非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法技术

本申请涉及一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，能够在执行MGB探针设计任务中，选择对应的探针类型所对应的MGB探针模板，将检索得到或者自定义的目标碱基信息以及荧光基团数据输入至MGB探针模板，即可快速得到不同类型的MGB探针序列，实现快捷、省时的设计操作，能够调用不同模板生成多个探针序列，包对于MGB探针序列，可以节省荧光淬灭基团和修饰基因的选择和读写时间，大大提高探针设计效率。率。率。

【技术实现步骤摘要】
非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法


[0001]本公开涉及生物基因工程
，尤其涉及一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法及其应用、装置和电子设备。

技术介绍

[0002]目前对基因分型的检测，常见的方法有直接测序法，基因芯片杂交法，PCR
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Taqman探针分型法，PCR
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RFLP法。
[0003](1)直接测序法，是SNP位点分析的金标准，但该检测方法受到测序仪器的限制，测序仪器昂贵，推广困难。另外直接测序对模板量要求高，通常需要通过PCR扩增富集目的片段后，进行测序，操作复杂，周期长，且为开管操作，容易造成污染。
[0004](2)基因芯片杂交法，操作步骤烦琐，易出错，实验耗时4个小时以上，耗时较长。PCR结束后需开管操作，易造成污染的问题。此外，该检测方法用肉眼来对结果判读，准确性会受到影响，会出现假阳性、假阴性的结果判读。
[0005](3)PCR探针分型法，因其操作简单，分型准确，全程闭管操作，检测周期短等特点，是目前比较主流的SNP分型方法。目前市面上已有通过CFDA认证的成型检测试剂盒，如武汉友芝友医疗科技股份有限公司的“人类ALDH2基因检测试剂盒(PCR
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荧光探针法)”，反应液与酶还是分开两个试剂，使用时需要现配，增加了手工操作，容易出错。
[0006](4)PCR
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RFLP法将PCR与限制性酶切相结合的传统方法，由于酶切操作繁琐及污染风险已经很少在临床使用。
[0007]目前已有的方法在推广上都或多或少存在如试剂检测成本高，操作复杂，易产生污染，产生一定的假阴性和假阳性等缺陷。
[0008]而在基因测序的过程中，PCR探针设计是关键的一环。如何快速设计出优良、便捷的引物探针，是PCR反应中的重要步骤。只有在快速设计出引物探针后，才能确定出对应基因分型的检测试剂设施。
[0009]而目前基因分型检测所使用的的探针多为Taqman探针，Taqman探针两端分别带有荧光基团和荧光淬灭基团，在正常状态下，探针上的荧光被淬灭，不发出荧光。开始进行PCR扩增后，探针被PCR酶水解，淬灭基团与荧光基团分离，有荧光信号释放出来。根据荧光信号，确认PCR扩增合成的DNA的量。然而，Taqman探针设计得比较长，探针成本较高，有时设计的探针不合适，有造成损失的可能性。并且要进行较多的实验条件的优化。高昂的价格是限制探针法应用的最主要因素之一。
[0010]此外，在设计探针时，实验人员只能逐一通过探针设计平台对确定的一条探针序列进行管理，比如对当前探针序列的碱基序列进行调整，但是不能对多个探针序列进行有序管理。因为前期虽然可以设计出多个探针序列，但是在设计输出时，当前探针序列的荧光基团或淬灭基团已经确定，无法再更改，因此仅仅只能对当前探针的序列进行调整，且只能输出一条。而对于同类型的探针，若是探针序列的荧光基团或淬灭基团相同，但是碱基不同，也需要一对一的引用相同的荧光基团或淬灭基团，比较费事。

技术实现思路

[0011]为了解决上述问题，本申请提出一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法及其应用、装置和电子设备。
[0012]本申请一方面，提出一种非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，包括如下步骤：
[0013]创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；
[0014]基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；
[0015]执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；
[0016]基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。
[0017]作为本申请的一可选实施方案，可选地，创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中，包括：
[0018]在预设的MGB探针设计平台上，创建MGB探针空白模板并保存在所述数据库中；
[0019]在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格，并在所述MGB探针表格中依次构建如下单元格；
[0020]荧光基团单元格，用于作为荧光基团输入的空格；
[0021]碱基单元格，用于作为碱基序列输入的空格；
[0022]淬灭基团单元格，用于配置非荧光淬灭基团；
[0023]MGB修饰基团单元格，用于配置MGB修饰基团；
[0024]按照所生成的MGB探针表格的表格形式，生成非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式。
[0025]作为本申请的一可选实施方案，可选地，在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格时，还包括：
[0026]预设探针长度检测程序；
[0027]将所述探针长度检测程序配置在所述MGB探针设计平台中，在执行完MGB探针设计任务后，利用所述探针长度检测程序对所生成的探针序列进行检测，判断所述探针序列的探针长度是否满足预设条件。
[0028]作为本申请的一可选实施方案，可选地，基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存，包括：
[0029]预设探针类型；
[0030]根据不同的探针类型，基于所生成的非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式，创建若干不同探针类型的所述MGB探针格式；
[0031]将所有的所述MGB探针格式写入并保存在所述MGB探针空白模板中，得到对应的所述MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存于所述MGB探针设计平台的数据库中。
[0032]作为本申请的一可选实施方案，可选地，在执行MGB探针设计任务之前，还包括：
[0033]获取需要进行探针设计的MGB探针类型；
[0034]在MGB探针设计平台中建立与MGB探针类型相对应的MGB探针设计任务；
[0035]将所述MGB探针设计任务入库上线并通知对应的执行节点。
[0036]作为本申请的一可选实施方案，可选地，执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板，包括：
[0037]执行节点登录MGB探针设计平台，接收通知，开始执行所述MGB探针设计任务；
[0038]解析并分析所述MGB探针设计任务，从中得到需要进行探针设计的MGB探针类型；
[0039]根据所述MGB探针类型，从所述MGB探针设计平台的数据库中，调出与所述MGB探针类型相对应的所述MGB探针模板，并展示在所述MGB探针设计平台的设计平台中。
[0040]作为本申请的一可选实施方案，可选地，基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列，包括：
[0041]展示所述MGB探针模板，并显示出其中的MGB探针表格；
[0042]将目标碱基序列，输入并写入所述MGB探针表格中对应的碱基单元格中；
[0043]将目标荧光基团，输入并本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，包括如下步骤：创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中；基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存；执行MGB探针设计任务，从所述MGB探针设计平台的数据库中调用所述MGB探针模板；基于所述MGB探针模板，进行MGB探针设计，得到满足预设条件的探针序列。2.根据权利要求1所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，创建MGB探针格式，并部署在预设的MGB探针设计平台中，包括：在预设的MGB探针设计平台上，创建MGB探针空白模板并保存在所述数据库中；在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格，并在所述MGB探针表格中依次构建如下单元格；荧光基团单元格，用于作为荧光基团输入的空格；碱基单元格，用于作为碱基序列输入的空格；淬灭基团单元格，用于配置非荧光淬灭基团；MGB修饰基团单元格，用于配置MGB修饰基团；按照所生成的MGB探针表格的表格形式，生成非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式。3.根据权利要求2所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，在所述MGB探针空白模板中构建MGB探针表格时，还包括：预设探针长度检测程序；将所述探针长度检测程序配置在所述MGB探针设计平台中，在执行完MGB探针设计任务后，利用所述探针长度检测程序对所生成的探针序列进行检测，判断所述探针序列的探针长度是否满足预设条件。4.根据权利要求2所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，基于所述MGB探针格式，生成对应的MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存，包括：预设探针类型；根据不同的探针类型，基于所生成的非荧光淬灭基团下携带有MGB修饰基团的所述MGB探针格式，创建若干不同探针类型的所述MGB探针格式；将所有的所述MGB探针格式写入并保存在所述MGB探针空白模板中，得到对应的所述MGB探针模板，并将所述MGB探针模板保存于所述MGB探针设计平台的数据库中。5.根据权利要求4所述的非荧光淬灭基团下的MGB探针设计方法，其特征在于，在执行MGB探针设计任务之前，还包括：获取需要进行探针设计的MGB探针类型；在MGB探针设计平台中建立与MGB探针类型相对应的MGB探针设计任务；将所述MGB探针设计任务入库上线并通知对应的执行节点。6.根据权利要求5所述的非荧光淬...

【专利技术属性】
技术研发人员：赖楚明，汤兴良，黄丽青，
申请(专利权)人：深圳市天大生物医疗器械有限公司，
类型：发明
国别省市：