一个用于检测微卫星不稳定性的生物标志物组及其用途制造技术

本发明专利技术属于生物医药领域，具体涉及一个用于检测微卫星不稳定性的生物标志物组

【技术实现步骤摘要】
一个用于检测微卫星不稳定性的生物标志物组及其用途


[0001]本专利技术属于生物医药领域，具体涉及一个用于检测微卫星不稳定性的生物标志物组
、
用途
、
试剂盒
、
装置
、
系统
、
设备及计算机可读存储介质
。

技术介绍

[0002]微卫星不稳定性
(Micro
‑
Sattelite Instability
，即
MSI)
在几种癌症类型中普遍存在，
MSI
正在成为癌症免疫治疗的生物标志物，特别是在晚期实体瘤中，这已得到
FDA
的认可，
FDA
已批准使用
PD
‑
1/PD
‑
L1
抑制剂治疗
MSI
患者
(PD
‑
1Blockade in Tumors with Mismatch
‑
Repair Deficiency
，
2015)
，
MSI
‑
H
的肿瘤患者相较于
MSS/MSI
‑
L
的肿瘤患者具有更大的免疫治疗获益
(Assessment of Pembrolizumab Therapy for the Treatment of Microsatellite Instability
–
High Gastric or Gastroesophageal Junction Cancer Among Patients in the KEYNOTE
‑
059,KEYNOTE
‑
061,and KEYNOTE
‑
062Clinical Trials
，
2021)
，且具有更长的生存期
(Individual Patient Data Meta
‑
Analysis of the Value of Microsatellite Instability As a Biomarker in Gastric Cancer.Journal of Clinical Oncology
，
2019)。
[0003]目前
MSI
检测最常用的方法之一是聚合酶链反应
(PCR)
，它被认为是金标准
。
然而，
PCR
步骤较多操作复杂，且需要配对的癌旁组织作为对照，仅限于少数已知的微卫星位点作为标志，需要具有专业知识的专业人士操作解读才能达到高精度
。
因此，提供一种简单高效的
MSI
测定方法，区分
MSI
‑
H
和
MSI
‑
L/MSS
，对
MSI
‑
H
肿瘤早期诊断，指导肿瘤治疗和评估预后具有重要意义
。

技术实现思路

[0004]为弥补现有技术的不足，本专利技术提供了一个用于检测微卫星不稳定性的生物标志物组
、
用途
、
试剂盒
、
装置
、
系统
、
设备及计算机可读存储介质
。
[0005]为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0006]本专利技术的第一方面提供了一个用于检测肿瘤微卫星不稳定性的生物标志物组，所述生物标志物组为甲基化标志物和基因表达标志物的一种或多种组合，其中所述甲基化标志物包括基因
EPM2AIP1、MLH1、LNP1
和
/
或
TSC22D2
甲基化位点，所述表达标志物包括基因
RPL22L1
和
/
或
MSH4
表达产物，通过检测样本中所述甲基化标志物的甲基化信号值和检测样本中所述基因表达标志物的基因表达值来检测微卫星不稳定性
。
[0007]进一步，所述
EPM2AIP1
甲基化位点和
/
或所述
MLH1
甲基化位点优选包括
cg14598950
和
/
或
cg27331401
，所述
LNP1
甲基化位点优选包括
cg05428436
，所述
TSC22D2
甲基化位点优选包括
cg15048832。
[0008]进一步，所述肿瘤包括但不限于肾上腺皮质癌
、
膀胱癌
、
乳腺癌
、
宫颈鳞状细胞癌
、
胆管癌
、
结肠腺癌
、
弥漫大
B
细胞淋巴瘤
、
食管癌
、
胶质母细胞瘤
、
头颈鳞状细胞癌
、
肾嫌色细胞癌
、
肾细胞癌
、
肾嫌色细胞癌
、
低级胶质瘤
、
肝细胞癌
、
肺腺癌
、
肺鳞状细胞癌
、
间皮瘤
、
卵
巢浆液性囊腺癌
、
胰腺腺癌
、
嗜铬细胞瘤
、
前列腺腺癌
、
直肠腺癌
、
软组织肉瘤
、
皮肤黑色素瘤
、
胃腺癌
、
生殖细胞肿瘤
、
甲状腺癌
、
胸腺瘤
、
子宫内膜癌
、
子宫颈肉瘤
、
葡萄膜黑色素瘤，优选包括结肠腺癌
、
食管癌
、
直肠腺癌
、
胃腺癌
、
子宫内膜瘤
。
[0009]本专利技术的第二方面提供了一种用于检测本专利技术的第一方面中所述生物标志物组的试剂在制备用于检测肿瘤微卫星不稳定性的诊断试剂盒或检测装置中的应用
。
[0010]本专利技术的第三方面提供了一种用于检测肿瘤微卫星不稳定性的试剂盒，所述试剂盒包括用于检测本专利技术的第一方面中所述生物标志物组的试剂
。
[0011]本专利技术的第四方面提供了一种用于检测肿瘤微卫星不稳定性的检测装置，所述装置包括：
[0012]获取单元，用于获取待检测样本及对应的检测数据，所述检测数据包括本专利技术的第一方面中所述甲基化标志物的甲基化信号值和检测样本中所述基因表达标志物的基因表达值；
[0013]预测单元，所述预测单元包含已训练的机器学习模型，用于将所述检测数据输入至已训练的机器学习模本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.
一个用于检测肿瘤微卫星不稳定性的生物标志物组，其特征在于，所述生物标志物组为甲基化标志物和基因表达标志物的一种或多种组合，其中所述甲基化标志物包括基因
EPM2AIP1、MLH1、LNP1
和
/
或
TSC22D2
甲基化位点，所述表达标志物包括基因
RPL22L1
和
/
或
MSH4
表达产物，通过检测样本中所述甲基化标志物的甲基化信号值和检测样本中所述基因表达标志物的基因表达值来检测微卫星不稳定性
。2.
根据权利要求1中所述的用途，其特征在于，所述
EPM2AIP1
甲基化位点和
/
或所述
MLH1
甲基化位点优选包括
cg14598950
和
/
或
cg27331401
，所述
LNP1
甲基化位点优选包括
cg05428436
，所述
TSC22D2
甲基化位点优选包括
cg15048832。3.
根据权利要求1或2所述的用途，其特征在于，所述基因
RPL22L1
和
/
或
MSH4
表达产物包括但不限于蛋白质或
RNA
，所述样本为组织样本和
/
或体液样本，所述组织样本包括但不限于肿瘤组织或癌旁组织，所述体液样本包括但不限于血液
、
淋巴液
、
脑脊液或灌洗液
。4.
根据权利要求1至4任一所述的用途，其特征在于，所述肿瘤包括但不限于肾上腺皮质癌
、
膀胱癌
、
乳腺癌
、
宫颈鳞状细胞癌
、
胆管癌
、
结肠腺癌
、
弥漫大
B
细胞淋巴瘤
、
食管癌
、
胶质母细胞瘤
、
头颈鳞状细胞癌
、
肾嫌色细胞癌
、
肾细胞癌
、
肾嫌色细胞癌
、
低级胶质瘤
、
肝细胞癌
、
肺腺癌
、
肺鳞状细胞癌
、
间皮瘤
、
卵巢浆液性囊腺癌
、
胰腺腺癌
、
...

【专利技术属性】
技术研发人员：董庆洋，曹洋，吴瑾，张鹏程，刘颖，
申请(专利权)人：军事科学院军事医学研究院环境医学与作业医学研究所，
类型：发明
国别省市：