使用蛋白质组图谱匹配分析组织样品的离体方法，及其用于病理学诊断技术

本发明专利技术涉及用于确定受试者中病理状况的参照蛋白质组图谱的计算机实施的方法，该方法包括以下步骤：

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】使用蛋白质组图谱匹配分析组织样品的离体方法
，
及其用于病理学诊断、预后和预测对治疗的应答的用途


[0001]本专利技术涉及用于确定受试者中病理状况的参照蛋白质组图谱的计算机实施的方法，以及涉及其在组织样品的离体分析中的用途，尤其是用于受试者中状况的诊断和管理
。
[0002]因此，本专利技术在医学领域，更具体地在诊断
、
预后和治疗诊断学领域中具有效用
。
[0003]在以下描述中，方括号
([])
中的参考文献是指位于文本末尾处的参考文献列表
。

技术介绍

[0004]尤其是对于肿瘤的病理学诊断和管理需要不同的临床专长
。
如今，医学成像已经取得了巨大的进步，并且在诊断和肿瘤预后方面提供了有效的结果
。
然而，主要的挑战之一通常仍然是确定肿瘤是否是恶性的
。
如果它是良性的，重要的是知道它是否仍然存在临床风险，包括恶性转化成癌症
。
如果鉴定出癌症，则必须获得最大的生物信息，以提出尽可能好的患者管理，更准确地说，适合肿瘤的治疗方法
。
[0005]活检是侵入性程序，其通常是建立诊断所需的第一个不可避免的步骤
。
活检的组织学分析是用于补充医学成像的诊断的基本工具
。
病理学家可以分析组织的形态学特征并且通过免疫组织化学
(IHC)
显现生物标志物表达以确定肿瘤的性质
。
如今，各种生物标志物目前可用于支持诊断和预后，并且治疗诊断学家和病理学家使用系列免疫染色来研究和评价越来越多的生物标志物的丰度
。
常规地对人样品进行其它分子方法，诸如
PCR(
聚合酶链式反应
)
和
FISH(
荧光原位杂交
)。
最近的技术进步现在使得可以从冷冻的并且甚至福尔马林固定的和石蜡包埋的
(FFPE)
组织进行非常先进的基因组分析
(
下一代测序
)
和转录组分析
(RNA
测序
)。
[0006]然而，考虑到遗传物质的降解，后者并不完全适合于这样的分析
。
这些分子分析可用于突变分析或用于检测常规护理样品中某些转录物的存在
。
然而，除了进行
IHC
分析之外，它们经常耗尽生物样品
。
在翻译的下游，蛋白质组分析允许提取关于疾病的功能状态的大量信息，从而直接鉴定和定量潜在的生物标志物蛋白
(Sala M
等人：“ASS1 Overexpression:A Hallmark of Sonic Hedgehog Hepatocellular Adenomas”.Recommendations for Clinical Practice.Hepatol.Commun.4,809
‑
824(2020)([1]))
和临床实践中可用的药理学靶标
(Gustafsson O
等人“P.Proteomic developments in the analysis of formalin
‑
fixed tissue”.Biochim.Biophys.Acta BBA
‑
Proteins Proteomics 1854,559
‑
580(2015)([2]))。
然而，迄今为止，蛋白质组学在诊断良性肿瘤与恶性肿瘤中是无效的
。
[0007]FFPE
组织蛋白质组的深入分析是现在通常用于翻译研究的技术
(Coscia F
等人“A streamlined mass spectrometry
‑
based proteomics workflow for largescale FFPE tissue analysis”.J.Pathol.251,100
‑
112(2020)([3])
；
Henriet E
等人“Argininosuccinate synthase 1(ASS1):A marker of unclassified hepatocellular adenoma and high bleeding risk”.Hepatol.Baltim.Md 66,2016
‑
2028(2017)([4]))。
FFPE
组织蛋白质组学与激光显微解剖已经组合以使得能够精确选择感兴趣的组织区域，并且该技术被优化用于与非常少量的材料
(
诸如针显微活检
)
的相容性
(Sala M
等人
([1]))。
实际上，
5pm
厚的
FFPE
切片的
1mm2面积足以比较病理性组织与健康组织中
1000
种蛋白质的蛋白质表达的失调
。
先前，在探索方法中使用该方法，已经鉴定了肝细胞腺瘤
(HCA)
的独特亚型的新诊断生物标志物
(Sala M
等人
([1])
；
Henriet E
等人
([4]))。
还已经显示，尤其是在小的肝活检中，当对
IHC
染色解释有疑问时，通过质谱法的
HCA
生物标志物定量事实上可能是诊断支持中有价值的补充信息
(Sala M
等人
([1]))。
[0008]组织蛋白质组学专家同意蛋白质组分析将在不久的将来整合外科病理学家领域
(Coscia F
等人
([3])
；
Ahmed M
等人“Next
‑
generation protein analysis in the pathology department”.J.Clin.Pathol.73,1
‑
6(2020)([5])
；
Jin P
等人“Pathology,proteomics and the pathway to personalised medicine”.Expert Rev.Proteomics.15,231
‑
243(2018)([6]))。
质谱法已经满足生物标志物鉴定的一些特定要求
。
然而，专家通常同意单个生物标志物决不是
100
％特异性的，并且不能足够用于诊断
、
预后或治疗诊断方法
。
[0009]因此，需要替代诊断工具，其允许患者管理和预测对治疗的应答以提高它们的效率
。
本专利技术满足这些需要和其本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.
一种用于确定受试者中病理状况的参照蛋白质组图谱的计算机实施的方法，所述方法包括以下步骤：
‑
对来自至少一个受试者的组织样品中鉴定的所有蛋白质的相对蛋白质丰度进行无标记定量，对于所述受试者先前已经建立了所述组织的病理状况的诊断，所述样品含有非病理性组织和病理性组织，
‑
通过计算每种蛋白质的所述病理性组织中所述蛋白质相对于所述非病理性组织中所述蛋白质的相对丰度的比率来确定所述样品的蛋白质组图谱，
‑
通过在至少两组受试者之间建立的统计检验来确定先前诊断的病理状况的参照蛋白质组图谱
。2.
根据权利要求1所述的方法，其中所述样品能够通过福尔马林固定的石蜡包埋的或冷冻的组织的宏观解剖或激光显微解剖来获得
。3.
根据权利要求1或2所述的方法，其中通过质谱法实现所述相对蛋白质丰度的所述无标记定量
。4.
根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述病理状况选自癌症
、
自身免疫疾病
、
血栓形成
、
炎性疾病
、
感染
、
移植或假体排斥或良性肿瘤
。5.
一种数据处理装置，所述数据处理装置包括用于进行根据权利要求1至4中任一项所述的方法的构件
。6.
一种用于分析受试者中可能是病理性的组织的离体方法，所述方法包括以下步骤：
‑
对来自所述受试者的组织样品中鉴定的所有蛋白质的相对蛋白质丰度进行无标记定量，所述样品含有非病理性组织和可能是病理性的组织，
‑
通过计算每种蛋白质的所述蛋白质在可能是病理性的所述组织中的相对量相对于所述蛋白质在所述非病理性组织中的量的相对丰度的比率来确定所述样品的所述蛋白质组图谱，
‑
计算所述样品的所述蛋白质组图谱与通过根据权利要求1至4中任一项所述的方法获得的至少一个参照蛋白质组图谱之间的相似性得分
。7.
根据权利要求6所述的离体方法，其中所述分析是可能是病理性的所述组织中蛋白质表达失调图谱相对于参照图谱的分析
。8.
一种诊断受试者中病状的离体方法，所述方法包括进行根据权利要求6或7所述的离体分析方法，其中来自所述受试者的样品的蛋白质组图谱与病状的参照蛋白质组图谱之间的相似性得分指示所述病状
。9.
一种组织...

【专利技术属性】
技术研发人员：弗雷德里克，
申请(专利权)人：法国国家健康与医学研究院波尔多大学中心医院，
类型：发明
国别省市：