SNP突变位点作为分子标记的用途及其SNP分子标记、用途和方法技术

本发明专利技术SNP突变位点作为分子标记的用途及其SNP分子标记、用途和方法，属于分子生物学技术领域。所述SNP突变位点选自EVMNO.1、EVMNO.2中一个或两个；EVMNO.1为位于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A；EVMNO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T。本发明专利技术还提供基于上述SNP突变位点的SNP标记，以及该SNP标记的用途、鉴定或筛选烟草株高突变材料的方法和烟草育种方法。本发明专利技术不仅可用于烟草植株高度早期的预测以及筛选，还可用于烟草植株高株和矮株的选育。为分析标记辅助选择育种以及烟草品种改良奠定了基础。育种以及烟草品种改良奠定了基础。育种以及烟草品种改良奠定了基础。

【技术实现步骤摘要】
SNP突变位点作为分子标记的用途及其SNP分子标记、用途和方法


[0001]本专利技术属于分子生物学领域，具体涉及SNP突变位点作为分子标记的用途及其SNP分子标记、用途和方法。

技术介绍

[0002]优化植物结构是育种者使作物适应各种不同环境的有效策略，从而有可能提高产量，而植物高度在决定植物结构方面起着关键作用。植物高度与产量性状密切相关，因为它在植物结构、荚果数量和抗倒伏方面起着关键作用。烟草是研究植物病理学、遗传学和生物技术的模式植物，烟草遗传学和基因组学的研究加强了烟草作为模式植物的使用。烟草是一种重要的经济作物，在120多个国家种植。烟草一直是农业、组织培养和重组DNA研究的重要植物。因此，开展烟草植株高度相关的研究，对于改良植物结构提高产量、促进其它植株高度相关研究具有重要的意义。
[0003]分子标记技术可以找到与烟草植株高度QTL紧密连锁的标记，通过分子标记对烟草植株高度进行辅助选择，可以加快烟草品质的育种进程。目前研究人员采用SSR、SLAF等分子标记技术对烟草植株高度候选基因初定位，发现候选基因与分子标记的遗传距离普遍较远。单核苷酸多态性(SNPs)是最丰富的DNA变异类型，由于其在基因组中的广泛分布，目前被用作遗传标记。SNP可用于单体型图谱、遗传图谱、关联图谱、指纹图谱的构建，为分子育种、系统进化、种质资源鉴定提供重要保障。下一代测序(NGS)技术的最新发展使得快速发现数以千计的SNP标记和对大型人群进行高通量基因分型成为可能。因为重测序技术快速而简单，全面而可靠，重测序技术已被广泛用于鉴定基因组多样性。
[0004]目前有关烟草株高相关的分子标记尚未见报道，因此本领域继续开发烟草株高相关分子标记。

技术实现思路

[0005]出于解决提供与烟草株高相关的分子标记这一技术问题的目的，本专利技术的目的在于提供3个与烟草植株高度关联的SNP分子标记及其应用。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术采用如下的技术方案：
[0007]SNP突变位点作为分子标记的用途，其特征在于，所述SNP突变位点选自EVM NO.1、EVM NO.2中一个或两个；
[0008]所述EVM NO.1为位于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A；
[0009]所述EVM NO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T。
[0010]所述烟草基因组版本为烟草品种云晒1号的基因组V1.0；
[0011]优选地，所述分子标记为SNP分子标记；
[0012]优选地，所述SNP分子标记系与烟草植株高度性状连锁的标记。
[0013]SNP分子标记，其特征在于，选自下述分子标记中的一个或两个：
[0014]基于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A的SNP标记1；
[0015]基于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T的SNP标记2。
[0016]SNP分子标记系与烟草植株高度性状连锁的标记；
[0017]优选地，SNP标记1与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.1所示；
[0018]优选地，SNP标记2与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.2所示；
[0019]优选地，所述烟草基因组版本为烟草品种云晒1号的基因组V1.0。
[0020]烟草植株高度分子标记筛选或鉴定烟草材料的用途，其特征在于，烟草植株高度分子标记选自下述分子标记中的一个或两个：
[0021]基于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A的SNP标记1；
[0022]基于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T的SNP标记2。
[0023]所述烟草基因组版本为烟草品种云晒1号的基因组V1.0；
[0024]优选地，SNP标记1与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.1所示；
[0025]优选地，SNP标记2与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.2所示；
[0026]优选地，所述烟草材料指烟草株高突变材料；
[0027]优选地，所述烟草株高突变材料选自：携带株高突变位点的烟草材料或具有株高突变表型的烟草材料；
[0028]优选地，所述株高突变位点选自EVM NO.1、EVM NO.2中一个或两个；
[0029]所述EVM NO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A；
[0030]所述EVM NO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T。
[0031]一种鉴定或筛选烟草株高突变材料的方法，其特征在于，基于所述的SNP分子标记对候选烟草材料进行鉴定或筛选。
[0032]所述鉴定指：基于SNP分子标记、采用分子生物学方法进行检测；
[0033]优选地，所述分子生物学方法选自：PCR和/或电泳和/或测序和/或KASP；
[0034]优选地，检测SNP标记1的PCR引物或KASP引物为F:5
’‑
GTGCCTCGAACTTGAA
‑3’
，R:5
’‑
GGTTGCGAGGCATTTATCC
‑3’
；PCR或KASP的反应体系为cDNA：1μl，前后引物：各1μl，Buffer：5μl，dNTP：5μl，MgSO4：3μl，KOD酶：1μl，ddH2O：补足至50μl；反应程序为94℃预变性2min后，97℃变性12s，59℃退火30s，68℃延伸30s，30个循环后，70℃保持5min，16℃保存；
[0035]优选地，检测SNP标记2的PCR引物或KASP引物为F:5'
‑
CGGGTCAGTCCTGTATTTCT
‑
3'，R:5'
‑
GTCCCTTTGTTATAGTTCTTCT
‑
3'；PCR或KASP的反应体系为cDNA：1μl，前后引物：各1μl，Buffer：5μl，dNTP：5μl，MgSO4：3μl，KOD酶：1μl，ddH2O：补足至50μl；反应程序为93℃预变性2min后，98℃变性10s，58℃退火30s，68℃延伸30s，30个循环后，68℃保持5min，16℃保存；
[0036]优选地，所述烟草株高突变材料选自：携带株高突变位点的烟草材料或具有株高突变表型的烟草材料；
[0037]优选地，所述株高突变位点选自EVM NO.1、EVM NO.2中一个或两个；
[0038]所述EVM NO.1为位于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A；
[0039]所述EVM NO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T。
[0040]一种烟草育种方法，其特征在于，基于所述的SNP分子标记、和/或，所述的一种鉴定或筛选烟草株高本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.SNP突变位点作为分子标记的用途，其特征在于，所述SNP突变位点选自EVM NO.1、EVM NO.2中一个或两个；所述EVM NO.1为位于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A；所述EVM NO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T。2.根据权利要求1所述的SNP突变位点作为分子标记的用途，其特征在于，所述烟草基因组版本为烟草品种云晒1号的基因组V1.0；和/或，所述分子标记为SNP分子标记；和/或，所述SNP分子标记系与烟草植株高度性状连锁的标记。3.SNP分子标记，其特征在于，选自下述分子标记中的一个或两个：基于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A的SNP标记1；基于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T的SNP标记2。4.根据权利要求3所述的SNP分子标记，其特征在于，SNP分子标记系与烟草植株高度性状连锁的标记；和/或，SNP标记1与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.1所示；和/或，SNP标记2与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.2所示；和/或，所述烟草基因组版本为烟草品种云晒1号的基因组V1.0。5.烟草植株高度分子标记筛选或鉴定烟草材料的用途，其特征在于，烟草植株高度分子标记选自下述分子标记中的一个或两个：基于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A的SNP标记1；基于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T的SNP标记2。6.根据权利要求5所述的烟草植株高度分子标记筛选或鉴定烟草材料的用途，其特征在于，所述烟草基因组版本为烟草品种云晒1号的基因组V1.0；和/或，SNP标记1与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.1所示；和/或，SNP标记2与烟草植株高度性状连锁的片段序列如SEQ ID NO.2所示；和/或，所述烟草材料指烟草株高突变材料；和/或，所述烟草株高突变材料选自：携带株高突变位点的烟草材料或具有株高突变表型的烟草材料；和/或，所述株高突变位点选自EVM NO.1、EVM NO.2中一个或两个；所述EVM NO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第153204197位的C＞A；所述EVM NO.2为位于烟草基因组LG1号染色体第155162419位的A＞T。7.一种鉴定或筛选烟草株高突变材料的方法，其特征在于，基于权利要求3或4所述的SNP分子标记对候选烟草材料进行鉴定或筛选。8.根据权利要求7所述的一种鉴定或筛选烟草株高突变材料的方法，其特征在于，所述鉴定指：基于SN...

【专利技术属性】
技术研发人员：焦芳婵，杨龙，王元亨，高玉龙，冯智宇，吴兴富，陈学军，王丙武，童治军，张光海，
申请(专利权)人：云南省烟草农业科学研究院，
类型：发明
国别省市：