用于检测样品中的癌症DNA的高灵敏方法技术

本文描述了一种用于检测在来自患者的DNA测试样品中的癌症DNA的方法。在一些实施方案中，该方法可以包括：(a)对测试样品的多个等分试样进行测序以对每个等分试样产生对应于两个或更多个靶标区域的序列读段，每个所述靶标区域具有在患者的癌症中存在的序列变异；(b)对于每个等分试样，对于每个靶标区域：i.确定具有序列变异的序列读段的数量；ii.确定序列读段的总数；和iii.将i.和ii.与针对该序列变异的一个或多个错误概率分布模型进行比较，其中所述一个或多个模型从不包含该序列变异的DNA获得；和(c)整合步骤(b)的集合性结果，以确定测试样品中是否存在癌症DNA。定测试样品中是否存在癌症DNA。定测试样品中是否存在癌症DNA。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于检测样品中的癌症DNA的高灵敏方法
[0001]交叉引用
[0002]本申请要求于2020年8月5日提交的美国临时申请序列号63/061568的权益，该申请通过引用并入本文。

技术介绍

[0003]在许多情况下，癌症治疗可能需要至少两个步骤：第一步治疗意图去除肿瘤细胞，然后是第二步治疗，如果最初的治疗没有完全成功，则旨在根除患者体内任何残留的癌症细胞。用于根除剩余癌症细胞的治疗方法通常与第一种治疗不同。
[0004]最初治疗后，当患者可能明显处于缓解期时，患者体内残留的少量癌症细胞通常被称为“最小残留疾病”(MRD)或残留疾病。这些残留细胞最终将是许多癌症复发的原因。关键是确定患者在初次治疗后疾病复发和再发的可能性，以便最有可能需要额外治疗的患者可以接受额外治疗，而不需要额外治疗者则可以幸免，从而减少对患者的伤害并降低治疗成本。因此，非常需要用于检测最小残留疾病的有效方法。同样关键的是，要有比当前方法(例如，通常通过成像或临床分析进行)更早地检测癌症复发风险的灵敏方法。
[0005]MRD已经在一些血液系统恶性肿瘤中成功检测到，因为可本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于检测来自患者的DNA的测试样品中的癌症DNA的方法，其包括：(a)对测试样品的多个等分试样进行测序以对每个等分试样产生对应于两个或更多个靶标区域的序列读段，所述靶标区域各自具有在患者的癌症中存在的序列变异；(b)对于每个等分试样，对于每个靶标区域：i.确定具有序列变异的序列读段的数目；ii.确定序列读段的总数目；和iii.将i.和ii.与对于该序列变异的一个或多个错误概率分布模型进行比较，其中所述一个或多个模型从不包含该序列变异的DNA获得；iv.消除在统计上不太可能的等分试样数量中高于阈值的变体；以及(c)整合步骤(b)的集合性结果，以确定所述测试样品中是否存在癌症DNA。2.权利要求1的方法，其中通过以下鉴定统计上不太可能的等分试样数量：测量添加到每个等分试样中的测试样品DNA的量；使用所有变体或变体子集的测序数据来计算所述测试样品中癌症DNA的分数；和基于i.和ii.，估算观察到高于阈值的包含序列变异的等分试样的数量的概率。3.前述权利要求中任一项的方法，其中DNA的测试样品中癌症DNA的分数等于或小于0.01％。4.前述权利要求中任一项的方法，其中步骤(a)包括对所述测试样品的至少3个等分试样中的至少10个靶标区域进行测序。5.前述权利要求中任一项的方法，其中所述方法包括在步骤(a)之前鉴定所述患者的癌症中存在的序列变异的集合。6.前述权利要求中任一项的方法，其中所述癌症是血液癌症并且所述测试样品包含从来自外周血、淋巴结或骨髓的细胞分离的细胞DNA。7.权利要求1
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【专利技术属性】
技术研发人员：M，
申请(专利权)人：英威达有限公司，
类型：发明
国别省市：