一种用于检测变形假单胞菌的PCR引物及试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及了一种用于检测变形假单胞菌的PCR引物，所述PCR引物包括包括SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。该引物对变形假单胞菌的鞭毛丝蛋白基因进行特异性扩增，可快速鉴定变形假单胞菌。可快速鉴定变形假单胞菌。可快速鉴定变形假单胞菌。

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测变形假单胞菌的PCR引物及试剂盒


[0001]本专利技术涉及检测领域，特别涉及了一种用于检测变形假单胞菌的PCR引物及试剂盒。

技术介绍

[0002]大黄鱼“内脏白点病”是近几年海水网箱养殖大黄鱼最常见的病害之一，也是目前危害最严重的大黄鱼细菌性疾病。引起大黄鱼“内脏白点病”的病原为变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)。
[0003]变形假单胞菌的鉴定通常是用生化鉴定，如API系统的生化鉴定。其次，常用的分子鉴定的方法是用通用引物扩增16s rRNA基因，并进行测序和同源比对。Izumi等通过分析9株变形假单胞菌(Pseudomonoas Plecoglossicida)和2株其他类假单胞菌的促旋酶(gyrase)B亚单位基因(gyrB)基因序列，设计了该区段的内外两套特异性引物PL
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G1F/PLG1R和PL
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G2F/PL
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G2R，做了肠道和肾脏样品的巢式PCR分析研究，证明了该方法可以快速检测出由变形假单胞菌引起的细菌性出血性腹水病。
[0004]鞭毛蛋白抗原表位具有高度种属特异性，可作为菌属识别标志，在分类鉴定等方面发挥重要的作用。鞭毛蛋白基因序列变异也被用于生成系统发育树。从假单胞菌中获得的鞭毛蛋白基因序列表明，该基因的中部区域在菌株之间具有高度的变异，而在fliC基因的两端的序列则高度保守，这使设计特异性的寡核苷酸引物成为可能。

技术实现思路

[0005]鉴于上述问题，本申请提供了一种通过设计特异性引物，对变形假单胞菌的鞭毛丝蛋白基因(fliC)进行特异性扩增，可快速鉴定变形假单胞菌。
[0006]鞭毛蛋白抗原表位具有高度种属特异性，可作为菌属识别标志，在分类鉴定等方面发挥重要的作用。鞭毛蛋白基因序列变异也被用于生成系统发育树。申请人研究了假单胞菌中获得的鞭毛丝蛋白基因序列，发现该基因的中部区域在菌株之间具有高度的变异，而在fliC基因的两端的序列则高度保守，进而设计了特异性的寡核苷酸引物，扩增鞭毛丝蛋白基因(fliC)。
[0007]本申请第一方面提供了一种用于检测变形假单胞菌的PCR引物，所述PCR引物包括包括SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。
[0008]区别于现有技术，上述技术方案提供了PCR特异性引物，对变形假单胞菌的鞭毛丝蛋白基因(fliC)进行特异性扩增，用于变形假单胞菌病原的快速鉴定。
[0009]进一步的，所述PCR引物用于扩增变形假单胞菌的鞭毛丝蛋白基因。
[0010]进一步的，PCR扩增反应条件为：95℃预变性5min；95℃变性30s，58℃退火40s，72℃延伸30s，共30个循环；72℃延伸10min。
[0011]本申请第二方面提供了一种检测变形假单胞菌的的PCR试剂盒，所述PCR试剂盒中含本申请第一方面所述的PCR引物。
[0012]进一步的，所述PCR试剂盒用于扩增变形假单胞菌的鞭毛丝蛋白基因。
[0013]进一步的，所述试剂盒的PCR扩增反应条件为：95℃预变性5min；95℃变性30s，58℃退火40s，72℃延伸30s，共30个循环；72℃延伸10min。
[0014]进一步的，所述PCR试剂盒用于菌落PCR。
[0015]本申请第三方面提供了本申请第二方面所述PCR试剂盒在检测鱼类细菌性出血性腹水病及内脏白点病的用途。
[0016]进一步的，所述鱼类包括大黄鱼。
[0017]上述
技术实现思路
相关记载仅是本申请技术方案的概述，为了让本领域普通技术人员能够更清楚地了解本申请的技术方案，进而可以依据说明书的文字记载的内容予以实施，并且为了让本申请的上述目的及其它目的、特征和优点能够更易于理解，以下结合本申请的具体实施方式及附图进行说明。
附图说明
[0018]附图仅用于示出本申请具体实施方式以及其他相关内容的原理、实现方式、应用、特点以及效果等，并不能认为是对本申请的限制。
[0019]在说明书附图中：
[0020]图1为变形假单胞菌与参考菌株的pfliC
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F区段序列的比对结果；(矩形方框内为变形假单胞菌菌株序列)
[0021]图2为变形假单胞菌与参考菌株的pfliC
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R区段序列的比对结果；(矩形方框内为变形假单胞菌菌株序列)
[0022]图3为变形假单胞菌的fliC基因特异性引物的扩增。M：DL2000 DNA marker 1
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9：变形假单胞菌菌株H2013032002，H2014050403，H2015122403，H2016040803，H2017050402，H2019040302，H2021031102，H2022053003，ATCC700383 10：恶臭假单胞菌ATCC12633 11：铜绿假单胞菌ATCC2785312：荧光假单胞菌BNCC335852 13：腐败假单胞菌BNCC354297 14：门多萨假单胞菌BNCC186287 15：副溶血弧菌Wvp2040428 16：创伤弧菌FJ03
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X2 17：溶藻弧菌JSH20191029051 18：哈维氏弧菌H2020111002 19：沙门氏菌20：大肠杆菌21：迟缓爱德华氏菌ET080923 22：米尔伊丽莎白菌LJW20201014103 23：美人鱼发光杆菌H20211105031 24：链球菌
具体实施方式
[0023]为详细说明本申请可能的应用场景，技术原理，可实施的具体方案，能实现目的与效果等，以下结合所列举的具体实施例并配合附图详予说明。本文所记载的实施例仅用于更加清楚地说明本申请的技术方案，因此只作为示例，而不能以此来限制本申请的保护范围。
[0024]在本文中提及“实施例”意味着，结合实施例描述的特定特征、结构或特性可以包含在本申请的至少一个实施例中。在说明书中各个位置出现的“实施例”一词并不一定指代相同的实施例，亦不特别限定其与其它实施例之间的独立性或关联性。原则上，在本申请中，只要不存在技术矛盾或冲突，各实施例中所提到的各项技术特征均可以以任意方式进行组合，以形成相应的可实施的技术方案。
[0025]除非另有定义，本文所使用的技术术语的含义与本申请所属
的技术人员通常理解的含义相同；本文中对相关术语的使用只是为了描述具体的实施例，而不是旨在限制本申请。
[0026]在本申请的描述中，用语“和/或”是一种用于描述对象之间逻辑关系的表述，表示可以存在三种关系，例如A和/或B，表示：存在A，存在B，以及同时存在A和B这三种情况。另外，本文中字符“/”一般表示前后关联对象是一种“或”的逻辑关系。
[0027]在本申请中，诸如“第一”和“第二”之类的用语仅仅用来将一个实体或者操作与另一个实体或操作区分开来，而不一定要求或者暗示这些实体或操作之间存在任何实际的数量、主次或顺序等本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测变形假单胞菌的PCR引物，其特征在于，所述PCR引物包括包括SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的PCR引物，其特征在于，所述PCR引物用于扩增变形假单胞菌的鞭毛丝蛋白基因。3.根据权利要求1所述的PCR引物，其特征在于，PCR扩增反应条件为：95℃预变性5min；95℃变性30s，58℃退火40s，72℃延伸30s，共30个循环；72℃延伸10min。4.一种检测变形假单胞菌的的PCR试剂盒，其特征在于，所述PCR试剂盒中含有权利要求1所述的PCR引物。5.根据权利要求4所述的PCR试剂盒，其特征在于，所述PC...

【专利技术属性】
技术研发人员：林能锋，曾红，许斌福，池洪树，龚晖，
申请(专利权)人：福建省农业科学院生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：