陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记及其应用，涉及植物分子生物学领域。该SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1

【技术实现步骤摘要】
陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记及其应用


[0001]本专利技术涉及植物分子生物学领域，特别是涉及陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记及其应用。

技术介绍

[0002]土地盐碱化对人类活动造成的危害很大，会造成农作物的减产甚至绝收，会影响植被生长并间接造成生态环境恶化，会造成巨大的经济损失。
[0003]棉花能够提供重要的纺织原材料，是世界上重要的经济作物之一。棉花是耐盐性较强的作物，对盐胁迫具有一定的适应性和调节能力。土壤盐分浓度低于0.2％时有利于棉花的出苗和生长。当土壤盐分浓度超过0.2％时，随着盐浓度的升高，将明显抑制棉花幼苗的正常生长，从而导致生理性减产。盐胁迫条件下植物体内的无机离子含量发生变化，棉花植株体内的Na离子、Cl离子和Ca离子的含量随土壤盐分浓度的增大而递增。许多研究也表明耐盐品种根系具有一定的储蓄Na离子的作用，体内的Na/K离子比显著低于耐盐性较弱的品种。
[0004]全基因组关联分析是基于基因组中大量的SNP标记，在基因组范围内，进行对照分析或相关分析，进而定位基因组中目标性状相关位点的一种新的正向遗传学方案。它主要是基于标记间随机组合的原理，进行关联作图。同一染色体上，不同的两对等位基因，当两个等位基因
‑‑
同时遗传给后代的频率大于随机出现的频率时，那么这两对等位基因位点就存在着连锁不平衡。
[0005]利用全基因组关联分析，开发与陆地棉耐盐相关的SNP分子标记，将有利于为棉花耐盐相关遗传背景分析和筛选，以及植株耐盐位点分子标记辅助选择育种提供有力的技术支持。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是提供陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，本专利技术提供的SNP分子标记与陆地棉耐盐性状相关联，可用于鉴别陆地棉耐盐性状，实现对陆地棉植株耐盐能力的早期预测。
[0007]为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
[0008]本专利技术提供陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1
‑
12中任一项所示，
[0009]SEQ ID NO.1
‑
12所示序列的第50位碱基处均存在SNP位点，各SNP位点的信息如下：
[0010][0011][0012]本专利技术还提供一种陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记组合，由SEQ ID NO.1
‑
12所示的SNP分子标记中的两个或多个组成；
[0013]SEQ ID NO.1
‑
12所示序列的第50位碱基处均存在SNP位点，各SNP位点的信息如下：
[0014][0015]本专利技术还提供扩增上述的SNP分子标记或SNP分子标记组合的引物在制备鉴别陆地棉耐盐性状的产品中的应用。
[0016]进一步地，所述产品包括试剂、试剂盒或芯片。
[0017]本专利技术还提供一种鉴别陆地棉耐盐性状的产品，包括扩增上述的SNP分子标记或SNP分子标记组合的引物。
[0018]进一步地，所述产品包括试剂、试剂盒或芯片。
[0019]本专利技术还提供上述的SNP分子标记在鉴别陆地棉耐盐性状中的应用。
[0020]本专利技术还提供上述的SNP分子标记组合在鉴别陆地棉耐盐性状中的应用。
[0021]本专利技术还提供上述的别陆地棉耐盐性状的产品在鉴别陆地棉耐盐性状中的应用。
[0022]本专利技术公开了以下技术效果：
[0023]本专利技术提供的与棉花植株耐盐关联的SNP分子标记，直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织和发育阶段均可检测，不受环境和季节限制，不存在表达与否等问题影响，不
用分析片段的长度，适于快速、规模化、自动化筛查。本专利技术提供的SNP分子标记可用于鉴别陆地棉耐盐性状，实现对陆地棉植株耐盐能力的早期预测，还可用于棉花耐盐相关遗传背景分析和筛选，以及植株耐盐位点分子标记辅助选择育种，具有广阔的应用前景。
附图说明
[0024]为了更清楚地说明本专利技术实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本专利技术的一些实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据这些附图获得其他的附图。
[0025]图1为K元素含量检测构建的标准曲线；
[0026]图2为Na元素含量检测构建的标准曲线；
[0027]图3为全基因组关联分析得到的曼哈顿图；
[0028]图4为全基因组关联分析得到的连锁不平衡结构域和群体单倍型分类结果；
[0029]图5为全基因组关联分析得到的不同单倍型的表型差异对比图；
****
P<0.0001，
***
P<0.001，
**
P<0.01。
具体实施方式
[0030]现详细说明本专利技术的多种示例性实施方式，该详细说明不应认为是对本专利技术的限制，而应理解为是对本专利技术的某些方面、特性和实施方案的更详细的描述。
[0031]应理解本专利技术中所述的术语仅仅是为描述特别的实施方式，并非用于限制本专利技术。另外，对于本专利技术中的数值范围，应理解为还具体公开了该范围的上限和下限之间的每个中间值。在任何陈述值或陈述范围内的中间值，以及任何其他陈述值或在所述范围内的中间值之间的每个较小的范围也包括在本专利技术内。这些较小范围的上限和下限可独立地包括或排除在范围内。
[0032]除非另有说明，否则本文使用的所有技术和科学术语具有本专利技术所述领域的常规技术人员通常理解的相同含义。虽然本专利技术仅描述了优选的方法和材料，但是在本专利技术的实施或测试中也可以使用与本文所述相似或等同的任何方法和材料。本说明书中提到的所有文献通过引用并入，用以公开和描述与所述文献相关的方法和/或材料。在与任何并入的文献冲突时，以本说明书的内容为准。
[0033]在不背离本专利技术的范围或精神的情况下，可对本专利技术说明书的具体实施方式做多种改进和变化，这对本领域技术人员而言是显而易见的。由本专利技术的说明书得到的其他实施方式对技术人员而言是显而易见得的。本专利技术说明书和实施例仅是示例性的。
[0034]关于本文中所使用的“包含”、“包括”、“具有”、“含有”等等，均为开放性的用语，即意指包含但不限于。
[0035]实施例1
[0036]1、从中国农业科学院棉花研究所中期库中保存的7362份陆地棉种质中筛选出430份核心种质(表1)，包括385份陆地棉和45份陆地棉半野生种蓬蓬棉。
[0037]表1 430份陆地棉核心种质
[0038][0039][0040][0041][0042]2、播种：在人工气候室种植430份陆地棉自然群体。每2个品种种在一个大花盆里，各种6杯(每2杯为1个重复)，每杯沙子保证重量为900g(800g沙+100m本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记，其特征在于，其核苷酸序列如SEQ ID NO.1
‑
12中任一项所示，SEQ ID NO.1
‑
12所示序列的第50位碱基处均存在SNP位点，各SNP位点的信息如下：2.一种陆地棉D12号染色体与耐盐关联的SNP分子标记组合，其特征在于，由SEQ ID NO.1
‑
12所示的SNP分子标记中的两个或多个组成；SEQ ID NO.1
‑
12所示序列的第50位碱基处均存在SNP位点，各SNP位点的信息如下：3.扩增权利要求1所述的SNP分子...

【专利技术属性】
技术研发人员：彭振，杜雄明，胡道武，何守朴，李洪戈，潘兆娥，李夏雯，姜绪冉，
申请(专利权)人：中国农业科学院棉花研究所，
类型：发明
国别省市：