一种染色体外环状DNA的建库以及测序方法技术

本发明专利技术属于基因检测领域，更具体而言，本发明专利技术提供了一种染色体外环状DNA的建库和测序方法、一种用于检测染色体外环状DNA检测的双链环状DNA以及一种包括所述双链环状DNA的试剂盒。通过本发明专利技术的染色体外环状DNA的建库和测序方法，可以对每毫升样本中含量低至5pg的染色体外环状DNA进行检测，并且可以准确有效地区分真阴性结果和假阴性。地区分真阴性结果和假阴性。地区分真阴性结果和假阴性。

【技术实现步骤摘要】
一种染色体外环状DNA的建库以及测序方法


[0001]本专利技术属于基因测序领域，更具体而言，本专利技术涉及一种染色体外环状DNA的建库以及测序方法。

技术介绍

[0002]染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA,eccDNA)位于染色体外，呈单链或双链的闭合环状DNA结构，广泛存在各种真核生物中。eccDNA大部分小于25kb，主要分布在0.1kb至5kb之间。因其环状结构特点，相比游离的线性DNA，eccDNA结构稳定，不易被降解。eccDNA的产生与基因组的不稳定性相关。有研究表明，肿瘤细胞中eccDNA染色质高度开放，eccDNA可以携带完整的癌基因，甚至是基因上游的启动子和增强子元件，能独立完成复制过程，本身有高度的转录活性，是肿瘤癌基因的一种新的扩增形式。故eccDNA与肿瘤发生、发展相关，是一种新型的肿瘤标志物。
[0003]今年一篇发表在PNAS上的文献(Identification and characterization of extrachromosomal circular本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种染色体外环状DNA的建库方法，包括以下步骤：1)提取待检测样本中的染色体外环状DNA；2)对所述染色体外环状DNA进行扩增例如多重置换扩增(MDA)以得到其扩增产物；3)将所述扩增产物打断(例如利用超声)并对DNA片段进行片选；4)将片选得到的DNA片段进行末端修复和腺苷酸(A)添加，再与接头连接，由此得到带接头的DNA片段；5)环化步骤4)中得到的带接头的DNA片段，并通过酶例如核酸外切酶如核酸外切酶I和核酸外切酶III消化以去除未环化的DNA片段。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在步骤1)中，在提取待检测样本中的染色体外环状DNA之前，在所述待检测样本中添加双链环状DNA，例如其序列为SEQ ID NO:20所示的pUC19质粒和/或其序列为SEQ ID NO:1所示的GAPDH环状DNA，作为阳性对照。3.根据权利要求1或2所述的方法，其特征在于，步骤1)包括：提取所述待检测样本中的cfDNA，再通过核酸外切酶例如Plasmid
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Safe ATP
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Dependent DNase或Exonuclease V(RecBCD)消化所提取cfDNA中的线性DNA，从而获得所述染色体外环状DNA。4.根据权利要求1
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3中任一项所述的方法，其特征在于，在步骤3)中，通过片选获得长度为200bp
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400bp...

【专利技术属性】
技术研发人员：肖利云，郭亭佑，赵鑫，吴逵，
申请(专利权)人：深圳华大生命科学研究院，
类型：发明
国别省市：