基因芯片及绵羊的SNP位点组合在分析绵羊生长相关性状中的应用制造技术

本发明专利技术公开了基因芯片及绵羊的SNP位点组合在分析绵羊生长相关性状中的应用，涉及生物技术领域。绵羊的SNP位点组合包括5131个SNP位点，绵羊的SNP位点组合的物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定。利用本发明专利技术提供的SNP位点信息，能够快速准确的实现绵羊生长相关性状评价、种质资源评估、优秀种质资源挖掘、品种选育、市场肉质检测、品种鉴定及溯源，有利于我国绵羊种质遗传资源研究、保护和改良。保护和改良。保护和改良。

【技术实现步骤摘要】
基因芯片及绵羊的SNP位点组合在分析绵羊生长相关性状中的应用


[0001]本专利技术涉及生物
，具体而言，涉及基因芯片及绵羊的SNP位点组合在分析绵羊生长相关性状中的应用。

技术介绍

[0002]我国本土绵羊品种具有耐粗饲、适应性强、饲料转化率高等优势，但耐寒性、肉质等经济性状优势良莠不齐。尽管当前中国肉羊存栏量和羊肉产量位居世界第一，但仍不能有效满足国内市场日益高涨的羊肉消费需求。我国绵羊饲养规模、产肉量和产业化程度等不断提高，这些生产提高主要归功于技术进步而非技术效率。例如人工授精和同期发情技术大大提高了绵羊繁殖率。这些问题的主要原因之一是我国绵羊遗传育种技术仍以传统表型性状选育为主，选育周期长、准确性低。此外长期混乱引种、无序杂交不但没有稳定改良本土品种反而造成本土绵羊品种遗传资源的严重流失。因此基于我国本土绵羊品种优势，利用现代化分子遗传育种改良手段培育具有优秀经济性状的本土绵羊品种是目前我国绵羊产业亟待解决的问题。
[0003]SNP是生物基因组单核苷酸变异引起的DNA序列遗传变异，位点丰富、具有高代表性及稳定性，且检测技术成熟，在动植物种质资源鉴定、遗传进化分析、分子标记辅助育种等方面起重要作用。GBS液相芯片技术是一种基于简化基因组测序获取目标基因组部分信息以代表全基因组信息，减少测序序列，降低单位个体样本测序成本，同时又能够获得大量SNP信息，更适合大群体基因分型的需要，在分子遗传改良中存在巨大优势，已大量应用于国内小麦等农作物、牛和猪等家畜遗传选育。
[0004]绵羊现有商业化SNP芯片主要由Illumina和Affymetrix公司研发推出。包括Illumina Sheep HD Genotyping Beadchip(680K)、Illumina Ovine SNP50 Beadchip(50K)和Affymetrix Ovis600K Genotyping BeadChip等。其中Illumina 50K芯片包括覆盖绵羊全基因组的54241个SNP位点，可广泛用于全基因组关联分析、QTL定位、基因优选及比较基因组学等研究，在学术研究中被广泛应用。尽管绵羊SNP芯片产品众多，但现有的绵羊SNP芯片主要基于西方品种绵羊的遗传数据，缺乏中国绵羊品种与国外绵羊品种结合的SNP数据，同时存在功能性位点和区域分布较为分散、位点密度过大、中国绵羊群体位点检出频率低、实际生产中推广应用成本高等诸多问题，因此设计一款适于中国绵羊品种优秀种质资源挖掘、对耐寒性、肉质以及多胎性等多个核心经济性状进行快速有效检测的SNP芯片，具有十分重要的意义。
[0005]鉴于此，特提出本专利技术。

技术实现思路

[0006]本专利技术的目的在于，基于绵羊核心生长相关性状的SNP位点组合，开发出分析绵羊生长相关性状的分子探针组合、基因芯片、试剂盒。利用本专利技术提供的SNP位点信息，能够快
速准确的实现绵羊生长相关性状评价、种质资源评估、优秀种质资源挖掘、品种选育、市场肉质检测、品种鉴定及溯源，有利于我国绵羊种质遗传资源研究、保护和改良。
[0007]本专利技术是这样实现的：
[0008]一种绵羊的SNP位点组合在分析绵羊生长相关性状中的应用，绵羊的SNP位点组合包括5131个SNP位点，绵羊的SNP位点组合的物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定，绵羊的SNP位点组合如下所示：
[0009][0010][0011][0012][0013][0014][0015][0016][0017][0018][0019][0020][0021][0022][0023][0024][0025][0026][0027][0028][0029][0030][0031][0032][0033][0034][0035][0036][0037][0038][0039][0040][0041][0042][0043][0044][0045][0046]针对上述5131个SNP位点在oar4.0基因组上的位置及其上下游各200bp长度采用靶向捕获测序技术设计引物并进行探针合成，从而得到绵羊5K液相芯片。相较于传统可检测到5131个固定位点突变碱基类型的液相芯片，本专利技术对位点上下游碱基序列设计引物探针以对目标突变位点的序列进行检测，通过构建DNA高通量测序文库，捕获文库中包含目标位点的DNA片段。获得的DNA片段进行扩增和纯化产物经高通量测序后，测序结果与绵羊参考基因组比对，从而获取待测样本的基因组基因分型。本专利技术检测方法可检测到更多的SNP位点信息，设计灵活，后期可随时添加感兴趣的标记位点进行迭代更新。
[0047]上述5131个SNP位点组成的组合，能够快速从基因水平上对绵羊个体的核心经济性状进行评价，以获得更准确的育种评估信息，对具有优秀核心经济性状的个体进行选育，能够缩短育种世代间隔，加速育种进程，节约育种成本。
[0048]上述的5131个SNP位点组合的获得方法如下：是基于专利技术人前期在绵羊群体中发掘并验证的性状相关位点、期刊等文献报道的经济性状相关SNP位点、世界范围内13个绵羊品种共3966只绵羊个体进行遗传信息采集、NCBI数据库SNP子库中人和小鼠SNP位点等多个数据库经过去重、筛选作为绵羊全基因生长相关性状总SNP集合；进一步选取该集合所有位点上下游各200bp序列与NCBI绵羊v4.0参考基因组进行比对，筛选序列位点覆盖率＞88％的位点，共计5131个位点最终作为本专利技术生长相关性状SNP位点。
[0049]该SNP位点组合覆盖率高，代表性强。
[0050]此外，利用本专利技术提供的生长相关性状SNP位点组合，还能够从肉质、脂质沉积等角度实现绵羊品种的鉴定和溯源，为我国绵羊的种质资源保护和遗传改良提供技术支撑。
[0051]本专利技术提供了分析绵羊生长相关性状的分子探针组合，其检测待测样品中上述的SNP位点组合，SNP位点组合的物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定。
[0052]本领域的技术人员容易根据本专利技术提供的SNP位点，采用现有的引物设计和分析软件在SNP位点的上下游设计相应的引物和/或探针，从而便于后续的检测。
[0053]例如在探针上设置检测标记，如在探针的5
’
端设置荧光报告基团，在探针的3
’
端设置荧光猝灭基团。如荧光报告基团为HEX、FAM、TET、CF532、JOE、TAMRA、ROX、CY3、CY5、Texas Red、NED、Alexa Flour或VIC，淬灭基团为MGB、TAMRA、BHQ1、BHQ2、BHQ3或QSY。
[0054]探针的类型例如Taqman或Taqman
‑
MGB探针。
[0055]本专利技术还提供了分析绵羊生长相关性状的基因芯片，基因芯片上负载有上述的分
子探针组合。
[0056]基因芯片包括不限于液相芯片、固相微珠芯片等。
[0057]本专利技术还提供了分析绵羊生长相关性状的试剂，其包括上述的分子探针组合。
...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.绵羊的SNP位点组合在分析绵羊生长相关性状中的应用，其特征在于，所述绵羊的SNP位点组合包括5131个SNP位点，所述绵羊的SNP位点组合的物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定，所述绵羊的SNP位点组合如下所示：
2.分析绵羊生长相关性状的分子探针组合，其特征在于，其检测待测样品中如权利要求1所述的SNP位点组合，所述SNP位点组合的物理位置信息基于绵羊v4.0基因组序列比对确定。3.分析绵羊生长相关性状的基因芯片，其特征在于，所述基因芯片上负载有权利要求2所述的分子探针组合。4.分析绵羊生长相关性状的试剂，其特征在于，其包括权利要求2所述的分子探针组合。5.分析绵羊生长相关性状的试剂盒，其特征在于，其包括权利要求2所述的分子探针组合或权利要求3所述的基因芯片。6.一种分析绵羊生长相关性状的方法，其特征在于，其包括如下步骤：将待测绵羊的基因组DNA的5131个SNP位点基因型与对照绵羊基因组DNA的所述5131个SNP位点基因型进行比对，所述对照绵羊基因组DNA的所述5131个SNP位点为权利要求1所述的SNP位点组合，所
述SNP位点组合的物理位置信息...

【专利技术属性】
技术研发人员：焦丹，丛海涛，贾玉珍，杨果，张嘉楠，冯梦雨，程新东，姬凯茜，王申雨，宋彤彤，
申请(专利权)人：中国科学院西北生态环境资源研究院山东省华坤乡村振兴研究院有限责任公司，
类型：发明
国别省市：