多样本类型通用宏基因组快速检测方法技术

本申请涉及体外诊断领域，具体涉及一种利用三代测序的多样本类型通用的宏基因组快速检测方法，具有兼容各种类型感染样本及快速高效等技术优势。效等技术优势。效等技术优势。

【技术实现步骤摘要】
多样本类型通用宏基因组快速检测方法


[0001]本申请属于体外诊断领域，具体而言，涉及一种基于纳米孔测序的多样本类型通用的宏基因组快速检测方法。
技术背景
[0002]传统的临床样本感染的确定是基于培养鉴定，而培养方法往往存在培养时间长、培养阳性率低(假阴性)等问题。随着测序行业的发展于成熟，基于高通量测序平台的宏基因组检测方法逐步应用于临床病原检测。此类方法具有鉴定周期短、感染病原鉴定更全面、更准确的优势。目前主流的高通量宏基因组测序方案包括二代测序方法和三代测序方法。其中二代高通量宏基因组测序方案多采用不去宿主方案，存在宿主数据比例高、病原数据比例低，造成大量的数据浪费的问题；而已知的三代高通量宏基因组测序专利方案多采用不完全去宿主的方案，虽然较二代测序方案的病原数据比例有一定的提升，但还是存在大量宿主数据的浪费。
[0003]有鉴于此，提出本申请。

技术实现思路

[0004]为解决上述技术问题，本申请提出如下技术方案：
[0005]本申请首先提供一种适于感染宏基因组样本快速检测的通用样本处理方法，所述方法包本文档来自技高网...

【技术保护点】

【技术特征摘要】
1.一种适于感染宏基因组样本快速检测的通用样本处理方法，其特征在于，包括如下步骤：1)样本解稠：向粘稠类样本中加入解稠剂，恒温孵育；2)样本前处理：取非粘稠样本和/或步骤1)解稠后样本，离心收集沉淀；向沉淀中加入预配的皂素和HL
‑
SAN酶混合液，恒温孵育；3)细胞破壁：取前处理后样本离心收集沉淀，加裂解液重悬后转入破壁管破壁，离心后收上清；4)核酸提取。2.根据权利要求1所述的样本处理方法，其特征在于，所述步骤1)中的解稠剂为自配试剂，包含0.7
‑
0.8g/100ml NaCl，0.02
‑
0.1g/100ml KCl，0.1
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0.2g/100ml Na2HPO4，0.02
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0.1g/ml KH2PO4和0.5
‑
1M DTT；优选的，所述步骤1)中的孵育条件为：40
‑
42℃，300
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500rpm孵育5
‑
10min。3.根据权利要求1
‑
2任一所述的方法，其特征在于，所述步骤2)中酶混合液中包含终浓度为0.05
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0.1％皂素和终浓度为20
‑
22U/ml HL
‑
SAN酶；所述酶混合液的Buffer为自配试剂，包含2
‑
2.5g/100ml MgCl2和29
‑
30g/100ml NaCl；优选的，所述步骤2)中的孵育条件为：35
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40℃、800
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1000rpm孵育5
‑
10min。4.根据权利要求1
‑
3任一所述的方法，其特征在于，所述步骤3)中的裂解液为ZYMO的Lysis Solution裂解液；所述破壁管为Lysing Matrix E破壁管；优选的，所述破壁条件为：15
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20m/s，破壁30
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120s。5.根据权利要求1
‑
4任一所述的方法，其特征在于，所述感染宏基因组样本包括但不限于：痰液、肺泡灌洗液、腹透液、脓胸引流液、纤支镜冲洗液和心包积液。6.根据权利要求1
‑
4任一所述的方法，其特征在于，所述检测为基于三代测序技术的检测；优选的，所述三代测序技术为纳米孔测序技术。7.根据权利要求1
‑
6任一所述的方法，其特征在于，所述步骤1)具体为：向150
‑
250ul粘稠类样本中加入0.8
‑
1.2ml解稠剂，充分混匀，置于恒温震荡金属浴中，35
‑
45℃，300
‑
500rpm孵育5
‑
10min。所述步骤2)具体为：取0.8
‑
1.2ml的非粘稠样本和/或步骤1)解稠后样本置于高速离心机，12000
‑
14000g离心3
‑
5min，收集沉淀；向沉淀中加入150
...

【专利技术属性】
技术研发人员：李杜衡，郑建坡，李立峰，田文佳，涂浩波，蒋智，贾雪峰，
申请(专利权)人：天津金匙医学科技有限公司金匙智造天津医疗科技有限公司，
类型：发明
国别省市：