用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用制造技术

本发明专利技术涉及一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用，涉及生物技术领域。该遗传标记包括90个SNP分子标记中的至少1种。利用该遗传标记可以进行华南虎的个体识别和亲子鉴定，完善谱系的准确性，从而能够更加精确地分析个体间的亲缘关系，促进华南虎种群的繁育水平。的繁育水平。

【技术实现步骤摘要】
用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用


[0001]本专利技术涉及生物
，特别是涉及一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记及应用。

技术介绍

[0002]华南虎(Panthera tigris amoyensis)是我国特有的虎种，也是现存6个虎亚种之一。近几十年来，华南虎的栖息地被严重破坏，种群规模大大减少，成为了IUCN记录中数量最为稀少的虎亚种，2007年华南虎在野外已灭绝。从20世纪50年代开始，中国动物园协会组织了开展了华南虎人工圈养项目，到目前为止，人工圈养的种群仅达到200多只，且全部为2只雄性和4只雌性个体的后代。华南虎由于近亲繁殖，人工圈养的华南虎免疫力较差，发病率和死亡率较高。据统计，华南虎的遗传基因与传统意义上的野生华南虎相比，遗传基因多样性丢失两成多，保留不到八成。目前野生华南虎已绝迹，圈养华南虎种群成为了该亚种复壮的唯一后备。在野外很难找到野生华南虎的情况下，只能利用有限的圈养个体发展华南虎种群，提高华南虎的饲养繁育技术水平，促进圈养华南虎的可持续健康发展。
[0003]我国人工圈养华南虎建立了谱系登记制度，通过建立谱系，排查每个个体间的亲缘关系，能有效避免近亲繁殖以及每个奠基者对种群的贡献率，从而优化种群结构，促进华南虎人工圈养的可持续发展。1998年11月1日的《华南虎谱系本》中记载了有53只华南虎饲养在广州动物园、上海动物园、苏州动物园以及重庆动物园等22家单位，其中雄虎31只，雌虎22只。谱系的真实性直接决定了谱系分析结果的可靠性，传统人工记录的谱系往往存在误差甚至错误，这就会造成繁殖计划的失败。在繁殖管理过程中，有些雌性华南虎会与两只及以上的雄性个体进行交配，从而无法判断所生后代的父本。因此，采用分子水平技术对每个个体进行亲缘关系分析，建立真实、更加精确的谱系就显得尤为重要。

技术实现思路

[0004]针对上述问题，本专利技术提供一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记，利用该遗传标记可以进行华南虎的个体识别和亲子鉴定，完善谱系的准确性，从而能够更加精确地分析个体间的亲缘关系，促进华南虎种群的繁育水平。
[0005]为了达到上述目的，本专利技术提供一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记，该遗传标记包括90个SNP分子标记中的至少1种，所述90个SNP分子标记为：A1_38727754，A1_92397649，A1_133346441，A1_172705221，A1_240042002，A2_13238134，A2_31585423，A2_55235907，A2_83726472，A2_120709522，A3_2364254，A3_24561152，A3_57860989，A3_75528530，A3_100281408，A3_130834387，B1_14441125，B1_53734397，B1_86218607，B1_135493574，B1_184040041，B2_12304536，B2_50994182，B2_131040947，B2_148765801，B3_21164831，B3_52556360，B3_66120721，B3_81271823，B3_97307839，B4_22037187，B4_35786832，B4_51551536，B4_72249273，B4_91487647，B4_125316381，B4_140165911，C1_10286335，C1_37857488，C1_71304457，C1_100385246，C1_153645718，C1_
200243333，C2_50151840，C2_70369819，C2_92292024，C2_117668695，C2_137693489，C2_148719671，D1_16084084，D1_44931977，D1_62513122，D1_82541804，D1_100555048，D2_4589072，D2_14633170，D2_26583301，D2_74774623，D2_84775144，D3_22418764，D3_35637365，D3_64539451，D4_21004444，D4_32003880，D4_44253417，D4_59613293，D4_72567555，D4_82708703，D4_94882929，E1_20281735，E1_41144370，E1_59800812，E2_4159030，E2_17300908，E2_25411449，E2_37222460，E2_52027168，E3_6551127，E3_7060825，E3_15451581，E3_27063732，E3_39134355，F1_11111820，F1_22143581，F1_51385580，F1_66911169，F2_7994776，F2_20952520，F2_41180506，或F2_82194199。
[0006]华南虎基因组(Amotig1.0，https://ngdc.cncb.ac.cn/search/？dbId＝gwh&q＝GWHBEIN00000000)中的染色体编号采用字母。因此，上述编号表示该SNP位点在对应染色体中的位置。
[0007]本专利技术人在研究过程中发现，单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)作为第三代遗传标记，其在基因组中具有广泛性高、遗传稳定性高以及易于自动化基因分型等优点，使用效果优于现有的微卫星标记，且对于高度近交的华南虎种群，使用微卫星标记方法来个体识别和亲子鉴定效果欠佳。
[0008]在其中一个实施例中，所述遗传标记包括90个SNP分子标记，所述90个SNP分子标记为：A1_38727754，A1_92397649，A1_133346441，A1_172705221，A1_240042002，A2_13238134，A2_31585423，A2_55235907，A2_83726472，A2_120709522，A3_2364254，A3_24561152，A3_57860989，A3_75528530，A3_100281408，A3_130834387，B1_14441125，B1_53734397，B1_86218607，B1_135493574，B1_184040041，B2_12304536，B2_50994182，B2_131040947，B2_148765801，B3_21164831，B3_52556360，B3_66120721，B3_81271823，B3_97307839，B4_22037187，B4_35786832，B4_51551536，B4_72249273，B4_91487647，B4_125316381，B4_140165911，C1_10286335，C1_37857488，C1_71304457，C1_100385246，C1_153645718，C1_200243333，C2_501本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的遗传标记，其特征在于，该遗传标记包括90个SNP分子标记中的至少1种，所述90个SNP分子标记为：A1_38727754，A1_92397649，A1_133346441，A1_172705221，A1_240042002，A2_13238134，A2_31585423，A2_55235907，A2_83726472，A2_120709522，A3_2364254，A3_24561152，A3_57860989，A3_75528530，A3_100281408，A3_130834387，B1_14441125，B1_53734397，B1_86218607，B1_135493574，B1_184040041，B2_12304536，B2_50994182，B2_131040947，B2_148765801，B3_21164831，B3_52556360，B3_66120721，B3_81271823，B3_97307839，B4_22037187，B4_35786832，B4_51551536，B4_72249273，B4_91487647，B4_125316381，B4_140165911，C1_10286335，C1_37857488，C1_71304457，C1_100385246，C1_153645718，C1_200243333，C2_50151840，C2_70369819，C2_92292024，C2_117668695，C2_137693489，C2_148719671，D1_16084084，D1_44931977，D1_62513122，D1_82541804，D1_100555048，D2_4589072，D2_14633170，D2_26583301，D2_74774623，D2_84775144，D3_22418764，D3_35637365，D3_64539451，D4_21004444，D4_32003880，D4_44253417，D4_59613293，D4_72567555，D4_82708703，D4_94882929，E1_20281735，E1_41144370，E1_59800812，E2_4159030，E2_17300908，E2_25411449，E2_37222460，E2_52027168，E3_6551127，E3_7060825，E3_15451581，E3_27063732，E3_39134355，F1_11111820，F1_22143581，F1_51385580，F1_66911169，F2_7994776，F2_20952520，F2_41180506，或F2_82194199。2.根据权利要求1所述的遗传标记，其特征在于，所述遗传标记包括90个SNP分子标记，所述90个SNP分子标记为：A1_38727754，A1_92397649，A1_133346441，A1_172705221，A1_240042002，A2_13238134，A2_31585423，A2_55235907，A2_83726472，A2_120709522，A3_2364254，A3_24561152，A3_57860989，A3_75528530，A3_100281408，A3_130834387，B1_14441125，B1_53734397，B1_86218607，B1_135493574，B1_184040041，B2_12304536，B2_50994182，B2_131040947，B2_148765801，B3_21164831，B3_52556360，B3_66120721，B3_81271823，B3_97307839，B4_22037187，B4_35786832，B4_51551536，B4_72249273，B4_91487647，B4_125316381，B4_140165911，C1_10286335，C1_37857488，C1_71304457，C1_100385246，C1_153645718，C1_200243333，C2_50151840，C2_70369819，C2_92292024，C2_117668695，C2_137693489，C2_148719671，D1_16084084，D1_44931977，D1_62513122，D1_82541804，D1_100555048，D2_4589072，D2_14633170，D2_26583301，D2_74774623，D2_84775144，D3_22418764，D3_35637365，D3_64539451，D4_21004444，D4_32003880，D4_44253417，D4_59613293，D4_72567555，D4_82708703，D4_94882929，E1_20281735，E1_41144370，E1_59800812，E2_4159030，E2_17300908，E2_25411449，E2_37222460，E2_52027168，E3_6551127，E3_7060825，E3_15451581，E3_27063732，E3_39134355，F1_11111820，F1_22143581，F1_51385580，F1_66911169，F2_7994776，F2_20952520，F2_41180506，和F2_82194199。3.权利要求1
‑
2中任一项所述的遗传标记在华南虎的个体识别和/或亲子鉴定中的应用。4.权利要求1
‑
2中任一项所述的遗传标记在制备用于华南虎的个体识别和/或亲子鉴定的试剂中的应用。5.检测权利要求1
‑
2中任一项所述的遗传标记的试剂，在华南虎的个体识别和/或亲自
鉴定中的应用。6.一种用于华南虎个体识别和/或亲子鉴定的引物池，其特征在于，包括用于检测权利要求2所述90个SNP分子标记的引物对，所述引物对的正向引物如SEQ ID NO：1
‑
90所示，所述引物对的反向引物如SEQ ID NO：91
‑
180所示。7.一种华南虎个体识别和/或亲子鉴定的方法，其特征在于，包括以下步骤：多重PCR：获取待测华南虎个体的DNA，采用多重PCR进行扩增；所述多重PCR分为两组进行，第一组采用以下序列所示的正向引物：SEQ ID NO：1，SEQ ID NO：2，SEQ ID NO：3，SEQ ID NO：5，SEQ ID NO：6，SEQ ID NO：7，SEQ ID NO：8，SEQ I...

【专利技术属性】
技术研发人员：王晨，陈武，吴亚江，单芬，黄润基，彭仕明，李婉萍，谢伟骏，
申请(专利权)人：广州动物园，
类型：发明
国别省市：