鸡RLN3基因启动子区SNP标记及其在鸡育种中的应用制造技术

本发明专利技术公开了一种鸡RLN3基因启动子区SNP标记及其在鸡育种中的应用，属于分子遗传学技术领域。本发明专利技术通过品种间SNPs的筛选，发现鸡RLN3基因启动子区存在多个SNP位点；并首次将枣庄孙枝鸡群体的SNPs基因型与产蛋性状进行关联分析，发现CC

【技术实现步骤摘要】
鸡RLN3基因启动子区SNP标记及其在鸡育种中的应用


[0001]本专利技术涉及分子遗传学
，具体涉及一种鸡RLN3基因启动子区SNP标记及其在鸡育种中的应用。

技术介绍

[0002]Relaxin 3是松弛素家族成员，是一种蛋白质编码基因，简称为RLN3，又称为INSL7。它位于Z染色体，存在1个内含子和2个外显子，cDNA序列包含1009bp开放阅读框，编码192个氨基酸。研究表明RLN3是松弛素家族成员中最原始的多肽，与其他的松弛素家族成员有相对较低的序列同源性，但B链上RxxxRxxI/V结构域是保守的(Wilkinson et al.，2005b)。RLN3与胰岛素超家族的其他成员相比，主要在中枢神经系统中，在脊椎动物中高度保守，参与广泛的神经活动，如对压力和认知的反应，以及神经系统疾病(Smith et al.，2011)。
[0003]RLN3基因在人类、猕猴、啮齿动物和鱼等几个物种中保守，这表明它起着重要的生物学作用(Wilkinson et al.，2005b)。在人类中，RLN3主要位于大脑内，参与压力、记忆和食欲调节，在睾丸中也存在大量表达(Higgins et al.，2010；McGowan et al.，2014；McGowan et al.，2009；Ryan et al.，2013；Smith et al.，2014)；在恒河猴中，RLN3在脑和精巢表达(Silvertown et al.，2010)；在啮齿类动物中，RLN3与食物摄入和应激反应的调节有关(McGowan et al.，2007)；RLN3基因也在包括鱼类在内的许多低等脊椎动物中复制(Wilkinson et al.，2005a)。例如，在硬骨鱼中，已经鉴定出与RLN3密切相关的两种肽RLN3a和RLN3b(Yang et al.，2020)。
[0004]随着对RLN3研究的深入，发现其生物学作用广泛。在人类中，RLN3基因多态性与肥胖、高胆固醇血症和糖尿病有关(Munro et al.，2012)，这表明RLN3信号传导参与能量代谢的调节。亦有研究表明血浆RLN3水平与AIS患者的关节松弛呈正相关，利用CRISPR/Cas3系统构建了RLN3敲除小鼠的模型，RLN3敲除术后脊柱侧凸发病率显著降低，RLN3和RXFP3激活的抗纤维化作用可能会加重AIS的发病机制，并为预防这种疾病提供了潜在的靶点治疗(Zhang et al.，2022)。RLN3是免疫相关基因，可能在HCC、KRAS突变型CRC和LUAD的进展和预后中发挥重要作用(Liu et al.，2021；Wang et al.，2022；Zhang et al.，2019)。
[0005]分子遗传标记是采用分子生物学技术来优化畜禽品种的一种方法，主要的理论依据是分子数量遗传学和分子遗传学。单核苷酸多态性(SNPs)、随机扩增DNA多态性(RAPD)和扩增片段长度多态性(AFLP)均是常用的DNA分子标记(刘福平，2008)。在基因组水平上由单个的核苷酸变异所引起的DNA序列的多态性称为单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)，包括碱基的转换、插入及缺失等形式(段芳，2011)。
[0006]目前还未见有鸡RLN3基因启动子区SNP标记与鸡产蛋性能的相关报道，因此，研究RLN3基因的5
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启动子区SNPs，有助于找出有意义的分子标记，为标记辅助育种提供有利的理论依据，方便快速地选育出早产、高产的品种。

技术实现思路

[0007]针对上述现有技术，本专利技术的目的是提供鸡RLN3基因启动子区SNP标记及其在鸡育种中的应用。本专利技术研究发现鸡RLN3基因5
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调控区存在两个与鸡产蛋性状相关的SNP标记，可用于鸡的分子标记辅助育种。
[0008]为实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
[0009]本专利技术的第一方面，提供一种鸡RLN3基因启动子区与产蛋性状关联的SNP标记方法，其具体标记方法是：
[0010]采用SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的标记引物扩增鸡育种材料的基因组DNA，PCR扩增产物的序列如SEQ ID NO.3所示，具体如下：
[0011][0012][0013]注：序列中的加粗阴影处的核苷酸为SNP位点。
[0014]结果在鸡RLN3基因启动子区检测到两个与鸡开产日龄、产蛋数和最大连产数相关的SNP位点，即SEQ ID NO.3中第637位碱基是G或C(g.
‑
655G>C)，第700位碱基是G或A(g.
‑
592G>A)。
[0015]g.
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655G>C和g.
‑
592G>A的位置，是以转录起始位点(TSS)为+1，往上游为负，往下游为正。
[0016]本专利技术的第二方面，提供SNP标记在鸡遗传育种中的应用；所述SNP标记来自鸡RLN3基因，所述SNP标记为对应于如SEQ ID NO.3所示序列自5
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端起第637位碱基是G或C，第700位碱基是G或A。
[0017]进一步的，上述应用中，所述鸡遗传育种包括：开产日龄早、产蛋数多和/或最大连产数高的蛋鸡品种选育。
[0018]进一步的，上述应用中，所述SNP标记的CC
‑
655
AA
‑
592
基因型个体表现出开产日龄早、产蛋数高、最大连产数高的产蛋性状。
[0019]所述CC
‑
655
AA
‑
592
基因型个体是指该个体的RLN3基因5'调控区在g.
‑
655位点的基因型为CC，在g.
‑
592位点的基因型为AA。
[0020]本专利技术的第三方面，提供用于检测上述SNP标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。
[0021]本专利技术的第四方面，提供一种用于检测上述SNP标记的试剂盒，所述试剂盒中包含SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的引物对。
[0022]本专利技术的第五方面，提供上述引物对和/或试剂盒在辅助选育开蛋鸡品种中的应用；所述蛋鸡品种具有开产日龄早、产蛋数高和/或最大连产数高的产蛋性状。
[0023]本专利技术的第六方面，提供一种利用上述SNP标记辅助选育开产日龄早、产蛋数高和/或最大连产数高蛋鸡品种的方法，包括以下步骤：
[0024]在鸡群体中，选择基因型为CC
‑
655
AA
‑
592
的公鸡和基因型为CC
‑
655
AA
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592
的母鸡，纯繁得到，得到CC
‑
655
AA
‑<本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鸡RLN3基因启动子区与产蛋性状关联的SNP标记方法，其特征在于，具体标记方法是：采用SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示的标记引物扩增鸡育种材料的基因组DNA，PCR扩增产物的序列如SEQ ID NO.3所示；结果在鸡RLN3基因启动子区检测到两个与鸡开产日龄、产蛋数和最大连产数相关的SNP位点，即SEQ ID NO.3中第637位碱基是G或C，第700位碱基是G或A。2.SNP标记在鸡遗传育种中的应用；其特征在于，所述SNP标记来自鸡RLN3基因，所述SNP标记为对应于如SEQ ID NO.3所示序列自5
′
端起第637位碱基是G或C，第700位碱基是G或A。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述鸡遗传育种包括：开产日龄早、产蛋数多和/或最大连产数高的蛋鸡品种选育。4.根据权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述SNP标记的CC
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655
AA
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592
基因型个体表现出开产日龄早、产蛋数高、最大连产数高的产蛋性状。5.用于检测SNP分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；所述SNP标记来自鸡RLN3基因，所述SNP标记为对应于如SEQ ID NO.3所示序列自5
′
端起第637位碱基是G或C，第700位碱基是G或A。6.用于检测SNP分子标记的...

【专利技术属性】
技术研发人员：姜运良，张春峰，康丽，陈诚，李丹丹，仲从豪，
申请(专利权)人：山东农业大学，
类型：发明
国别省市：