华仁杏微卫星分子标记引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术公开华仁杏微卫星分子标记引物组合及其应用，其中，华仁杏微卫星分子标记引物组合由20对微卫星分子标记引物组成，20对微卫星分子标记引物对应的核苷酸序列如SEQ ID NO.1

【技术实现步骤摘要】
华仁杏微卫星分子标记引物组合及其应用


[0001]本专利技术涉及华仁杏微卫星分子标记
具体地说是华仁杏微卫星分子标记引物组合及其应用。

技术介绍

[0002]华仁杏(Armeniaca cathayana D.L.Fu et al.)作为2010年发现的杏属新种，能在含水量较低的土壤中正常生长，具有巨大的经济利用潜力。目前，人们对华仁杏的遗传信息还知之甚少，现有的遗传标记也大多是从其近缘物种中筛选得到，具有开发精度受限、针对性或重复性差等缺点，不能满足资源评价和育种工作的需要。
[0003]微卫星(SSR)是由1至6个核苷酸为基本单位组成的串联重复序列，根据其来源不同可分为基因组微卫星(Genomic
‑
SSR)和表达序列标签微卫星(EST
‑
SSR)两种，是目前应用较为广泛的遗传标记之一。因此，研究开发华仁杏微卫星分子标记引物对华仁杏资源评价和育种工作具有重要意义。

技术实现思路

[0004]为此，本专利技术所要解决的技术问题在于提供一种华仁杏微卫星分子标记引物组合及其应用，以解决华仁杏现有遗传标记数量少，鉴定精度不足、稳定性差的问题。
[0005]为解决上述技术问题，本专利技术提供如下技术方案：
[0006]华仁杏微卫星分子标记引物组合，由20对微卫星分子标记引物组成，20对微卫星分子标记引物对应的核苷酸序列如SEQ ID NO.1
‑
40所示。
[0007]华仁杏微卫星分子标记引物组合的应用，将上述华仁杏微卫星分子标记引物用于华仁杏遗传资源评价、种质鉴定或分子标记辅助育种。
[0008]上述华仁杏微卫星分子标记引物组合的应用，用于华仁杏种质鉴定的操作方法包括如下步骤：
[0009](1)提取华仁杏样品的基因组DNA；
[0010](2)以步骤(1)提取得到的基因组DNA为模板，利用微卫星分子标记引物组合进行PCR扩增，获得PCR产物；
[0011](3)对PCR扩增产物进行多态性检测，根据扩增产物的分子量大小对不同华仁杏种质进行区别、评价和遗传参数估算，进而完成华仁杏种质鉴定。
[0012]本专利技术的技术方案取得了如下有益的技术效果：
[0013]本专利技术华仁杏微卫星分子标记引物组合能够解决目前华仁杏现有遗传标记开发精度受限、传标记数量少，鉴定精度不足，针对性或重复性差的问题，可用于华仁杏遗传资源评价、种质鉴定及分子标记辅助育种。
附图说明
[0014]图1本专利技术实施例中引物HS1
‑
HS96在华仁杏品种
‘
优一
’
中的琼脂糖扩增片段示意
图；
[0015]图2本专利技术实施例中引物HS97
‑
HS192在华仁杏品种
‘
优一
’
中的琼脂糖扩增片段示意图；
[0016]图3本专利技术实施例中引物H3856在华仁杏品种12054中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0017]图4本专利技术实施例中引物H3856在华仁杏品种龙王帽中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0018]图5本专利技术实施例中引物H4628在华仁杏品种12054中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0019]图6本专利技术实施例中引物H4628在华仁杏品种龙王帽中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0020]图7本专利技术实施例中引物H381在华仁杏品种11
‑
6中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0021]图8本专利技术实施例中引物H381在华仁杏品种80D05中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0022]图9本专利技术实施例中引物H381在华仁杏品种11Y09中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0023]图10本专利技术实施例中引物H1572在华仁杏品种11
‑
6中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0024]图11本专利技术实施例中引物H1572在华仁杏品种80D05中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0025]图12本专利技术实施例中引物H1572在华仁杏品种11Y09中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0026]图13本专利技术实施例中引物HS18在华仁杏品种龙王帽中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0027]图14本专利技术实施例中引物HS7在华仁杏品种YB5中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0028]图15本专利技术实施例中引物HS40在华仁杏品种G2中的毛细管电泳扩增片段长度图谱；
[0029]图16本专利技术实施例中引物HS113在华仁杏品种YB5中的毛细管电泳扩增片段长度图谱。
具体实施方式
[0030]1材料与方法
[0031]1.1试验材料
[0032]转录组测序样本来源于华仁杏品种“中仁1号”幼果。测序时每株树采4个幼果，3次重复，RNA
‑
Seq转录组测序试验委托联川生物技术有限公司进行。测序结果组装采用De Novo的方法(参见Grabherr M G，Haas B J，Yassour M，et al.Full
‑
length transcriptome assembly from RNA
‑
Seq data without a reference genome)，组装后共
得到25692条Unigene，作为微卫星标记开发的基础数据。SSR分子标记扩增试验及位点检测分析所用的样本来自华仁杏的主栽品种及优良无性系。
[0033]1.2试验方法
[0034]1.2.1样本DNA提取
[0035]每个品种或无性系取1至两片嫩叶，采用试剂盒对叶片进行DNA提取，采用琼脂糖凝胶电泳和nondrop检测提取的DNA浓度和质量，DNA提取后
‑
20℃保存备用。
[0036]1.2.2转录组微卫星位点的鉴别和引物设计
[0037]以转录组测序数据为基础，采用MISA软件进行微卫星位点查找，查找标准为2、3、4、5、6核苷酸的最小重复次数分别为6次、5次、5次、5次、5次。用Primer3软件进行引物批量设计。设计标准为：微卫星位点侧翼序列长度≥50bp；PCR产物大小在100～350bp；引物长度在18～26bp；引物解链温度Tm在55～70℃之间；上下游引物的解链温度Tm≦2℃；GC含量在40％～60％之间。引物设计过程中尽量避免错配和引物二聚体的出现，引物设计完成后在数据库中对引物进行Blast验证。
[0038]1.2.3引物筛选与PCR扩增
[0039]经过评估和筛选，最终合成的引物用于PCR扩增，微卫星位点主要分布在2
‑
5个核苷酸重复单元。PCR反应体系为20μL，其中2
×
Taq Master Mix10μL；10μmol
·
L
‑1的正反向引物各0.5μL；dd 本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.华仁杏微卫星分子标记引物组合，其特征在于，由20对微卫星分子标记引物组成，20对微卫星分子标记引物对应的核苷酸序列如SEQ ID NO.1
‑
40所示。2.华仁杏微卫星分子标记引物组合的应用，其特征在于，将如权利要求1所述的华仁杏微卫星分子标记引物用于华仁杏遗传资源评价、种质鉴定或分子标记辅助育种。3.根据权利要求2所述的华仁杏微卫星...

【专利技术属性】
技术研发人员：赵罕，彭辉，周红敏，郭欢欢，孔新旗，张杰，范程豪，
申请(专利权)人：中国林业科学研究院经济林研究所，
类型：发明
国别省市：