原位生成的RCA产物的非原位测序制造技术

本发明专利技术涉及从包含RNA或c

【技术实现步骤摘要】
原位生成的RCA产物的非原位测序


[0001]本专利技术涉及由环状或挂锁探针在组织切片上产生的滚环扩增(RCA)产物的回收、提取和测序，所述探针与原位表达的mRNA的靶向区域杂交，并与或不与感兴趣的逆转录的靶向区域连接，所述靶向区域可以包括核苷酸改变/变异或感兴趣的其他任何序列。

技术介绍

[0002]已经证明了挂锁寡核苷酸在聚合已与其杂交的核酸的较短部分方面是非常成功的。大多数挂锁方法始于将目标逆转录成cDNA。
[0003]例如，如下公开了挂锁方法：Lee等人的“Highly multiplexed subcellular RNA sequencingin situ”，Science，2014年3月21日；343(6177)：1360
‑
1363，doi:10.1126/science.1250212；或者Nils Schneider和Matthias Meier的“Efficient In Situ Detection of mRNAs using the Chlorella virus DNAligase fo本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种方法，该方法用于从包含至少一条RNA或c
‑
DNA链的组织中获得靶序列的序列信息，所述方法包括以下步骤：a.提供至少一个第一寡核苷酸，其包含50
‑
1000个具有5'端和3'端的核酸；b.将所述第一寡核苷酸的5'端和3'端与所述至少一条RNA或c
‑
DNA链的互补部分杂交；c.将杂交的第一寡核苷酸的3'端和5'端彼此结合，从而获得第一单链环状模板；d.将所述第一单链环状模板通过能够滚环扩增的聚合酶倍增为多个串联体，从而获得初级圆形克隆；e.从样品中去除所述初级圆形克隆；f.将所述初级圆形克隆片段化为多个第二寡核苷酸，并在所述第二寡核苷酸的3'端和5'端处杂交第一PCR引物和第二PCR引物，从而获得第三寡核苷酸；g.将所述第三寡核苷酸通过能够进行聚合物链式反应(PCR)的聚合酶进行倍增；h.将倍增的第三寡核苷酸的第一PCR引物与第二PCR引物连接，从而获得第二单链环状模板；i.将所述第二单链环状模板通过能够滚环扩增的聚合酶倍增为多个串联体，从而获得次级圆形克隆；和j.确定所述次级圆形克隆的序列，从而获得靶序列的序列信息。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将所述第一寡核苷酸的5'端和3'端与所述至少一条RNA或c
‑
DNA链的互补部分相邻杂交，从而通过将所述第一核苷酸的5'端和3'端彼此直接连接而获得所述第一单链环状模板。3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，将所述第一寡核苷...

【专利技术属性】
技术研发人员：S，
申请(专利权)人：美天施生物科技有限两合公司，
类型：发明
国别省市：