一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用技术

本发明专利技术属于分子生物学分子标记领域，涉及一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用，所述分子标记组合包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1

【技术实现步骤摘要】
一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用


[0001]本专利技术属于分子生物学分子标记领域，特别涉及一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用。

技术介绍

[0002]金荞麦为蓼科植物金荞麦的干燥根茎，金荞麦又叫野荞麦、天荞麦、开金锁、野荞麦根，金荞麦有清热解毒、散风化痰、活血散淤、健脾利湿的功效，金荞麦有治疗咽喉肿痛、肺热咳嗽、肺痈痰臭、风湿痹痛、肺脓疡、痢疾的作用。
[0003]不同产地的金荞麦的药效质量差异较大。具体到云南产地，云南中部地区（包括昆明、曲靖、玉溪等地）产的金荞麦总黄酮含量高；云南西北部地区（包括怒江、迪庆、楚雄等地）产的金荞麦含量较低，基本不合格；云南南部地区（包括文山州、红河州等地）产的金荞麦茎秆绿色，老茎稍红，含量中等，部分地区含量合格。药材的“道地性”是由于各个地区生态环境差异导致药材的药效不同，特定的地理气候种植的特定的药材，才能更好地发挥药效，也是道地药材的精髓。
[0004]金荞麦产地的鉴别一直是金荞麦物种鉴定的技术难点，也是当前中药资源产业面临的行业难题。当前金荞麦产地鉴别多运用性状鉴别及显微鉴别等方法，依赖个人经验及主观判断，准确性不高，技术可推广性不强。

技术实现思路

[0005]针对上述问题，本专利技术提供了一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合及其方法与应用。
[0006]本专利技术首先提供一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合，所述分子标记组合包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如本申请中SEQ ID No.1
‑
No.40所示。
[0007]进一步地，所述SNP分子标记组合的40个SNP分子标记在染色体上的位置及碱基情况如下所示：
[0008]其次，本专利技术提供一种利用鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合鉴别金荞麦产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
获取待测样本DNA；对待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；对所述样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；将所述样本DNA质控数据的序列与参考序列进行比对、去重后，进行SNP检测得到所述待测样本SNP基因型；将相同基因组位置处的待测样本SNP基因型与前述云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合进行比对，判断所述待测样本是否有与所述云南西北部产金荞麦的SNP分子标记SEQ ID No.1
‑ꢀ
SEQ ID No.20相同的19
‑
20个SNP分子标记，同时判断所述待测样本是否没有与所述云南西北部产金荞麦的SNP分子标记SEQ ID No.21
‑ꢀ
SEQ ID No.40相同的19
‑
20个SNP分子标记；若两次判断结果均为是，则判断待测样本为云南西北部产地金荞麦；若任一次判断结果为否，则所述待测样本为非云南西北部产地金荞麦。
[0009]进一步地，所述的测序之前还包括检测待测样本是否合格，所述样本DNA的测序采用高通量测序。
[0010]进一步地，所述对所述样本DNA测序数据进行质控包括：对所述样本DNA测序数据的原始reads进行过滤；所述过滤规则包括：去掉含有接头序列的reads；去掉reads中N的比例大于10%的reads；去掉测序质量低于20的碱基数量比例大于40%的reads。
[0011]进一步地，将所述样本DNA质控数据的序列与参考序列进行比对、去重以及SNP检测得到所述待测样本SNP基因型包括：以来自公共数据库的金荞麦基因组作为参考序列，利用比对软件进行序列比对，获得bam文件；利用排序软件对所述bam文件进行排序，并移除重复序列；利用基因分型软件处理排序去PCR重复序列和碱基质量值校正的bam文件，然后获得待测样本初步SNP基因型；利用“QUAL100&&FS10&&MQ40”参数提高所述样本初步SNP基因型的准确率，得到待测样本SNP基因型。
[0012]本专利技术还提供一种利用上述SNP分子标记组合在鉴别云南西北部产金荞麦中的应用。
[0013]本专利技术还提供一种含上述的SNP分子标记组合的基因芯片或试剂盒。
具体实施方式
[0014]为使本专利技术实施例的目的、技术方案和优点更加清楚，下面将结合本专利技术实施例，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地说明，显然，所描述的实施例是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本专利技术保护的范围。
[0015]实施例1云南西北部金荞麦SNP分子标记的获取及鉴定方法建立
1.DNA提取运用mCTAB法（modified CTAB method）对金荞麦叶片材料进行DNA提取。具体提取步骤如下：(1) 取来自云南西北部（云南怒江傈僳族自治州、楚雄州、迪庆州）的金荞麦新鲜植物叶片100 mg放入2.0 mL的离心管中，同时加入少量石英砂和一颗磁珠，将新鲜叶片浸入液氮中冻存1 min左右，置于研磨机中打磨至细小的粉末状备用；(2) 在研磨好的材料中加入1.5mL buffer A (0.1M Tris
‑
HCl pH 8.0；5mM EDTA；0.25 M NaCl；1%PVP
‑
40)溶液，反复颠倒离心管使溶液与材料粉末均质混匀，冰浴10min，其间将沉淀下的粉末重新均质混合3
‑
10次。10000
×
g离心后，弃掉上清液；(3) 重复步骤(2)一次，在沉淀中加入800 μL预热的2% CTAB(0.1M Tris
‑
HCl pH8.0；1.4M NaCl；25mM EDTA；2%(w/v) CTAB；0.2%(v/v) β
‑
巯基乙醇；1% PVP
‑
40)溶液，将沉淀均质悬浮于溶液后置于65℃水浴锅中保存1.5
‑
2h，其间要颠倒均质溶液2
‑
8次；(4) 10000
×
g室温离心后，将上清液小心倒入一个新的2.0 mL离心管中，加入等体积CI（氯仿：异戊醇=24:1(v/v )）溶液，在颠倒摇床上混合10 min；(5) 10000
×
g离心后，以移液枪小心吸取上层水相清液至一个新的2.0 mL离心管中，加入等体积CI溶液，在颠倒摇床上混合10 min；(6) 10000
×
g离心后，以移液枪小心吸取上层水相清液至一个新的1.5 mL离心管中加入0.6倍体积冰冷的异丙醇，颠倒混合后置于
‑
20℃冰箱保存1小时以上；(7) 取出冰箱中的离心管，10000
×
g离心，弃去上清液，倒置于干燥纸上尽量控干液滴，加入100μL的RNase 溶液(100 mg/L)，37℃保存0.5本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种鉴别云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合，其特征在于，所述分子标记包括40个SNP分子标记，所述40个SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1
‑
SEQ ID No.40所示。2.根据权利要求1所述的SNP分子标记组合，其特征在于，所述40个SNP分子标记在染色体上的位置及碱基情况如下所示：。
3.一种利用权利要求1或2所述的SNP分子标记组合鉴别金荞麦产地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：获取待测样本DNA；对待测样本DNA进行建库测序，获得样本DNA测序数据；对样本DNA测序数据进行质控，获得样本DNA质控数据；将样本DNA质控数据的序列与参考序列进行比对、去重，进行SNP检测得到待测样本SNP基因型；将相同基因组位置处的待测样本SNP基因型与权利要求1或2所述的云南西北部产金荞麦的SNP分子标记组合进行比对，判断所述待测样本是否有与SEQ ID No.1
‑ꢀ
SEQ ID No.20所示相同的19
‑
20个SNP分子标记，同时判断所述待测样本是否没有与SEQ ID No.21
‑ꢀ
SEQ ID No.40所示相同的19
‑
20个SNP分子标记；若两次判断结果均为是，则判断待测样本为云南西北部产地金荞麦；若任一次判断结果为否，则所述...

【专利技术属性】
技术研发人员：王继永，郑司浩，李鹏英，刘美娟，赵莎，曾燕，李进瞳，林晖才，吴章艳，简建波，
申请(专利权)人：国药种业有限公司深圳华大基因科技服务有限公司，
类型：发明
国别省市：