一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法技术

本发明专利技术涉及用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法技术领域，且公开了一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，包括以下步骤：1)奶山羊全基因组提取流程；2)ACD抗凝血样制备过程；3)检查基因组质量过程；4)PCR扩增试验的材料制备；5)基因单核苷酸多态性的检测过程；通过进行PCR扩增试验，扩增位点山羊生长激素基因部分序列，引物序列为，F:5

【技术实现步骤摘要】
一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法


[0001]本专利技术涉及用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法
，具体为一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法。

技术介绍

[0002]奶山羊是我国的主要的畜牧之一，但是现在面临着优秀奶山羊品种种源不足和种群遗传品质较差的压力。传统的育种方法应用测试动物的表现型和其亲代、祖代及其它亲属在小的动物模型中的遗传信息，设想性状受到许多基因遗传差异的影响，每个基因对性状有相对较小的贡献，因此对性状的估计不可避免有些偏差。分子遗传标记是近年来现代遗传学发展最快的领域之一，新的方法正在不断涌现，已定位的标记基因数目与日俱增。这将为数量遗传学提供分子水平信息，家畜育种也将跨入分子育种阶段。应用分子遗传标记的现代育种技术是加快良种选育和提高种群遗传品质，从而增加奶山羊的产奶量和改善乳品质的先进的有效的方法。
[0003]然而目前的技术大部分为SNP检测方法，而SNP检测方法的检测费用及其昂贵，而且需要大量的DNA测序仪等大型的仪器，且试验过程比较长，操作繁琐，如果使用PCR扩增试验和基因单核苷酸多态性的方法来检测会让成本降低而测试过程比较快。

技术实现思路

[0004](一)解决的技术问题
[0005]针对现有技术的不足，本专利技术提供了一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，具备成本低、不需要大量的仪器、试验过程比较短和效率快等优点，解决了当前使用的SNP检测方法而成本昂贵和试验效率比较慢的问题。
[0006](二)技术方案
[0007]为实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，包括以下步骤：
[0008]1)奶山羊全基因组提取流程；
[0009]2)ACD抗凝血样制备过程；
[0010]3)检查基因组质量过程；
[0011]4)PCR扩增试验的材料制备；
[0012]5)基因单核苷酸多态性的检测过程；
[0013]优选的，所述奶山羊全基因组提取流程通过以下步骤：
[0014]1)旋涡振荡，先取ACD抗凝血样300uL，加入到1.5mL的Ep
‑
pendorf管中，再加入1000uL的0.9％NaC1溶液，放入旋涡振荡器的试管中旋涡振荡30s，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，最后弃上清防止DMSO对细胞造成伤害。
[0015]2)沉淀，在沉淀中加入血样300uL，然后加入900uL的0.9％NaCI溶液，旋涡振荡30S，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，最后弃上清防止DMSO对细胞造成伤
害。
[0016]3)沉淀，沉淀中加入100uL的5mol/L碘化钾溶液，放入旋涡振荡器的试管中漩涡振荡30s，加入300uL0.9％NaCI溶液和400uL的氯仿/异醇(24:1)，旋涡振荡30s，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，取上清放入新的1.5mb的Eppendor管当中。
[0017]4)混合均匀，加入异丙醇120uL轻轻混匀，再使用台式离心机进行12000r/min离心5min，弃上清防止DMSO对细胞造成伤害，再加入提前冷却的无水乙醇1000uL，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，然后在一起混合均匀，最后再次弃上清防止DMSO对细胞造成伤害。
[0018]5)保存，沉淀用
‑
20C预冷1000ul的70％乙醇洗涤，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心1min，弃上清防止DMSO对细胞造成伤害，将离心管倒立于滤纸上风干，加80ul，在TE溶解后，保持4℃条件下过夜，使DNA水合，保持到
‑
20℃保存备用。
[0019]优选的，所述ACD抗凝血样制备过程首先准备柠檬酸2.4g、柠檬酸三钠6.6g克、葡萄糖7.35g、再加50ml水进行溶解，再向每10ml新鲜血样中加0.2ml的ACD抗凝剂，即可完成ACD抗凝血样，而血液可以在0℃条件下保存数天，或者是
‑
70℃条件下无限期保存。
[0020]优选的，所述检查基因组质量过程首先进行PCR扩增试验，扩增位点山羊生长激素基因部分序列，引物序列为，F:5
‘
GGAC
‑
CCAGTTCACCAGACG
‑3’
，R:5
’‑
TCGCAT
‑
TCAGAACCCTA
‑3’
，PCR反应总体积为25.0ul，包括10umo1/L的上、下游引物混合液1.0ul，HotstartTaqMasterMix(TIANGEN)10uL，DNA模板1.Oul，去离子水13uL，反应程序为：预变性95℃5min，95℃30s，55℃30s，72℃30s，33个循环，最后72℃继续延伸8min，PCR产物用1.5％琼脂糖凝胶电泳检测。
[0021]优选的，所述PCR扩增试验的材料制备通过以下步骤：
[0022]1)试剂，制备lmmol/L dATP，lmmol/L dCTP，lmmol/L dGTP，lmmo l/L dTTP的4
×
dNTP、5U/ml的Taq酶、0.1mg/ml的模板DNA、1ml的Pl：5'
‑
TTCCATATGCCTACTTCAAGTTCT
‑
3'和1ml的P2：5'
‑
ACCTAAGCTTGCTTCAAG TTAGTGT
‑
3'的引物。
[0023]2)器皿，制备一个0.5ml薄壁Eppendorf管。
[0024]3)仪器，制备一台低温高速离心机和一台旋涡振荡器。
[0025]优选的，所述基因单核苷酸多态性的检测过程首先将奶山羊全基因组DNA为模板，以上游引物P1：cctggcagtg ttattctacc at 22和下游引物P2：ctcctacttg cctctgc 17为对P引物，PCR扩增奶山羊SCD基因进行94℃预变性5min，94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，35个循环，72℃延伸10min的过程，用限制性内切酶NdeI消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行质量浓度为2％的琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果为GG型表现：345bp，GA型表现：345bp、321bp和24bp，AA型表现：321bp和24bp鉴定奶山羊SCD基因的单核苷酸多态性，即可完成检测。
[0026]本专利技术要解决的另一技术问题是提供一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，包括以下步骤：
[0027]1)奶山羊全基因组提取流程；
[0028]2)ACD抗凝血样制备过程；
[0029]3)检查基因组质量过程；
[0030]4)PCR扩增试验的材料制备；
[0031]5)本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：1)奶山羊全基因组提取流程；2)ACD抗凝血样制备过程；3)检查基因组质量过程；4)PCR扩增试验的材料制备；5)基因单核苷酸多态性的检测过程。2.根据权利要求1所述的一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，其特征在于，所述奶山羊全基因组提取流程通过以下步骤：1)旋涡振荡，先取ACD抗凝血样300uL，加入到1.5mL的Ep
‑
pendorf管中，再加入1000uL的0.9％NaC1溶液，放入旋涡振荡器的试管中旋涡振荡30s，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，最后弃上清防止DMSO对细胞造成伤害。2)沉淀，在沉淀中加入血样300uL，然后加入900uL的0.9％NaCI溶液，旋涡振荡30S，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，最后弃上清防止DMSO对细胞造成伤害。3)沉淀，沉淀中加入100uL的5mol/L碘化钾溶液，放入旋涡振荡器的试管中漩涡振荡30s，加入300uL0.9％NaCI溶液和400uL的氯仿/异醇(24:1)，旋涡振荡30s，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，取上清放入新的1.5mb的Eppendor管当中。4)混合均匀，加入异丙醇120uL轻轻混匀，再使用台式离心机进行12000r/min离心5min，弃上清防止DMSO对细胞造成伤害，再加入提前冷却的无水乙醇1000uL，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心5min，然后在一起混合均匀，最后再次弃上清防止DMSO对细胞造成伤害。5)保存，沉淀用
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20C预冷1000ul的70％乙醇洗涤，再使用低温高速离心机进行12000r/min离心1min，弃上清防止DMSO对细胞造成伤害，将离心管倒立于滤纸上风干，加80ul，在TE溶解后，保持4℃条件下过夜，使DNA水合，保持到
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20℃保存备用。3.根据权利要求1所述的一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，其特征在于，所述ACD抗凝血样制备过程首先准备柠檬酸2.4g、柠檬酸三钠6.6g克、葡萄糖7.35g、再加50ml水进行溶解，再向每10ml新鲜血样中加0.2ml的ACD抗凝剂，即可完成ACD抗凝血样，而血液可以在0℃条件下保存数天，或者是
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70℃条件下无限期保存。4.根据权利要求1所述的一种用于奶山羊全基因组关联分析的分子标记鉴定方法，其特征...

【专利技术属性】
技术研发人员：王建光，张蕾，李淑文，马环宇，
申请(专利权)人：内蒙古盛健农牧业工程技术研究有限公司，
类型：发明
国别省市：