本发明专利技术公开了一种大麦SNP分子标记及其应用，包括43912个SNP分子标记中的至少一种，所述43912个SNP分子标记的物理位置是基于大麦的参考基因组Morex V3进行序列比对确定的。本发明专利技术通过筛选出一套共43912个高质量和高多态性的SNP标记，检测结果准确、重复性和稳定性好，可以有效用于对大麦品种资源进行分子标记指纹分析、对杂交群体后代进行基因型鉴定、对品种真实性进行鉴定、对育种材料遗传背景进行分析和筛选、对农艺性状进行关联分析、对大麦种质资源进行全基因组选择，具有广阔的应用前景。景。
【技术实现步骤摘要】
一种大麦SNP分子标记及其应用
[0001]本专利技术属于分子植物育种领域，具体涉及一种大麦SNP分子标记及其应用。
技术介绍
[0002]大麦是世界上最古老的种植作物之一，具有食用、饲用、酿造、药用等多种用途。由于大麦可以开发高附加值产品和多元用途食品，具有极高的开发潜力，近些年大麦育种越来越受到重视，尤其是青稞，青稞是大麦的重要变种之一，是藏区立农之本。分子标记(Molecular marker technologies)是大麦分子育种中的重要工具，可加快大麦优异品种培育。
[0003]传统分子标记技术，如RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性片段长度多态性)和SSR(Simple Sequence Repeat，简单序列重复)技术曾在功能基因组研究中发挥着重要作用。但是，传统的分子标记技术存在许多局限性，如通量低、数量少、操作过程繁琐，不能满足大规模商业化育种的需求。
技术实现思路
[0004]本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种大麦SNP分子标记。
[0005]本专利技术还提出一种具有上述大麦SNP分子标记的基因芯片。
[0006]本专利技术还提出一种具有上述大麦SNP分子标记的试剂盒。
[0007]本专利技术还提出一种上述大麦SNP分子标记、基因芯片和试剂盒的应用。
[0008]根据本专利技术的一个方面，提出了一种大麦SNP分子标记，包括43912个SNP分子标记中的至少一种，所述43912个SNP分子标记的物理位置是基于大麦的参考基因组Morex V3进行序列比对确定的，位点信息具体如下：
[0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030][0031][0032][0033][0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040][0041][0042][0043][0044][0045][0046][0047][0048][0049][0050][0051][0052][0053][0054][0055][0056][0057][0058][0059][0060][0061][0062][0063][0064][0065]在本专利技术的一些实施方式中，所述SNP位点的位置信息采用染色体编号：物理位置的形式进行表示。
[0066]在本专利技术的一些实施方式中，所述43912个SNP分子标记如SNP00001
‑
43912所示；SNP00001
‑
43912的具体位点信息如上表从上至下，从左至右依次排序。
[0067]在本专利技术的第二方面，提出了一种大麦SNP芯片，所述SNP芯片包括用于检测上述的大麦SNP分子标记的引物组和/或液相探针。
[0068]在本专利技术的第三方面，提出了一种试剂盒，所述试剂盒包含用于检测大麦SNP分子标记的引物组和/或液相探针。
[0069]在本专利技术的第四方面，提出了上述大麦SNP分子标记、试剂盒或大麦SNP芯片的应用，所述应用为在大麦基因分型中的应用。
[0070]在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在大麦全基因组关联分析中的应用。
[0071]在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在大麦聚类分析中的应用。
[0072]在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在大麦亲缘关系鉴定中的应用。
[0073]在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在大麦育种或辅助育种中的应用。
[0074]在本专利技术的一些实施方式中，所述育种或辅助育种包括辅助的主效基因选择、回交育种及其背景选择、分子辅助育种、全基因组选择育种、种子纯度检测、转基因成分鉴定、QTL分析、物种进化分析和种质资源鉴定中的至少一种。
[0075]一种大麦育种方法，包括如下步骤：利用上述大麦SNP分子标记、试剂盒或大麦SNP芯片对待测大麦DNA进行检测，选择大麦进行后续育种。
[0076]在本专利技术的一些实施方式中，所述检测基于液相探针捕获测序分型技术进行。
[0077]根据本专利技术的一些实施方式，至少具有以下有益效果：本专利技术通过筛选出一套共43912个高质量和高多态性的SNP标记，标记为共显性标记，特异性、灵敏度、分辨力高，具有广泛的应用普适性；标记不受环境条件影响，能够使用种子或任何类型的植物组织，检测结果准确、重复性和稳定性好。将其制备得到43K SNP芯片，能一次性检出43K标记数据，与传统分子标记如SSR标记相比，具有通量高、单个标记数据成本低等优势；检测基于液相探针捕获测序，基因型分型数据准确可靠，遗传稳定性和重复性好，容易实现自动化检测，减少人力成本，可以满足多次基因分型，能够快速、高通量、低成本实现对大麦样品全基因组SNP
quality＞＝30；mapping quality＞＝20。
[0094]基于步骤2的统计结果，把低质量位点和缺失位点都归为missing data，选择missing data＜0.4，MAF＞0.1(外显子组测序数据中MAF＞0.2)的多态性位点作为大麦的多态性位点，共获得大麦SNP多态性位点100K。
[0095]根据大麦SNP多态性位点的物理位置，设计液相芯片的探针，保留设计成功的位点。根据全基因组位点的均匀性，进行密度调整，最终筛选共获得高质量的43912个大麦SNP多态性位点，包含3136个青稞多态性位点(MAF≥0.2)。
[0096]实施例2
[0097]本实施例提供一种大麦全基因组液相基因芯片。
[0098]根据大麦43912个SNP多态性位点的上下游序列，针对每一个位点设计一条特异性的液相芯片探针，制备得到大麦全基因组液相基因芯片(43K芯片)。
[0099]对筛选到的43K芯片在7条染色体上的分布进行了统计，结果如图2所示，发现43K的SNP位点均匀的分布在大麦7条染色体上，SNP位点在染色体上间距平均值为95.53Kb。
[0100]对筛选到的43K芯片在7条染色体上的数目进行了统计，结果如图3和图4所示，从图3中可以看出，43K的SNP位点在1H染色体上的位点较多，为7264个；从图4中可以看出，3136个青稞多态性位点在3H染色体上的位点较多，为756个。
[0101]测试例
[0102]本测试例提供实施例2制备得到的大麦全基因组液相基因芯片的验证。
[0103]1、大麦43K芯片在大麦聚类分析鉴定中的应用
[0104]对47个大麦种质资源进行基于液相探针捕获测序分型技术的基因型分型检测，具体方法如图5所示，步骤如下：
[0105](1)提取大麦叶片组织的全基因组DNA后，用酶切试剂将DNA酶切成100
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【技术保护点】
【技术特征摘要】
1.一种大麦SNP分子标记，其特征在于，包括43912个SNP分子标记中的至少一种，所述43912个SNP分子标记的物理位置是基于大麦的参考基因组Morex V3进行序列比对确定的，位点信息具体如下：
2.一种大麦SNP芯片，其特征在于，所述大麦SNP芯片包括用于检测权利要求1所述的大麦SNP分子标记的引物组和/或液相探针。3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含用于检测权利要求1所述的大麦SNP分子标记的引物组和/或液相探针。4.权利要求1所述的大麦SNP分子标记、权利要求2所述SNP芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在大麦基因分型中的应用。5.权利要求1所述的大麦SNP分子标记、权利要求2所述SNP芯片和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在大麦全基因组关联分析中的应用。6.权利要求1所述的大麦SNP分子标记、权利要求2所述SNP芯片和权利要求3所述的试剂盒中的...
【专利技术属性】
技术研发人员：郭刚刚，王春超，曹明月，雷雨婷，田冰川，唐顺学，
申请(专利权)人：华智生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：
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