非综合征型先天缺牙基因突变位点及其应用制造技术

本发明专利技术公开了非综合征型先天缺牙基因突变位点及其应用，其为位于PAX9基因上的c.296C>A。基于该基因突变位点的检测引物可制成试剂盒，用于非综合征型先天缺牙机制研究、筛查、辅助诊断或辅助治疗。助诊断或辅助治疗。助诊断或辅助治疗。

【技术实现步骤摘要】
非综合征型先天缺牙基因突变位点及其应用


[0001]本专利技术涉及一种先天缺牙致病基因，具体涉及一种非综合征型先天缺牙基因突变位点及其应用。属于基因


技术介绍

[0002]先天缺牙是指在牙胚形成过程中未能发育和形成的牙，属于牙齿发育异常中的数目异常。临床诊断以“临床检查牙齿部分或全部缺失，结合X线片证实没有恒牙胚，确认既往没有拔牙史”为标准。对于先天缺牙病例，在临床上一般根据缺失牙齿数目分为个别牙缺失(缺牙＜6个)、多数牙缺失(缺牙数≥6个)和先天性无牙。按是否有伴发症状，先天缺牙可分为非综合征型(单纯性)先天缺牙(指仅有牙齿的先天缺失，没有任何其他先天性发育畸形)和综合征型先天缺牙(指先天缺牙同时伴有其他器官的发育异常)。先天缺牙可同时伴随几种牙齿异常情况，如过小牙、锥形牙；且牙齿异位萌出，牙间隙扩大及乳牙滞留等牙齿异常也与先天缺牙有关。先天缺牙既影响患者的咀嚼，又影响其容貌、发音甚至心理健康。因此其病因的寻找成为现今众多口腔临床医生及基础研究学者关注的热点。
[0003]至今为止，超过150种综合征和80个基因与先天缺牙有关。但在先天缺牙患者中针对已知致病基因的突变检出率往往很低，国内外仍有许多病例未找到与之临床表现对应的基因突变类型。提示先天缺牙存在明显遗传异质性，可能存在新的致病基因或者已知基因的未知突变未被发现。

技术实现思路

[0004]本专利技术的目的是为克服上述现有技术的不足，提供非综合征型先天缺牙基因突变位点及其应用。
[0005]为实现上述目的，本专利技术采用下述技术方案：
[0006]1、非综合征型先天缺牙基因突变位点，其为位于PAX9基因上的c.296C>A。
[0007]2、检测基因突变位点的引物在制备非综合征型先天缺牙机制研究、筛查、辅助诊断或辅助治疗试剂盒中的应用，所述的基因突变位点为位于PAX9基因上的c.296C>A。
[0008]优选的，所述引物包括上游引物和下游引物，它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。
[0009]上游引物：aggagtgttcgtgaacggga，如SEQ ID NO.1所示；
[0010]下游引物：agggctggggtacgagtaga，如SEQ ID NO.2所示。
[0011]3、一种用于非综合征型先天缺牙机制研究、筛查、辅助诊断或辅助治疗的试剂盒，其包含检测基因突变位点的引物，所述的基因突变位点为位于PAX9基因上的c.296C>A。
[0012]4、一种非综合征型先天缺牙基因突变位点的筛选方法，具体步骤如下：
[0013](1)收集有家族遗传史的非综合征型先天缺牙家系，通过家系调查及临床资料收集，确定该家系中的非综合征型先天缺牙患者，进而确定先证者；
[0014](2)提取基因组DNA，对先证者进行全外显子组测序；
[0015](3)对全外显子组测序原始数据按照表1的筛选策略进行数据筛选；
[0016]表1.全外显子测序原始数据筛选策略
[0017][0018](4)在筛选出的候选基因中，根据Provean和SIFT、Mutation Taster和Polyphen
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2网站进行与非综合征型先天缺牙的相关性预测，经分析确定PAX9基因c.296C>A突变是导致非综合征型先天缺牙的突变位点。
[0019]本专利技术的有益效果：
[0020]申请人前期通过全外显子组测序以及家系共分离找到了一个从未报道与非综合征先天缺牙有关的新突变(PAX9基因上的c.296C>A)，该突变与先天缺牙之间的关系尚不明确，也未见相关的功能研究。申请人通过一系列的体外功能实验证实了该突变是导致先天缺牙的重要原因，扩大了该疾病的致病基因谱，为非综合征先天缺牙的遗传咨询、预防和基因治疗提供了依据，同时也为大范围先天缺牙人群筛查提供了理论基础。
附图说明
[0021]图1是非综合征型先天缺牙显性遗传家系图谱；
[0022]图2是家系中患者的全景片A.IV
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1先证者全景片B.II
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1全景片C.III
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2全景片D.IV
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2全景片(白色五角星代表先天缺牙位置，蓝色五角星代表因外伤史或拔除史缺牙位置)；
[0023]图3是Sanger测序结果(箭头代表突变的碱基位置)；
[0024]图4是PAX9
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空载质粒图谱；
[0025]图5是PAX9
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MUT质粒图谱；
[0026]图6是pGL3
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Basic
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BMP4P质粒图谱；
[0027]图7是细胞定位实验荧光图(实验重复3次)；
[0028]图8是放线菌酮示踪实验蛋白降解速率(实验重复3次)；A.Western Blot条带图B.数据统计折线图(*：P<0.05)；
[0029]图9是双荧光素酶报告实验结果(实验重复3次)；(MOCK为空载组；WT为正常PAX9；MUT为突变PAX9；*：P<0.05)。
具体实施方式
[0030]下面结合附图和实施例对本专利技术进行进一步的阐述，应该说明的是，下述说明仅
是为了解释本专利技术，并不对其内容进行限定。
[0031]1.家系调查及临床资料收集
[0032]对就诊中南大学湘雅口腔医院儿童口腔科患儿进行口腔检查，收集有家族遗传史的非综合征型先天缺牙家系，签署知情同意书。
[0033](1)填写相关调查问卷。
[0034](2)问诊：采集基本资料，询问是否有外伤史或拔牙史等。
[0035](3)专科检查及全身体格检查：记录缺失牙齿的数量、具体位置及形状异常的牙齿；判断是否伴有其他组织或器官(如毛发、皮肤粘膜、骨骼和指甲等)发育异常。
[0036](4)全景片X线检查：判断继承恒牙胚有无缺失。
[0037](5)对先证者及其他缺牙患者进行图片信息的采集：拍摄面相、四肢照片和口内相。
[0038]综合以上信息后确定此家系的临床表型特征(所有第三磨牙的缺失均不纳入缺牙记录)。
[0039]结果：该家系有四代人，家系成员一共12人。通过家系调查及临床资料收集，确定在该家系中有4名非综合型先天缺牙患者：分别为先证者(IV
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1)(12、15、16、17、21、22、25、26、27、33、37、47牙未见)、先证者的外公(II
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1)(12、15、21、32、41牙未见，21、41牙有外伤史)、先证者的母亲(III
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2)(17、26、27牙未见，26牙有拔牙史)和先证者的妹妹(IV
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2)(17、16、13、12、27、37、47牙)，家系图见图1，全景片见图2本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.非综合征型先天缺牙基因突变位点，其特征在于，其为位于PAX9基因上的c.296C>A。2.检测基因突变位点的引物在制备非综合征型先天缺牙机制研究、筛查、辅助诊断或辅助治疗试剂盒中的应用，其特征在于，所述的基因突变位点为位于PAX9基因上的c.296C>A。3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述引物包括上游引物和下游引物，它们的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。上游引物：aggagtgttcgtgaacggga，如SEQ ID NO.1所示；下游引物：agggctggggtacgagtaga，如SEQ ID NO.2所示。4.一种用于非综合征型先天缺牙机制研究、筛查、辅助诊断或辅助治疗的试剂盒，其特征在于，其包含检测基因突变位点的引...

【专利技术属性】
技术研发人员：邱喜丽，彭玲，雷镕，李桐军，刘静，李奉华，董新，黄品，李磊涛，张扬根，
申请(专利权)人：湖南中南大学湘雅口腔医院，
类型：发明
国别省市：