用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因及其应用制造技术

在本发明专利技术中，针对肿瘤异质性，我们比较了透明细胞肾细胞癌和正常肾小管上皮之间细胞动力学和分子特征的差异，基于单细胞RNA测序(scRNA

【技术实现步骤摘要】
用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因及其应用


[0001]本专利技术属于生物医学
，具体涉及用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因、检测试剂盒、检测芯片及其应用。

技术介绍

[0002]肾癌是泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤之一，统计资料显示全球肾癌发病率为2％～3％，并呈逐年上升趋势。70％的患者初诊时为局限性肾癌，可行根治性手术治疗，但20％～30％的患者术后会发生远处转移，其余30％的患者初诊时即已为晚期转移性肾癌失去根治性手术机会，而且肾癌对放疗及化疗不敏感，应用干扰素及白介素治疗的传统免疫疗法亦收效甚微，所以晚期肾癌成为肾癌治疗的难点，透明细胞肾细胞癌(Clear cell renal cell carcinoma,CCRCC)是肾癌中最常见的类型。
[0003]肾细胞癌对常规的化疗和放疗并不敏感，治疗效果不理想，随着近年来靶向疗法和免疫检查点抑制剂的巨大成功，透明细胞肾细胞癌的治疗有了新的希望。已经针对透明细胞肾细胞癌患者进行了许多靶向药物和免疫检查点抑制剂的临床试验，其中包括酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)，这是癌症治疗中最常见的靶向药物之一。在一系列的TKIs报告中，培唑帕尼在晚期肾细胞癌患者中获得了最大的客观缓解率31％，免疫检查点抑制剂也存在相同问题，鉴于靶向治疗和免疫检查点抑制剂治疗在未选择的肾细胞癌患者中观察到的临床益处有限，因此有必要发现肾细胞癌的分子亚型，因为基于亚型的靶向治疗和免疫检查点抑制剂治疗可能在癌症治疗中获得临床益处。
[0004]现有的临床分期(TNM)及分级(病理)诊断方法无法很好的解释患者预后的异质性，也无法很好地指导患者进行靶向治疗、免疫检查点抑制剂等个性化治疗。

技术实现思路

[0005]基于此，本专利技术的目的在于提供一种可很好解释患者预后的异质性，并适用于指导患者进行靶向治疗、免疫检查点抑制剂治疗等个性化治疗的用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因。具体技术方案如下：
[0006]一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因集，所述基因群包括37个基因，如表1所示。
[0007]本专利技术还涉及一种基因集的应用，具体技术方案如下：
[0008]如上所述的基因集在制备用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的检测试剂盒中的应用，所述检测试剂盒包括：扩增如上所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因的引物；和/或
[0009]特异性结合如上所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因和/或其互补序列的探针；和/或
[0010]特异性结合如上所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基
因表达的蛋白的抗体。
[0011]在其中一些实施例中，所述应用为所述的基因集在制备用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的蛋白检测芯片中的应用，所述基因芯片包括固相载体和检测抗体，在所述固相载体上固定有与如上所述的基因集的基因特异性结合的捕获抗体，所述检测抗体与抗体标记物连接。
[0012]在其中一些实施例中，所述抗体标记物为：酶标记、荧光素标记、同位素标记或生物素标记。
[0013]本专利技术还涉及一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的试剂盒，具体技术方案如下：
[0014]一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的试剂盒，包括
[0015]1)扩增如上所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因的引物；和/或
[0016]2)特异性结合如上所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因和/或其互补序列的探针；和/或
[0017]3)特异性结合如上所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因表达的蛋白的抗体。
[0018]在其中一些实施例中，所述检测试剂盒包括：总RNA抽提试剂、逆转录试剂和/或测序试剂。
[0019]在其中一些实施例中，所述检测试剂盒包括：dNTP溶液和/或RNA逆转录酶。
[0020]在其中一些实施例中，所述的测序试剂包括二代测序试剂或单细胞测序试剂。
[0021]本专利技术还涉及一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的芯片，具体技术方案如下：
[0022]一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因检测芯片，所述基因芯片所述基因芯片包括固相载体和检测抗体，在所述固相载体上固定有与如上所述的基因集的基因特异性结合的捕获抗体，所述检测抗体与抗体标记物连接。
[0023]本专利技术还涉及一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的方法，可以理解的，透明细胞肾细胞癌的分型和评估透明细胞肾细胞癌的预后不仅在医学诊断和治疗中应用，同时还可应用于科研，具体应用为用于相关分型和评估产品的开发(例如试剂盒、检测芯片的开发)、分型和评估模型的建立等。本专利技术要求保护的具体技术方案如下：
[0024]一种非诊断、非治疗目的的透明细胞肾细胞癌分型方法，检测样本中的如上所述的基因集中透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因含量或所述基因表达的蛋白的含量。
[0025]在其中一些实施例中，采用如上所述的试剂盒或如上所述的基因检测芯片，检测样本中的基因表达水平，并通过数据分析得到透明细胞肾细胞癌分型结果。
[0026]在其中一些实施例中，AHSA1、BAG3、EGR1、HSPH1、SLC30A1中的任意2个以上基因高表达时，其透明细胞肾细胞癌分型为1型，该型透明细胞肾细胞癌患者预后尚可；和/或
[0027]BBOX1、MIOX、PLEKHA1、SCGN、SLC6A13、ALDOC、EPB41L4A
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AS1、MYC、PCNP、QTRT1和TMCC1中的任意2个以上基因高表达时，其透明细胞肾细胞癌分型为2型，该型透明细胞肾细胞癌患者预后好；和/或
[0028]BHLHE41、BICD1、ITGA3、MXRA7、MXRA8、RRAD、SNHG25、AEBP1、ARF5、FABP6、FXYD1、HSD3B7、LGI4、LINC01127、PLTP、PTHLH、SERPINE1、SERPINE2、SEZ6L2、TGM2和TRIM54中的任意2个以上基因高表达时，其透明细胞肾细胞癌分型为3型，该型透明细胞肾细胞癌患者预后差。
[0029]在其中一些实施例中，AHSA1、BAG3、EGR1、HSPH1、SLC30A1基因高表达时，其透明细胞肾细胞癌分型为1型，该型透明细胞肾细胞癌患者预后尚可；和/或
[0030]BBOX1、MIOX、PLEKHA1、SCGN、SLC6A13、ALDOC、EPB41L4A
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AS1、MYC、PCNP、QTRT1和TMCC1基因高表达时，其透明细胞肾细胞癌分型为2型，该型透明细胞肾细胞癌患者预后好；和/或
[0031]BHLHE41、BICD1、ITGA3、本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
37TRIM54ENSG00000138100。2.如权利要求1所述的基因集在制备用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的检测试剂盒中的应用，所述检测试剂盒包括：扩增权利要求1所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因集的基因的引物；和/或特异性结合权利要求1所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因集的基因和/或其互补序列的探针；和/或特异性结合权利要求1所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的基因集的基因表达的蛋白的抗体。3.如权利要求1所述的基因集在制备用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的蛋白检测芯片中的应用，其特征在于，所述蛋白检测芯片包括固相载体和检测抗体，在所述固相载体上固定有与权利要求1所述的基因集的基因特异性结合的捕获抗体，所述检测抗体与抗体标记物连接。4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述抗体标记物为：酶标记、荧光素标记、同位素标记或生物素标记。5.一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的试剂盒，其特征在于，包括1)扩增权利要求1所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因的引物；和/或2)特异性结合权利要求1所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因和/或其互补序列的探针；和/或3)特异性结合权利要求1所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因集的基因表达的蛋白的抗体。6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包括：总RNA抽提试剂、逆转录试剂和/或测序试剂。7.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述检测试剂盒包括：dNTP溶液和/或RNA逆转录酶。8.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述的测序试剂包括二代测序试剂或单细胞测序试剂。9.一种用于透明细胞肾细胞癌分型和评估透明细胞肾细胞癌预后的蛋白检测芯片，其特征在于，所述蛋白检测芯片包括固相载体和检测抗体，在所述固相载体上固定有与权利要求1所述的基因集的基因编码的蛋白特异性结合的捕获抗体，所述检测抗体与抗体标记物连接。10.一种非诊断、非治疗目的的透明细胞肾细胞癌分型方法，其特征在于，检测样本中的权利要求1所述评估用于透明细胞肾细胞癌分型和评估预后的基因含量或所述基因表达...

【专利技术属性】
技术研发人员：崔心刚，徐达，潘秀武，陈文进，周旺，陈佳鑫，陈伟杰，李文彦，王禹琦，刘子畅，
申请(专利权)人：上海交通大学医学院附属新华医院，
类型：发明
国别省市：