用于分析核酸的方法和组合物技术

该技术部分地涉及用于分析核酸的方法和组合物。在一些方面，该技术涉及用于从单链核酸片段制备核酸文库的方法和组合物。酸片段制备核酸文库的方法和组合物。酸片段制备核酸文库的方法和组合物。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】用于分析核酸的方法和组合物
[0001]相关专利申请
[0002]本专利申请要求美国临时专利申请第63/043,688号的权益，该美国临时专利申请于2020年6月24日提交，题为“METHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID”，命名Christopher J.Troll为专利技术人，且由代理人案卷号CBS
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2004
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PV指定。本专利申请还要求美国临时专利申请第63/086,208号的权益，该美国临时专利申请于2020年10月1日提交，题为“METHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID”，命名Christopher J.Troll等人为专利技术人，且由代理人案卷号CBS
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2004
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PV2指定。本专利申请还要求美国临时专利申请第63/159,174号的权益，该美国临时专利申请于2021年3月10日提交，题为“METHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID”，命名Christopher J.Troll等人为专利技术人，且由代理人案卷号CBS
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PV3指定。本专利申请还要求美国临时专利申请第63/195,352号的权益，该美国临时专利申请于2021年6月1日提交，题为“METHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID”，命名Christopher J.Troll等人为专利技术人，且由代理人案卷号CBS
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PV4指定。前述专利申请的全部内容，包括所有文本、表格和附图，通过引入并入本文用于所有目的。
[0003]领域
[0004]该技术部分地涉及用于分析核酸的方法和组合物。在一些方面，该技术涉及用于从单链核酸片段制备核酸文库的方法和组合物。
[0005]背景
[0006]活的生物体(例如动物、植物和微生物)和复制遗传信息的其他形式(例如病毒)的遗传信息在核酸(即脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA))中编码。遗传信息是代表化学或假设核酸的一级结构的一连串核苷酸或修饰的核苷酸。
[0007]多种高通量测序平台被用于分析核酸。例如，ILLUMINA平台涉及衔接子连接的DNA片段的克隆扩增。另一个平台是基于纳米孔的测序，其依赖于核酸分子或个体核苷酸通过小通道的转换。用于某些测序平台的文库制备通常包括DNA的片段化、片段末端的修饰和衔接子的连接，并且可包括核酸片段的扩增(例如，PCR扩增)。
[0008]为特定类型的核酸分析选择合适的测序平台需要详细了解可用的技术，包括错误来源、错误率以及测序的速度和成本。虽然测序成本已经降低，但文库制备的通量和成本可能是一个限制因素。文库制备的一个方面包括修饰核酸片段的末端，使得它们适合用于特定的测序平台。核酸末端可能包含有用的信息。因此，修饰核酸末端(例如，用于文库制备)同时保留核酸末端中所包含的信息的方法对于处理和分析核酸将是有用的。
[0009]文库制备的另一方面包括捕获单链核酸片段。在某些情况下，与传统的双链DNA(dsDNA)制备方法相比，单链文库制备方法可生成更好且更复杂的文库。产生单链DNA(ssDNA)文库的缺点包括劳动密集、昂贵且耗时的方案，以及外来或定制的试剂要求。因此，捕获单链核酸(例如，用于文库制备)而无需劳动密集、昂贵且耗时的方案和/或外来或定制的试剂的方法对于处理和分析核酸(例如，单链核酸、变性的双链核酸或含有单链核酸的混合物)将是有用的。
[0010]概述
[0011]在某些方面提供了产生核酸文库的方法，所述方法包括将(i)包含单链核酸(ssNA)的核酸组合物、(ii)多个第一寡核苷酸种类和(iii)多个第一支架多核苷酸种类组合，其中(a)所述多个第一支架多核苷酸种类中的每个多核苷酸包含ssNA杂交区域和第一寡核苷酸杂交区域；(b)所述多个第一寡核苷酸种类中的每个寡核苷酸包含第一独特分子标识符(UMI)，其侧翼为第一侧翼区域和第二侧翼区域；(c)所述第一寡核苷酸杂交区域包含(i)与所述第一侧翼区域互补的多核苷酸和(ii)与所述第二侧翼区域互补的多核苷酸；和(d)在以下条件下将所述核酸组合物、所述多个第一寡核苷酸种类和所述多个第一支架多核苷酸种类组合，在所述条件中，所述第一支架多核苷酸种类的分子与(i)第一ssNA末端区域和(ii)所述第一寡核苷酸种类的分子杂交，从而形成杂交产物，其中所述第一寡核苷酸的分子的末端与所述第一ssNA末端区域的末端相邻。
[0012]还提供了组合物，所述组合物包含多个第一寡核苷酸种类，每个第一寡核苷酸种类包含第一独特分子标识符(UMI)，其侧翼为第一侧翼区域和第二侧翼区域；和多个第一支架多核苷酸种类，每个第一支架多核苷酸种类包含ssNA杂交区域和第一寡核苷酸杂交区域，其中所述第一寡核苷酸杂交区域包含(i)与所述第一侧翼区域互补的多核苷酸和(ii)与所述第二侧翼区域互补的多核苷酸。
[0013]还提供了产生核酸文库的方法，所述方法包括(a)使包含单链核糖核酸(ssRNA)和双链脱氧核糖核酸(dsDNA)的第一混合物中的ssRNA与引物寡核苷酸和包含逆转录酶活性的试剂(agent)接触，从而生成包含互补脱氧核糖核酸(cDNA)
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RNA双链体和dsDNA的第二混合物，其中所述引物寡核苷酸包含RNA特异性标签，并且其中cDNA包含RNA特异性标签，并且dsDNA不包含所述RNA特异性标签；(b)从cDNA
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RNA双链体和dsDNA生成单链cDNA(sscDNA)和单链DNA(ssDNA)，从而生成包含sscDNA和ssDNA的核酸组合物；(c)将所述核酸组合物与第一寡核苷酸和多个第一支架多核苷酸种类组合，其中(i)所述多个第一支架多核苷酸种类中的每个多核苷酸包含sscDNA杂交区域或ssDNA杂交区域和第一寡核苷酸杂交区域；和(ii)在以下条件下将所述核酸组合物、所述第一寡核苷酸和所述多个第一支架多核苷酸种类组合，在所述条件中，所述第一支架多核苷酸种类的分子与(1)第一sscDNA末端区域或第一ssDNA末端区域和(2)所述第一寡核苷酸的分子杂交，从而形成杂交产物，其中所述第一寡核苷酸的分子的末端与所述第一sscDNA末端区域或所述第一ssDNA末端区域的末端相邻。
[0014]还提供了包含核酸组合物的组合物，所述核酸组合物含有单链互补脱氧核糖核酸(sscDNA)和单链脱氧核糖核酸(ssDNA)，其中sscDNA包含RNA特异性标签；第一寡核苷酸；和多个第一支架多核苷酸种类，每个第一支架多核苷酸种类包含sscDNA杂交区域或ssDNA杂交区域和第一寡核苷酸杂交区域。
[0015]还提供了产生核酸文库的方法，所述方法包括将(i)包含单链核糖核酸(ssRNA)和单链脱氧核糖核酸(ssD本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种产生核酸文库的方法，所述方法包括：将(i)包含单链核酸(ssNA)的核酸组合物、(ii)多个第一寡核苷酸种类和(iii)多个第一支架多核苷酸种类组合，其中：(a)所述多个第一支架多核苷酸种类中的每个多核苷酸包含ssNA杂交区域和第一寡核苷酸杂交区域；(b)所述多个第一寡核苷酸种类中的每个寡核苷酸包含第一独特分子标识符(UMI)，所述第一UMI侧翼为第一侧翼区域和第二侧翼区域；(c)所述第一寡核苷酸杂交区域包含(i)与所述第一侧翼区域互补的多核苷酸，和(ii)与所述第二侧翼区域互补的多核苷酸；和(d)将所述核酸组合物、所述多个第一寡核苷酸种类和所述多个第一支架多核苷酸种类在以下条件下组合，在所述条件中，所述第一支架多核苷酸种类的分子与(i)第一ssNA末端区域和(ii)所述第一寡核苷酸种类的分子杂交，从而形成杂交产物，其中所述第一寡核苷酸的分子的末端与所述第一ssNA末端区域的末端相邻。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一寡核苷酸杂交区域包含(iii)对应于所述第一UMI的区域。3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述第一寡核苷酸种类的每一个的第一侧翼区域包含来自非随机序列种类的汇集物的非随机序列种类。4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述第一寡核苷酸种类的每一个的第二侧翼区域包含选自以下的一个或更多个特征：(1)非随机序列、(2)第一引物结合结构域、(3)第一测序衔接子或其部分以及(4)索引。5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法还包括将所述核酸组合物与(iv)第二寡核苷酸和(v)多个第二支架多核苷酸种类组合，其中：(e)所述多个第二支架多核苷酸种类中的每个多核苷酸包含ssNA杂交区域和第二寡核苷酸杂交区域；和(f)将所述核酸组合物、所述第二寡核苷酸和所述多个第二支架多核苷酸种类在以下条件下组合，在所述条件中，所述第二支架多核苷酸种类的分子与(i)第二ssNA末端区域和(ii)所述第二寡核苷酸的分子杂交，从而形成杂交产物，其中所述第二寡核苷酸的分子的末端与所述第二ssNA末端区域的末端相邻。6.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，所述方法还包括将所述核酸组合物与(iv)多个第二寡核苷酸种类和(v)多个第二支架多核苷酸种类组合，其中：(e)所述多个第二支架多核苷酸种类中的每个多核苷酸包含ssNA杂交区域和第二寡核苷酸杂交区域；(f)所述多个第二寡核苷酸种类中的每个寡核苷酸包含第二独特分子标识符(UMI)，其侧翼为第三侧翼区域和第四侧翼区域；(g)所述第二寡核苷酸杂交区域包含(i)与所述第三侧翼区域互补的多核苷酸，和(ii)与所述第四侧翼区域互补的多核苷酸；和(h)将所述核酸组合物、所述多个第二寡核苷酸种类和所述多个第二支架多核苷酸种类在以下条件下组合，在所述条件中，所述第二支架多核苷酸种类的分子与(i)第二ssNA末端区域和(ii)所述第二寡核苷酸种类的分子杂交，从而形成杂交产物，其中所述第二寡核
苷酸的分子的末端与所述第二ssNA末端区域的末端相邻。7.根据权利要求6所述的方法，其中所述第二寡核苷酸杂交区域包含(iii)对...

【专利技术属性】
技术研发人员：克里斯多佛，
申请(专利权)人：克拉雷特生物科学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：