一种基于虉草转录组序列开发的EST-SSR标记引物对及虉草品种的鉴定方法和应用技术

本发明专利技术涉及基因工程技术领域，尤其涉及一种基于虉草转录组序列开发的EST

【技术实现步骤摘要】
一种基于虉草转录组序列开发的EST
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SSR标记引物对及虉草品种的鉴定方法和应用


[0001]本专利技术涉及基因工程
，尤其涉及一种基于虉草转录组序列开发的EST
‑
SSR标记引物对及虉草品种的鉴定方法和应用。

技术介绍

[0002]虉草(Phalaris arundinacea L.)为禾本科虉草属多年生草本植物，是一种优良的饲草和生态治理草资源。虉草环境适应性强、分布广，可在海拔75～3200m的地方生长。由于其广泛的地理和海拔分布造就了虉草种质资源丰富的遗传多样性，形成了不同的资源种类，使得不同的虉草种质资源在环境适应性、抗逆性、饲用性能等特性上差异明显。
[0003]搞清楚物种的遗传多样性及遗传背景是合理保护利用该资源的前提，分子标记是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是研究物质遗传多样性及遗传背景的强大工具。目前对虉草遗传多样性和遗传背景的研究还很少，虽然利用了RAPD、ISSR、AFLP、EST
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SSR和TRAP等其他物种上的通用引物进行虉草遗传多样性、遗传连锁图谱等方面研究，但是有关虉草特异引物的报道却较少，导致虉草多样性和虉草背景研究较少，育种进程缓慢。因此，丰富虉草特异引物库已成为当务之急。
[0004]简单重复序列(SSR，Simple Sequence Repeat)又称为微卫星DNA，是分子标记辅助育种首选标记之一。其以2～6个核苷酸为基本单位的串联重复序列组成的DNA片段，长度大多为100～200个碱基对，具有分布广泛，多态性丰富，重复性好，共显性遗传等特点，已被广泛应用于种质资源遗传多样性及遗传背景研究、品种鉴定、分子标记辅助育种等方面。转录组测序(RNA
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seq)技术是利用高通量测序技术对某一状态下的组织或者细胞中的RNA进行深度测序的技术，是一种在转录组水平上高通量、低成本分析基因表达差异的有效手段，尤其对于参考基因组未知的物种，RNA
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seq技术是高效率、高通量、低成本地获得大量的转录本信息的主要手段。虉草的基因组信息还未知，通过转录组测序开发虉草特异SSR引物的主要方法，但是目前并未发现利用转录组测序进行虉草SSR引物开发。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供一种基于虉草转录组序列开发的EST
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SSR标记，45对EST
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SSR标记引物来自于虉草叶片转录组序列，引物的多态性丰富、扩增稳定、扩增条带易于鉴定，是稳定存在的新标记，填补了虉草基于转录组开发SSR引物的空白。
[0006]为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：
[0007]本专利技术提供了一种基于虉草转录组序列开发的EST
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SSR标记引物对，包括45个微卫星标记及对应对引物，具体为；
[0008]Ph
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SSR1：序列如SEQ ID NO：1和2所示；
[0009]Ph
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SSR2：序列如SEQ ID NO：3和4所示；
[0010]Ph
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SSR3：序列如SEQ ID NO：5和6所示；
[0011]Ph
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SSR4：序列如SEQ ID NO：7和8所示；
[0012]Ph
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SSR5：序列如SEQ ID NO：9和10所示；
[0013]Ph
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SSR6：序列如SEQ ID NO：11和12所示；
[0014]Ph
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SSR7：序列如SEQ ID NO：13和14所示；
[0015]Ph
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SSR8：序列如SEQ ID NO：15和16所示；
[0016]Ph
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SSR9：序列如SEQ ID NO：17和18所示；
[0017]Ph
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SSR10：序列如SEQ ID NO：19和20所示；
[0018]Ph
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SSR11：序列如SEQ ID NO：21和22所示；
[0019]Ph
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SSR12：序列如SEQ ID NO：23和24所示；
[0020]Ph
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SSR13：序列如SEQ ID NO：25和26所示；
[0021]Ph
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SSR14：序列如SEQ ID NO：27和28所示；
[0022]Ph
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SSR15：序列如SEQ ID NO：29和30所示；
[0023]Ph
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SSR16：序列如SEQ ID NO：31和32所示；
[0024]Ph
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SSR17：序列如SEQ ID NO：33和34所示；
[0025]Ph
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SSR18：序列如SEQ ID NO：35和36所示；
[0026]Ph
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SSR19：序列如SEQ ID NO：37和38所示；
[0027]Ph
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SSR20：序列如SEQ ID NO：39和40所示；
[0028]Ph
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SSR21：序列如SEQ ID NO：41和42所示；
[0029]Ph
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SSR22：序列如SEQ ID NO：43和44所示；
[0030]Ph
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SSR23：序列如SEQ ID NO：45和46所示；
[0031]Ph
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SSR24：序列如SEQ ID NO：47和48所示；
[0032]Ph
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SSR25：序列如SEQ ID NO：49和50所示；
[0033]Ph
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SSR26：序列如SEQ ID NO：51和52所示；
[0034]Ph
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SSR27：序列如SEQ ID NO：53和54所示；
[0035]Ph
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SSR28：序列如SEQ ID NO：55和56所示；
[0036]Ph
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SSR29：序列如SEQ ID NO：57和58所示；
[0037]Ph
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SSR30：序列如SEQ ID NO：59和60所示；
[0038]Ph
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SSR31：序列如SEQ ID NO：61和62所示；
[0039]Ph
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SSR32：序列如SEQ ID NO：63和64所示；
[0040]Ph
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SSR33：序列如SEQ ID NO：65和66所示；
[0041]Ph
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SSR34：序列如SEQ ID NO：67和68所示；
[0042]Ph
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SSR35：序列如SEQ I本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种基于虉草转录组序列开发的EST
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SSR标记引物对，其特征在于，包括45个微卫星标记及对应对引物，具体为；Ph
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SSR1：序列如SEQ ID NO：1和2所示；Ph
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SSR2：序列如SEQ ID NO：3和4所示；Ph
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SSR3：序列如SEQ ID NO：5和6所示；Ph
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SSR4：序列如SEQ ID NO：7和8所示；Ph
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SSR5：序列如SEQ ID NO：9和10所示；Ph
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SSR6：序列如SEQ ID NO：11和12所示；Ph
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SSR7：序列如SEQ ID NO：13和14所示；Ph
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SSR8：序列如SEQ ID NO：15和16所示；Ph
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SSR9：序列如SEQ ID NO：17和18所示；Ph
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SSR10：序列如SEQ ID NO：19和20所示；Ph
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SSR11：序列如SEQ ID NO：21和22所示；Ph
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SSR12：序列如SEQ ID NO：23和24所示；Ph
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SSR13：序列如SEQ ID NO：25和26所示；Ph
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SSR14：序列如SEQ ID NO：27和28所示；Ph
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SSR15：序列如SEQ ID NO：29和30所示；Ph
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SSR16：序列如SEQ ID NO：31和32所示；Ph
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SSR17：序列如SEQ ID NO：33和34所示；Ph
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SSR18：序列如SEQ ID NO：35和36所示；Ph
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SSR19：序列如SEQ ID NO：37和38所示；Ph
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SSR20：序列如SEQ ID NO：39和40所示；Ph
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SSR21：序列如SEQ ID NO：41和42所示；Ph
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SSR22：序列如SEQ ID NO：43和44所示；Ph
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SSR23：序列如SEQ ID NO：45和46所示；Ph
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SSR24：序列如SEQ ID NO：47和48所示；Ph
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SSR25：序列如SEQ ID NO：49和50所示；Ph
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SSR26：序列如SEQ ID NO：51和52所示；Ph
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SSR27：序列如SEQ ID NO：53和54所示；Ph
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SSR28：序列如SEQ ID NO：55和56所示；Ph
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【专利技术属性】
技术研发人员：张建波，白史且，贾雪杰，李达旭，马啸，闫利军，雷雄，
申请(专利权)人：四川省草原科学研究院，
类型：发明
国别省市：