一种快速检测儿童智商基因SNP的引物，方法和试剂盒技术

本发明专利技术公开了一种快速检测儿童智商基因SNP的引物，方法和试剂盒，其中SNP包括RS1801133(MTHFR 677C>T),RS1801131(MTHFR 1298A>C),RS225014(DIO2 176T>C),RS7171755(C15orf60 169G>A)；将待测的SNP正反向引物包被于8联PCR反应管中，风干，可以4℃长期保存；检测时只需将混有待测样本基因组DNA的PCR反应液加入，即可快速进行扩增检测。利用本发明专利技术的方法、引物和试剂盒进行检测具有易于保存、简便快速、准确度高等优点，对于同一样本进行多个SNP位点检测尤其便利，为评定儿童智商问题是先天还是后天造成提供理论基础。题是先天还是后天造成提供理论基础。题是先天还是后天造成提供理论基础。

【技术实现步骤摘要】
一种快速检测儿童智商基因SNP的引物，方法和试剂盒


[0001]本专利技术属于分子诊断检测领域，特别涉及一种快速检测儿童智商基因SNP的引物，方法和试剂盒。

技术介绍

[0002]MTHFR基因是亚甲基四氢叶酸还原酶蛋白编码基因，是叶酸代谢与甲硫氨酸代谢中的关键酶。叶酸缺陷而导致的DNA合成或者S
‑
腺苷甲硫氨酸(SAM)合成缺陷会影响正常的细胞周期并导致细胞的死亡。真核细胞本身不能够合成叶酸，体外获得充足的叶酸在机体发育的过程于是变得尤为重要。此外叶酸对细胞的分裂生长及核酸、氨基酸、蛋白质的合成起着重要的作用。人体缺少叶酸可导致红血球的异常，未成熟细胞的增加，贫血以及白血球减少。对于胎儿来说，叶酸具有促进神经管组织发育的作用，因此在怀孕早期积极补充叶酸可以预防胎儿神经管畸形，减少胎儿发生唇腭裂和先心病、智力低下的几率。建议女性备孕期和怀孕之后的前三个月积极的补充叶酸。研究显示，rs1801133(MTHFR 677C>T),rs1801131(MTHFR 1298A>C)基因突变影响叶酸吸收，容易造成叶酸缺陷，因此孕前期，孕妇和婴儿都需要检测MTHFR的SNP突变情况，从而确定补充叶酸的准确量，减少各种神经发育的异常。
[0003]Ⅱ型脱碘酶(DIO2)主要表达于大脑皮质、海马、尾状核及丘脑等脑部，其作用主要是使血清总甲状腺素(T4)脱碘转化为生物活性更大的血清总三碘甲状腺原氨酸(T3)，是甲状腺激素代谢中最重要的转化酶，对维持机体甲状腺激素水平起到决定性作用。甲状腺激素在神经细胞的增殖、迁移、分化及树突棘、树突和髓鞘的发育等过程中均发挥重要作用，而这些是智力发育的生理基础。研究显示，rs225014(DIO2 176T>C)CC突变同时伴随甲状腺功能低下者智力发育异常的概率显著高于正常儿童。对CC突变，并伴甲状腺素T4减低者可给予口服甲状腺素，改善甲状腺功能，促进儿童智力健康发育。
[0004]第十五号染色体第60开放阅读框基因(C15orf60)即rs7171755(C15orf60169G>A)与儿童的认知能力有关。此AA型的儿童，比AG和GG型，左侧大脑皮质稍薄，导致语言和非语言IQ评分稍低，但不影响总体智商。因此对AA型的儿童，应强化语言和行为训练，提高认知能力。
[0005]综上所述，rs1801133(MTHFR 677C>T)、rs1801131(MTHFR 1298A>C),、rs225014(DIO2 176T>C)、rs7171755(C15orf60 169G>A)这四个SNP和儿童的智力发育以及语言能力密切相关，早检测早发现，可以辅助诊断儿童智力问题，从而筛查和排除相关治病因素，及时对儿童智力、精神发育迟滞等进行针对性治疗，进一步强化其语言和行为训练,提高儿童认知能力，减少不必要的医疗支出以及错过最佳治疗时间。
[0006]SNP的检测，QPCR和测序都非常成熟，方便，简单；但手工的部分工作很多，因为SNP检测经常不是一个SNP检测，而多个SNP就需要多对引物；又有时只有少量样本需要检测，由于引物不同就需要配多种混合试剂，容易混乱而出错；为了解决这个问题，本专利先把不同引物都以冻干粉的工作浓度的形式包被在PCR反应8联管中，使用时不管样本多少只需要配
一种混合试剂就可，易于保存和使用。

技术实现思路

[0007]本专利技术的目的是提供一种快速检测儿童智商基因SNP的引物。引物包括：RS1801133(MTHFR 677C>T),RS1801131(MTHFR 1298A>C),RS225014(DIO2176T>C),RS7171755(C15orf60 169G>A)的引物，其碱基序列如下：
[0008]RS1801133
‑
F：GGGGACGATGGGGCAAGTGAT
[0009]RS1801133
‑
R：GGCTGTGCTGTGCTGTTGGAAGGT
[0010]RS1801131
‑
F：CCAGCATCACTCACTTTGTGACCATT
[0011]RS1801131
‑
R：GCCAGGGGCAATTCCTCTTCC
[0012]RS225014
‑
F：CAGGAAGTCAGCCACTGAGG
[0013]RS225014
‑
R：TTTACCGTCAGGTGAAATTGG
[0014]RS7171755
‑
F：GTGAGGTATAACCACAGATGGGA
[0015]RS7171755
‑
R：GTGGTCCACTTACTTTGGTGC
[0016]进一步的，所述引物上游引物的5
’
端还包括M13
‑
F序列，下游引物5
’
端还包括M13
‑
R序列。，所述序列分别为
[0017]M13
‑
F:TGTAAAACGACGGCCAGT
[0018]M13
‑
R:AACAGCTATGACCATG。
[0019]进一步的，还包括测序引物，其碱基序列为
[0020]M13
‑
F:TGTAAAACGACGGCCAGT
[0021]M13
‑
R:AACAGCTATGACCATG。
[0022]本专利技术还提供了检测一种快速检测儿童智商基因SNP的方法，包括以下步骤：
[0023](1)抽提待测样本的基因组DNA；
[0024](2)取准备好的含有上，下游引物PCR反应8联管，每条8联管可以扩增2例样本包含全部4个SNP检测；
[0025](3)配制除引物外的PCR反应液，加入含有上，下游引物8联管进行PCR扩增；
[0026](4)对步骤(3)中的扩增产物进行测序；
[0027](5)对测序结果进行判断，确定各SNP的情况；
[0028]其中，步骤(1)PCR反应液中的扩增引物碱基序列所述上游引物的5
’
端还包括M13
‑
F序列，下游引物5
’
端还包括M13
‑
R序列。
[0029]进一步的，步骤(3)中的含有引物的8联管制备如下：
[0030](1)合成好的上，下游引物，稀释成浓度为10μM的工作液；所述稀释试剂为TE缓冲液(10mM Tris
‑
HCl,1mM EDTA,PH 8.0)。
[0031](2)排好PCR反应8联管，每个孔内各加入1μL配对的上，下游引物；
[0032](3)加好所有引物的PCR反应8联管进行真空风干本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.检测儿童智商基因SNP的引物，其特征在于，包括：RS1801133(MTHFR677C>T),RS1801131(MTHFR 1298A>C),RS225014(DIO2 176T>C),RS7171755(C15orf60 169G>A)的引物，其碱基序列如下：RS1801133
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F：GGGGACGATGGGGCAAGTGATRS1801133
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R：GGCTGTGCTGTGCTGTTGGAAGGTRS1801131
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F：CCAGCATCACTCACTTTGTGACCATTRS1801131
‑
R：GCCAGGGGCAATTCCTCTTCCRS225014
‑
F：CAGGAAGTCAGCCACTGAGGRS225014
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R：TTTACCGTCAGGTGAAATTGGRS7171755
‑
F：GTGAGGTATAACCACAGATGGGARS7171755
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R：GTGGTCCACTTACTTTGGTGC。2.如权利要求1所述的引物，其特征在于，所述上游引物的5
’
端还包括M13
‑
F序列，下游引物5
’
端还包括M13
‑
R序列,其序列如下：M13
‑
F:TGTAAAACGACGGCCAGTM13
‑
R:AACAGCTATGACCATG。3.如权利要求1所述的引物，其特征在于，所述上游引物和下游引物使用浓度都是10μM。4.如权利要求1所述的引物，其特征在于，还包括测序引物，其碱基序列为：M13
‑
F:TGTAAAACGACGGCCAGTM13
‑
R:AACAGCTATGACCATG。5.检测儿童智商基因SNP的方法，包括以下步骤：(1)抽提待测样本的基因组DNA；(2)用PCR扩增步骤1中提取的DNA；(3)对步骤(2)中的扩增产物进行测序；(4)对测序结果进行判断，确定各SNP的情况；其中，包括：RS1801133(MTHFR 677C>T),RS1801131(MTHFR 1298A>C),RS225014(DIO2 176T>C),RS7171755(C15orf60 169G>A)的扩增引物，其碱基序列如下：RS1801133
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【专利技术属性】
技术研发人员：王淑一，张敏，
申请(专利权)人：杭州艾迪康医学检验中心有限公司，
类型：发明
国别省市：