一种用于检测高度近视风险的引物组合、试剂盒及应用制造技术

本发明专利技术提供了一种用于检测高度近视风险的引物组合、试剂盒及应用，涉及生物检测技术领域。该引物组合包括用于扩增高度近视风险相关SNP位点的引物，高度近视风险相关SNP位点包括SNP1

【技术实现步骤摘要】
一种用于检测高度近视风险的引物组合、试剂盒及应用


[0001]本申请涉及生物检测
，尤其涉及一种用于检测高度近视风险的引物组合、试剂盒及应用。

技术介绍

[0002]高度近视(HM)是一种常见的复杂特征性眼病。目前已有证据表明，遗传因素在高度近视的发展中起着重要作用，即高度近视易感基因的鉴定将揭示其发生的风险。
[0003]单核苷酸多态性(SNPs)是指在基因组水平上发生的、由单个碱基的改变引起的脱氧核糖核酸(DNA)序列多态性。近年来有文献报道,相关基因位点上的SNPs的变化与近视的发生发展密切相关。随着现代检测技术的迅猛发展，全基因组SNP芯片、全基因组测序、外显子组测序和目标区域再测序等技术方法在高度近视基因研究中得到了广泛应用，但这些检测方法检测周期长、位点多、分析方法复杂，且存在费用高、预测准确性不足等缺陷，影响了其推广使用。
[0004]高分辨率熔解分析技术(High Resolution Melting analysis),简称HRMA，该技术主要是基于核酸分子物理性质的不同，不同核酸分子的片段长短、GC含量、GC分布等是不同的，因此任何双链DNA分子在加热变性时都会有自己熔解曲线的形状和位置。该项目是基于核酸的物理性质，通过饱和的插入染料监控DNA熔解曲线变化而进行分析的一种技术。其技术的要点如下：所设计的DNA扩增产物的熔解曲线Tm值存在差异且可被检测，需要用到双链DNA嵌入型饱和荧光染料如Eva Green，因为饱和染料在饱和浓度下不会抑制PCR，同时高浓度的染料饱和插入DNA双螺旋结构中的小沟，在DNA解链过程中就不会发生重排，熔解曲线有更高的分辨率；最后需要具有精确控温装置和高密度数据采集的仪器进行实验。
[0005]综上，目前需要一种兼具检测通量高、准确度高、所需的位点数目少、方便快捷的针对高度近视基因的检测方法和检测产品。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的是提供一种用于检测高度近视风险的SNP位点组合及其引物组合和应用，该SNP位点组合及其引物检测高度近视风险具有准确度高、所需的位点数目较少、方便快捷的效果。
[0007]本专利技术基于前期外显子组测序方法得到的高度近视高频变异位点(SNP位点)，优化得到基于高分辨率熔解分析技术的SNP位点组合及其引物组合、反应体系及反应条件，可用于快速筛查高度近视风险人群，可用于预防儿童青少年高度近视的近视防控工作，对于降低我国高度近视患病率具有重要意义。
[0008]一方面，本申请提供了一种用于检测高度近视风险的引物组合，所述引物组合包括用于特异性扩增高度近视风险相关SNP位点的引物对，所述高度近视风险相关SNP位点包括SNP1位点至SNP17位点中的至少一个SNP位点，
[0009]其中，SNP1位点的rs号为rs12767252、SNP2位点的rs号为rs942871、SNP3位点的rs
号为rs2728433、SNP4位点的rs号为rs4927578、SNP5位点的rs号为rs72843921、SNP6位点的rs号为rs2278884、SNP7位点的rs号为rs2271496、SNP8位点的rs号为rs9854418、SNP9位点的rs号为rs4927663、SNP10位点的rs号为rs76859481、SNP11位点的rs号为rs17009618、SNP12位点的rs号为rs11833187、SNP13位点的rs号为rs1800159、SNP14位点的rs号为rs17828632、SNP15位点的rs号为rs11553598、SNP16位点的rs号为rs72790445、SNP17位点的rs号为rs145819902。
[0010]其中，SNP1位点的rs号为rs12767252，该SNP为C/T多态，参考型等位基因为C，突变型等位基因为T；
[0011]SNP2位点的rs号为rs942871，该SNP为G/A多态，参考型等位基因为G，突变型等位基因为A；
[0012]SNP3位点的rs号为rs2728433，该SNP为T/G多态，参考型等位基因为T，突变型等位基因为G；
[0013]SNP4位点的rs号为rs4927578，该SNP为C/T多态，参考型等位基因为C，突变型等位基因为T；
[0014]SNP5位点的rs号为rs72843921，该SNP为T/C多态，参考型等位基因为T，突变型等位基因为G；
[0015]SNP6位点的rs号为rs2278884，该SNP为T/C多态，参考型等位基因为T，突变型等位基因为C；
[0016]SNP7位点的rs号为rs2271496，该SNP为A/G多态，参考型等位基因为A，突变型等位基因为G；
[0017]SNP8位点的rs号为rs9854418，该SNP为C/T多态，参考型等位基因为C，突变型等位基因为T；
[0018]SNP9位点的rs号为rs4927663，该SNP为G/C多态，参考型等位基因为G，突变型等位基因为C；
[0019]SNP10位点的rs号为rs76859481，该SNP为T/C多态，参考型等位基因为T，突变型等位基因为C；
[0020]SNP11位点的rs号为rs17009618，该SNP为C/T多态，参考型等位基因为C，突变型等位基因为T；
[0021]SNP12位点的rs号为rs11833187，该SNP为T/C多态，参考型等位基因为T，突变型等位基因为C；
[0022]SNP13位点的rs号为rs1800159，该SNP为G/A多态，参考型等位基因为G，突变型等位基因为A；
[0023]SNP14位点的rs号为rs17828632，该SNP为A/G多态，参考型等位基因为A，突变型等位基因为G；
[0024]SNP15位点的rs号为rs11553598，该SNP为A/G多态，参考型等位基因为A，突变型等位基因为G；
[0025]SNP16位点的rs号为rs72790445，该SNP为G/C多态，参考型等位基因为G，突变型等位基因为C；
[0026]SNP17位点的rs号为rs145819902，该SNP为A/C多态，参考型等位基因为A，突变型
等位基因为C；
[0027]各SNP位点突变型等位基因为高度近视风险相关基因，野生型等位基因(即可以认为是参考型等位基因)为非高度近视风险相关基因。
[0028]优选的，引物组合包括用于特异性扩增高度近视风险相关SNP1
‑
SNP17位点的引物对。
[0029]进一步的，所述引物组合包括如下SNP1位点引物对
‑
SNP17位点引物对中的至少一对，
[0030]所述SNP1位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的反向引物；
[0031]所述SNP2位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的正向引物和核本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于检测高度近视风险的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括用于特异性扩增高度近视风险相关SNP位点的引物对，所述高度近视风险相关SNP位点包括SNP1位点至SNP17位点中的至少一个SNP位点，其中，SNP1位点的rs号为rs12767252、SNP2位点的rs号为rs942871、SNP3位点的rs号为rs2728433、SNP4位点的rs号为rs4927578、SNP5位点的rs号为rs72843921、SNP6位点的rs号为rs2278884、SNP7位点的rs号为rs2271496、SNP8位点的rs号为rs9854418、SNP9位点的rs号为rs4927663、SNP10位点的rs号为rs76859481、SNP11位点的rs号为rs17009618、SNP12位点的rs号为rs11833187、SNP13位点的rs号为rs1800159、SNP14位点的rs号为rs17828632、SNP15位点的rs号为rs11553598、SNP16位点的rs号为rs72790445、SNP17位点的rs号为rs145819902。2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括如下SNP1位点引物对
‑
SNP17位点引物对中的至少一对，所述SNP1位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的反向引物；所述SNP2位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示的反向引物；所述SNP3位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示的反向引物；所述SNP4位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示的反向引物；所述SNP5位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示的反向引物；所述SNP6位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示的反向引物；所述SNP7位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.14所示的反向引物；所述SNP8位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示的反向引物；所述SNP9位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.17所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.18所示的反向引物；所述SNP10位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.19所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO.20所示的反向引物；所述SNP11位点引物对包括核苷酸序列如SEQ ID NO.21所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID N...

【专利技术属性】
技术研发人员：毕宏生，蒋文君，赵海强，王兴荣，季鹏，郭滨，吴建峰，
申请(专利权)人：山东中医药大学附属眼科医院山东施尔明眼科医院，
类型：发明
国别省市：