一种肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法和应用技术

本发明专利技术涉及生物病理检测领域，具体公开了一种肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法和应用。本发明专利技术用于染色对照区的PDX/PDTX肿瘤活组织样本均通过全外显子测序基因拷贝数变异、转录组测序初步筛选，再由苏木精

【技术实现步骤摘要】
一种肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法和应用


[0001]本专利技术涉及生物病理检测领域，尤其是涉及一种肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法和应用，尤其涉及到肿瘤组织HER2梯度检测产品在检测HER2个体化半定量病理的应用。

技术介绍

[0002]随着基础研究和临床医学的迅速发展，越来越多的参与肿瘤发生、发展和影响预后的分子标志物被相继发现。生物标志物通常是指能被客观测量和评价，反映生理或病理过程，以及对暴露或治疗干预措施产生生物学效应的指标。生物标志物多来源于人体组织或体液，可涵盖生理、生化、免疫、细胞和分子等水平的改变。在肿瘤领域，生物标志物通常是由肿瘤细胞或非肿瘤细胞产生的、反映体内肿瘤细胞或非肿瘤细胞存在和变化的生物学物质，这是生物标志物的物质性。生物标志物还有它的计量性，即它是可以计量的。这种计量的变化紧密地与人体的生理条件，疾病发生和发展，健康状态等相关。可包括基因变异、蛋白受体异常表达或血液成分的变化等。因此，生物标志物的检测可广泛地应用于病人的筛查、诊断、临床研究、指导用药、预后等领域。
[0003]生物标志物的种类繁多，涵盖生理、生化、免疫、细胞和分子等水平的改变，其临床价值各不相同，例如HER2，约20
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30%的乳腺癌患者存在HER2基因的扩增和蛋白质过表达。HER2阳性乳腺癌具有恶性程度高、易复发、易转移等特点，因此HER2是乳腺癌病理亚型和预后性生物标志物，也是抗 HER2单克隆抗体的预测性生物标志物。
[0004]大量的研究已经证实了HER2阳性对于肿瘤患者具有重要的临床价值，近年来也提出了“HER2低表达”的概念，即IHC 1+或IHC 2+/ISH
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，S.Modi等公布了Enhertu（trastuzumab deruxtecan）的关键3期DESTINY
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Breast04试验（NCT03734029）的详细阳性结果显示：在先前接受过治疗的HER2低表达、不可切除性和/或转移性乳腺癌患者中，Enhertu治疗使其无进展生存期（PFS）和总生存期（OS）取得了统计学显著和临床意义的改善，说明HER2低表达的准确识别对于肿瘤精准治疗具有重要作用。因此，明确HER2状态具有极其重要的临床意义，相关检测的使用率、准确率也受到了高度重视。
[0005]现有HER2检测试剂盒/HER2四合一病理质控片多采用细胞系作为对照样本，主要是HER2不同表达水平的细胞团，但对照样本的生物学特征一致性不稳定，样本来源受限，通常难以追溯样本来源和实现可持续供应。细胞系来源的对照样本仅为肿瘤细胞，非肿瘤组织，因而缺失肿瘤组织的微环境，不能体现真实的组织结构。更重要的是，临床上进行免疫组化染色的待测样本为肿瘤组织，并非肿瘤细胞，利用细胞系来源的对照无法区分非特异性染色。现有分子标志物检测的对照样本和待检样本分别贴附于不同的玻片表面，免疫组化染色条件和过程不同步，对照阅片过程中需要更换玻片和显微镜重新对焦，操作繁琐，且染色结果由病理医师主观阅片判读，而不同病理医师对于免疫组化染色强度的判断尺度，存在主观上的异质性，如果是由实验系统误差导致的免疫组化染色强度有所增减，临床病理医师在阅片判读时更是无从识别。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于克服上述现有技术的不足之处而提供一种肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法和应用，尤其涉及到肿瘤组织HER2梯度检测产品在检测HER2个体化半定量病理的应用。
[0007]为实现上述目的，本专利技术采取的技术方案为：第一目的，本专利技术提供了一种肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法，包括以下步骤：1）根据HER2对应的全基因组测序（WES）基因拷贝数变异信息及RNA
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seq蛋白表达特征，通过PDX/PDTX肿瘤活组织数据库中存储的样本不同基因拷贝数变异信息及蛋白表达情况初步筛选出符合特征要求的PDX/PDTX肿瘤活组织样本；2）将步骤1）获得的PDX/PDTX肿瘤活组织样本进行取样，获得组织块，固定组织块，制得蜡块，将所述蜡块进行病理检测，首先进行HE染色，剔除掉肿瘤细胞比例＜30%及坏死比例＞20%的样本；然后进行IHC染色，在显微镜下观察PDX/PDTX肿瘤活组织样本的HER2表达水平是否符合筛选要求，最后进行FISH检测，根据HER2对应的FISH信息特征筛选HER2免疫组化染色梯度为0、1+、2+、3+的最优的PDX/PDTX肿瘤活组织样本；3）利用PDX/PDTX技术对步骤2）获得的HER2不同染色梯度的肿瘤组织样本进行建模复苏和扩增，获得扩增的肿瘤组织，进行病理复测和FISH复测，确定最优的HER2不同染色梯度0、1+、2+、3+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本；4）用组织芯片阵列仪分别取不同HER2表达的组织柱，放入预铸蜡块，制备受体蜡块；5）将步骤4）制得的受体蜡块进行连续切片，将切片贴于打印好标签的粘附性载玻片上的染色对照区，由上至下分别是HER2染色梯度为0、HER2染色梯度为1+、HER2染色梯度为2+及HER2染色梯度为3+的组织切片，自然晾干，制得肿瘤组织HER2梯度检测产品。
[0008]本专利技术肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法具备统一的质控标准，染色质量稳定；制成的检测产品密封后可以常温长期保存；对照PDX/PDTX肿瘤活组织来源充足，可持续生产供应；在检测过程中与待测组织同步进行免疫组化染色，方便病理医师阅片，更易甄别染色强度的差异。本专利技术检测产品制作过程标准化，耗时少且减少了人力，大大减轻了临床工作人员的工作量。
[0009]作为本专利技术所述肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法的优选实施方式，HER2染色梯度为0的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异为1~2；HER2染色梯度为1+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异为1~4；HER2染色梯度为2+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异为1~30；HER2染色梯度为3+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异大于30。
[0010]即：
HER2染色梯度为0的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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seq 的TPM归一化值在0~4之间；HER2染色梯度为1+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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seq 的TPM归一化值4~8之间；HER2染色梯度为2+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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seq 的TPM归一化值在8~50之间；HER2染色梯度为3+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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seq 的TPM归一化值为大于50。
[0011]即：HER2染色梯度为0的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的FISH信息特征中的HER2/CEP17 *比值为～1.20；HER2染色梯度为1+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的FISH信息特征中的HER2/CEP17 *比值为～1.24；HER2染色梯度为2+的本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肿瘤组织HER2梯度检测产品的制备方法，其特征在于，包括以下步骤：1）根据HER2对应的全基因组测序基因拷贝数变异信息及RNA
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seq蛋白表达特征，通过PDX/PDTX肿瘤活组织数据库中存储的样本不同基因拷贝数变异信息及蛋白表达情况初步筛选出符合特征要求的PDX/PDTX肿瘤活组织样本；2）将步骤1）获得的PDX/PDTX肿瘤活组织样本进行取样，获得组织块，固定组织块，制得蜡块，将所述蜡块进行病理检测，首先进行HE染色，剔除掉肿瘤细胞比例＜30%及坏死比例＞20%的样本；然后进行IHC染色，在显微镜下观察PDX/PDTX肿瘤活组织样本的HER2表达水平是否符合筛选要求，最后进行FISH检测，根据HER2对应的FISH信息特征筛选最优的PDX/PDTX肿瘤活组织样本；3）利用PDX/PDTX技术对步骤2）获得的HER2不同染色梯度的肿瘤活组织样本进行建模复苏和扩增，获得扩增的肿瘤组织，进行病理复测和FISH复测，筛选HER2不同染色梯度0、1+、2+、3+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本；4）用组织芯片阵列仪分别取出不同HER2表达的PDX/PDTX肿瘤活组织柱，放入预铸蜡块，制备受体蜡块；5）将步骤4）制得的受体蜡块进行连续切片，将切片的组织贴于打印好标签的粘附性载玻片上的染色对照区，由上至下分别是HER2染色强度为0、HER2染色强度为1+、HER2染色强度为2+及HER2染色强度为3+的组织切片，自然晾干，制得肿瘤组织HER2梯度检测产品。2.如权利要求1所述的制备方法，其特征在于，HER2染色强度为0的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异为1~2；HER2染色强度为1+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异为1~4；HER2染色强度为2+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异为1~30；HER2染色强度为3+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的基因拷贝数变异大于30；HER2染色梯度为0的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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seq 的TPM归一化值在0~4之间；HER2染色梯度为1+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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seq 的TPM归一化值4~8之间；HER2染色梯度为2+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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seq 的TPM归一化值在8~50之间；HER2染色梯度为3+的PDX/PDTX肿瘤活组织样本对应的RNA
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【专利技术属性】
技术研发人员：朱燕萍，张小利，陈亮亮，陈淼，郑晖，储芳，
申请(专利权)人：南京普恩瑞生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：