一种同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记扩增引物组合及其应用制造技术

本发明专利技术涉及一种同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记扩增引物组合及其应用，所述引物组合在药用野生稻和栽培稻中可扩增出相应的SSR分子标记，克服了现有药用野生稻中SSR分子标记获取困难的缺陷，可为检测药用野生稻或药用野生稻与栽培稻之间的分子多样性，以及药用野生稻中优良基因的定位和导入栽培稻后的选育提供标记资源。稻后的选育提供标记资源。稻后的选育提供标记资源。

【技术实现步骤摘要】
一种同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记扩增引物组合及其应用


[0001]本专利技术属于分子生物学及植物分子遗传育种领域，具体涉及可同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记扩增引物组合及其应用。

技术介绍

[0002]世界上至今发现约27种野生稻，中国分布有3种，分别为普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)、药用野生稻(Oryza officinalis Wall.)和疣粒野生稻(Oryza meyeriana Nees.)。其中，普通野生稻的染色体组和栽培稻(Oryza sativa L.)同为AA基因组，它们之间亲缘关系较为接近，而药用野生稻(CC基因组)和疣粒野生稻(GG基因组)与栽培稻的染色体组不一样，亲缘关系相对较远。普通野生稻在我国水稻育种历程中发挥了巨大作用，并取得了显著的效果。要实现水稻育种的新突破，选用非AA基因组的野生稻是新的途径。尤其药用野生稻，其具有独特的遗传性状，如植株高大、茎秆粗壮、高光效、高抗各种病虫害、耐冷、耐贫瘠等，这些性状对于培育新型水稻具有较好的发展前景。
[0003]一般将野生稻与栽培稻进行远缘杂交，通过不断回交和自交，达到培育新品种的目的，而在选育过程中，快速选育出目标材料尤为关键，常规选育耗时较长，通常需要选育3到6代以上方可获得纯合稳定株系，然而结合分子标记辅助选育可有效提高育种效率，至少可减少一半的工作量和工作时间。
[0004]分子标记辅助选育技术是通过与目的基因紧密连锁或共分离的分子标记，对DNA目标区域进行直接筛选，因不受环境影响，提高了选择的可靠性和效率。在稻属植物中可以用于分子标记辅助选育的分子标记类型较多，如RFLP(限制性内切酶片段长度多态性，Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP)、RAPD(随机扩增多态性DNA标记，Random Amplified Polymorphic DNA)、ISSR(简单序列重复区间，Inter
‑
Simple Sequence Repeat)、SSR(简单序列重复长度多态性，Simple Sequence Repeat Length Polymorphism，)、InDel(插入缺失长度多态性，Insertion Deletion Length Polymorphism，)和SNP(单核苷酸多态性，Single Nucleotide Polymorphism，)标记等等，其中的SSR分子标记具有以下优点：(1)数量丰富，覆盖整个基因组，揭示的多态性高；(2)具有多等位基因的特性，提供的信息量高；(3)以孟德尔方式遗传，呈共显性；(4)每个位点由设计的引物顺序决定，便于不同的实验室相互交流合作开发引物；(5)通过常规PCR扩增反应，无需酶切，经过高浓度的琼脂糖凝胶电泳就可检测出多态性片段。
[0005]由美国Cornell大学Susan McCouch教授实验室建立的近3000个SSR分子标记，在农作物和模式植物基因组(Gramene:A comparative resource for plants)数据库可查询，Gramene数据库网址为http://www.gramene.org/，几乎平均分布在水稻12条染色体上，可以很好地用于确定一些性状的连锁分子标记，再进行辅助选育。然而，这些SSR标记是根据栽培稻日本晴设计的，因栽培稻与药用野生稻亲缘关系甚远，基因组序列差异较大，栽培稻中的一些SSR分子标记无法直接应用于药用野生稻中，虽然目前一些数据库已公布了药
用野生稻基因组数据，但这些数据基本都是零星的片段，具体的基因组详细信息仍然匮乏，若对药用野生稻基因组进行从头测序、高质量组装和解析，不仅耗费较高，工作量大，而且耗时也较长，所以有必要通过简单快速途径开发出能在药用野生稻中应用的SSR分子标记，尤其在药用野生稻与栽培稻进行远缘杂交选育过程中，开发出能同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记至关重要。

技术实现思路

[0006]本专利技术要解决的技术问题是克服目前药用野生稻基因组数据匮乏，若对药用野生稻基因组进行从头测序，耗费较高，工作量大，耗时较长，获取药用野生稻中SSR分子标记困难的缺陷，从而提供一种同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记扩增引物组合及其应用。
[0007]为解决上述技术问题，本专利技术的技术方案如下：
[0008]一种同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记扩增引物组合，所述SSR分子标记扩增引物组合由如下72对SSR引物组成，所述72对SSR引物的编号为SSR1引物对至SSR72引物对，具体是：
[0009]SSR1引物对由SEQ ID NO：1所示的SSR1正向引物F和SEQ ID NO：2所示的SSR1反向引物R组成；
[0010]SSR2引物对由SEQ ID NO：3所示的SSR2正向引物F和SEQ ID NO：4所示的SSR2反向引物R组成；
[0011]SSR3引物对由SEQ ID NO：5所示的SSR3正向引物F和SEQ ID NO：6所示的SSR3反向引物R组成；
[0012]SSR4引物对由SEQ ID NO：7所示的SSR4正向引物F和SEQ ID NO：8所示的SSR4反向引物R组成；
[0013]SSR5引物对由SEQ ID NO：9所示的SSR5正向引物F和SEQ ID NO：10所示的SSR5反向引物R组成；
[0014]SSR6引物对由SEQ ID NO：11所示的SSR6正向引物F和SEQ ID NO：12所示的SSR6反向引物R组成；
[0015]SSR7引物对由SEQ ID NO：13所示的SSR7正向引物F和SEQ ID NO：14所示的SSR7反向引物R组成；
[0016]SSR8引物对由SEQ ID NO：15所示的SSR8正向引物F和SEQ ID NO：16所示的SSR8反向引物R组成；
[0017]SSR9引物对由SEQ ID NO：17所示的SSR9正向引物F和SEQ ID NO：18所示的SSR9反向引物R组成；
[0018]SSR10引物对由SEQ ID NO：19所示的SSR10正向引物F和SEQ ID NO：20所示的SSR10反向引物R组成；
[0019]SSR11引物对由SEQ ID NO：21所示的SSR11正向引物F和SEQ ID NO：22所示的SSR11反向引物R组成；
[0020]SSR12引物对由SEQ ID NO：23所示的SSR12正向引物F和SEQ ID NO：24所示的SSR12反向引物R组成；
[0021]SSR13引物对由SEQ ID NO：25所示的SSR13正向引物F和SEQ ID NO：26所示的SSR13反向引物R组成；
[0022]SSR14引物对由SEQ ID NO：27所示的SSR14正向引物F和SEQ ID NO：28所示的SSR14反向引物R组成；
[0023]本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种同时检测药用野生稻和栽培稻的SSR分子标记扩增引物组合，其特征在于，所述SSR分子标记扩增引物组合由如下72对SSR引物组成，所述72对SSR引物的编号为SSR1引物对至SSR72引物对，具体是：SSR1引物对由SEQ ID NO：1所示的SSR1正向引物F和SEQ ID NO：2所示的SSR1反向引物R组成；SSR2引物对由SEQ ID NO：3所示的SSR2正向引物F和SEQ ID NO：4所示的SSR2反向引物R组成；SSR3引物对由SEQ ID NO：5所示的SSR3正向引物F和SEQ ID NO：6所示的SSR3反向引物R组成；SSR4引物对由SEQ ID NO：7所示的SSR4正向引物F和SEQ ID NO：8所示的SSR4反向引物R组成；SSR5引物对由SEQ ID NO：9所示的SSR5正向引物F和SEQ ID NO：10所示的SSR5反向引物R组成；SSR6引物对由SEQ ID NO：11所示的SSR6正向引物F和SEQ ID NO：12所示的SSR6反向引物R组成；SSR7引物对由SEQ ID NO：13所示的SSR7正向引物F和SEQ ID NO：14所示的SSR7反向引物R组成；SSR8引物对由SEQ ID NO：15所示的SSR8正向引物F和SEQ ID NO：16所示的SSR8反向引物R组成；SSR9引物对由SEQ ID NO：17所示的SSR9正向引物F和SEQ ID NO：18所示的SSR9反向引物R组成；SSR10引物对由SEQ ID NO：19所示的SSR10正向引物F和SEQ ID NO：20所示的SSR10反向引物R组成；SSR11引物对由SEQ ID NO：21所示的SSR11正向引物F和SEQ ID NO：22所示的SSR11反向引物R组成；SSR12引物对由SEQ ID NO：23所示的SSR12正向引物F和SEQ ID NO：24所示的SSR12反向引物R组成；SSR13引物对由SEQ ID NO：25所示的SSR13正向引物F和SEQ ID NO：26所示的SSR13反向引物R组成；SSR14引物对由SEQ ID NO：27所示的SSR14正向引物F和SEQ ID NO：28所示的SSR14反向引物R组成；SSR15引物对由SEQ ID NO：29所示的SSR15正向引物F和SEQ ID NO：30所示的SSR15反向引物R组成；SSR16引物对由SEQ ID NO：31所示的SSR16正向引物F和SEQ ID NO：32所示的SSR16反向引物R组成；SSR17引物对由SEQ ID NO：33所示的SSR17正向引物F和SEQ ID NO：34所示的SSR17反向引物R组成；SSR18引物对由SEQ ID NO：35所示的SSR18正向引物F和SEQ ID NO：36所示的SSR18反向引物R组成；
SSR19引物对由SEQ ID NO：37所示的SSR19正向引物F和SEQ ID NO：38所示的SSR19反向引物R组成；SSR20引物对由SEQ ID NO：39所示的SSR20正向引物F和SEQ ID NO：40所示的SSR20反向引物R组成；SSR21引物对由SEQ ID NO：41所示的SSR21正向引物F和SEQ ID NO：42所示的SSR21反向引物R组成；SSR22引物对由SEQ ID NO：43所示的SSR22正向引物F和SEQ ID NO：44所示的SSR22反向引物R组成；SSR23引物对由SEQ ID NO：45所示的SSR23正向引物F和SEQ ID NO：46所示的SSR23反向引物R组成；SSR24引物对由SEQ ID NO：47所示的SSR24正向引物F和SEQ ID NO：48所示的SSR24反向引物R组成；SSR25引物对由SEQ ID NO：49所示的SSR25正向引物F和SEQ ID NO：50所示的SSR25反向引物R组成；SSR26引物对由SEQ ID NO：51所示的SSR26正向引物F和SEQ ID NO：52所示的SSR26反向引物R组成；SSR27引物对由SEQ ID NO：53所示的SSR27正向引物F和SEQ ID NO：54所示的SSR27反向引物R组成；SSR28引物对由SEQ ID NO：55所示的SSR28正向引物F和SEQ ID NO：56所示的SSR28反向引物R组成；SSR29引物对由SEQ ID NO：57所示的SSR29正向引物F和SEQ ID NO：58所示的SSR29反向引物R组成；SSR30引物对由SEQ ID NO：59所示的SSR30正向引物F和SEQ ID NO：60所示的SSR30反向引物R组成；SSR31引物对由SEQ ID NO：61所示的SSR31正向引物F和SEQ ID NO：62所示的SSR31反向引物R组成；SSR32引物对由SEQ ID NO：63所示的SSR32正向引物F和SEQ ID NO：64所示的SSR32反向引物R组成；SSR33引物对由SEQ ID NO：65所示的SSR33正向引物F和SEQ ID NO：66所示的SSR33反向引物R组成；SSR34引物对由SEQ ID NO：67所示的SSR34正向引物F和SEQ ID NO：68所示的SSR34反向引物R组成；SSR35引物对由SEQ ID NO：69所示的SSR35正向引物F和SEQ ID NO：70所示的SSR35反向引物R组成；SSR36引物对由SEQ ID NO：71所示的SSR36正向引物F和SEQ ID NO：72所示的SSR36反向引物R组成；SSR37引物对由SEQ ID NO：73所示的SSR37正向引物F和SEQ ID NO：74所示的SSR37反向引物R组成；SSR38引物对由SEQ ID NO：75所示的SSR38正向引物F和SEQ ID NO：76所示的SSR38反
向引物R组成；SSR39引物对由SEQ ID NO：77所示的SSR39正向引物F和SEQ ID NO：78所示的SSR39反向引物R组成；SSR40引物对由SEQ ID NO：79所示的SSR40正向引物F和SEQ ID NO：80所示的SSR40反向引物R组成；SSR41引物对由SEQ ID NO：81所示的SSR41正向引物F和SEQ ID NO：82所示的SSR41反向引物R组成；SSR42引物对由SEQ ID NO：83所示的SSR42正向引物F和SEQ ID NO：84所示的SSR42反向引物R组成；SSR43引物对由SEQ ID NO：85所示的SSR43正向引物F和SEQ ID NO：86所示的SSR43反向引物R组成；SSR44引物对由SEQ ID NO：87所示的SSR44正向引物F和SEQ ID NO：88所示的SSR44反向引物R组成；SSR45引物对由SEQ ID NO：89所示的SSR45正向引物F和SEQ ID NO：90所示的SSR45反向引物R组成；SSR46引物对由SEQ ID NO：91所示的SSR46正向引物F和SEQ ID NO：92所示的SSR46反向引物R组成；SSR47引物对由SEQ ID NO：93所示的SSR47正向引物F和SEQ ID NO：...

【专利技术属性】
技术研发人员：陈玲，殷富有，程在全，钟巧芳，王波，张敦宇，张云，王玲仙，肖素勤，柯学，蒋聪，余腾琼，刘丽，李金璐，卢源达，
申请(专利权)人：云南省农业科学院生物技术与种质资源研究所，
类型：发明
国别省市：