评估对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法技术

本公开涉及用于评估人类受试者对如严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】评估对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法


[0001]本公开涉及用于评估人类受试者对如严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS
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CoV
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2)病毒感染等冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法和系统。

技术介绍

[0002]近年来，世界卫生组织(WHO)报道了一系列不明原因的肺炎病例，并将一种新病毒命名为2019新型冠状病毒(2019
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nCoV)。2020年2月11日，WHO正式将由2019
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nCoV引发的疾病命名为冠状病毒病2019(COVID
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19)。国际病毒分类委员会(the International Committee on Taxonomy of Viruses)的冠状病毒研究小组将2019
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nCoV命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS
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2)。WHO于2020年1月30日宣布所述病毒为国际公共卫生紧急事件(Public Health Emergency of International Concern)。WHO最终于2020年3月11日宣布大流行病。
[0003]与许多复杂的疾病一样，一旦感染病毒，就会有影响疾病的严重程度的许多宿主因素。这意味着病毒感染是复杂的多因素疾病，如许多癌症、心血管疾病和糖尿病。
[0004]由于全球卫生系统试图管理资源并且政府试图管理各自的经济，因此需要鉴定哪些人处于发展为最可能响应于病毒感染的严重症状的风险。此类工具将能够实现较早的住院和靶向治疗，这可以挽救生命。对于经济非常重要的是，如果较低风险的个体感染如SARS
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Cov
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2病毒感染等冠状病毒感染，考虑到发展危及生命的疾病的风险较低，则有可能建议所述个体继续正常就业。

技术实现思路

[0005]诸位专利技术人已经发现，对冠状病毒感染风险模型的严重反应提供了用于评估受试者对如SARS
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2感染等冠状病毒感染产生严重反应的风险的有用风险判别。
[0006]在一方面，本专利技术提供了一种用于评估人类受试者对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法，所述方法包括对所述人类受试者进行遗传风险评估，其中所述遗传风险评估涉及在源自所述人类受试者的生物样品中检测至少两个与对冠状病毒感染的严重反应相关的多态性的存在。
[0007]在一实施例中，所述冠状病毒是α冠状病毒、β冠状病毒、γ冠状病毒或δ冠状病毒。
[0008]在一实施例中，所述冠状病毒是α冠状病毒1、人类冠状病毒229E、人类冠状病毒NL63、长翼蝠蝙蝠冠状病毒1(Miniopterus bat coronavirus 1)、长翼蝠蝙蝠冠状病毒HKU8、猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus)、菊头蝠蝙蝠冠状病毒HKU2(hinolophus bat coronavirus HKU2)、黄蝠蝙蝠冠状病毒512(Scotophilus bat coronavirus 512)、β冠状病毒1(牛冠状病毒、人类冠状病毒OC43)、刺猬冠状病毒1、人类冠状病毒HKU1、中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERS)、鼠冠状病毒、伏翼蝠蝙蝠冠状病毒HKU5(Pipistrellus bat coronavirus HKU5)、果蝠蝙蝠冠状病毒HKU9(Rousettus bat coronavirus HKU9)、严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(SARS
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2)、扁颅蝠
蝙蝠冠状病毒HKU4(Tylonycteris bat coronavirus HKU4)、禽冠状病毒、白鲸冠状病毒SW1、夜莺冠状病毒HKU11或猪冠状病毒港HKU15。
[0009]在一实施例中，所述冠状病毒是严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(SARS
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CoV或SARS
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2)、中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERS)、人类冠状病毒OC43、人类冠状病毒HKU1、人类冠状病毒229E或人类冠状病毒NL63。
[0010]在一实施例中，所述冠状病毒是β冠状病毒。
[0011]在一实施例中，所述β冠状病毒是严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(SARS
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CoV或SARS
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2)、中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERS)、人类冠状病毒OC43或人类冠状病毒HKU1。
[0012]在一实施例中，所述冠状病毒(β冠状病毒)是严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(SARS
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CoV或SARS
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2)、中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERS)、人类冠状病毒OC43或人类冠状病毒HKU1。
[0013]在一实施例中，所述冠状病毒(β冠状病毒)是严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(SARS
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CoV或SARS
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CoV
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2)或中东呼吸综合征相关冠状病毒(MERS)。
[0014]在优选的实施例中，所述冠状病毒(β冠状病毒)是严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS
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CoV
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2)。
[0015]在一实施例中，所述方法包括检测至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少20个、至少30个、至少40个、至少50个、至少60个、至少70个、至少80个、至少100个、至少120个、至少140个、至少160个、至少180个、至少200个、至少250个、至少300个或至少306个与对冠状病毒感染的严重反应相关的多态性的存在。
[0016]在一实施例中，所述多态性选自表1至6、8、19或22或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。
[0017]在一实施例中，所述方法至少包括检测rs10755709、rs112317747、rs112641600、rs118072448、rs2034831、rs7027911和rs71481792中的一个或多个或全部处的多态性或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。
[0018]在一实施例中，所述方法至少包括检测rs10755709、rs112317747、rs112641600、rs115492982、rs118072448、rs1984162、rs2034831、rs7027911和rs71481792中的一个或多个或全部处的多态性或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。
[0019]在一实施例中，所述多态性选自表1、表6a、表6b或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。
[0020]在一实施例中，所述多态性选自表1至6、8、19或22中的任一个本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种用于评估人类受试者对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法，所述方法包括对所述人类受试者进行遗传风险评估，其中所述遗传风险评估涉及在源自所述人类受试者的生物样品中检测至少两个与对冠状病毒感染的严重反应相关的多态性的存在。2.根据权利要求1所述的方法，其包括检测至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个、至少八个、至少九个、至少十个、至少20个、至少30个、至少40个、至少50个、至少60个、至少70个、至少80个、至少100个、至少120个、至少140个、至少160个、至少180个、至少200个、至少250个、至少300个或至少306个与对冠状病毒感染的严重反应相关的多态性的存在。3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多态性选自表1至6、8、19或22中的任一个或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其至少包括检测rs10755709、rs112317747、rs112641600、rs118072448、rs2034831、rs7027911和rs71481792中的一个或多个或全部处的多态性或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。5.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其至少包括检测rs10755709、rs112317747、rs112641600、rs115492982、rs118072448、rs1984162、rs2034831、rs7027911和rs71481792中的一个或多个或全部处的多态性或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。6.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多态性选自表1和/或表6或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。7.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多态性选自表4或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。8.根据权利要求7所述的方法，其中所述方法包括以下或由以下组成：检测表4中提供的多态性中的至少60个或每个多态性或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性的存在。9.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多态性选自表2或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。10.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多态性选自表3和/或表8或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。11.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多态性选自表3或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性。12.根据权利要求11所述的方法，其包括检测表3中提供的多态性中的每个多态性或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性的存在。13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其进一步包括对所述人类受试者进行临床风险评估；以及将所述临床风险评估和所述遗传风险评估组合以获得人类受试者对冠状病毒感染产生严重反应的风险。14.根据权利要求13所述的方法，其中所述临床风险评估包含从所述受试者获得关于以下中的一项或多项或全部的信息：年龄、性别、人种/种族、血型、身高、体重、所述人类是否患有或曾患有脑血管疾病、所述人类是否患有或曾患有慢性肾脏疾病、所述人类是否患有或曾患有糖尿病、所述人类是否患有或曾患有血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患
有高血压、所述人类是否患有或曾患有免疫功能受损疾病、所述人类是否患有或曾患有血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有肝脏疾病、所述人类是否患有或曾患有非血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有呼吸系统疾病(除哮喘之外)、以及所述人类是否患有或曾患有自身免疫性疾病。15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中将所述临床风险评估和所述遗传风险评估组合包括将所述风险评估相加或相乘。16.一种用于评估人类受试者对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法，所述方法包括在源自所述人类受试者的生物样品中检测在表1至6、8、19或22中的任一个中提供的多态性或与其连锁不平衡的多态性的存在。17.根据权利要求16所述的方法，其中所述多态性提供于表19和/或22中，或是与其连锁不平衡的多态性。18.根据权利要求16所述的方法，其中所述多态性提供于表3、表6中，是rs2274122，是rs1868132，是rs11729561，是rs1984162，是rs8105499，或是与其连锁不平衡的多态性。19.根据权利要求146所述的方法，其中所述多态性提供于表3中，是rs2274122，是rs1868132，是rs11729561，是rs1984162，是rs8105499，或是与其连锁不平衡的多态性。20.一种确定少于100,000个多态性的等位基因在人类受试者中的同一性以产生所述受试者的多态性简档的方法，所述人类受试者选自由需要评估对冠状病毒感染产生严重反应的风险的人类组成的受试者组，所述方法包括(i)选择至少两个在表1至6、8、19或22中的任一个中提供的多态性或与其中一个或多个连锁不平衡的多态性进行等位基因同一性分析；(ii)在源自所述人类受试者的生物样品中检测所述多态性；以及(iii)基于在步骤(ii)中分析的等位基因的同一性产生所述受试者筛选的所述多态性简档，其中在步骤(i)中选择少于100,000个多态性进行等位基因同一性分析，并且在步骤(ii)中分析相同的少于100,000个多态性。21.根据权利要求1至20中任一项所述的方法，其中连锁不平衡的所述多态性的连锁不平衡高于0.9。22.根据权利要求1至21中任一项所述的方法，其中连锁不平衡的所述多态性的连锁不平衡为1。23.一种用于评估人类受试者对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法，所述方法包括对所述人类受试者进行临床风险评估，其中所述临床风险评估包括从所述受试者获得关于以下中的两项、三项、四项、五项或更多项或全部的信息：年龄、性别、人种/种族、身高、体重、血型、所述人类是否患有或曾患有脑血管疾病、所述人类是否患有或曾患有慢性肾脏疾病、所述人类是否患有或曾患有自身免疫性疾病、所述人类是否患有或曾患有血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有免疫功能受损疾病、所述人类是否患有或曾患有非血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有糖尿病、所述人类是否患有或曾患有肝脏疾病、所述人类是否患有或曾患有高血压、以及所述人类是否患有或曾患有呼吸系统疾病(除哮喘之外)。24.根据权利要求23所述的方法，其包括从所述受试者获得关于年龄和性别的信息。25.根据权利要求23所述的方法，其包括从所述受试者获得关于以下的信息：年龄、性
别、人种/种族、身高、体重、所述人类是否患有或曾患有脑血管疾病、所述人类是否患有或曾患有慢性肾脏疾病、所述人类是否患有或曾患有糖尿病、所述人类是否患有或曾患有血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有高血压、所述人类是否患有或曾患有非血液系统癌症、以及所述人类是否患有或曾患有呼吸系统疾病(除哮喘之外)。26.根据权利要求23所述的方法，其包括从所述受试者获得关于以下的信息：年龄、性别、人种/种族、血型、身高、体重、所述人类是否患有或曾患有脑血管疾病、所述人类是否患有或曾患有慢性肾脏疾病、所述人类是否患有或曾患有糖尿病、所述人类是否患有或曾患有血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有高血压、所述人类是否患有或曾患有免疫功能受损疾病、所述人类是否患有或曾患有血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有肝脏疾病、所述人类是否患有或曾患有非血液系统癌症、以及所述人类是否患有或曾患有呼吸系统疾病(除哮喘之外)。27.一种用于评估人类受试者对冠状病毒感染产生严重反应的风险的方法，所述方法包括i)对所述人类受试者进行遗传风险评估，其中所述遗传风险评估涉及在源自所述人类受试者的生物样品中检测rs10755709、rs112317747、rs112641600、rs118072448、rs2034831、rs7027911和rs71481792处的多态性；ii)对所述人类受试者进行临床风险评估，其中所述临床风险评估包括从所述受试者获得关于以下的信息：年龄、性别、人种/种族、身高、体重、所述人类是否患有或曾患有脑血管疾病、所述人类是否患有或曾患有慢性肾脏疾病、所述人类是否患有或曾患有糖尿病、所述人类是否患有或曾患有血液系统癌症、所述人类是否患有或曾患有高血压、所述人类是否患有或曾患有非血液系统癌症、以及所述人类是否患有或曾患有呼吸系统疾病(除哮喘之外)；以及iii)将所述遗传风险评估与所述临床风险评估组合以确定人类受试者对冠状病毒感染产生严重反应的风险。28.根据权利要求27所述的方法，其中a)为rs10755709处的每个G等位基因分配0.124239的β系数；b)为rs112317747处的每个C等位基因分配0.2737487的β系数；c)为rs112641600处的每个T等位基因分配
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0.2362513的β系数；d)为rs118072448处的每个C等位基因分配
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0.1995879的β系数；e)为rs2034831处的每个C等位基因分配0.2371955的β系数；f)为rs7027911处的每个A等位基因分配0.1019074的β系数；并且g)为rs71481792处的每个T等位基因分配
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0.1058025的β系数。29.根据权利要求27或权利要求28所述的方法，其中所述受试者的年龄介于50岁与84岁之间，并且a)如果所述受试者的年龄介于70岁与74岁之间，则分配0.5747727的β系数；b)如果所述受试者的年龄介于75岁与79岁之间，则分配0.8243711的β系数；c)如果所述受试者的年龄介于80岁与84岁之间，则分配1.013973的β系数；d)如果所述受试者是男性，则分配0.2444891的β系数；e)如果所述受试者是除了白种人之外的种族，则分配0.29311的β系数；
f)所述受试者的身高(以米(m)为单位)和体重(以千克(kg)为单位)应用于下式：[(10x m2)/kg]x
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1.602056，以提供要分配的β系数；g)如果所述受试者曾经被诊断为患有脑血管疾病，则分配0.4041337的β系数；h)如果所述受试者曾经被诊断为患有慢性肾脏疾病，则分配0.6938494的β系数；i)如果所述受试者曾经被诊断为患有糖尿病，则分配0.4297612的β系数；j)如果所述受试者曾经被诊断为患有血液系统癌症，则分配1.003877的β系数；k)如果所述受试者曾经被诊断为患有高血压，则分配0.2922307的β系数；l)如果所述受试者曾经被诊断为患有非血液系统癌症，则分配0.2558464的β系数；并且m)如果所述受试者曾经被诊断为患有呼吸系统疾病(除哮喘之外)，则分配1.173753的β系数。30.根据权利要求27或权利要求28所述的方法，其中所述受试者的年龄介于18岁与84岁之间，并且a)如果所述受试者的年龄介于18岁与29岁之间，则分配
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1.3111的β系数；b)如果所述受试者的年龄介于30岁与39岁之间，则分配
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0.8348的β系数；c)如果所述受试者的年龄介于40岁与49岁之间，则分配
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0.4038的β系数；d)如果所述受试者的年龄介于70岁与74岁之间，则分配0.5747727的β系数；e)如果所述受试者的年龄介于75岁与79岁之间，则分配0.8243711的β系数；f)如果所述受试者的年龄介于80岁与84岁之间，则分配1.013973的β系数；g)如果所述受试者是男性，则分配0.2444891的β系数；h)如果所述受试者是除了白种人之外的种族，则分配0.29311的β系数；i)所述受试者的身高(以米(m)为单位)和体重(以千克(kg)为单位)应用于下式：[(10x m2)/kg]x
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1.602056，以提供要分配的β系数；j)如果所述受试者曾经被诊断为患有脑血管疾病，则分配0.4041337的β系数；k)如果所述受试者曾经被...

【专利技术属性】
技术研发人员：吉莉安，
申请(专利权)人：基因技术有限公司，
类型：发明
国别省市：