病原体检测方法和系统技术方案

本发明专利技术提供了一种病原体检测方法和系统，涉及生物技术领域。本发明专利技术提供的病原体检测方法，包括：a.获取样品的宏基因组测序数据，进行序列物种注释；b.获得样品中各微生物物种的丰度排名；c.计算样品中每种微生物的序列分散度；d.判断微生物是否满足以下条件：丰度排名在前5以内；序列分散度≥0.95；属于已知病原体；e.若满足d步骤的全部条件，则判定为病原体微生物，否则，判定为不是病原体微生物。该病原体检测方法，简单方便，准确率高，结合3个指标可鉴定出引起宿主患病的病原体微生物种类。可鉴定出引起宿主患病的病原体微生物种类。可鉴定出引起宿主患病的病原体微生物种类。

【技术实现步骤摘要】
病原体检测方法和系统


[0001]本专利技术涉及生物
，尤其是涉及一种病原体检测方法和系统。

技术介绍

[0002]病原体通常是指可造成人或动植物感染疾病的微生物，包括细菌、真菌、病毒、衣原体、支原体、寄生虫或其他媒介。病原体在人与人、动物与动物、人与动物之间相互传播造成的疾病被称为传染病。病原体可以通过空气、水源、食物、接触、土壤、母婴、体液、粪口等多种方式传播，并且具有流行性、地方性、季节性等特点。某些病原体能够造成反复感染。病原体传播造成的传染病严重危害着人类健康。传染病的大流行能够带来巨大的经济负担，并且某些传染病流行对经济的影响可能超过几十年。通过病原体检测技术，可以帮助我们准确判断传染病的致病原因，了解病原体的传播特点，毒性，药物抗性。进而更好的帮助我们进行传染病的治疗，预防传染病的流行。
[0003]传统的病原体检测技术包括:显微镜观察病原体形态、病原体特异性抗原检测、病原体分离培养、血清学实验等。随着分子生物学技术的发展，核酸杂交、基因芯片、聚合酶链反应等基因检测技术在病原体检测领域也逐渐被广泛应用。尤其是近20年本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种非疾病诊断目的的病原体微生物鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：a.获取样品的宏基因组测序数据，进行序列物种注释；b.获得样品中各微生物物种的丰度排名；c.计算样品中每种微生物的序列分散度；d.判断微生物是否满足以下条件：丰度排名在前5以内；序列分散度≥0.95；属于已知病原体；e.若满足d步骤的全部条件，则判定为病原体微生物，否则，判定为不是病原体微生物。2.根据权利要求1所述的病原体微生物鉴定方法，其特征在于，所述样品中各微生物物种的丰度排名计算方式为：统计被注释到各物种的序列数，按序列数从大到小排序。3.根据权利要求1所述的病原体微生物鉴定方法，其特征在于，所述微生物的序列分散度通过计算注释到各微生物的序列的辛普森指数来统计，所述辛普森指数采用放回抽样或不放回抽样的方式计算，具体计算方式为：从注释到某个物种的所有序列中进行两次随机抽一条序列，两次抽取的序列位于同一区域的概率为D，序列分散度定义为1
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D，所述同一区域的定义为：平均将某个物种的基因组分割为n个窗口，两次抽取的序列位于同一个窗口时，则表示位于同一区域；优选地，n取值范围为80～120；更优选地，n取值为100；优选地，所述辛普森指数采用放回抽样的方式计算。4.根据权利要求1所述的病原体微生物鉴定方法，其特征在于，所述样品为体液样品或组织样品；优选地，所述样品为肺泡灌洗液、痰液、经...

【专利技术属性】
技术研发人员：张朋，周金升，王亮，宋佳平，
申请(专利权)人：珠海碳华检测科技有限公司，
类型：发明
国别省市：