头孢菌素
、
喹诺酮类
、
林可霉素
、
大环内酯类
、
磺胺类
、
糖肽类抗生素
、
氨基糖苷类
、
碳青霉烯类
、
安沙霉素
、
安那霉素
、
脂肽
、
磷霉素
、
单环
β
‑
内酰胺类
、
硝基呋喃
、
恶唑烷酮
、
两性霉素
B、
艾沙康唑
、
伊曲康唑
、
米卡芬净
、
泊沙康唑
、
伏立康唑
、
西多福韦
、
阿糖腺苷
、
磷甲酸
、
阿昔洛韦
、
伐昔洛韦或其组合
。12.
根据权利要求1所述的方法，其中所述生物体是细菌
、
病毒
、
真菌
、
原生动物或其组合
。13.
根据权利要求1所述的方法，其中所述样品包括尿液
、
血液
、
血浆
、
脑脊液
、
唾液
、
痰液
、
肺灌洗液
、
阴道分泌物
、
伤口灌洗液
、
活检组织
、
伤口拭子
、
直肠拭子
、
鼻拭子
、
组织
、
粪便
、
精子样品
、
精液样品或前列腺液
。14.
向用户提供关于多种微生物样品的信息的方法，所述信息包括至少一种预测抑制多种微生物样品中生物体生长的组合物，所述方法包括以任意顺序或同时：
a.
对所述样品的一部分进行基因鉴定测试，以检测和鉴定多种微生物样品中的一种或多种生物体；
b.
对所述样品的一部分进行遗传抗性标记测试以检测和鉴定样品中的一种或多种生物体中的一种或多种抗性基因，所述抗性基因赋予对一种或多种治疗剂的抗性；
c.
对所述样品的一部分进行混合表型抗生素抗性测试，其中表型抗生素抗性测试进行以下任一或两者：
(i)
鉴定多种微生物感染对其具有抗性的一种或多种治疗剂，和
/
或
(ii)
鉴定一种或多种对多种微生物感染敏感的治疗剂，其中在表型抗生素抗性测试之前未首先分离样品中的多种微生物感染的一种或多种生物体；
d.
将
(a)、(b)
和
(c)
的测试结果应用于一组预定的阈值，以确定至少一种组合物用于在多种微生物样品中抑制生物体生长，所述阈值包括其中抗生素或治疗剂在多种微生物感染中有效抑制生物体生长的数据库；
e.
向用户提供
(d)
中的至少一种组合物，其中所述至少一种组合物是预测抑制多种微
生物样品中生物体生长的至少一种组合物
。15.
根据权利要求
14
所述的方法，还包括向所述用户提供数据集，所述数据集包括选自以下的一个或多个数据点：
(i)
表型抗生素抗性测试的结果，
(ii)
基因鉴定测试的结果，
(iii)
遗传抗性标记测试的结果，
(iv)
预计多种微生物感染对其具有增加的抗性的治疗剂，
(v)
预计多种微生物感染对其具有降低的抗性的治疗剂，
(vi)
建议的治疗剂，以及
(vii)
建议的治疗剂的制剂
。16.
根据权利要求
14
所述的方法，其中所述基因鉴定测试包括
PCR、
荧光原位杂交
(FISH)、
培养
、
质谱
、
电化学生物传感
、
流式细胞术
、
自动生化鉴定或其组合
。17.
根据权利要求
14
所述的方法，其中遗传抗性标记测试包括
PCR
或测序
。18.
根据权利要求
14
所述的方法，其中所述混合表型抗生素抗性测试包括将所述样品的一部分的级分引入到一个或多个培养基样品中，每个培养基样品包含治疗剂，将所述培养基样品与所述级分一起孵育，并且随后在孵育后测量培养基样品中的生物体的活力
。19.
根据权利要求
18
所述的方法，其中所述培养基样品位于试管
、
培养板孔
、
琼脂板或显微镜载玻片中
。20.
根据权利要求
18
所述的方法，其中所述生物体的活力通过光密度
(OD)、
荧光或化学发光来测量
。21.
根据权利要求
14
所述的方法，其中所述数据库包括多个不同多种微生物样品的表型抗生素抗性测试
、
遗传抗性标记测试的结果的汇编
。22.
根据权利要求
14
所述的方法，其中所述一种或多种抗性基因是
ErmA+ErmB、TEM、CTX
‑
M
组
1、SHV、VEB、OXA
‑
1、CTX
‑
M
组
2、CTX
‑
M
组
9、CTX
‑
M
组
8/25、PER
‑
1、PER
‑
2、GES、blaNDM
‑
1、VIM、KPC、IMP
‑2组
、IMP
‑1组
、OXA
‑
23、IMP
‑
16、IMP
‑
7、OXA
‑
72、OXA
‑
40、OXA
‑
58、OXA
‑
48、NDM、blaOXA
‑
48、QnrA、QnrB、mecA、ampC、FOX、ACC、DHA、MOX/CMY、BIL/LAT/CMY、vanA1、vanA2、vanB、vanC1
或
vanC2
‑
C3
‑
2。23.
根据权利要求
14
所述的方法，其中所述多种微生物感染的生物体是以下之一或其组合：鲍曼不动杆菌
(Acinetobacter baumannii)、
沙氏放线菌
(Actinotignum schaalii)、
尿气球菌
(Aerococcus urinae)、
尿气球菌
(Aerococcus urinae)、
广栖别样斯卡多维亚菌
(Alloscardovia omnicolens)、
白色念珠菌
(Candida albicans)、
光滑念珠菌
(Candida glabrata)、
近平滑念珠菌
(Candida parapsilosis)、
热带念珠菌
(Candida tropicalis)、
衣原体
(Chlamydia)、
弗氏柠檬酸杆菌
(Citrobacter freundii)、
克氏柠檬酸杆菌
(Citrobacter koseri)、
艰难梭菌
(Clostridium difficile)、
里氏棒状杆菌
(Corynebacterium riegelii)、
产气克雷伯菌
(Klebsiella aerogenes)、
粪肠球菌
(Enterococcus faecalis)、
大肠杆菌
(Escherichia coli)、
产酸克雷伯菌
(Klebsiella oxytoca)、
肺炎克雷伯菌
(Klebsiella pneumoniae)、
摩氏根氏菌
(Morganella morganii)、
结核分枝杆菌
(Mycobacterium tuberculosis)、
生殖支原体
(Mycoplasma genitalium)、
人型支原体
(Mycoplasma hominis)、
淋病奈瑟菌
(Neisseria ...

【专利技术属性】
技术研发人员：大卫，
申请(专利权)人：以诊断途径营业的，
类型：发明
国别省市：