一种南美白对虾SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术提供了一种南美白对虾SNP分子标记，包括有与对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3

【技术实现步骤摘要】
一种南美白对虾SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及水产动物分子标记辅助育种领域，具体而言，涉及一种南美白对虾SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]南美白对虾是养殖产量最大的对虾品种，也是水产贸易中单一品种产值最高的水产养殖动物。
[0003]随着养殖规模的扩大和养殖的精细化，对于优质苗种的需求日益增加，其中体重性状是养殖业最为关心的经济性状。在过去的近20年中，基于传统数量学的遗传育种方法已经对体重等生长性状进行了系统选育，并取得了较好的进展。相对于传统育种，分子标记辅助育种具有选择准确率高、可以进行早期选择并可实现性状聚合等优势，目前已经在畜禽类和作物中实现了产业化应用。因此发掘南美白对虾与体重性状相关的分子标记，建立体重性状分子标记辅助育种技术，对于加快南美白对虾遗传选育进展，培育高产对虾新品种具有重要意义。
[0004]SNP标记作为第三代的分子标记，具有在基因组中分布广、适合高通量分型，并可直接影响动植物性状的特点。随着高通量分型技术的发展，SNP标记在动植物育种中开始广泛应用。本专利技术旨在通过全基因组关联分析，发掘南美白对虾基因组中与体重性状显著相关的SNP标记，并通过应用该标记建立一种用于南美白对虾体重性状分子标记辅助选育的方法。

技术实现思路

[0005]为了弥补以上不足，本专利技术提供了一种南美白对虾SNP分子标记及其应用，旨在通过全基因组关联分析，发掘南美白对虾基因组中与体重性状显著相关的SNP标记。
[0006]本专利技术是这样实现的：一种南美白对虾SNP分子标记，包括有与对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3
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G/C，所述SNP标记LvG3
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G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的碱基为G或C，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处碱基的生长性状关系C>G，所述生长性状为体重；所述对虾基因组序列SEQIDLvG3具有序列表中SEQIDNO.1的脱氧核糖核酸（DNA）序列；所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的碱基序列：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAAAAAACGAAGACGATGGAAGATGAAAAGAGAGATGTACATAGCCGAGGAAAGGCGGAGGAGGAGGAGGAGATGGCGCACCTTCGAATGGTAATTACCTGTTCTGAGGAGGGTTACCGGTACTCCCAGATCCAACTCCCGGTAATTGGATACTCCC[G/C]GTTGGTCACTCCAACTCCCTACCTGGTATTTAAGTCCGGTGGTCTGCGGGGTTTATCGTGGTATTTATCGGGTATTTCTTGGCCGGACTCATCTT。
[0007]在本专利技术的一种实施例中，所述生长性状的体重基因组合为CC、GC、GG，且基因组
合为CC纯合的对虾在同等养殖条件下体重显著高于基因组合为GG纯合的对虾体重和基因组合为GC杂合的对虾体重。
[0008]在本专利技术的一种实施例中，所述基因组合CC纯合为体重性状优势基因型，即基因组合CC纯合的表现性状大于基因组合为GC杂合的表现性状大于基因组合为GG纯合的表现性状。
[0009]在本专利技术的一种实施例中，所述SNP标记LvG3
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G/C的引物包括有上游序列LvG3F和下游引物LvG3R；所述上游序列LvG3F：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAA；所述下游引物LvG3R：AAGATGAGTCCGGCCAAGAA。
[0010]在本专利技术的一种实施例中，对虾体重性状分子标记辅助选育的方法，且对虾体重性状分子标记辅助选育方法的步骤如下：S1、提取对虾核心群体中个体组织的基因组DNA；S2、利用上游序列LvG3F和下游引物LvG3R对扩增对虾个体的DNA序列；S3、使用上游序列LvG3F的引物对扩增产物进行Sanger测序；S4、根据测序峰图对生长性状的体重基因组合位点进行SNP分型；S5、SNP标记LvG3
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G/C的检测位点位于扩增序列的SEQIDLvG3序列177bp处位置，为G到C的突变；S6、检测位点标记的体重性状优势基因型为CC纯合，选择CC纯合型的个体进行留种，并进行交配产生下一代育种群体。
[0011]在本专利技术的一种实施例中，所述S1对育种材料的DNA提取方法如下：S101、针对核心育种群的个体，对每尾个体剪取一条游泳足；S102、使用动物基因组DNA提取试剂盒提取每个个体的DNA，并检测DNA浓度和质量。
[0012]在本专利技术的一种实施例中，所述S2中的扩增体系为：DNA模板1μl（50ng/μl），12.5μl5XTIANGENGoldenEasyPCRMix，所述上游序列LvG3F和所述下游引物LvG3R各0.5μL（10μmol/L），超纯水10.5μl；PCR反应程序为94℃预变性3min，然后进入下列循环：94℃、30s，55℃、30s，72℃、30s，35个循环，最后72℃延伸10min；获得的PCR产物后，使用ABI3730xl测序仪进行测序，测序引物为下游引物LvG3R，根据测序峰图对LvG3
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G/C位点进行SNP分型，获得每个个体的基因型。
[0013]在本专利技术的一种实施例中，所述S6留种群体根据每个个体的SNP标记LvG3
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G/C分型结果，选择LvG3
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G/C位点为CC基因型的个体进行留种，留种群体均为基因型为CC纯合，未选留的个体为基因型为GC杂合和基因型为GG纯合。
[0014]在本专利技术的一种实施例中，所述S6中的下一代育种群体进行基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第三代育种群体，然后再次通过第三代育种群体中的基因型为CC纯合的个体进行交配，产生第四代育种群体，此时对第四代育种群体再次进行所述SNP标记LvG3
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G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的基因型进行检测，再次筛选优良的基因型为CC纯合的对虾个体，舍弃基因型为GC杂合的对虾个体和基因型为GG纯合的对虾个体。
[0015]一种南美白对虾SNP分子标记的应用，包括由SNP标记LvG3
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G/C的标记在对虾
分子标记辅助育种中的应用。
[0016]本专利技术的有益效果是：本专利技术提供了一种有效地开展南美白对虾分子标记辅助体重性状遗传选育的方法，该方法选育效率高，操作简单，且能够实现早期选择，并可显著加快遗传选育进展，对提高对虾养殖产量具有重要指导意义；本专利技术提供的体重性状本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，包括有与对虾体重性状显著相关的SNP标记LvG3
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G/C，所述SNP标记LvG3
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G/C的标记位于对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处的碱基为G或C，所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的序列177bp处碱基的生长性状关系C>G，所述生长性状为体重；所述对虾基因组序列SEQIDLvG3具有序列表中SEQIDNO.1的脱氧核糖核酸（DNA）序列；所述对虾基因组序列SEQIDLvG3的碱基序列：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAAAAAACGAAGACGATGGAAGATGAAAAGAGAGATGTACATAGCCGAGGAAAGGCGGAGGAGGAGGAGGAGATGGCGCACCTTCGAATGGTAATTACCTGTTCTGAGGAGGGTTACCGGTACTCCCAGATCCAACTCCCGGTAATTGGATACTCCC[G/C]GTTGGTCACTCCAACTCCCTACCTGGTATTTAAGTCCGGTGGTCTGCGGGGTTTATCGTGGTATTTATCGGGTATTTCTTGGCCGGACTCATCTT。2.根据权利要求1所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述生长性状的体重基因组合为CC、GC、GG，且基因组合为CC纯合的对虾在同等养殖条件下体重显著高于基因组合为GG纯合的对虾体重和基因组合为GC杂合的对虾体重。3.根据权利要求2所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述基因组合CC纯合为体重性状优势基因型，即基因组合CC纯合的表现性状大于基因组合为GC杂合的表现性状大于基因组合为GG纯合的表现性状。4.根据权利要求2所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，所述SNP标记LvG3
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G/C的引物包括有上游序列LvG3F和下游引物LvG3R；所述上游序列LvG3F：AAGCAGCAGCATCAGAAGAAAA；所述下游引物LvG3R：AAGATGAGTCCGGCCAAGAA。5.根据权利要求4所述的一种南美白对虾SNP分子标记，其特征在于，对虾体重性状分子标记辅助选育的方法，且对虾体重性状分子标记辅助选育方法的步骤如下：S1、提取对虾核心群体中个体组织的基因组DNA；S2、利用上游序列LvG3F和下游引物LvG3R对扩增对虾个体的DNA序列；S3、使用上游序列LvG3F的引物对扩增产物进行Sanger测序；S4、根据测序峰图对生长性状的体重基...

【专利技术属性】
技术研发人员：李义军，蔡晶晶，张涛涛，郭体环，何建春，
申请(专利权)人：海南信邦种业有限公司，
类型：发明
国别省市：