基于RPA-CRISPR技术的猴痘快速灵敏检测引物组及其用途制造技术

本发明专利技术涉及一种用于检测猴痘病毒的引物组合物及其用途，该引物组合物包含：用于扩增N3R基因的引物对和靶向N3R基因的crRNA；和/或用于扩增N4R基因的引物对和靶向N4R基因的crRNA。采用该引物组合物以RPA

【技术实现步骤摘要】
基于RPA
‑
CRISPR技术的猴痘快速灵敏检测引物组及其用途


[0001]本专利技术涉及基于CRISPR技术的基因检测
，尤其涉及一种基于RPA
‑
CRISPR技术的用于检测猴痘病毒的引物组合物及其用途。

技术介绍

[0002]痘病毒(Poxvirus)是一类有包膜的基因组较大的线型双链DNA病毒，包括痘苗病毒(Vaccinia virus)、天花病毒(Variola virus)、牛痘病毒(Cowpox virus)和猴痘病毒(Monkeypox virus)等。痘病毒拥有大量基因组，在不同种属间130～375kbp的序列中包含多达328个开放阅读框(Open Reading Frames,ORFs)。
[0003]痘病毒作为一类广泛存在的病原，多数成员能够感染人和多种动物且能引起死亡，并且可以通过密切接触皮肤损伤、体液、呼吸道飞沫和被褥等受污染物体在人与人之间传播。作为痘病毒之一的天花，曾在人类历史上造成数以万计的死亡。在19世纪至20世纪，利用痘苗病毒作为疫苗进行大规模接种预防天花，在消除天花的过程中起到至关重要的作用。
[0004]天花消灭后，其他动物源性痘病毒如猴痘病毒的感染陆续被发现。猴痘感染后潜伏期长，一般为10
‑
14天，临床表现主要为起疹、发热、淋巴结肿大等。这些特征表明，此轮猴痘病毒的传播具有隐匿性，具有较高的人传人风险，阻断猴痘病毒感染更具有挑战性。
[0005]考虑到猴痘病毒有较强的感染与传播能力，如何实现对其快速准确的诊断，从而对感染病患实现有效的隔离防治，保障公共卫生安全是目前最为重要紧迫的事情。因此，一种针对猴痘病毒有效的快速、灵敏、准确的检测方法亟需建立。

技术实现思路

[0006]有鉴于此，本专利技术的目的是提出一种用于检测猴痘病毒的引物组合物及其用途，采用该引物组合物以RPA
‑
CRISPR技术检测猴痘病毒，能够针对猴痘病毒传播广和较稳定的特点，进行特异、灵敏、简易、快速的现场检测，有助于临床诊断和检测。
[0007]基于上述目的，本专利技术的第一个方面提供了一种用于检测猴痘病毒的引物组合物，其包含：
[0008]用于扩增N3R基因的引物对和靶向N3R基因的crRNA；和/或
[0009]用于扩增N4R基因的引物对和靶向N4R基因的crRNA；
[0010]其中，用于扩增N3R基因的引物对选自以下引物对中的任一种：
[0011](1)由SEQ ID NO.37和SEQ ID NO.40所示序列组成的引物对11；
[0012](2)由SEQ ID NO.37和SEQ ID NO.41所示序列组成的引物对12；
[0013](3)由SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.40所示序列组成的引物对13；
[0014](4)由SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.41所示序列组成的引物对14；和
[0015](5)由SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.42所示序列组成的引物对15；
[0016]靶向N3R基因的crRNA选自SEQ ID NO.15
‑
19所示序列中的任一种；
[0017]用于扩增N4R基因的引物对选自以下引物对中的任一种：
[0018]①
由SEQ ID NO.44和SEQ ID NO.47所示序列组成的引物对16；
[0019]②
由SEQ ID NO.44和SEQ ID NO.48所示序列组成的引物对17；
[0020]③
由SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.46所示序列组成的引物对18；
[0021]④
由SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.47所示序列组成的引物对19；和
[0022]⑤
由SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.48所示序列组成的引物对20；
[0023]靶向N4R基因的crRNA选自SEQ ID NO.20
‑
24所示序列中的任一种。
[0024]在本专利技术的优选的实施方案中，上述引物组合物还包含：
[0025]用于扩增D6R基因的引物对和靶向D6R基因的crRNA；和/或
[0026]用于扩增E9L基因的引物对和靶向E9L基因的crRNA；
[0027]其中，用于扩增D6R基因的引物对选自以下引物对中的任一种：
[0028]a.由SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.28所示序列组成的引物对1；
[0029]b.由SEQ ID NO.28和SEQ ID NO.29所示序列组成的引物对2；
[0030]c.由SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.30所示序列组成的引物对3；
[0031]d.由SEQ ID NO.26和SEQ ID NO.28所示序列组成的引物对4；和
[0032]e.由SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28所示序列组成的引物对5；
[0033]靶向D6R基因的crRNA选自SEQ ID NO.5
‑
9所示序列中的任一种；
[0034]用于扩增E9L基因的引物对选自以下引物对中的任一种：
[0035]I.SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.35所示序列的引物对6；
[0036]II.SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.36所示序列的引物对7；
[0037]III.SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.34所示序列的引物对8；
[0038]IV.SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.35所示序列的引物对9；和
[0039]V.SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.36所示序列的引物对10；
[0040]靶向E9L基因的crRNA选自SEQ ID NO.10
‑
14所示序列中的任一种。
[0041]在本专利技术的优选的实施方案中，用于扩增N3R基因的引物对为：
[0042](2)由SEQ ID NO.37和SEQ ID NO.41所示序列组成的引物对12；
[0043]靶向N3R基因的crRNA为SEQ ID NO.15所示序列；
[0044]用于扩增N4R基因的引物对为：
[0045]③
由SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.46所示序列组成的引物对18；
[0046]靶向N4R基因的crRNA为SEQ ID NO.20所示序列。
[0047]在本专利技术的优选的实施方案中，用于扩增D6R基因的引物对为：
[0048]a.由SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.28所示序列组成的引物对1；
[0049]靶向D6R基因的crRNA为SEQ ID NO.5所示序列；
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测猴痘病毒的引物组合物，其包含：用于扩增N3R基因的引物对和靶向N3R基因的crRNA；和/或用于扩增N4R基因的引物对和靶向N4R基因的crRNA；其中，用于扩增N3R基因的引物对选自以下引物对中的任一种：(1)由SEQ ID NO.37和SEQ ID NO.40所示序列组成的引物对11；(2)由SEQ ID NO.37和SEQ ID NO.41所示序列组成的引物对12；(3)由SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.40所示序列组成的引物对13；(4)由SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.41所示序列组成的引物对14；和(5)由SEQ ID NO.38和SEQ ID NO.42所示序列组成的引物对15；靶向N3R基因的crRNA选自SEQ ID NO.15
‑
19所示序列中的任一种；用于扩增N4R基因的引物对选自以下引物对中的任一种：
①
由SEQ ID NO.44和SEQ ID NO.47所示序列组成的引物对16；
②
由SEQ ID NO.44和SEQ ID NO.48所示序列组成的引物对17；
③
由SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.46所示序列组成的引物对18；
④
由SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.47所示序列组成的引物对19；和
⑤
由SEQ ID NO.45和SEQ ID NO.48所示序列组成的引物对20；靶向N4R基因的crRNA选自SEQ ID NO.20
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24所示序列中的任一种。2.根据权利要求1所述的引物组合物，其中，还包含：用于扩增D6R基因的引物对和靶向D6R基因的crRNA；和/或用于扩增E9L基因的引物对和靶向E9L基因的crRNA；其中，用于扩增D6R基因的引物对选自以下引物对中的任一种：a.由SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.28所示序列组成的引物对1；b.由SEQ ID NO.28和SEQ ID NO.29所示序列组成的引物对2；c.由SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.30所示序列组成的引物对3；d.由SEQ ID NO.26和SEQ ID NO.28所示序列组成的引物对4；5和e.由SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28所示序列组成的引物对5；靶向D6R基因的crRNA选自SEQ ID NO.5
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9所示序列中的任一种；用于扩增E9L基因的引物对选自以下引物对中的任一种：0I.SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.35所示序列的引物对6；II.SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.36所示序列的引物对7；III.SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.34所示序列的引物对8；IV.SEQ ID NO.32和SEQ ID NO.35所示序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：郭斐，许丰雯，赵斐，胡亚美，梅珊，
申请(专利权)人：中国医学科学院病原生物学研究所，
类型：发明
国别省市：