一种合成核苷酸中间体的方法技术

本发明专利技术公开了一种反应步骤简单、后处理纯化简便，更容易得到高纯度核苷酸中间体G

【技术实现步骤摘要】
一种合成核苷酸中间体的方法


[0001]本专利技术属于医药领域，特别是涉及一种合成核苷酸中间体的方法。

技术介绍

[0002]基因测序是医学和生物学发现的重要推动力，随着基因测序技术的迅猛发展，高通量基因测序技术已深入生命科学的各个领域，高通量基因测序采用克隆扩增和边合成边测序（SBS）的测序化学技术，可以实现了快速、准确的测序，经过近十年来的迅猛发展，已经深入到生命科学的各个领域，不仅有力地推动了基础研究的发展，在临床应用阶段也占据重要的角色。在目前最为流行的高通量基因测序平台中，为了测定碱基类型，将荧光染料标记的四种可逆终止核苷酸（Reversible Termination Nucleotide，NRT）和不带荧光染料标记的四种可逆终止核苷酸加入反应体系，通常的，每个修饰NRT的荧光染料标记通过可切割链连接在碱基上，并在3
’‑
OH端加以可切割的保护基团，不同的NRT会发出独特的荧光信号，该信号可用于确定DNA序列的顺序。
[0003]G
‑
M是合成不带荧光染料标记的可逆终止核苷酸的重要中间体，G
‑
M通过如下反应步骤可以合成得到可逆终止核苷酸；但是现有技术中G
‑
M的合成方法步骤繁琐，并且会产生与G
‑
M极性非常相似的副产物，导致分离纯化非常困难，较难得到高纯度的中间体G
‑
M。因此，发展高效合成G
‑
M中间体的新方法对于合成可逆终止核苷酸，以及基因测序均具有非常重要的意义。<br/>[0004][0005]
技术实现思路

[0006]基于此，本专利技术的目的是提供一种反应步骤简单、后处理纯化简便，更容易得到高纯度核苷酸中间体G
‑
M的新合成方法。
[0007]为了达到上述专利技术目的，本专利技术包括如下技术方案。
[0008]一种合成核苷酸中间体的方法，包括如下步骤：（1）化合物G
‑
1在碱的作用下与叔丁基二甲基氯硅烷反应，得到化合物G
‑
2；（2）化合物G
‑
2、二甲基亚砜、乙酸和乙酸酐的混合体系进行Pummerer重排反应，得到化合物G
‑
3；（3）化合物G
‑
3在碱的作用下进行水解反应，得到化合物G
‑
4；（4）化合物G
‑
4在碱的作用下与异丁酰氯反应，得到核苷酸中间体G
‑
M；步骤（3）中所述碱为氢氧化钠、氢氧化钾和氢氧化锂中的一种或多种；其反应路线如下：
[0009][0010]。
[0011]本专利技术具有以下有益效果：专利技术提供的一种合成核苷酸中间体的方法，其反应步骤简单、后处理纯化非常简便，能够以较高收率和非常简便的纯化工艺制备得到高纯度的中间体G
‑
M。
[0012]本专利技术的合成方法所设计的新线路巧妙的利用水解保护基的方法，使反应液中G
‑
4和G
‑
2的极性大大分开，极易纯化得到高纯度的中间体G
‑
4；同时副产物G
‑3’
水解后即中间体G
‑
2，可以回收利用，实现降本增效，大大降低了合成成本。
具体实施方式
[0013]下面通过具体实施例来进一步说明本专利技术的技术方案。本领域技术人员应该明了，所述实施例仅仅是帮助理解本专利技术，不应视为对本专利技术的具体限制。
[0014]除非另有定义，本专利技术所使用的所有的技术和科学术语与属于本专利技术的
的技术人员通常理解的含义相同。本专利技术的说明书中所使用的术语只是为了描述具体的实施例的目的，不用于限制本专利技术。
[0015]本专利技术的术语“包括”和“具有”以及它们任何变形，意图在于覆盖不排他的包含。例如包含了一系列步骤的过程、方法、装置、产品或设备没有限定于已列出的步骤或模块，而是可选地还包括没有列出的步骤，或可选地还包括对于这些过程、方法、产品或设备固有的其它步骤。
[0016]在本专利技术中提及的“多个”是指两个或两个以上。“和/或”，描述关联对象的关联关系，表示可以存在三种关系，例如，A和/或B，可以表示：单独存在A，同时存在A和B，单独存在 B这三种情况。字符“/”一般表示前后关联对象是一种“或”的关系。
[0017]本专利技术的专利技术人在对核苷酸中间体G
‑
M的合成研究过程中发现，核苷酸中间体G
‑
M的一般合成路线都存在如下问题：一般异丁酰基保护嘌呤环的氨基前，需要先用TMSCl对糖环上的羟基先进行保护，嘌呤环的氨基被异丁酰基保护之后，需脱除TMS基团使羟基裸露，步骤繁琐；并且，会产生与中间体G
‑
M极性非常相近的副产物（G
‑3’
），使用硅胶柱分离纯化困难，很难得到高纯度中间体G
‑
M。针对这些问题，本专利技术的专利技术人通过大量研究提出了一种反应步骤简单、后处理纯化简便，更容易得到高纯度中间体G
‑
M的制备方法。
[0018]在本专利技术的一个实施方式中，提供了一种合成核苷酸中间体的方法，包括如下步骤：（1）化合物G
‑
1在碱的作用下与叔丁基二甲基氯硅烷反应，得到化合物G
‑
2；（2）化合物G
‑
2、二甲基亚砜、乙酸和乙酸酐的混合体系进行Pummerer重排反应，得到化合物G
‑
3；（3）化合物G
‑
3在碱的作用下进行水解反应，得到化合物G
‑
4；（4）化合物G
‑
4在碱的作用下与异丁酰氯反应，得到核苷酸中间体G
‑
M；步骤（3）中所述碱为氢氧化钠、氢氧化钾和氢氧化锂中的一种或多种；其反应路线如下：
[0019][0020]。
[0021]本专利技术新设计的合成路线巧妙的利用水解保护基的方法，使中间体G
‑
4与主要副产物水解后的G
‑
2的极性相差变大（参见如下含有副产物的合成路线），大大降低后处理纯化难度，极易纯化得到高纯度的中间体G
‑
4；中间体G
‑
4再进一步与异丁酰氯反应即可得到高纯度的核苷酸中间体G
‑
M；并且上异丁酰基前无需使用TMSCl保护羟基，简化了合成步骤，降低了合成成本；另外，副产物G
‑3’
水解后变成G
‑
2，可作为反应原料回收，实现降本增效，降低原料用量，在一定程度上提高了最终产物G
‑
M的收率，并且进一步降低了制备成本。
[0022][0023][0024][0025]。
[0026]在本专利技术的一些实施例中，步骤（1）所述化合物G
‑
1与叔丁基二甲基氯硅烷的摩尔比为1：1
‑
1.5，优选为1：1.1
‑
1.2。
[0027]在其本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种合成核苷酸中间体的方法，其特征在于，包括如下步骤：（1）化合物G
‑
1在碱的作用下与叔丁基二甲基氯硅烷反应，得到化合物G
‑
2；（2）化合物G
‑
2、二甲基亚砜、乙酸和乙酸酐的混合体系进行Pummerer重排反应，得到化合物G
‑
3；（3）化合物G
‑
3在碱的作用下进行水解反应，得到化合物G
‑
4；（4）化合物G
‑
4在碱的作用下与异丁酰氯反应，得到核苷酸中间体G
‑
M；步骤（3）中所述碱为氢氧化钠、氢氧化钾和氢氧化锂中的一种或多种；其反应路线如下：其反应路线如下：其反应路线如下：。2.根据权利要求1所述的合成核苷酸中间体的方法，其特征在于，步骤（1）所述化合物G
‑
1与叔丁基二甲基氯硅烷的摩尔比为1：1
‑
1.5；和/或，步骤（1）所述化合物G
‑
1与碱的摩尔比为1：1
‑
1.5。3.根据权利要求1所述的合成核苷酸中间体的方法，其特征在于，步骤（1）所述碱为咪唑和/或吡啶；和/或，步骤（1）所述反应在有机溶剂中进行，所述有机溶剂为N,N
‑
二甲基甲酰胺和/或吡啶；和/或，步骤（1）所述反应的温度为18℃
‑
30℃，反应的时间为8h
‑
16h。
4.根据权利要求1所述的合成核苷酸中间体的方法，其特征在于，步骤（2）所述化合物G
‑
2、二甲基亚砜、乙酸和乙酸酐的配比为1g：10mL
‑
15mL：2mL
‑
5mL：10mL
‑
15mL；和/或，步骤（2）所述Pummerer重排反应的温度为18℃
‑
30℃，反应的时间为8h
‑
16h。5.根据权利要求1...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱鑫，陈德遐，刘二凯，王谷丰，赵陆洋，
申请(专利权)人：深圳赛陆医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：