一种肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药检测基因的筛选方法技术

本发明专利技术公开一种肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药检测基因的筛选方法，属于生物和分子诊断技术领域，基于不同的数据库构建不同的肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药相关基因数据集；对获取的数据集按照一定标准进行纳入或排除；对数据集进行log2(x+1)对数标准化；对三组DEG数据进行整合获得肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药治疗反应的核心基因。本发明专利技术对HCC TKI耐药靶点进行检测，受众广泛、高灵敏、研发成本合理并且检测时间短，不但可以准确预判患者治疗反应，还能动态检测患者对药物的反应，及时调整治疗策略，推动精准医疗，对数量巨大的HCC患者具有重要的临床意义与社会经济价值。临床意义与社会经济价值。临床意义与社会经济价值。

【技术实现步骤摘要】
一种肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药检测基因的筛选方法


[0001]本专利技术属于生物和分子诊断
，具体涉及一种肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药检测基因的筛选方法。

技术介绍

[0002]肝癌是严重威胁人类健康的恶性肿瘤，以多靶点小分子酪氨酸酶抑制剂(Tyrosine kinase inhibitors，TKI)为基础的联合方案已成为抗肝癌一线治疗的中坚力量。索拉非尼、乐伐替尼及瑞戈非尼为代表的TKI药物已是国内外肝癌治疗指南推荐使用等级最高的药物。以索拉非尼为例，虽部分患者可临床获益，但6个月内发生耐药进展，远期生存获益转化效果依然较差。最新数据统计，肝癌治疗的5年总生存(OS)率仅为12.1％，耐药性的产生便是关键因素之一。而尽管对肝癌TKI耐药的研究持续了十余年，仍未有经过验证的预测耐药或治疗反应性检测指标。
[0003]近年来，免疫治疗在临床实践中取得可喜的成果，如肝癌标志物AFP、AFU、DCP、GPC
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3和CA199，但这些研究集中在肝癌的辅助诊断和相关预后领域，且靶向药物耐药相关研究也都集中于泛实体瘤、泛基因层面本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药检测基因的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)基于不同的数据库构建不同的肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药相关基因数据集；(2)对获取的数据集按照一定标准进行纳入或排除；(3)对步骤(2)符合要求的数据集进行log2(x+1)对数标准化；(4)对标准化后的数据集计算标准化均数差(SMD)，并对SMD建立效应模型获取；根据SMD结果选取DEG；(5)对DEG进行验证其可靠性；(6)利用CRISPR Screen技术获取内部酪氨酸激酶抑制剂耐药相关DEG；(7)通过时间序列试验获取肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药相关的DEG；(8)将步骤(3)、(6)和(7)数据DEG进行整合获得肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药治疗反应的核心基因。2.根据权利要求1所述的一种肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药检测基因的筛选方法，其特征在于，步骤(2)中，纳入标准为：
①
研究对象物种为人；
②
数据集中包含TKI处理HCC样本或TKI耐药样本和对照样本，即安慰剂处理HCC样本或无TKI耐药性HCC组织细胞样本；
③
数据集中包含mRNA表达数据；排除标准为：
①
研究对象物种为动物或植物；
②
数据集中样本不是HCC组织和非HCC肝组织，如HCC相关细胞系；
③
数据集中没有安慰剂处理HCC样本或无TKI耐药性HCC组织细胞样本作为对照；
④
数据集中不含mRNA表达数据。3.根据权利要求1所述的一种肝癌酪氨酸激酶抑制剂耐药检测基因的筛选方法，其特征在于，步骤(3)中，当数据集之间存在显著异质性时，采用随机效应模型，通过I2值>50％和卡方检验p值<0.1判断；否则，采用固定效应模型进行SMD计算；当相应的95％置信区间(CI)不包含0时，SMD的结果具有统计学意义。4.根据权利要求1所述的一种肝癌酪氨酸激...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄庆玲，何融泉，刘翠珍，黄志广，黄婉英，蔡开腾，李明杰，罗嘉嫄，陈罡，张梦迪，陈思余，林锐，黄思玮，
申请(专利权)人：广西医科大学，
类型：发明
国别省市：