一种用于设计目标菌株平行构建最小化总基因操作数的方法技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，具体涉及优化遗传操作排程，公开一种最小化总基因操作的菌株构建排程方法。通过本发明专利技术方法确定的不同目标菌株之间的共同基因操可为降低生物铸造厂菌株构建的成本和时间提供了可能性。在构建的初始轮次中增加中间菌株的后代分支可以有效减少构建菌株的总数。该方法有助于减轻生物铸造中大规模平行菌株构建的工作量，从而加速菌株开发的设计

【技术实现步骤摘要】
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【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于设计目标菌株平行构建最小化总基因操作数的方法，包括如下步骤：第一步：获取所有起始菌株的基因型：获取各个目标菌株的基因型，该基因型包括在起始菌株的基础上所做的所有基因改动；第二步：以总基因改动的操作最小为目标函数，计算出菌株构建排程。2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，在第二步中，计算在第r轮改造中为构建目标菌株s是否需要执行g基因改造，以及这个改造所产生的菌株是否和本轮其他改造所产生的菌株基因型相同，并将基因型相同的菌株当做同一个菌株，即
‘
共同祖先菌株
’
。3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，在第二步中，执行下述算法实现：最小化使服从于通过上述可以得到变量W
g,s,r
、M
s1,s2,r
和总基因操作数T的值，其中，W
g,,s,r
的值：在第r轮改造中为构建目标菌株s是否需要执行g改造，以及M
s1,s2,r
的值：在r轮中为构建目标菌株s1和为目标菌株s2所产生的中间菌株基因型是否相同，如果相同，这两个中间菌株为
‘
...

【专利技术属性】
技术研发人员：蔡敬一，马红武，
申请(专利权)人：中国科学院天津工业生物技术研究所，
类型：发明
国别省市：