LINE1的抑制剂及其用途制造技术

本发明专利技术涉及用于医学使用的(长散在元件1)LINE1(L1)表达的阻遏物或抑制剂。LINE1(L1)表达的阻遏物或抑制剂。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】LINE1的抑制剂及其用途
专利

[0001]本专利技术涉及用于医学使用的(长散在元件1)LINE1(L1)表达的阻遏物或抑制剂，特别是用于在治疗和/或预防以下中使用：原发性或继发性免疫缺陷，或展示免疫抑制表型的疾病，优选地癌症和/或转移，更优选地肺癌，甚至更优选地非小细胞肺癌(NSCLC)，或结肠直肠癌(CRC)，或病毒性疾病。
[0002]专利技术背景
[0003]转座元件(TE)解释了基因组演化和个体间遗传变异。
[0004]人类基因组的三分之二由重复元件(66％)组成，重复元件中仅转座元件(TE)就占人类基因组组成的40％
‑
45％
1,2
。对于基因组生物学家来说，一个令人感兴趣的问题是解开基因组这一“暗面”的功能，它仍然代表着一种“有生命的物质”，演化可以对其起作用而产生新的功能。现在很清楚，TE调节基因组的能力主要在于产生复杂的大量的RNA调节网络，这继而影响细胞的转录输出3‑5。TE分为四个不同的类别，并且除DNA转座子外，主要是逆转录转座子，逆转录转座子通过使用RNA作为中间体，经由“复制和粘贴”机制获得了移动的能力。逆转录转座子包括长散在元件(LINE)、短散在元件(SINE)和长末端重复序列(LTR)逆转录转座子。根据它们是否具有编码逆转录转座所需机制的ORF，它们进一步被分类为自主或非自主的6。
[0005]LINE是一类非常古老且演化成功的转座子。在人类基因组中发现了三个LINE超家族：LINE1、LINE2和LINE3，其中只有LINE1仍有活性。全长LINE1(L1)元件长大约6kb，并且构成基因组的自主成分。LINE1元件具有内部聚合酶II启动子，并编码两个开放阅读框即ORF1和ORF2(图1)7。在L1 RNA被转录后，它被输出到细胞质进行翻译，并且随后与伴侣RNA结合蛋白ORF1和核酸内切酶和逆转录酶ORF2组装。然后这些核糖核颗粒(ribonucleoparticle)被再输入细胞核中，在那里ORF2产生单链切口，并从L1 RNA的3
’
末端引发逆转录。逆转录经常导致许多截短的、无功能的插入，并且因此大多数LINE衍生的重复序列都很短，平均大小为约900
‑
1000bp。估计L1在人类基因组中存在超过500,000个拷贝7。
[0006]L1机制还负责SINE的逆转录转座(SINE可分为三个超家族：Alu、MIR、MIR3)，SINE是没有任何编码潜力的非自主逆转录元件，长度短(约300bp)，并且从聚合酶III启动子转录(图1)。最具代表性的人类特异性SINE超家族Alu在人类基因组中有1,090,000个拷贝8。
[0007]LTR逆转录转座子由转录调节元件嵌入的长末端直接重复序列(long terminal direct repeats)起始和终止。自主LTR逆转录转座子包含gag和pol基因，它们编码逆转录酶、整合酶、蛋白酶和RNA酶H(图1)。LTR有四个超家族：I类ERV、II类ERV(K)、III类ERV(L)和MalR。MalR是LTR最具代表性的超家族，有240,000个拷贝9。
[0008]演化生物学家假设，自我复制性RNA基因组是地球上早期生命的基础，并且逆转录的出现在第一个DNA基因组(更稳定的基于脱氧核糖的聚合物)的演化中起着关键作用
6,10
。从这个角度来看，多轮逆转录可能有助于扩大人类基因组的大小和复杂性。在哺乳动物和植物两者中特别明显的是，逆转录转座子已经大量积累，驱动基因组演化。据报道，L1和Alu代表了人类基因组演化的最重要的催化剂
11
，并且TE之间的同源重组可能已经驱动/正在驱
动突变、染色体重排、缺失、倒位和易位
12
。TE是体细胞基因组多样性和个体间变异的主要来源
13
，并且TE插入已被显示是生理发生的
14
‑
16
。特别是，发生在从果蝇(fly)到人的神经元中的L1逆转录转座被大量描述
17
‑
19
，是一种在神经祖细胞发育和分化中被微调和表观遗传学调节的机制，有助于脑中神经元的体细胞多样化
13,20
。TE活性的失调如今正成为许多不同疾病的重要促成因素，因为它发生在神经疾病、炎症和癌症疾病中
21
‑
23
。
[0009]宿主已经产生了许多控制TE的表达和扩展
24
(因此，表观遗传修饰和非编码RNA，诸如Piwi相互作用RNA)以限制TE逆转录转座的可能有害效应的系统。这种扩展实现了有害和有益效应之间的平衡，可能成为促进通过演化获得的基因组功能的新的调节机制3。如今公认，在小鼠和人类两者中，TE已经被吸收到用于适应宿主基因组代谢和转录的多种调节功能中，由它们的DNA元件和它们转录的RNA对应物两者介导。
[0010]不仅仅是转座：TE RNA是新调节功能的丰富来源。
[0011]近80年前，Barbara McClintock首次在玉米中发现了TE。她认为这些元件是能够调节基因活性的“控制元件”25,26
。她的理论，尽管被摒弃了很长时间，却是开创性的，并且随着下一代测序(NGS)技术的出现，已经被彻底修改。目前出现的概念是，TE与宿主基因组的转录调节功能相互作用
3,4,27,28
。
[0012]尽管大量的文献集中于逆转录转座和从头插入效应的研究，但值得注意的是TE可以具有与其逆转录转座解耦的RNA调节功能。
[0013]ENCODE(Encyclopedia of DNA Elements，DNA元件百科全书)和FANTOM(Functional Annotation of the Mammalian Genome，哺乳动物基因组功能注释)等十年长的国际项目产生了数量巨大的数据集并对其进行了生物信息学分析，为研究TE开辟了道路。这些结果揭示，TE在建立和影响细胞类型特异性转录程序方面具有精确的功能，产生了由TE的基因组元件和衍生的转录物促进的调节网络
3,28
，揭示了从这些元件转录的RNA可能具有各种各样的功能，这无疑改变了许多基因组学概念在教科书中的书写方式
29
。
[0014]这些研究阐明了，TE可以产生新的或替代的启动子
30
，促进转录因子
31
和表观遗传修饰物
32
的组装，并且有利于它们的传播和基因表达的调控。此外，TE特别是SINE和HERV已被显示在3D基因组折叠中具有功能，作为染色质组织器(chromatin organizers)的结合位点
33
‑
35
。
[0015]在2009年Faulkner等人
36
首次显示TE在人类和小鼠细胞类型中以组织特异性表达模式广泛表达，提示逆转录转座子的特异性时空激活。Fau本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.(长散在元件1)LINE1(L1)表达的阻遏物或抑制剂，用于在治疗和/或预防以下中使用：原发性或继发性免疫缺陷，或展示免疫抑制表型的疾病，优选地癌症和/或转移，更优选地肺癌，甚至更优选地非小细胞肺癌(NSCLC)，或结肠直肠癌(CRC)，或病毒性疾病，诸如由人类免疫缺陷病毒(HIV)引起的免疫缺陷，或淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒(LCMV)其中L1包含与SEQ ID NO:1、2或3具有100％、99％、98％、97％、96％、95％、90％、85％、80％同一性的序列或由其组成。2.LINE1(L1)表达的阻遏物或抑制剂，用于医学使用，其中L1包含与SEQ ID NO:1、2或3具有100％、99％、98％、97％、96％、95％、90％、85％、80％同一性的序列或由其组成。3.根据权利要求1或2所述的用于使用的阻遏物或抑制剂，其中L1包含SEQ ID NO:1、2或3或由其组成。4.根据前述权利要求中任一项所述的用于使用的阻遏物或抑制剂，其中所述阻遏物或抑制剂是至少一种选自由以下组成的组的分子：a)多核苷酸，诸如反义构建体、反义寡核苷酸、RNA干扰构建体或siRNA或编码其的多核苷酸，b)抗体或其片段；c)多肽；d)小分子；e)编码所述抗体或所述多肽或其功能性衍生物的多核苷酸；f)包含或表达a)或e)中定义的所述多核苷酸的载体；g)CRISPR/Cas9组分，例如sgRNA；h)表达所述多肽或所述抗体或包含a)或e)中定义的所述多核苷酸或g)的至少一种组分的遗传工程化宿主细胞。5.根据权利要求4所述的用于使用的阻遏物或抑制剂，其中所述多核苷酸是分离的靶向LINE1的抑制性核酸。6.根据权利要求5所述的用于使用的阻遏物或抑制剂，其中所述抑制性核酸包含与SEQ ID NO:1、2或3的10个至50个连续核苷酸互补的核苷酸序列。7.根据权利要求6所述的用于使用的阻遏物或抑制剂，其中所述抑制性核酸是至少一种RNA抑制剂，优选地选自由以下组成的组：反义寡核苷酸(ASO)、gapmer、mixmer、shRNA、siRNA、stRNA、snRNA，更优选地所述抑制性核酸是被修饰的，诸如2
’‑
脱氧
‑2’‑
氟
‑
β
‑
D
‑
阿糖核酸(FANA)ASO，和/或包含一个或更多个修饰的键或碱基。8.根据权利要求7所述的用于使用的阻遏物或抑制剂，其中所述ASO包含能够与包含SEQ ID NO:1、2或3或由SEQ ID NO:1、2或3组成的序列杂交或互补的序列。9.根据权利要求1
‑
8中任一项所述的用于使用的阻遏物或抑制剂，用于在T细胞，优选地CD4+T初始细胞或CD8+T细胞、CD4+肿瘤浸润淋巴细胞和CD8+...

【专利技术属性】
技术研发人员：比阿特丽斯，
申请(专利权)人：缇万治疗有限责任公司，
类型：发明
国别省市：