一种内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定的芯片及应用制造技术

本发明专利技术涉及

【技术实现步骤摘要】
一种内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定的芯片及应用


[0001]本专利技术涉及
SNP
芯片
，尤其涉及一种内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定的芯片及应用
。

技术介绍

[0002]现有技术中，牛安然等基于
SNP
芯片鉴定杜洛克，大白猪等品种成分，证明可以利用
PCA
分析方法和群体遗传结构分析方法对核心群中的个体进行品种鉴定，以保证核心群执行纯种选育，为后续专门化品系和配套系的培育提供优良的种质资源
。
[0003]Tosser
等基于6个外国山羊品种共
97
个个体的
SNP
数据和参考山羊基因组
(CHIR_1.0)
，研发了首款
52K
中密度山羊
SNP
芯片，由于该芯片的设计数据不包含中国山羊品种，因此在用于国内的山羊经济性状选育
、
关联分析及种质资源鉴定存在一定的偏差
。
[0004]我国山羊遗传资源丰富，品种间也存在一定的差异性，目前多款山羊商业芯片已经问世，然而专门针对绒山羊遗传资源保护的芯片相对欠缺
。
目前用于绒山羊种质资源鉴定的芯片尚未报道，忽视内蒙古自治区绒山羊种群纯种个体的优良基因的保护会导致重要的遗传资源流失，因此对内蒙古自治区绒山羊不同品种的纯种个体进行保种十分重要
。
在保种过程中对绒山羊个体的血统成分进行验证是保种工作的重要步骤
。
专利技术内容
[0005]本专利技术提供一种内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定的芯片及应用，用以解决现有技术中没有专门针对绒山羊遗传资源保护的芯片
。
[0006]第一方面，本专利技术提供内蒙古自治区绒山羊
SNP
分子标记，由表1所示的
5002
个
SNP
分子标记组成
。
[0007]表
1 5002
个
SNP
分子标记信息
[0008][0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030][0031][0032][0033][0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040][0041][0042][0043][0044][0045][0046][0047][0048][0049][0050][0051][0052][0053][0054][0055]本专利技术所提供的上述
SNP
分子标记所参考的基因组是
ARS1.2
版本的基因组
。
[0056]第二方面，本专利技术提供用于检测上述的
SNP
分子标记的探针
。
[0057]第三方面，本专利技术还请提供了上述的探针在制备内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定
SNP
芯片中的应用
。
[0058]第四方面，本专利技术提供一种内蒙古自治区绒山羊
SNP
芯片，含有上述的探针
。
[0059]第五方面，本专利技术提供上述的
SNP
分子标记或上述的探针或上述的
SNP
芯片在内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定中的应用
。
本专利技术还提供上述的
SNP
分子标记或上述的探针或上述的
SNP
芯片在内蒙古自治区绒山羊种群聚类分析
、
或内蒙古自治区绒山羊亲缘关系分析中的应用
。
本专利技术提供上述的
SNP
分子标记或上述的探针或上述的
SNP
芯片在内蒙古自治区绒山羊连锁图谱构建和基因定位中的应用
。
本专利技术提供上述的
SNP
分子标记或上述的探针或上述的
SNP
芯片在内蒙古自治区绒山羊分子育种材料背景选择中的应用
。
本专利技术提供上述的
SNP
分子标记或上述的探针或上述的
SNP
芯片在构建内蒙古自治区绒山羊品种纯度鉴定中的应用
。
[0060]本专利技术的有益效果至少在于：
[0061](1)
本专利技术综合考虑
△
MAF
值最大
、Panel
探针容量
、
性染色体位点偏多以及位点检出率较差等问题，最终筛选保留
5002
个
SNPs
位点用于合成内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定芯片
。
[0062](2)
内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定芯片
Y
染色体没有目标位点分布，
X
染色体上位点分布最多，达到
557
个
。
各常染色体上位点数目分布不均匀，8号染色体上
SNP
位点分布最多，
28
号染色体上分布最少
。
[0063](3)
内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定芯片中大部分位点的最小等位基因频率为
0.2
～
0.5
之间，占到总位点数的
99.4
％，低于
0.2
的
SNP
位点仅有
28
个位点
。
[0064](4)
内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定芯片的大多数位点处于基因间区以及内含子区域，位于基因间区共有
3361
个
SNPs
，位于内含子区域共有
1442
个
SNPs
，二者占总位点数的
96.0
％，位于其它区间的位点仅占4％
。
附图说明
[0065]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图
。
[0066]图1是本专利技术实施例2中内蒙古自治区绒山羊不同品种的主成分分析图
。
[0067]图2是本专利技术实施例2中内蒙古自治区绒山羊不同品种的系统进化树
。
具体实施方式
[0068]为使本专利技术的目的
、
技术方案和优点更加清楚，下面将结合本专利技术中的附图，对本专利技术中的技术方案进行清楚
、
完整地描述，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例
。
基于本专利技术中的实施例，本领域本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
内蒙古自治区绒山羊品种鉴定的
SNP
分子标记，其特征在于，由表1所示的
5002
个
SNP
分子标记组成
。2.
用于检测权利要求1所述的
SNP
分子标记的探针
。3.
权利要求2所述的探针在制备内蒙古自治区绒山羊品种鉴定
SNP
芯片中的应用
。4.
一种内蒙古自治区绒山羊品种鉴定
SNP
芯片，其特征在于，含有权利要求2所述的探针
。5.
权利要求1所述的
SNP
分子标记或权利要求2所述的探针或权利要求4所述的
SNP
芯片在内蒙古自治区绒山羊种质资源鉴定中的应用
。6.
权利要求1所述的
SNP
分...

【专利技术属性】
技术研发人员：王志英，张涛，张燕军，苏蕊，王瑞军，吕琦，李亚明，刘一帆，周铂涵，
申请(专利权)人：内蒙古农业大学，
类型：发明
国别省市：