一种检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合以及方法技术

本发明专利技术公开了检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合及方法，检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合，包括第13号染色体SNP位点的引物组合、第14号染色体SNP位点的引物组合、第15号染色体SNP位点的引物组合、第21号染色体SNP位点的引物组合和第22号染色体SNP位点的引物组合中的一组或两组以上。本发明专利技术的方法实用、简便、通用性强，并且结合了高通量测序技术，有着成本低、灵敏度高、特异性强、准确性高的优点。的优点。的优点。

【技术实现步骤摘要】
一种检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合以及方法


[0001]本专利技术涉及基因检测领域，具体涉及一种检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合以及方法。

技术介绍

[0002]罗氏易位(Robertsoniantranslocation，ROB)是人类常见的一种染色体结构异常，当人类的两个近端着丝粒染色体(13、14、15、21、22号染色体)在着丝处或其附近断裂后融合成为1个染色体，导致染色体数减少，长臂数不变，短臂数减少两条，这种易位就被称为罗氏易位。在一般人群中，罗氏易位的发生率为1/1000(Therman E,Susman B,Denniston C.The nonrandom participation of human acrocentric chromosomes in Robertsonian translocations[J].Annals ofHuman Genetics,2012,53(1):49
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65)，罗氏易位携带者只有45条染色体，其携带者不仅流产、不育发生率高，也容易生育唐氏综合征及染色体不平衡易位的患儿，罗氏易位携带者在临床表现上除反复流产和胚胎停止发育外，还表现为原发或继发性闭经、不孕、第二性征发育差、智力低下、无精子症等。(赵晓,孙晓纲,沈国民,等.中国人群罗伯逊易位携带者的核型分布与生育情况分析[J].中国妇幼保健,2011,026(011):1672
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1676)。理论上非同源罗氏易位携带者只有1/3的可能产生染色体正常(或)平衡易位的后代。目前发现罗氏易位共有15种，其中包含10种非同源的罗氏易位，和5种同源罗氏易位。同源的罗氏易位无法生出正常后代(形成的胚胎为单体或三体)；而非同源罗氏易位中以13和14染色体易位最为常见，约为75％以上，14和21染色体次之。罗氏易位携带者的生殖细胞在第1次减数分裂中正常的二价体结构将被三价体(非同源罗氏易位)或单价体(同源罗氏易位)取代，进而产生多种类型不同染色体组成的配子，理论上非同源罗氏易位可产生6种配子，1种正常配子，1种平衡易位配子，其余均为不平衡配子；而同源罗氏易位携带者几乎没有正常配子形成。
[0003]罗氏易位的携带者因没有重要基因丢失，不会对个体发育产生严重影响，表型正常，但由于染色体短臂的丢失，在第1次减数分裂过程中罗氏易位携带者生殖细胞易位染色体和相应2个正常染色体配对形成3价染色体，这种结构会导致交替、邻式和不常见的3∶0三种分裂方式的出现。只有交替可产生正常或平衡的配子，其他2种方式产生非平衡的配子，一旦罗氏易位携带者与健康者婚配，这种占大部分的非平衡配子可能会导致易位携带者出现妊娠困难或妊娠过程中反复流产，甚至会导致21－三体综合征、13－三体综合征等先天缺陷患儿的出生。罗氏易位目前没有根治方法，目前越来越多的罗氏易位携带者寻求试管婴儿技术对胚胎进行植入前诊断。
[0004]已被报道的可用于罗氏易位携带者的胚胎的检测技术主要包括荧光原位杂交技术(FISH)、微阵列比较基因组杂交(aCGH)及NGS(张雯珂,徐晓菲,李敏,等.染色体易位携带者胚胎植入前遗传学诊断进展[J].国际生殖健康/计划生育杂志,2015,34(4):4)，FISH技术曾是PGD主要的遗传学方法之一，用以筛查染色体臂间倒位及易位，判定是否存在嵌合以及染色体异常。其局限性主要表现在由于探针数量或染料种类的限制，FISH技术无法全面
检测23对染色体的结构异常；波兰学者LUKASZUK博士利用FISH技术和NGS分别对一对男方携带罗氏易位衍生染色体的夫妇进行PGD检测，2012年1月进行FISH检测挑选后移植的胚胎在第10个孕周时流产。

技术实现思路

[0005]本专利技术的目的在于提供检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合，对人类胚胎染色体罗氏易位具有较高特异性，可进行有效鉴定。
[0006]本专利技术的技术方案为：检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合，包括第13号染色体引物组合、第14号染色体引物组合、第15号染色体引物组合、第21号染色体引物组合和第22号染色体引物组合中的一组或两组以上。
[0007]第13号染色体引物组合包括表1中至少一组引物组。第14号染色体引物组合包括表2中至少一组引物组。第15号染色体引物组合包括表3中至少一组引物组。第21号染色体引物组合包括表4中至少一组引物组。第22号染色体引物组合包括表5中至少一组引物组。
[0008]表1:第13号染色体引物表
[0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019]表2:第14号染色体引物表
[0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030]表3:第15号染色体引物表
[0031][0032][0033][0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040]表4:第21号染色体引物表
[0041][0042][0043][0044][0045][0046][0047][0048][0049][0050]表5:第22号染色体引物表
[0051][0052][0053][0054][0055][0056][0057][0058][0059]本专利技术的目的之二在于提供所述检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合作为检测染色体罗氏易位的诊断试剂的应用。
[0060]本专利技术的目的之三在于提供所述检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合在制
备检测染色体罗氏易位的试剂盒的应用。
[0061]本专利技术的目的之四在于提供检测人类胚胎染色体罗氏易位的方法。
[0062]具体地，检测人类胚胎染色体罗氏易位的方法，包括以下步骤：
[0063](1)获取亲代双方和胚胎的DNA样本；
[0064](2)根据染色体近端着丝粒区域筛选高频突变SNP位点作为标记；
[0065](3)检测胚胎DNA样本的染色体拷贝数；
[0066](4)根据筛选的SNP位点，确定亲代双方和胚胎目标位点的基因型；
[0067](5)基于亲代双方和胚胎的基因型及家系关系，分析亲代双方和胚胎的单体型；
[0068](6)根据子代的染色体拷贝数检测结果、亲代双方携带染色体罗氏易位的核型以及亲代双方和胚胎的单体型，分析胚胎染色体罗氏易位的情况；
[0069]其中，所述步骤(4)中，取第13号染色体、第14号染色体、第15号染色体、第21号染色体和第22号染色体中任意两条染色体的表1
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5中的所述的引物组合扩增亲代双方和胚胎的DNA，然后建库测序，然后根据测序结果对亲代双方和胚胎染色体发生易位的SNP位点进行分析，确定亲代双方和胚胎目标位点的基因型。
[0070]所述SNP位点包括以下位点或其任意组合：
[0071]Chr13：rs9581127，r本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合，包括第13号染色体SNP位点的引物组合、第14号染色体SNP位点的引物组合、第15号染色体SNP位点的引物组合、第21号染色体SNP位点的引物组合和第22号染色体SNP位点的引物组合中的一组或两组以上；其特征是，(1)所述第13号染色体SNP位点的引物组合包括至少一组引物组：正向引物序列SEQ IDNO:2n
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1，反向引物序列SEQ ID NO:2n，n为选自1
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129的自然数；(2)所述第14号染色体SNP位点的引物组合为以下至少一组引物组：正向引物序列SEQ ID NO:2n
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1，反向引物序列SEQ ID NO:2n，n为选自130
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259的自然数；(3)所述第15号染色体SNP位点的引物组合为以下至少一组引物组：正向引物序列SEQ ID NO:2n
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1，反向引物序列SEQ ID NO:2n，n为选自260
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369的自然数；(4)所述第21号染色体SNP位点的引物组合为以下至少一组引物组：正向引物序列SEQ ID NO:2n
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1，反向引物序列SEQ ID NO:2n，n为选自370
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490的自然数；(5)所述第22号染色体SNP位点的引物组合为以下至少一组引物组：正向引物序列SEQ ID NO:2n
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1，反向引物序列SEQ ID NO:2n，n为选自491
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597的自然数。2.根据权利要求1所述的检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合，其特征是，所述SNP位点包括以下位点或其任意组合：Chr13：rs9581127，rs4441121，rs9581196，rs7327770，rs9319224，rs4770840，rs4770842，rs11616593，rs1022917，rs7993967，rs504544，rs638773，rs912872，rs2774494，rs491873，rs1475325，rs577178，rs2611308，rs2611310，rs9512327，rs9319331，rs661471，rs1888312，rs1806658，rs7985257，rs1330731，rs7325950，rs9509098，rs877098，rs9315400，rs945370，rs1537787，rs1537791，rs945372，rs9509107，rs9509109，rs6490533，rs7321990，rs7324573，rs12322993，rs2313854，rs1335872，rs4335644，rs9509194，rs9509195，rs9509209，rs7323298，rs9315569，rs953957，rs2183207，rs4578496，rs9552175，rs4770027，rs9509211，rs3936015，rs79475914，rs12428869，rs115135024，rs9509247，rs9509441，rs572640，rs9316060，rs2585890，rs9509488，rs9509497，rs57961085，rs9552361，rs144534964，rs17278868，rs1327178，rs3783152，rs11616379，rs78730531，rs1199938，rs2761909，rs1886861，rs9550757，rs9316506，rs9509833，rs9506722，rs4770189，rs9580189，rs749170，rs7999069，rs9506746，rs9509921，rs7333403，rs4769179，rs1570733，rs942231，rs9506758，rs12865369，rs9509948，rs3129596，rs9316741，rs9552601，rs2320809，rs7994054，rs9510058，rs6490715，rs9317008，rs9550843，rs9510308，rs4770302，rs9510340，rs2114224，rs9552733，rs9506980，rs4770371，rs872271，rs9510597，rs3794371，rs9552867，rs518727，rs4770437，rs9578586，rs9552937，rs7489602，rs4143617，rs2274928，rs9510750，rs9580642，rs9510770，rs3794350，rs9553022，rs7993131，rs3794334，rs9318086，rs9580769；Chr14：rs28609794，rs28671467，rs2251143，rs2489770，rs1686549，rs1892239，rs937025，rs1630546，rs1686594，rs11621796，rs2792146，rs8021956，rs10142989，rs3850313，rs10141228，rs8010858，rs10873109，rs12587697，rs2775236，rs1959641，rs2775233，rs962479，rs2775234，rs979798，rs1959636，rs1958715，rs1959629，rs944399，rs1958718，rs1952820，rs12588910，rs4981728，rs12433363，rs4144240，rs2210191，
rs17277088，rs8005245，rs9323534，rs2039235，rs17097307，rs10147184，rs1958698，rs10141836，rs8021846，rs4981088，rs1953555，rs11624675，rs8014956，rs8003958，rs1953552，rs1760904，rs1760903，rs1713423，rs6575809，rs7154662，rs4982086，rs7150924，rs938881，rs2275007，rs1760944，rs1130409，rs12147458，rs7149433，rs4981223，rs1009310，rs28460579，rs4981259，rs12372906，rs891299，rs12587456，rs1010461，rs8004382，rs1888562，rs8003578，rs6571363，rs8010867，rs75545359，rs6571394，rs11156743，rs11156753，rs10138807，rs1243459，rs12432962，rs943991，rs1952151，rs1958395，rs7149011，rs11629332，rs12432043，rs7154575，rs3736824，rs11157019，rs926027，rs12590415，rs8017132，rs1569287，rs7160973，rs2075477，rs2075478，rs4982495，rs12879132，rs12432727，rs28583314，rs8007442，rs7157624，rs8022682，rs3827932，rs7147975，rs12431534，rs4982588，rs10047934，rs8007403，rs2293732，rs227866，rs226998，rs1263639，rs1263640，rs5742803，rs8005354，rs970348，rs4982648，rs7151103，rs12433985，rs8019656，rs2073345，rs743257，rs3811182，rs4982727，rs77828441，rs8003631；Chr15：rs71464574，rs7179358，rs4932079，rs4038410，rs60615788，rs3817032，rs1818080，rs28657025，rs11857633，rs6422230，rs6600022，rs7496540，rs6600034，rs6600041，rs75255127，rs12442259，rs12441699，rs7496888，rs12437683，rs11248795，rs12916204，rs1814945，rs6600085，rs9635445，rs1908936，rs56401292，rs4778566，rs12592629，rs3812924，rs7181789，rs34324428，rs7170784，rs17137384，rs6606817，rs11263678，rs999842，rs1545060，rs67278742，rs11638659，rs7182936，rs7167687，rs57848577，rs4778298，rs59413773，rs45464395，rs1109036，rs2346695，rs17137226，rs76194208，rs61388954，rs2044372，rs11853131，rs12439364，rs8042352，rs1562203，rs12900257，rs3890107，rs4257175，rs11857798，rs4778536，rs12903906，rs4778558，rs12439354，rs12373002，rs28544508，rs11639077，rs6576483，rs4480754，rs850817，rs850813，rs850812，rs699329，rs699330，rs12914458，rs878247，rs67664694，rs1722802，rs61999926，rs1524845，rs12440861，rs1903251，rs11636636，rs8037816，rs12902723，rs35174852，rs7172367，rs2017497，rs11635083，rs2061505，rs12908063，rs67663858，rs12916148，rs2085738，rs2169118，rs898368，rs1380547，rs11633562，rs17759506，rs17117862，rs4778358，rs12437807，rs12914082，rs17760092，rs8033044，rs7164093，rs980634，rs17760249，rs1903247，rs4778266，rs12905098；Chr21：rs1295228677，rs2775054，rs13050604，rs7278737，rs13048561，rs926880，rs447420，rs454215，rs2822526，rs4816274，rs2822529，rs2822537，rs2254297，rs980268，rs2822582，rs2822587，rs2142242，rs2822618，rs2822625，rs13050350，rs2822647，rs2142239，rs1882884，rs2822657，rs2822659，rs11088040，rs6516781，rs3761320，rs2822716，rs760345，rs9636587，rs466541，rs461853，rs1000728，rs2822809，rs439328，rs1037807，rs28431355，rs461309，rs466557，rs9983503，rs2822858，rs2822860，rs2822861，rs8127644，rs8134250，rs62218098，rs2822908，rs2822909，rs4817370，rs964035，rs2822975，rs2256417，rs2039239，rs975336，rs2823054，rs2403877，rs1556286，rs2823056，rs2823061，rs9978683，rs7282412，rs2823066，rs2256038，
rs9974193，rs7279893，rs1014526，rs965098，rs2823141，rs2823158，rs2823165，rs2823177，rs2823245，rs2205532，rs2205533，rs2823252，rs427761，rs1786007，rs9305765，rs11088585，rs11911959，rs8126683，rs9979472，rs2823795，rs1375625，rs9636653，rs7275493，rs7276173，rs2823981，rs2150381，rs62221673，rs2823989，rs2823990，rs1475860，rs2178914，rs2824157，rs1014604，rs11088604，rs1319427，rs56260038，rs969905，rs11700487，rs4818324，rs4143391，rs6517737，rs2824246，rs8133027，rs182174，rs202873，rs1999288，rs208898，rs11702664，rs2824292，rs2251967，rs764657，rs2846881，rs2249100，rs2249449，rs2250305，rs2824376，rs2824397；Chr22：rs1981533，rs174289，rs7284169，rs174345，rs174348，rs174371，rs5992838，rs5992841，rs369081，rs436590，rs448184，rs390745，rs437633，rs399757，rs2111546，rs1003361，rs2016042，rs5992884，rs1867353，rs5746489，rs3747031，rs3213927，rs431071，rs439712，rs1077543，rs448680，rs5747948，rs11089247，rs9618453，rs2073775，rs6518515，rs2074003，rs2238739，rs2238743，rs2238745，rs5993488，rs1557844，rs2238752，rs2238755，rs2800958，rs2800970，rs2189491，rs2800981，rs807759，rs2240110，rs5747997，rs712959，rs5746671，rs698422，rs11704250，rs756652，rs2283652，rs5748219，rs5993647，rs2073758，rs5748232，rs5993650，rs2073759，rs2073761，rs885985，rs5993709，rs1476445，rs5748391，rs747226，rs6518580，rs4819519，rs737869，rs713675，rs2073762，rs3087869，rs5746849，rs740603，rs165849，rs1990249，rs5761392，rs1005640，rs1035239，rs8137132，rs62219029，rs165630，rs2269830，rs2269831，rs165846，rs2329483，rs2329583，rs165764，rs165730，rs165680，rs165862，rs4675，rs2236643，rs6928，rs13943，rs743409，rs5999550，rs9607287，rs4821402，rs4821629，rs2213141，rs762471，rs5756751，rs1894250，rs5750601，rs2073454，rs1543779，rs5757568，rs5757569。3.权利要求1所述检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合作为检测染色体罗氏易位的诊断试剂的应用。4.权利要求1所述检测人类胚胎染色体罗氏易位的引物组合在制备检测染色体罗氏易位的试剂盒的应用。5.检测人类胚胎染色体罗氏易位的...

【专利技术属性】
技术研发人员：邓红辉，廖大光，蔡晓然，卢晨丽，
申请(专利权)人：广州奥测医学科技有限公司，
类型：发明
国别省市：