本发明专利技术公开了与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记及其应用，所述SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列的第401bp处，具有A/G多态性；本发明专利技术提供的SNP标记对海雀稗币斑病抗性高低具有关键调控作用，基于该SNP标记可预测或筛选鉴定海雀稗币斑病的抗性，也可用作图位克隆和分子标记辅助选择，加速海雀稗耐币斑病材料的育种进程。育种进程。育种进程。
【技术实现步骤摘要】
与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记及其应用
[0001]本专利技术属于植物分子育种
，具体涉及一种与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记及其应用。
技术介绍
[0002]海雀稗(Paspalum vaginatum Sw.)又称海滨雀稗或夏威夷草，是被子植物门单子叶植物纲禾本科黍族雀稗属的多年生草本植物，主要分布于热带和亚热带的海滨地区，有长势发达的匍匐茎和根茎，叶片线形或狭披针形，其形成的草坪均一致密、色泽墨绿，是绿地草坪和运动场草坪的优良草种。币斑病在海雀稗上发作较为频繁，是影响草坪草的重要病害之一，币斑病严重破坏草坪美观度和功能性，并导致杂草侵蚀和植物死亡。币斑病常发生于夜晚温度较低、露水较多的时间段，发病草坪在感染币斑病后，会出现像硬币大小的圆形、凹陷的稻草色斑块，病情严重时会产生更大的不规则的斑块。在单株植物感染时，叶片会出现水渍状的病斑，病斑周围会出现红褐色的条带，叶片因病斑的快速扩展而迅速死亡。
[0003]币斑病对全球草坪草的破坏性日益严重，带来的治理问题也愈发突出，化学杀菌剂的大量使用不仅使草坪草管理上花费巨额资金，也严重破坏生态环境，目前全球范围的币斑病原菌都陆续被报道产生对杀菌剂产生抗性，形成了恶性循环，因此选育抗币斑病的海雀稗品种是最为环保和有效的手段。
[0004]全基因组关联分析(Genome
‑
wide association analysis,GWAS)是基于连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)，以群体的单核酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)作为分子遗传标记，依据表型与全基因组的关联性，寻找和目标性状关联的遗传标记和候选基因。GWAS已经成为解析复杂性状遗传变异的有效手段。
技术实现思路
[0005]有鉴于此，本专利技术旨在基于全基因组关联分析发掘与海雀稗耐币斑病性状相关的分子标记，以期辅助实现强耐币斑病性状的海雀稗品种的有效筛选，加速海雀稗育种进程。
[0006]为了实现上述目的，本专利技术的技术方案具体如下：
[0007]本专利技术第一方面提供了一种与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记，该SNP标记位于如SEQ ID NO.1所示序列自5
’
端起的第401bp处，具有A/G多态性；具体的，该SNP标记位于海雀稗基因组第6号染色体第4618003位核苷酸，故将该标记命名为Pv.chr06:p4618003。
[0008]用于检测上述SNP标记的引物也属于本专利技术的保护范围，可以理解的是，所述引物可以是基于引物扩增受阻突变技术设计的直接检测SNP位点处碱基类型的引物，也可以是扩增包含该SNP标记在内的目标序列的引物。
[0009]本专利技术第二方面提供了上述SNP标记或引物的应用，包括A1)或A2)
[0010]A1)在检测或鉴定海雀稗耐币斑病性状中的应用；
[0011]A2)在海雀稗育种中的应用。
[0012]本专利技术第三方面提供了检测海雀稗耐币斑病性状的方法，具体为：检测待测材料
在本专利技术提供的SNP标记处的基因型，且耐币斑病能力大小与所述基因型的关系为GG﹥AG﹥AA；具体的：当待测海雀稗的SNP标记处的基因型为GG时，该海雀稗为强耐币斑病性品种；当待测海雀稗的SNP标记处的基因型为AG时，该海雀稗为中等耐币斑病性品种；当待测海雀稗的SNP标记处的基因型为AA时，该海雀稗为不耐币斑病性品种。
[0013]在上述检测方法中，所述基因型的检测过程为：以待测海雀稗材料的基因组为模板，扩增包含所述SNP标记的目标片段并进行测序，或直接对基因组DNA进行重测序。
[0014]在本专利技术的一个具体实施例中，扩增采用的引物如SEQ ID NO.2～3所示。
[0015]本专利技术第四方面提供了一种海雀稗育种的方法，具体为：通过检测本专利技术提供的SNP标记，选择基因型为GG的海雀稗材料用于辅助育种。
[0016]本专利技术第五方面提供了一种检测试剂盒，该试剂盒包括用于检测上述SNP标记的引物。
[0017]在上述检测试剂盒中，包括序列如SEQ ID NO.2～3所示的引物。
[0018]与现有技术相比，本专利技术的有益效果为：
[0019]本专利技术通过82份海雀稗种质的重测序数据，结合海雀稗币斑病抗性的表型数据进行全基因组关联分析，首次定位得到了海雀稗中影响耐币斑病性状的QTL位点，并开发了相应的SNP标记，研究发现其中位于第6号染色体的第4618003bp位置处的SNP分子标记Pv.chr06:p4618003对海雀稗耐币斑病性状的贡献率高，对海雀稗币斑病抗病性状病情指数(Disease index，DI)的数据贡献率达到91.35％，可见该SNP标记对海雀稗耐币斑病性状的调控起着关键作用。
[0020]基于该SNP分子标记设计引物，可用作图位克隆和分子标记辅助选择，从而有效筛选得到耐币斑病性状的海雀稗品种，检测方便快速，不受环境影响，育种效率高，加速了海雀稗育种进程，克服了传统育种方法测定特定实验，所需操作限制多，时间周期长，不确定因素多等缺陷，适于大规模推广应用。
附图说明
[0021]图1为实施例1中82种海雀稗在DI的币斑病发病统计结果图。
[0022]图2为本专利技术提供的海雀稗耐币斑病性状SNP标记Pv.chr06:p4618003不同基因型对应的币斑病在DI抗性性状表型的结果图。
具体实施方式
[0023]下面将结合本专利技术中的实施例，对本专利技术的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。
[0024]若未特别指明，下述实施例均按照常规实验条件或制造厂商说明书建议的条件。
[0025]实施例1海雀稗币斑病抗性性状的主效QTL位点定位
[0026](1)海雀稗币斑病耐性的表型测定。
[0027]本实施例中所用海雀稗种质共82份海雀稗，分别来自中国(19份)、美国(49份)、阿根廷(6份)和其他国家(8份)，具体种质名称和来源见表1。
[0028]所有供试材料均为水培，水培盆容量为3L，每周加一次霍格兰全营养液，每两周修剪一次，修剪高度为5cm。通过采用活体接菌的方式，每隔6h拍照记录海雀稗离体叶片的发
病表型，计算各时间段叶片的病情指数并根据病情指数计算总病情指数的综合得分隶属函数值DI。
[0029]表1海雀稗种质资源信息表
[0030][0031][0032](2)海雀稗群体重测序。
[0033]在种质资源圃取样，每个种质取约2g的嫩叶，用液氮速冻后送往迈维代谢公司进行测序，测序策略为Illumina PE150。对测序下机数据(raw data)进行质控，过滤标准如下：
①
过滤含有接头的序列；
②
过滤单端序列中N含量超过10％的一对序列；
③
过滤低质量(Q≤5)碱基数超本文档来自技高网...
【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.与海雀稗耐币斑病性状相关的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于如SEQ IDNO.1所示序列的第401bp处，具有A/G多态性。2.一种用于检测权利要求1所述SNP标记的引物。3.如权利要求1所述的SNP标记或如权利要求2所述的引物在检测或鉴定海雀稗耐币斑病性状中的应用。4.如权利要求1所述的SNP标记或如权利要求2所述的引物在海雀稗育种中的应用。5.一种检测海雀稗耐币斑病性状的方法，其特征在于，检测待测材料在权利要求1所述SNP标记处的基因型，且耐币斑病能力与所述基因型的关系为GG﹥AG﹥AA。6.根据权利要求5所述检测海雀稗耐币斑病性状...
【专利技术属性】
技术研发人员：王志勇，许涛，孙劝劝，胡旭，廖丽，唐敏强，
申请(专利权)人：海南大学，
类型：发明
国别省市：
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