一种基于多聚单核苷酸多态性的猪10K液相芯片及其应用制造技术

本发明专利技术涉及基因分子育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性的猪10K液相芯片及其应用。本发明专利技术在保持液相芯片设计基本原则下，对已有芯片增加新标记，并利用多聚单核苷酸多态性技术对探针进行优化，产生更多分型质量高、在探针区域内与靶位点SNP连锁不平衡中等的SNP标记，提高芯片的有效标记数量。本发明专利技术的mSNP液相芯片使可检测的SNP数目增加到靶位点SNP标记数的1.5

【技术实现步骤摘要】
一种基于多聚单核苷酸多态性的猪10K液相芯片及其应用


[0001]本专利技术涉及生物育种领域，具体涉及基于多聚单核苷酸多态性（multiple dispersed nucleotide polymorphism,mSNP）的猪10K液相芯片及其应用。

技术介绍

[0002]随着分子生物学技术的突飞猛进，以基因组选择技术为核心的生物育种技术在奶牛、猪、鸡、作物、林木和水产生物开始大量研究和应用，带来了畜禽育种的巨大变革，成为推动畜禽育种前进的强大动力。目前，基因组选择也是我国种业振兴计划中大力发展的育种技术。基因组选择的一个前提是对个体进行快速高通量的基因型分型检测，单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism, SNP）具有数量庞大，在基因组范围分布广泛、较为方便地进行大规模快速筛查以及基因分型等特点，被认为是目前最佳的分子标记。基因组选择，正是利用覆盖于全基因组的SNP标记计算个体的基因组育种值，进而选择优秀个体。随着分子检测技术发展，能够进行高通量基因分型的SNP芯片应运而生。
[0003]理论研究和本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于多聚单核苷酸多态性的10K液相芯片的SNP标记筛选和探针制备的方法，其以猪品种全基因组测序数据，挖掘并筛选靶位点SNP，再针对靶位点SNP设计探针并优化，最终得到确定的探针，所述方法包括以下步骤：步骤一、确定靶位点SNP：通过下述方式筛选获得靶位点SNP作为确定的靶位点SNP：(1)初步筛选的靶位点SNP标记：基于杜洛克、大白、长白三个猪品种全基因组测序数据，比对至猪11.1参考基因组，依据标记间距和基因功能注释挑选标记筛选靶向捕获位点，即靶位点SNP，靶位点SNP筛选的原则是：
①
各染色体上分布均匀、各染色体两端分布较密；
②
标记间距大于280Kb；
③
生长、繁殖、饲料报酬、肉质、体尺性状重要候选位点；
④
QTLdb数据库比对，SNP标记尽量落在经济性状QTL区域；如此得到的标记作为靶位点SNP；(2)靶位点SNP补充和优化：在初筛步骤得到靶位点SNP的基础上，补充和优化多态性高、区域连锁不平衡程度中等的标记，原则如下：
①
多态性主要考虑杜洛克、长白猪、大白猪中MAF>0.35；
②
与上下游SNP标记平均连锁不平衡程度r2低于0.85；步骤二、根据确定的靶位点SNP设计探针：利用多聚单核苷酸多态性检测技术，以每个靶位点SNP为核心，设计1
‑
4个110bp长度探针，每个探针覆盖靶位点，以靶位点为核心的探针总覆盖165bp长度区间；而探针设计的原则是：1)选取探针含量在30%
‑
80%之间的；2)选取同源性区域个数≤5的；3)选取探针区域不包含SSR、N区域的；步骤三、挑选含高质量mSNP的探针并优化探针：对探针进行杂交和测序，检测靶位点在内的mSNP基因型分型质量，设定缺失率NA<0.1，最小等位基因频率MAF>=0.05，杂合度Het<0.5，作为标准筛选mSNP，去掉不符合要求的mSNP，若探针没有符合标准要求的mSNP，删去该探针和靶位点，符合质检要求的mSNP，最终作为10K mSNP液相芯片的靶位点。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述猪品种全基因组测序数据是11.1参考基因组；所述靶位点SNP筛选的原则是：
①

【专利技术属性】
技术研发人员：丁向东，刘华涛，李淑娟，张梓鹏，都鹤鹤，邵玉如，王楚端，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：