一种高通量测序检测肺癌基因变异的文库构建方法技术

本发明专利技术公开了一种高通量测序检测肺癌基因变异的文库构建方法，该方法可以通过检测石蜡包埋组织或石蜡切片，新鲜病理组织，血浆、胸水、腹水、脑脊液等样本，一次性全面捕获NSCLC相关的16个具有明确分子靶标意义的基因突变信息(点突变，短片段插入缺失，拷贝数变异和融合基因)，尤其针对融合基因突变检测，基于DNA+RNA联合检测，可以更好的找到对应的靶药突变信息，使精准治疗达到最好效果。使精准治疗达到最好效果。使精准治疗达到最好效果。

【技术实现步骤摘要】
一种高通量测序检测肺癌基因变异的文库构建方法


[0001]本专利技术涉及基因测序
，具体为一种高通量测序检测肺癌基因变异的文库构建方法。

技术介绍

[0002]数据显示，2015年中国癌症新发病例392.9万例，死亡病例233.8万例，其中肺癌的发病率78.7万例和死亡率63.1万例，高居所有癌症之首。非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌的主(常)要(见)病理亚型，约占85％，主要包括肺腺癌、肺鳞癌和大细胞癌。
[0003]近十年来，随着NSCLC靶向治疗及免疫治疗的飞速发展，晚期NSCLC的5年生存率已从不足5％，提高至16％。同时也涌现出越来越多的分子标志物(如EGFR，RET，NTRK等)，基于基因或基因组学的分子分型将逐步超越传统的病理组织形态学分型，成为临床肿瘤精准诊疗的关键环节，尤其在2021年4月，《非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南(2021版)》基于国内临床实践数据和国内已上市治疗药物等为导向，制定出更符合中国国情的NSCLC分子病理检测临床实践指南，详细罗列了相关分子标志物的突变频率及检测建议：EGFR突变频率4本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种高通量测序检测肺癌基因变异的文库构建方法，其特征在于：包括以下主要步骤：(1)基于靶向诊断基因设计一轮PCR扩增引物，一轮PCR扩增引物包括DNA扩增引物组和RNA扩增引物组；其中DNA扩增引物组的序列为SEQ ID No.1～SEQ ID No.94，RNA扩增引物组的序列为SEQ ID No.95～SEQ ID No.154；(2)取待测样品，分别进行DNA提取、RNA提取，得到样品DNA和样品RNA；(3)一轮PCR扩增：取样品DNA，利用DNA扩增引物组进行DNA扩增捕获，得到DNA捕获产物，片段分选纯化，得到带磁珠的重悬DNA捕获产物；取样品RNA，利用RNA扩增引物组进行RNA扩增捕获，得到RNA捕获产物，片段分选纯化，得到带磁珠的重悬RNA捕获产物；(4)二轮PCR扩增：取带磁珠的重悬DNA捕获产物、带磁珠的重悬RNA捕获产物，混合合并，得到混合捕获产物，进行二轮PCR扩增，分选纯化，得到二轮扩增产物；(5)对二轮扩增产物进行高通量测序，获得靶向诊断基因的序列信息，将靶向诊断基因的序列信息与正常基因序列信息、对比，分析基因变异情况。2.根据权利要求1所述的一种高通量测序检测肺癌基因变异的文库构建方法，其特征在于：步骤(1)中，所述靶向诊断基因包括EGFR、ERBB2、BRAF、KRAS、NRAS、PIK3CA、MET、C
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KIT、PDGFRA、AKT1、ALK、ROS1、RET、NTRK1、NTRK2、NTRK3。3.根据权利要求1所述的一种高通量测序检测肺癌基因变异的文库构建方法，其特征在于：步骤(1)中，DNA扩增引物组包括：针对NRAS基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.1～SEQ ID No.2，下游引物的序列为SEQ ID No.3～SEQ ID No.4；针对KRAS基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ IDNo.5～SEQ ID No.7，下游引物的序列为SEQ ID No.8～SEQ ID No.10；针对AKT1基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.11，下游引物的序列为SEQ ID No.12；针对ERBB2基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.13～SEQ ID No.16，下游引物的序列为SEQ ID No.17～SEQ ID No.20；针对PIK3CA基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.21～SEQ ID No.23，下游引物的序列为SEQ ID No.24～SEQ ID No.26；针对PDGFRA基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.27～SEQ ID No.28，下游引物的序列为SEQ ID No.29～SEQ ID No.30；针对C
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KIT基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.31～SEQ ID No.34，下游引物的序列为SEQ ID No.35～SEQ ID No.38；针对EGFR基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.39～SEQ ID No.42，下游引物的序列为SEQ ID No.43～SEQ ID No.46；针对MET基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.47～SEQ ID No.50，下游引物的序列为SEQ ID No.51～SEQ ID No.54；针对BRAF基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为SEQ ID No.55，下游引物的序列为SEQ ID No.56；针对NTRK1基因、NTRK2基因、NTRK3基因设计的DNA扩增引物，其中上游引物的序列为
SEQ ID No.57～SEQ ID No.61，下游引物的序列为SEQ ID ...

【专利技术属性】
技术研发人员：吕小星，张剑，袁萌，伍炜康，叶丽曼，何璐，霍然，
申请(专利权)人：武汉弘康健基因诊断技术有限公司，
类型：发明
国别省市：