【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】包含Cas12i2变体多肽的组合物及其用途
[0001]序列表
[0002]本申请含有已以ASCII格式以电子方式提交且特此通过援引以其全文并入的序列表。所述ASCII副本创建于2021年3月31日，命名为51451
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008WO5_Sequence_Listing_03_30_2021_ST25，并且大小为1,589,401字节。
技术介绍
[0003]成簇规律间隔短回文重复序列(CRISPR)和CRISPR相关(Cas)基因(统称为CRISPR
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Cas或CRISPR/Cas系统)是古细菌和细菌中针对外来遗传元件而防御特定物种的适应性免疫系统。
技术实现思路
[0004]正是在上述背景下，本专利技术提供了优于现有技术的某些优点和进步。
[0005]尽管本文披露的本专利技术不限于特定的优点或功能，但本专利技术提供了一种变体Cas12i2多肽，该多肽包含与SEQ ID NO:3至146中的任一个或SEQ ID NO:495至512中的任一个中所示的序列具有至少95％同一性的序列。
[0006]在变体Cas12i2多肽的一个方面，变体Cas12i2多肽包含SEQ ID NO:4中所示的序列。
[0007]在变体Cas12i2多肽的另一个方面，变体Cas12i2多肽包含SEQ ID NO:5中所示的序列。
[0008]在变体Cas12i2多肽的另一个方面，变体Cas12i2多肽包含SEQ ID NO:495中所示的序列。
[0009]在变体
【技术保护点】
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】1.一种变体Cas12i2多肽，其包含与SEQ ID NO:3至146中的任一个或SEQ ID NO:495至512中的任一个中所示的序列具有至少95％同一性的序列。2.如权利要求1所述的变体Cas12i2多肽，其包含SEQ ID NO:4中所示的序列。3.如权利要求1或2所述的变体Cas12i2多肽，其包含SEQ ID NO:5中所示的序列。4.如权利要求1所述的变体Cas12i2多肽，其包含SEQ ID NO:495中所示的序列。5.如权利要求1所述的变体Cas12i2多肽，其包含SEQ ID NO:496中所示的序列。6.如权利要求1至5中任一项所述的变体Cas12i2多肽，其进一步包含表2的取代。7.如权利要求1至6中任一项所述的变体Cas12i2多肽，其中该变体Cas12i2多肽是包含SEQ ID NO:2中所示的序列的Cas12i2多肽的变体。8.一种组合物，其包含如权利要求1至7中任一项所述的变体Cas12i2多肽，其中该组合物进一步包含RNA指导物或编码该RNA指导物的核酸，其中该RNA指导物包含同向重复序列和间隔子序列。9.如权利要求8所述的组合物，其中该同向重复序列包含与SEQID NO:492
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494中的任一个具有至少95％序列同一性的核苷酸序列。10.如权利要求9所述的组合物，其中该同向重复序列包含SEQID NO:492
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494中的任一个中所示的核苷酸序列。11.如权利要求8至10中任一项所述的组合物，其中该间隔子序列包含介于约11个与约50个之间的核苷酸。12.如权利要求11所述的组合物，其中该间隔子序列包含介于约15个与约35个之间的核苷酸。13.如权利要求8至12中任一项所述的组合物，其中该间隔子序列与靶核酸序列结合，并且其中该靶核酸序列与5'
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NTTN
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3'序列相邻。14.如权利要求1至7中任一项所述的变体Cas12i2多肽，或如权利要求8至13中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽进一步包含至少一个核定位信号(NLS)、至少一个核输出信号(NES)或至少一个NLS和至少一个NES。15.如权利要求1至7或14中任一项所述的变体Cas12i2多肽，或如权利要求8至14中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽进一步包含肽标签、荧光蛋白、碱基编辑结构域、DNA甲基化结构域、组蛋白残基修饰结构域、定位因子、转录修饰因子、光门控因子、化学诱导型因子或染色质可视化因子。16.如权利要求8至15中任一项所述的组合物，其中该组合物存在于包括纳米颗粒、脂质体、外来体、微泡或基因枪的递送系统中。17.一种核酸分子，其编码如权利要求1至7、14或15中任一项所述的变体Cas12i2多肽。18.一种细胞，其包含任一前述权利要求所述的组合物或变体Cas12i2多肽。19.如权利要求18所述的细胞，其中该细胞是真核细胞或原核细胞。20.如权利要求18或19所述的细胞，其中该细胞是哺乳动物细胞或植物细胞。21.如权利要求18至20中任一项所述的细胞，其中该细胞是人细胞。22.一种组合物或配制品，其包含如权利要求1至7、14或15中任一项所述的变体Cas12i2多肽和任选的RNA指导物和/或细胞。23.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该
RNA指导物形成复合物，并且其中与亲本多肽相比，该变体Cas12i2多肽表现出增加的与该RNA指导物的复合物形成。24.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成复合物，并且其中与亲本多肽相比，该Cas12i2变体多肽表现出增加的对该RNA指导物的结合亲和力。25.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成复合物，并且与亲本多肽和该RNA指导物相比，该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物表现出增加的蛋白质
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RNA相互作用。26.如权利要求23至25中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的复合物形成、增加的对该RNA指导物的结合亲和力和/或增加的稳定性。27.如权利要求23至26中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽在一定孵育时间范围内表现出增加的复合物形成、增加的对该RNA指导物的结合亲和力和/或增加的稳定性。28.如权利要求23至27中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽在具有约7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的复合物形成、增加的对该RNA指导物的结合亲和力和/或增加的稳定性。29.如权利要求23至28中任一项所述的组合物，其中当变体二元复合物的T
m
值比亲本复合物的T
m
值大至少8℃时，该变体Cas12i2多肽表现出增加的复合物形成、增加的对该RNA指导物的结合亲和力和/或增加的稳定性。30.如权利要求23至29中任一项所述的组合物，其中该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。31.如权利要求23至30中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出与该亲本多肽相当或比该亲本多肽更大的酶活性。32.如权利要求31所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。33.如权利要求23至32中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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RNA相互作用。34.如权利要求23至33中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽进一步缺乏酶活性。35.如权利要求34所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽进一步表现出增加的酶活性。36.如权利要求23至35中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的RNA指导物复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。37.如权利要求23至36中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出改变的在靶结合。38.如权利要求23至37中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出改变的脱靶结合。39.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该
RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中该变体二元复合物表现出比由亲本多肽和该RNA指导物形成的复合物降低的复合物解离。40.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中该RNA指导物表现出比亲本复合物的RNA指导物降低的与该变体Cas12i2多肽的解离。41.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中该变体二元复合物表现出比由亲本多肽和该RNA指导物形成的复合物增加的稳定性。42.如权利要求39至41中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的三元复合物形成、增加的对该靶核酸的结合亲和力和/或增加的稳定性。43.如权利要求39至42中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在一定孵育时间范围内表现出增加的稳定性。44.如权利要求39至43中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在具有约7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的稳定性。45.如权利要求39至44中任一项所述的组合物，其中当该变体二元复合物的T
m
值比该亲本复合物的T
m
值大至少8℃时，该变体二元复合物表现出增加的三元复合物形成、增加的对该靶核酸的结合亲和力和/或增加的稳定性。46.如权利要求39至45中任一项所述的组合物，其中该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。47.如权利要求39至46中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出与该亲本多肽相当或比该亲本多肽更大的酶活性。48.如权利要求47所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。49.如权利要求39至48中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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RNA相互作用。50.如权利要求39至49中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽进一步缺乏酶活性。51.如权利要求39至49中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽进一步表现出增加的酶活性。52.如权利要求39至51中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的RNA指导物复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。53.如权利要求39至52中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出改变的在靶结合。54.如权利要求39至53中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出改变的脱靶结合。55.一种使该变体Cas12i2多肽与该RNA指导物例如如如权利要求39至54中任一项所述的RNA指导物复合的方法。56.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽、RNA指导物和靶核酸，其中该变体Cas12i2多
肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的与该靶核酸的三元复合物形成。57.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽、RNA指导物和靶核酸，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的对该靶核酸的结合亲和力。58.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽、RNA指导物和靶核酸，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的蛋白质
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RNA相互作用。59.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽、RNA指导物和靶核酸，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的蛋白质
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DNA相互作用。60.如权利要求56至59中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的三元复合物形成、增加的对该靶核酸的结合亲和力和/或增加的稳定性。61.如权利要求56至60中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在一定孵育时间范围内表现出增加的三元复合物形成、增加的对该靶核酸的结合亲和力和/或增加的稳定性。62.如权利要求56至61中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在具有约7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的三元复合物形成、增加的对该靶核酸的结合亲和力和/或增加的稳定性。63.如权利要求56至62中任一项所述的组合物，其中当该二元复合物的T
m
值比该亲本二元复合物的T
m
值大至少8℃时，该变体二元复合物表现出增加的三元复合物形成、增加的对该靶核酸的结合亲和力和/或增加的稳定性。64.如权利要求56至63中任一项所述的组合物，其中该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。65.如权利要求56至64中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出与该亲本二元复合物相当或比该亲本二元复合物更大的酶活性。66.如权利要求65所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。67.如权利要求56至66中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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RNA相互作用。68.如权利要求56至67中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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DNA相互作用。69.如权利要求56至68中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步缺乏酶活性。70.如权利要求56至68中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步表现出增加的酶活性。71.如权利要求56至70中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的RNA指导物复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。
72.如权利要求56至71中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的靶核酸复合物形成、靶核酸活性和/或靶核酸特异性。73.如权利要求56至72中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的在靶结合。74.如权利要求56至73中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的脱靶结合。75.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽、RNA指导物和靶核酸，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，其中该变体二元复合物和靶核酸形成变体三元复合物，并且其中该变体三元复合物表现出比亲本三元复合物降低的复合物解离。76.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽、RNA指导物和靶核酸，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，其中该变体二元复合物和靶核酸形成变体三元复合物，并且其中该靶核酸表现出比亲本三元复合物降低的与该变体三元复合物的解离。77.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽、RNA指导物和靶核酸，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，其中该变体二元复合物和靶核酸形成变体三元复合物，并且其中该变体三元复合物表现出比亲本三元复合物增加的稳定性。78.如权利要求75至77中任一项所述的组合物，其中该变体三元复合物在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的稳定性。79.如权利要求75至78中任一项所述的组合物，其中该变体三元复合物在一定孵育时间范围内表现出增加的稳定性。80.如权利要求75至79中任一项所述的组合物，其中该变体三元复合物在具有约7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的稳定性。81.如权利要求75至80中任一项所述的组合物，其中当该变体三元复合物的T
m
值比该亲本三元复合物的T
m
值大至少8℃时，该变体三元复合物表现出增加的稳定性。82.如权利要求75至81中任一项所述的组合物，其中该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。83.如权利要求75至82中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出与该亲本多肽相当或比该亲本多肽更大的酶活性。84.如权利要求83所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。85.如权利要求75至84中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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RNA相互作用。86.如权利要求75至85中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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DNA相互作用。87.如权利要求75至86中任一项所述的组合物，其中该变体三元复合物表现出增加的稳定性。88.如权利要求75至87中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步缺乏酶活性。89.如权利要求75至87中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步表现出增加的酶活性。
90.如权利要求75至89中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的RNA指导物复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。91.如权利要求75至90中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的靶核酸复合物形成、靶核酸结合活性和/或靶核酸结合特异性。92.如权利要求75至91中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的在靶结合。93.如权利要求75至92中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的脱靶结合。94.一种使如权利要求75至93中任一项所述的变体二元复合物与靶核酸例如DNA复合的方法。95.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该变体Cas12i2多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的对靶核酸的结合亲和力。96.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的对靶核酸的靶基因座的靶结合亲和力。97.如权利要求95至96中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的三元复合物形成和/或增加的稳定性。98.如权利要求95至97中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在一定孵育时间范围内表现出增加的三元复合物形成和/或增加的稳定性。99.如权利要求95至98中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在具有约7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的三元复合物形成和/或增加的稳定性。100.如权利要求95至99中任一项所述的组合物，其中当该二元复合物的T
m
值比该亲本二元复合物的T
m
值大至少8℃时，该变体二元复合物表现出增加的三元复合物形成和/或增加的稳定性。101.如权利要求95至100中任一项所述的组合物，其中该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。102.如权利要求95至101中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出与该亲本二元复合物相当或比该亲本二元复合物更大的酶活性。103.如权利要求102所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。104.如权利要求95至103中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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RNA相互作用。105.如权利要求95至104中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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DNA相互作用。106.如权利要求95至105中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步缺乏酶活性。107.如权利要求95至105中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步表现出增加的酶活性。
108.如权利要求95至107中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的RNA指导物复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。109.如权利要求95至108中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的靶核酸复合物形成、靶核酸活性和/或靶核酸特异性。110.如权利要求95至109中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的在靶结合。111.如权利要求95至110中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的脱靶结合。112.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成变体二元复合物，并且其中这些变体二元复合物与靶核酸的两个或更多个靶基因座特异性结合。113.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，这些变体二元复合物表现出增加的靶核酸的两个或更多个靶基因座的在靶结合。114.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，这些变体二元复合物表现出增加的与靶核酸的两个或更多个靶基因座的在靶结合。115.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成变体二元复合物，并且其中这些变体二元复合物表现出与靶核酸的两个或更多个靶基因座的在靶三元复合物形成。116.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，这些变体二元复合物表现出增加的与靶核酸的两个或更多个靶基因座的三元复合物形成。117.如权利要求112至116中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的与该靶核酸的三元复合物形成和/或增加的稳定性。118.如权利要求112至117中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在一定孵育时间范围内表现出增加的与该靶核酸的三元复合物形成和/或增加的稳定性。119.如权利要求112至118中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在具有约7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的与该靶核酸的三元复合物形成和/或增加的稳定性。120.如权利要求112至119中任一项所述的组合物，其中当该二元复合物的T
m
值比该亲本二元复合物的T
m
值大至少8℃时，该变体二元复合物表现出增加的与该靶核酸的三元复合物形成和/或增加的稳定性。121.如权利要求112至120中任一项所述的组合物，其中该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。122.如权利要求112至121中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出与
该亲本多肽相当或比该亲本多肽更大的酶活性。123.如权利要求122所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。124.如权利要求112至123中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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RNA相互作用。125.如权利要求112至124中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
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DNA相互作用。126.如权利要求112至125中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步缺乏酶活性。127.如权利要求112至125中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物进一步表现出增加的酶活性。128.如权利要求112至127中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的RNA指导物复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。129.如权利要求112至128中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的靶核酸三元复合物形成、靶核酸结合亲和力和/或靶核酸结合特异性。130.如权利要求112至129中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的在靶结合。131.如权利要求112至130中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出改变的脱靶结合。132.一种使如权利要求112至131中任一项所述的变体二元复合物与靶核酸例如DNA复合的方法。133.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该Cas12i2变体多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的对靶核酸的靶基因座的在靶结合亲和力。134.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该变体Cas12i2多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出降低的对靶核酸的非靶基因座的结合亲和力。135.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该变体Cas12i2多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出增加的靶核酸的在靶基因座处的活性。136.一种组合物，其包含变体Cas12i2多肽和RNA指导物，其中该变体Cas12i2多肽和该RNA指导物形成变体二元复合物，并且其中与亲本二元复合物相比，该变体二元复合物表现出降低的靶核酸的非靶基因座处的活性。137.如权利要求133至136中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的在该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。138.如权利要求133至137中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在一定孵育时间范围内表现出增加的在该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。139.如权利要求133至138中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物在具有约
7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的在该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。140.如权利要求133至139中任一项所述的组合物，其中当该二元复合物的T
m
值比该亲本二元复合物的T
m
值大至少8℃时，该变体二元复合物表现出增加的在该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。141.如权利要求133至140中任一项所述的组合物，其中该亲本二元复合物包含亲本多肽，该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。142.如权利要求141所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出与该亲本多肽相当或比该亲本多肽更大的酶活性。143.如权利要求142所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。144.如权利要求133至143中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
‑
RNA相互作用。145.如权利要求133至144中任一项所述的组合物，其中该变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
‑
DNA相互作用。146.如权利要求133至145中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的二元复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。147.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成多个变体二元复合物，并且其中与多个亲本二元复合物相比，该多个变体二元复合物表现出增加的与靶核酸的两个或更多个靶基因座的在靶结合。148.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成多个变体二元复合物，并且其中与多个亲本二元复合物相比，该多个变体二元复合物表现出降低的与靶核酸的两个或更多个非靶基因座的脱靶结合。149.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成多个变体二元复合物，并且其中与多个亲本二元复合物相比，该多个变体二元复合物表现出增加的靶核酸的两个或更多个靶基因座处的在靶活性。150.一种组合物，其包含多个变体Cas12i2多肽和两个或更多个不同的RNA指导物，其中这些不同的RNA指导物与单独的变体Cas12i2多肽单独地形成多个变体二元复合物，并且其中与多个亲本二元复合物相比，该多个变体二元复合物表现出降低的靶核酸的两个或更多个非靶基因座处的脱靶活性。151.如权利要求147至150中任一项所述的组合物，其中该多个变体二元复合物在例如20℃至65℃的温度范围内表现出增加的该靶核酸的该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。152.如权利要求147至151中任一项所述的组合物，其中该多个变体二元复合物在一定孵育时间范围内表现出增加的该靶核酸的该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。
153.如权利要求147至152中任一项所述的组合物，其中该多个变体二元复合物在具有约7.3至约8.6范围内的pH的缓冲液中表现出增加的该靶核酸的该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。154.如权利要求147至153中任一项所述的组合物，其中当该二元复合物的T
m
值比该亲本二元复合物的T
m
值大至少8℃时，该多个变体二元复合物表现出增加的该靶核酸的该靶基因座处的三元复合物形成和/或增加的稳定性。155.如权利要求147至154中任一项所述的组合物，其中该多个亲本二元复合物包含亲本多肽，该亲本多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列。156.如权利要求147至155中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出与该亲本多肽相当或比该亲本多肽更大的酶活性。157.如权利要求156所述的组合物，其中该相当或更大的酶活性发生在约20℃至约90℃的温度范围内。158.如权利要求147至157中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的稳定性和/或蛋白质
‑
RNA相互作用。159.如权利要求147至158中任一项所述的组合物，其中该多个变体二元复合物表现出增加的稳定性和/或蛋白质
‑
DNA相互作用。160.如权利要求147至159中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽表现出增加的二元复合物形成、RNA指导物结合活性和/或RNA指导物结合特异性。161.一种使如权利要求147至160中任一项所述的变体二元复合物与靶核酸例如DNA复合的方法。162.一种使如权利要求147至161中任一项所述的多个变体二元复合物与靶核酸例如DNA复合的方法。163.如权利要求23至54、56至93、95至131和133至160中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列的D581、G624、F626、D835、L836、P868、S879、D911、I926、V1020、V1030、E1035和S1046取代中的至少一种。164.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽包含SEQ ID NO:2的氨基酸序列的D581G、D581R、G624R、F626G、F626R、D835G、D835R、L836G、L836R、P868G、P868R、P868T、S879G、S879R、D911G、D911R、I926G、I926R、V1020G、V1020R、V1030G、V1030R、E1035G、E1035R、S1046G和S1046R取代中的至少一种。165.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160、163和164中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽包含SEQ IDNO:2的氨基酸序列的D581R、G624R、F626R、P868T、D911R、I926R、V1030G、E1035R和S1046G取代中的至少一种。166.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至165中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽包含表1中列出的至少一个取代。167.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至166中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽包含SEQID NO:3至146中的任一个氨基酸序列或SEQ ID NO:495至512中的任一个氨基酸序列。168.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至167中任一项所述的组合
物，其中该变体Cas12i2多肽包含表位肽、核定位信号和核输出信号中的至少一种。169.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至168中任一项所述的组合物，其中该RNA指导物包含DNA靶向序列。170.如权利要求169所述的组合物，其中该DNA靶向序列是RNA指导物。171.如权利要求169或170所述的组合物，其中该DNA靶向序列介于13至30个核苷酸之间。172.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至171中任一项所述的组合物，其中该RNA指导物包含与DNA靶向序列连接的同向重复序列。173.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至172中任一项所述的组合物，其进一步包含靶核酸。174.如权利要求173所述的组合物，其中该靶核酸存在于细胞中。175.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至174中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽和RNA指导物在载体例如表达载体中编码。176.一种细胞，其包含如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至175中任一项所述的组合物。177.一种表达如权利要求175所述的载体的方法。178.一种产生如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至175中任一项所述的组合物的方法。179.一种递送如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至175中任一项所述的组合物的方法。180.一种试剂盒或系统，其包含如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至175中任一项所述的组合物或其一种或多种组分。181.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160和163至175中任一项所述的组合物，其中该RNA指导物包含43个或约43个核苷酸或者由43个或约43个核苷酸组成。182.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160、163至175和181中任一项所述的组合物，其中该RNA指导物是无tracr的RNA指导物。183.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160、163至175、181和182中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽进一步表现出比亲本多肽高约40倍的酶活性。184.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160、163至175和181至183中任一项所述的组合物，其中与该亲本多肽相比，该变体Cas12i2多肽表现出增加的在靶特异性。185.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160、163至175和181至184中任一项所述的组合物，其中与该亲本多肽相比，该变体Cas12i2多肽表现出降低的脱靶特异性。186.如权利要求23至54、56至93、95至131、133至160、163至175和181至185中任一项所述的组合物，其中该变体Cas12i2多肽选择性地诱导与5'
‑
NTTN
‑
3'序列相邻的缺失，其中N是任何核苷酸。187.如权利要求186所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游。188.如权利要求186或187所述的组合物，其中该亲本多肽不诱导该缺失。189.如权利要求186至188中任一项所述的组合物，其中该缺失的长度大于Cas9多肽诱导的缺失的长度。
190.如权利要求186至189中任一项所述的组合物，其中该缺失在细胞的基因中。191.如权利要求186至190中任一项所述的组合物，其中该缺失的长度多达约40个核苷酸。192.如权利要求186至191中任一项所述的组合物，其中该缺失的长度为约4个核苷酸至40个核苷酸。193.如权利要求186至192中任一项所述的组合物，其中该缺失的长度为约4个核苷酸至25个核苷酸。194.如权利要求186至193中任一项所述的组合物，其中该缺失的长度为约10个核苷酸至25个核苷酸。195.如权利要求186至194中任一项所述的组合物，其中该缺失的长度为约10个核苷酸至15个核苷酸。196.如权利要求186至195中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的约5个核苷酸至约15个核苷酸内开始。197.如权利要求186至196中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的约5个核苷酸至约10个核苷酸内开始。198.如权利要求186至197中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的约10个核苷酸至约15个核苷酸内开始。199.如权利要求186至198中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游约5个核苷酸至约15个核苷酸内开始。200.如权利要求186至199中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游约5个核苷酸至约10个核苷酸内开始。201.如权利要求186至200中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游约10个核苷酸至约15个核苷酸内开始。202.如权利要求186至201中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的约20个核苷酸至约30个核苷酸内结束。203.如权利要求186至202中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的约20个核苷酸至约25个核苷酸内结束。204.如权利要求186至203中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的约25个核苷酸至约30个核苷酸内结束。205.如权利要求186至204中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游约20个核苷酸至约30个核苷酸内结束。206.如权利要求186至205中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游约20个核苷酸至约25个核苷酸内结束。207.如权利要求186至206中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游约25个核苷酸至约30个核苷酸内结束。208.如权利要求186至207中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
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3'序列的下游约5个核苷酸至约15个核苷酸内开始，并且在该5'
‑
NTTN
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3'序列的下游约20个核苷酸至约30个核苷酸内结束。209.如权利要求186至208中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的
下游约5个核苷酸至约15个核苷酸内开始，并且在该5'
‑
NTTN
‑
3'序列的下游约20个核苷酸至约25个核苷酸内结束。210.如权利要求186至209中任一项所述的组合物，其中该缺失在该5'
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NTTN
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3'序列的下游约5个核苷酸至约15个核苷酸内开始，并且在该5'
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NTTN
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3'序列的下游约25个核苷酸至约30个核苷...
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