角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用制造技术

本发明专利技术提供了角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用，涉及鸡性状选育技术领域。本发明专利技术筛选到的KRT75、KRT6A、KRT14基因参与鸡皮肤毛囊形态发生，在皮肤毛囊形态发生中发挥着重要的作用，可作为皮肤毛囊生长发育的候选基因。的候选基因。的候选基因。

【技术实现步骤摘要】
角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用


[0001]本专利技术涉及鸡性状选育
，特别是涉及角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用。

技术介绍

[0002]冰鲜鸡肉质饱满湿润，烹饪方便，熟化后肉嫩鲜美，口感绝佳与鲜熟肉无异，屠宰冷却的环节能有效控制禽流感病毒的传播，因此，非常受到消费者的青睐。随着冰鲜鸡的上市，人们选购鸡肉从看羽毛色泽转变为皮肤颜色、嫩度和毛孔的粗细，而肤质嫩黄、毛孔细腻和肉质紧实的冰鲜鸡最受人们的喜爱。目前，鸡皮肤嫩度、颜色方面已有很多研究报道，但鸡皮肤毛孔却少见研究报道。鸡皮肤毛孔作为冰鲜鸡胴体性状评价指标之一，有着重要的经济价值。皮肤毛孔具有高遗传力，受环境的影响较小。崇仁麻鸡作为江西有名的地理标志产品，皮肤毛孔还未经过选育，毛孔表型参差不齐。毛孔由毛囊发育而来，是皮肤的一个复杂的微型器官。现有技术中还未有关于角蛋白家族基因调控鸡皮肤毛囊生长发育的报道。

技术实现思路

[0003]为了解决上述问题，本专利技术提供了角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用。
[0004]为了实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
[0005]本专利技术提供了角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用，所述角蛋白家族基因包括KRT75基因、KRT6A基因或KRT14基因。
[0006]优选的，所述鸡包括崇仁麻鸡。
[0007]本专利技术的有益效果为：
[0008]本专利技术筛选到的KRT75、KRT6A、KRT14基因参与鸡皮肤毛囊形态发生，在皮肤毛囊形态发生中发挥着重要的作用，可作为皮肤毛囊生长发育的候选基因。
附图说明
[0009]图1为建库测序流程；
[0010]图2为样本间相关性热图，其中，图中横纵坐标表示各样本相关系数的平方即R2；
[0011]图3为主成分分析结果图，图中横坐标为第一主成分，纵坐标为第二主成分；
[0012]图4为共表达韦恩图，A表示原种和B系公鸡共表达基因数量，B表示原种和B系母鸡共表达基因数量，没有重叠的区域表示每个组中唯一表达的基因数量，重叠区域表示两个组中共表达的基因数量；
[0013]图5为差异比较组合差异基因数目统计柱状图，蓝色和灰色分别表示上调和下调，绿色表示综合，柱状图上的数字表示基因数量；
[0014]图6为差异基因韦恩图，色表示所有母鸡共有的差异表达基因，紫色表示所有公鸡
共有的差异表达基因，重叠区表示所有公鸡和母鸡共有的差异表达基因；
[0015]图7为母鸡差异基因火山图；
[0016]图8为公鸡差异基因火山图；
[0017]图9为BGBvsYGB比较组合KEGG富集散点图；
[0018]图10为BMBvsYMB比较组合KEGG富集散点图；
[0019]图11为差异基因相对表达量，*P<0.05，**P<0.01。
具体实施方式
[0020]本专利技术提供了角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用，所述角蛋白家族基因包括KRT75基因、KRT6A基因或KRT14基因。在本专利技术中，所述鸡优选包括崇仁麻鸡。
[0021]为了进一步说明本专利技术，下面结合实施例对本专利技术进行详细地描述，但不能将它们理解为对本专利技术保护范围的限定。
[0022]实施例1
[0023]1.1转录组分析方法
[0024]本试验选取崇仁麻鸡原种和B系公母背部皮肤毛囊组织样品各三个生物学重复，送至诺禾致源(北京)生物科技有限公司通过Illumina平台进行转录组高通量测序。
[0025]表1样品名称及分类
[0026][0027]1.1.1RNA质量检测和文库构建
[0028]采用TRIzon法提取总RNA，用琼脂糖凝胶电泳定量检测浓度，凝胶浓度1％，电压200V，时间15分钟，Agilent 2100生物分析仪检测纯度、大小和完整性。文库构建流程如图1所示：
[0029]1.1.2数据质控
[0030]测序片段通过高通量测序后转化为序列数据(reads)，用质控软件fastp(0.19.7)对原始数据进行过滤，去除带接头(adapter)的reads；去除含N(N表示无法确定碱基信息)的reads；去除低质量reads(Qphred≤20的碱基数占整个read长度的50％以上的reads)，最后得到clean reads，对clean data进行Q20，Q30和GC含量计算。后续所有分析均是基于clean data进行的高质量分析。
[0031]1.1.3参考基因组比对
[0032]选择HISAT2(2.0.5)软件作为比对工具构建参考基因组的索引，将clean reads与参考基因组比对。
[0033]1.1.4基因表达水平定量
[0034]根据基因比对在参考基因组上的位置信息，从而统计每个基因从起始到终止范围内覆盖的reads数。分别过滤掉比对质量值低于10的reads，非成对比对上的reads，比对到
基因组多个区域的reads。该部分分析采用subread软件中的featureCounts工具。根据基因的长度计算每个基因的FPKM(指每百万fragments中来自某一基因每千碱基长度的fragments数目)并计算映射到该基因的读数。1.1.5差异表达基因的筛选
[0035]基因表达定量完成后，基于获得的原始read count数值，筛选并分析同一个基因在不同样本组间的表达水平差异，由于本研究设有三个生物学重复，所以使用DESeq2软件(1.20.0)进行两个比较组合的差异基因表达分析，筛选标准为P<0.05，|log2(FoldChange)|≥1&padj≤0.05。
[0036]1.1.6差异基因GO和KEGG富集
[0037]通过clusterProfiler(3.8.1)软件以padj<0.05作为显著性富集阈值，实现差异表达基因的基因本体(Gene Ontology，GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes,KEGG)通路富集。GO是描述基因功能的综合性数据库，分为生物过程(biological process，BP)、细胞组成(cellular component，CC)和分子功能(molecular function，MF)三个板块，GO以term为单位。KEGG是整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库。
[0038]1.2qRT
‑
PCR验证
[0039]1.2.1引物设计与合成
[0040]为了验证转录组测序的准确性，随机选择了5个差异表达基因进行实时荧光定量验证，内参选用鸡β
‑
actin，根据NCBI数据库，利用primerpremier 5软件设计引物序列，再送至上海本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.角蛋白家族基因在调控鸡皮肤毛囊生长发育中的应用，所述角蛋白家族基因包括KRT75基因、KRT6...

【专利技术属性】
技术研发人员：武艳平，陈春，魏岳，黄聪，康昭风，谢金防，陈介文，
申请(专利权)人：江西省农业科学院畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：