一种胆管癌的检测分子标志物及其应用制造技术

本发明专利技术涉及基因工程技术领域，公开了一种胆管癌的检测分子标志物及其应用。所述检测分子标志物选自免疫相关lncRNA基因；所述免疫相关lncRNA基因包括OCIAD1

【技术实现步骤摘要】
一种胆管癌的检测分子标志物及其应用


[0001]本专利技术涉及基因工程
，具体涉及一种胆管癌的检测分子标志物及其应用。

技术介绍

[0002]胆管癌是起源于肝胆管的恶性肿瘤，其发病率约占原发性肝癌的10％
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15％，且发病率和死亡率均处于逐年上升的趋势。尽管目前肝内胆管癌的治疗手段多样，手术切除仍是唯一的根治手段，且患者术后复发率高，患者预后往往较差。患者的临床指标例如肿瘤分期和组织学分级是影响患者预后的重要因素。然而，临床指标相似的患者有时也会有完全不同的预后情况，因此，寻找新的标志物评估患者的预后并帮助临床医生制定个体化的治疗手段对于改善患者预后是具有重大意义。
[0003]随着基因测序技术的发展，许多疾病的分子生物学机制逐渐被揭示，并且有越来越多针对特定分子靶点的药物问世。长链非编码RNA(long non
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coding RNAs,lncRNAs)是一种不编码蛋白的RNA。然而，lncRNA能够作为调节元件参与许多生理学过程并影响多种肿瘤的发生和发展。越来越多的研究证实lncRNA能够作为预后的分子标记物应用与多种肿瘤。对于胆管癌，已有许多研究报道lncRNA在其发生和发展中发挥着重要作用。例如，HEIH和PCTA6能够促进胆管癌细胞增殖和侵袭,TUG1能够影响胆管癌细胞的转移。HOTAIR能够抑制胆管癌细胞的凋亡和自噬。另外，还有诸多lncRNA例如CCAT1，TTN
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AS1和RHPN1
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AS1能够作为胆管癌预后的分子标记物。近期研究发现免疫微环境和免疫调节在肿瘤的进展中发挥着重要的作用。lncRNA也能通过调节免疫微环境影响肿瘤的生物学过程。
[0004]胆管癌患者缺乏准确高效的检测标志物，且临床指标难以准确预测患者预后，导致医生对于患者的预后难以准确判断并制定出合理的个性化治疗方案。因此，需要寻找新的肿瘤标志物以提高早期诊断，助力临床医生对患者预后的判断并制定对应的免疫治疗策略。因此有必要研究一种更合理的基于免疫相关lncRNA的胆管癌患者的检测分子标志物，更真实地预测预后，并评估肿瘤内部免疫细胞浸润情况，预测免疫治疗应答。

技术实现思路

[0005]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种胆管癌的检测分子标志物及其应用。
[0006]本专利技术的第一方面提供一种胆管癌的检测分子标志物。
[0007]具体的，所述检测分子标志物选自免疫相关lncRNA基因；
[0008]所述免疫相关lncRNA基因包括OCIAD1
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AS1、LINC02761、ZNF667
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AS1、HPN
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AS1、HORMAD2
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AS1。
[0009]进一步优选的，所述免疫相关lncRNA基因均参与免疫相关作用。
[0010]优选的，编码所述OCIAD1
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AS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。
[0011]优选的，编码所述LINC02761的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。
[0012]优选的，编码所述ZNF667
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AS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。
[0013]优选的，编码所述HPN
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AS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
[0014]优选的，编码所述HORMAD2
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AS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示。
[0015]优选的，所述检测分子标志物的筛选方法包括以下步骤：
[0016](1)查阅文献及数据库，获取免疫相关基因；
[0017](2)下载并获取TCGA数据库中胆管癌的lncRNA基因测序结果、临床信息、随访资料，对正常组织与肿瘤组织中相关基因的表达进行差异分析，获取差异表达的免疫相关lncRNA基因；
[0018](3)筛选预后相关的差异表达lncRNA基因即为检测分子标志物。
[0019]本专利技术的第二方面提供一种检测分子标志物在制备检测胆管癌的产品中的应用。
[0020]具体的，根据所述检测分子标志物的表达量计算风险评分，所述风险评分的计算公式为：风险评分＝(0.262*OCIAD1
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AS1的表达量)+(0.068*LINC02761的表达量)+(0.145*ZNF667
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AS1的表达量)+(0.093*HPN
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AS1的表达量)+(0.073*HORMAD2
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AS1的表达量)。
[0021]优选的，当所述风险评分0
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0.485时为低风险评分；当所述风险评分高于0.486时为高风险评分。
[0022]进一步优选的，所述计算风险评分的公式主要是通过LASSO
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COX回归模型得到，先通过LASSO(Least absolute shrinkage and selection operator)回归进行变量的筛选，然后进一步构建COX回归模型进行预后分析，可得到更好的数学模型分析患者某些lncRNA表达与预后的关系。具体操作方法是通过R语言的“glmnet”和“survival”包，导入患者的临床数据及筛选得到的lncRNA数据后通过程序计算得到的结果。
[0023]更进一步优选的，所述采用LASSO
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COX回归模型相较于单变量COX回归模型能够更好地考虑变量之间多重共线性的影响。
[0024]优选的，所述产品包括试剂盒、芯片。
[0025]相对于现有技术，本专利技术的有益效果如下：
[0026]本专利技术通过筛选免疫相关lncRNA的相关基因，获得5个检测分子标志物分别是OCIAD1
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AS1、LINC02761、ZNF667
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AS1、HPN
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AS1、HORMAD2
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AS1。利用本专利技术检测分子标志物可更准确计算胆管癌患者的风险评分。
附图说明
[0027]图1为本专利技术8个预后相关lncRNA基因的LASSO回归结果分析图；
[0028]图2为本专利技术交叉验证试验确认最佳参数值的分析图；
[0029]图3为本专利技术确定5个lncRNA基因的单因素COX回归分析图；
[0030]图4为本专利技术ROC曲线图；
[0031]图5为本专利技术不同预测时间的ROC曲线图；
[0032]图6为本专利技术高低风险组患者的生存分析图；
[0033]图7为本专利技术不同患者的风险评分的分布图；
[0034]图8为本专利技术每个患者的生存情况图。
具体实施方式
[0035]为了让本领域技术人员更加清楚明白本专利技术所述技术方案，现列举以下实施例进行说明。需要指出的是，以下实施例对本专利技术要求的保护范围不构成限制作本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种胆管癌的检测分子标志物，其特征在于，所述检测分子标志物选自免疫相关lncRNA基因；所述免疫相关lncRNA基因包括OCIAD1
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AS1、LINC02761、ZNF667
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AS1、HPN
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AS1、HORMAD2
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AS1。2.根据权利要求1所述的检测分子标志物，其特征在于，编码所述OCIAD1
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AS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。3.根据权利要求1所述的检测分子标志物，其特征在于，编码所述LINC02761的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。4.根据权利要求1所述的检测分子标志物，其特征在于，编码所述ZNF667
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AS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。5.根据权利要求1所述的检测分子标志物，其特征在于，编码所述HPN
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AS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。6.根...

【专利技术属性】
技术研发人员：严庆，吴桑晴，陈焕伟，
申请(专利权)人：佛山市第一人民医院，
类型：发明
国别省市：