一种基于网络药理学及分子对接分析中药组合物治疗围绝经期冠心病机制的方法技术

本发明专利技术属于生物医药技术领域，具体涉及一种基于网络药理学及分子对接分析中药组合物治疗围绝经期冠心病机制的方法。所述方法包括以下步骤：步骤S1：中药组合物有效活性成分及靶点的查询和筛选；步骤S2：构建围绝经期综合征相关基因数据集；步骤S3：女贞二仙合剂

【技术实现步骤摘要】
一种基于网络药理学及分子对接分析中药组合物治疗围绝经期冠心病机制的方法


[0001]本专利技术属于生物医药
，具体涉及一种基于网络药理学及分子对接分析中药组合物治疗围绝经期冠心病机制的方法。

技术介绍

[0002]心血管疾病目前已经成为威胁人类健康的主要杀手，冠心病的发病率致死率均较前出现显著增高，且有年轻化趋势。女贞二仙合剂为新乡医学院第一附属医院治疗围绝经期综合征时研制出来的一款新药，其是在中医整体观念和辨证论治的指导下，基于病证结合—方证对应理论，根据临床经验在“二仙汤”的基础上加减组方成“女贞二仙汤”(女贞二仙合剂)，临床上用以治疗围绝经期综合征肾阴阳两虚证，详见申请号为202111092300.3的专利技术专利申请(公布号：CN113750176A)。但前期研究表明女贞二仙合剂具有能够干预急性心肌梗死大鼠的作用，提示女贞二仙合剂具有修复心肌细胞的作用，这可能为临床上治疗围绝经期冠心病提供新的治疗途经，但机制尚不明确。
[0003]2007年Hopkins等提出了“网络药理学”的概念，通过分析药物对疾病网络的干预，构建“药物
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靶点
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疾病”网络，为药物研发提供了新的策略。中药因其成分复杂、系统庞大而不易研究，网络药理学则为复杂中药系统的研究提供了新的思路和视角。网络药理学研究策略的整体性、系统性与中医学从整体、辨证论治的角度诊治疾病的理论以及中药及其复方的多成分、多途径、多靶点协同作用的原理不谋而合。
[0004]“网络药理学”的研究方法或许能够揭示女贞二仙合剂治疗围绝经期综合征的作用机制，但现有技术并无相关研究。
[0005]因此，需要提供一种针对上述现有技术不足的改进技术方案。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于提供一种基于网络药理学及分子对接分析中药组合物治疗围绝经期冠心病机制的方法，为采用中药组合物治疗围绝经期冠心病提供新思路和新方法。
[0007]为了实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
[0008]一种基于网络药理学及分子对接技术分析中药组合物治疗围绝经期冠心病机制的方法，包括以下步骤：
[0009]步骤S1：中药组合物有效活性成分及靶点的查询和筛选
[0010]以中药组合物中主要中药作为关键词在数据库与分析平台中进行化学成分以及相应成分靶点的检索，选出有效活性成分，构建中药组合物的活性成分数据集，并进一步得到中药靶基因；
[0011]步骤S2：构建围绝经期综合征相关基因数据集
[0012]在多个数据库中检索与围绝经期综合征相关基因然后取并集，得到围绝经期综合征相关基因数据集；
[0013]步骤S3中药组合物
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疾病的重要核心靶点及网络构建
[0014]将中药靶基因与疾病相关基因进行比对取交集，筛选出步骤S1中的有效活性成分与围绝经期综合征共同的基因靶点，基于Cytoscape 3.8.0软件绘制“成分
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靶点”的可视化网络图，从而得到有效活性成分与靶基因的靶向关系，确定作用的靶点，利用String数据库构建PPI网络，然后对所述靶点进行多次拓扑分析，得到所述中药组合物治疗围绝经期综合征的重要核心靶点；
[0015]步骤S4：GO功能和KEGG通路富集分析
[0016]在R 4.1.0软件上将基因信号转换后对所述中药组合物治疗围绝经期综合征的潜在靶点进行GO 及KEGG富集分析，筛选出前30条最具有统计学意义的GO功能和KEGG通路制作柱状图、气泡图以及关键信号通路图；
[0017]步骤S5：分子对接验证
[0018]通过步骤S3中构建的网络选择重要组合物的关键活性成分，然后与所述重要核心靶点进行分子对接验证。
[0019]在上述方法中，优选地，步骤S1中，所述“选出有效活性成分”为：通过口服生物利用度和类药性进行选择，所述口服生物利用度在30％以上，所述类药性在0.18以上。
[0020]在上述方法中，优选地，步骤S1中，所述中药靶基因的获得为：通过Uniprot数据库进行靶标蛋白以及基因信息的校正，物种限定为“Home sapiens”，得到中药靶基因。
[0021]在上述方法中，优选地，步骤S2中，所述数据库包括GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、 DrugBank。
[0022]在上述方法中，优选地，步骤S3中，所述“利用String数据库构建PPI网络”具体为：利用String 数据库构建PPI网络，数据库选择Multiple Protein，导入中药组合物对治疗围绝经期综合征的潜在基因靶点，物种限定为“Home sapiens”，获取得到这些潜在基因靶点的蛋白质相互作用关系，并保存为“TSV”格式文件。
[0023]在上述方法中，优选地，步骤S4中，所述R 4.1.0软件上安装的程序包包括org.Hs.eg.db、 colorspace、stringi、ggplot2、DOSE、clusterProfiler、enrichplot、pathview。
[0024]在上述方法中，优选地，步骤S5中，包括以下步骤：从Pubchem数据库下载中药组合物(例如女贞二仙合剂)
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围绝经期综合征交集靶点对应的主要活性成分的2D结构，保存为“SDF”格式文件，基于Chem3D 18.0软件对筛选到的“SDF”文件进行3D结构生成及优化，保存为“mol2”格式的小分子配体文件。
[0025]在上述方法中，优选地，步骤S5中，还包括以下步骤：首先在Uniprot数据库中搜索核心靶点对应的蛋白ID，需要注意物种应为“Home sapiens”，再利用所得ID从PDB数据库下载“PDB”格式的蛋白受体3D文件，最后在Pymol 2.5.0软件中进行移除水分子等处理。
[0026]在上述方法中，优选地，步骤S5中，还包括以下步骤：将处理好的蛋白受体导入AutodockTools 1.5.6软件，经过加氢后保存为“PDBQT”格式文件，之后导入“mol2”格式的小分子配体文件，同样保存为“PDBQT”格式文件，然后设置网格点，并将参数保存并输出为“GPF”格式文件，最后使用AutodockVina 1.1.2软件进行小分子配体与蛋白受体对接，取打分最高的构象借助Pymol 2.5.0软件进行优化制图。
[0027]在上述方法中，优选地，所述中药组合物为女贞二仙合剂。
[0028]有益效果：
[0029]本专利技术网络药理学与分子对接技术证实了中药组合物(例如：女贞二仙合剂)通过作用围绝经期综合征的重要靶蛋白，本专利技术还对作用靶点的位置进行了归属，并绘制通路图，提示PI3K
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AKT通路保护心肌细胞的作用，对中药组合物治疗围绝经期冠心病的机制进一步研究提供了方向。
[0030]从围绝经期冠心病中医治疗的优势和必要性以及实验研究显示：围绝经期冠心病主要病理改变为心脉痹阻，病位在心肾，病因本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
格式文件，基于Chem3D 18.0软件对筛选到的“SDF”文件进行3D结构生成及优化，保存为“mol2”格式的小分子配体文件。8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S5中，还包括以下步骤：首先在Uniprot数据库中搜索核心靶点对应的蛋白ID，需要注意物种应为“Home sapiens”，再利用所得ID从PDB数据库下载“PDB”格式的蛋白受体3D文件，最后在Pymol 2.5.0软件中进行移除水分子等处理。9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S5中，还包括以下...

【专利技术属性】
技术研发人员：林飞，赵国安，陈志刚，吴凯，齐鹏举，孙四玉，
申请(专利权)人：新乡医学院，
类型：发明
国别省市：